genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  30  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8617247--8617285	20	2.0	20	95	5	71	25	23	15	35	1.94
8618086--8618132	21	2.2	21	84	0	58	27	14	23	34	1.94
8618093--8618138	21	2.2	21	92	0	74	21	13	23	41	1.88
8619580--8619674	48	2.0	48	93	0	163	43	20	14	22	1.88
8619973--8620044	36	2.0	36	89	2	110	31	26	8	33	1.86
8624770--8624864	48	2.0	48	89	0	145	43	21	15	20	1.88
8625163--8625234	36	2.0	36	89	2	110	31	26	8	33	1.86
8626028--8626072	24	1.9	23	86	13	65	33	13	2	51	1.53
8626322--8626365	23	1.9	24	90	9	74	22	20	2	54	1.56
8627076--8627162	3	28.7	3	90	6	140	64	1	0	34	1.01
8629315--8629549	72	3.3	72	80	6	253	35	19	23	21	1.96
8631264--8631356	23	4.1	23	79	6	100	38	15	11	34	1.84
8637029--8637057	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
8637143--8637177	6	5.7	6	93	6	61	14	0	0	85	0.59
8637290--8637333	22	2.0	21	86	4	61	36	6	0	56	1.26
8641635--8641677	22	2.0	22	100	0	86	37	13	25	23	1.92
8641872--8641920	6	8.2	6	97	0	71	26	48	0	24	1.51
8644265--8644325	24	2.5	25	91	2	97	31	8	18	42	1.79
8644533--8644574	22	1.9	22	95	0	75	21	4	16	57	1.58
8645907--8645958	26	2.0	26	100	0	104	19	11	23	46	1.82
8646042--8646075	12	2.8	12	100	0	68	0	23	14	61	1.33
8646203--8646264	25	2.5	25	97	0	115	29	9	20	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8646409--8646449	20	2.2	19	91	8	66	31	0	19	48	1.49
8650450--8650515	32	2.1	32	82	5	80	46	0	4	48	1.22
8650556--8650619	28	2.4	28	86	5	87	43	0	0	56	0.99
8650469--8650676	110	1.9	105	86	9	292	42	0	4	51	1.29
8650861--8650966	44	2.5	41	79	18	135	35	31	3	29	1.75
8650878--8650968	46	2.0	46	93	4	159	38	30	4	26	1.76
8650948--8650984	16	2.3	16	100	0	74	21	35	5	37	1.77
8651640--8651675	18	2.0	18	88	0	54	61	11	0	27	1.30
8657160--8657202	22	2.0	22	86	4	61	48	20	4	25	1.69
8657933--8658035	23	4.4	23	74	14	86	36	18	23	21	1.95
8658260--8658632	67	5.6	67	90	0	566	42	19	1	36	1.62
8658254--8658632	134	2.8	134	93	0	623	42	19	1	36	1.62
8661780--8661827	15	2.9	15	77	17	51	54	2	0	43	1.12
8663870--8663906	2	18.5	2	94	0	65	48	0	0	51	1.00
8664548--8664582	19	1.9	18	88	11	54	65	0	28	5	1.15
8665799--8665841	20	2.2	20	87	8	61	32	30	16	20	1.95
8668440--8668484	23	2.0	23	81	0	54	40	13	8	37	1.76
8670260--8670297	2	19.0	2	94	0	67	47	0	2	50	1.15
8678898--8678967	22	3.3	20	74	16	52	31	5	2	60	1.35
8678909--8678969	21	2.9	20	79	13	77	34	6	1	57	1.34
8679910--8679951	21	2.0	20	82	13	50	47	0	2	50	1.14
8680920--8680964	18	2.3	20	85	11	58	64	6	11	17	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8692610--8692646	17	2.1	19	85	10	51	37	2	27	32	1.71
8694663--8694762	49	2.1	48	90	1	155	46	3	6	45	1.43
8701791--8701850	29	2.1	29	96	3	113	26	0	0	73	0.84
8704613--8704680	29	2.4	27	74	13	64	57	4	8	29	1.49
8711164--8711219	16	3.5	16	85	0	67	39	3	25	32	1.73
8711384--8711454	37	1.9	37	91	0	115	46	1	2	49	1.25
8711408--8711501	21	4.7	20	69	22	72	50	1	0	48	1.07
8711442--8711507	19	3.2	19	73	19	60	54	0	0	45	0.99
8711453--8711522	31	2.1	34	89	10	110	52	0	0	47	1.00
8711414--8711556	43	3.3	45	79	14	140	46	0	0	52	1.05
8711414--8711526	31	3.8	30	74	20	103	49	0	0	49	1.06
8711422--8711531	14	7.3	15	69	20	61	48	0	0	51	1.00
8711527--8711600	34	2.2	34	82	0	85	37	2	1	58	1.21
8714232--8714263	15	2.0	17	88	11	50	18	25	31	25	1.98
8717906--8717968	26	2.4	26	89	0	90	42	11	12	33	1.78
8717906--8717981	26	2.9	26	84	3	73	43	9	14	32	1.77
8720152--8720208	17	3.2	17	67	13	51	24	8	10	56	1.61
8720148--8720218	37	1.9	37	97	0	133	21	8	14	56	1.64
8720744--8720821	6	13.0	6	84	10	97	33	0	2	64	1.08
8720739--8720820	22	3.4	24	83	11	96	34	0	2	63	1.08
8721423--8721823	202	2.0	203	91	1	644	41	14	10	33	1.79
8735855--8735894	15	2.5	17	77	22	50	62	5	0	32	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8738846--8738916	27	2.6	27	81	4	97	46	8	1	43	1.42
8738855--8738916	27	2.2	28	88	2	99	46	6	0	46	1.28
8738913--8738953	16	2.5	16	92	4	64	87	7	2	2	0.70
8738985--8739079	27	3.5	27	94	0	136	27	27	28	16	1.97
8744369--8744403	18	2.0	18	88	5	54	5	5	5	82	0.93
8745238--8745314	23	3.4	23	71	11	70	0	31	0	68	0.90
8745449--8745491	22	1.9	23	85	4	61	0	30	0	69	0.88
8745539--8745616	27	2.9	27	94	0	129	14	30	28	26	1.95
8745671--8745738	27	2.5	26	90	6	109	45	1	8	44	1.44
8746931--8746983	24	2.2	25	89	3	81	30	11	0	58	1.33
8749649--8749687	17	2.2	18	86	4	53	12	2	5	79	1.00
8754223--8754299	39	2.0	39	89	0	118	42	12	18	25	1.86
8770388--8770517	69	1.9	69	83	13	169	48	6	16	28	1.71
8770436--8770465	6	5.0	6	100	0	60	66	0	16	16	1.25
8771137--8771169	10	3.2	11	87	12	52	45	0	0	54	0.99
8772159--8772215	22	2.6	23	81	13	66	12	22	19	45	1.83
8783074--8783143	25	2.8	25	86	0	95	27	25	18	28	1.98
8784940--8784982	21	2.1	20	83	12	52	67	11	9	11	1.42
8786280--8786392	33	3.4	33	85	0	127	22	22	13	42	1.87
8789618--8789665	24	2.1	24	85	11	66	41	6	20	31	1.77
8792476--8792520	14	3.4	13	84	12	56	28	2	2	66	1.15
8792508--8792685	72	2.5	71	90	1	275	37	2	8	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8794168--8794250	22	3.8	22	86	0	121	27	15	27	28	1.96
8794686--8794792	19	5.6	19	86	0	160	38	9	14	38	1.78
8794689--8794792	38	2.7	38	95	0	190	39	8	13	38	1.75
8794695--8794818	19	6.2	21	77	11	111	38	7	15	38	1.75
8795397--8795549	2	80.0	2	66	15	56	38	5	3	51	1.45
8795381--8795431	20	2.7	19	85	8	68	39	5	3	50	1.45
8795419--8795586	20	8.6	20	67	12	89	35	7	2	53	1.45
8795353--8795585	116	2.0	116	89	1	353	35	6	3	53	1.46
8795688--8795746	31	1.9	31	82	6	75	15	6	8	69	1.34
8798659--8798715	24	2.4	25	73	8	64	24	8	0	66	1.20
8799423--8799475	24	2.2	24	96	0	97	35	15	15	33	1.88
8805192--8805238	2	24.0	2	91	4	78	48	0	0	51	1.00
8805822--8805872	18	2.8	18	77	16	52	66	0	5	27	1.14
8806043--8806237	10	20.1	9	73	17	124	33	3	0	62	1.16
8806043--8806189	19	7.5	20	68	18	78	33	2	0	63	1.14
8806088--8806170	29	2.9	29	79	16	75	34	1	1	62	1.11
8806061--8806179	49	2.5	48	84	9	145	32	3	0	63	1.17
8806043--8806239	39	5.0	38	71	15	134	32	3	0	62	1.16
8806117--8806282	41	4.2	40	69	16	105	34	2	0	63	1.08
8806117--8806189	11	7.1	11	69	17	50	31	1	0	67	1.00
8806155--8806200	22	2.1	22	84	8	58	32	4	0	63	1.14
8806108--8806250	49	2.9	49	77	9	128	34	2	0	62	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8806044--8806239	19	9.9	20	65	21	76	33	3	0	62	1.16
8806349--8806387	13	3.1	12	85	10	51	41	10	12	35	1.77
8809213--8809247	18	2.0	17	88	5	52	31	17	22	28	1.96
8819785--8819810	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
8819844--8819883	19	2.0	20	85	4	55	25	20	7	47	1.75
8821755--8821792	20	1.9	20	88	0	58	13	15	7	63	1.51
8822689--8822731	7	6.1	7	84	10	61	67	2	16	13	1.33
8822693--8822738	14	3.4	14	80	14	60	67	2	15	15	1.33
8822689--8822730	21	2.0	21	90	4	68	66	2	16	14	1.35
8824012--8825055	89	11.7	89	94	0	1674	32	17	23	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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