genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7409850--7409881	16	2.0	16	93	0	55	15	6	6	71	1.26
7423268--7423313	23	2.0	23	95	0	83	28	8	23	39	1.84
7426044--7426307	87	3.0	87	94	0	465	26	17	12	42	1.86
7438516--7438709	43	4.5	43	93	0	316	30	26	18	24	1.98
7438830--7438936	31	3.5	31	92	2	155	43	15	9	30	1.79
7438830--7438956	60	2.1	61	82	5	150	44	15	7	31	1.75
7439910--7439937	11	2.5	11	100	0	56	32	10	0	57	1.33
7440950--7440976	14	1.9	14	100	0	54	3	29	7	59	1.42
7441255--7441288	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
7446165--7446237	29	2.8	24	82	16	67	56	1	1	41	1.16
7446198--7446252	25	2.1	26	83	6	67	61	0	1	36	1.06
7446773--7446825	26	2.0	26	85	0	70	47	3	1	47	1.31
7447421--7447563	43	3.3	43	84	2	171	51	4	8	34	1.53
7451398--7451454	25	2.3	24	82	8	78	36	15	26	21	1.93
7451411--7451501	25	3.6	25	81	0	110	35	15	29	19	1.93
7458288--7458376	25	3.6	25	72	6	90	29	15	29	25	1.96
7458396--7458485	25	3.6	25	81	0	108	33	18	28	18	1.95
7467206--7467243	4	10.0	4	83	11	53	73	0	0	26	0.83
7467209--7467243	18	1.9	18	94	0	61	74	0	0	25	0.82
7480204--7480237	4	8.5	4	100	0	68	50	0	23	26	1.50
7488112--7488156	21	2.0	21	83	8	54	35	22	20	22	1.96
7516053--7516084	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7519413--7519449	18	2.1	18	100	0	74	32	21	10	35	1.88
7520873--7520907	18	1.9	18	88	0	52	40	8	0	51	1.33
7520952--7520988	18	2.1	18	90	10	58	35	10	13	40	1.80
7520969--7521029	21	3.0	21	85	4	79	39	9	8	42	1.68
7520952--7521018	20	3.4	18	80	15	64	35	10	11	41	1.76
7521095--7521280	17	10.3	18	69	13	96	43	8	15	33	1.76
7521054--7521197	38	3.8	36	77	6	119	40	7	14	36	1.75
7521189--7521254	18	3.8	17	76	11	62	40	12	16	30	1.85
7521190--7521280	35	2.6	34	77	16	96	42	9	14	32	1.78
7521865--7521918	27	2.0	26	85	3	72	9	27	40	22	1.84
7522080--7522116	16	2.4	15	90	4	56	8	29	48	13	1.71
7522137--7522171	18	1.9	18	88	0	52	5	14	0	80	0.89
7523092--7523118	14	1.9	14	100	0	54	77	0	0	22	0.76
7523323--7524246	240	3.8	239	89	5	1326	39	20	14	26	1.90
7523299--7524269	82	12.0	82	84	8	1217	39	19	14	25	1.90
7525123--7525228	1	106.0	1	69	0	59	0	6	9	83	0.79
7525123--7525226	17	6.3	16	81	9	104	0	6	9	83	0.80
7525148--7525228	13	6.2	13	79	13	78	0	2	12	85	0.70
7525123--7525226	19	5.3	19	79	11	86	0	6	9	83	0.80
7525123--7525228	54	2.0	54	83	7	135	0	6	9	83	0.79
7525124--7525228	30	3.2	31	77	18	97	0	6	9	83	0.80
7525148--7525226	19	3.9	19	82	11	88	0	2	12	84	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7534407--7534449	19	2.2	19	83	4	50	34	6	6	51	1.56
7534411--7534523	35	3.1	33	72	20	91	42	10	9	37	1.73
7534487--7534523	18	2.1	18	90	10	58	35	10	13	40	1.80
7534526--7534557	17	1.9	17	93	6	57	56	12	6	25	1.59
7534505--7534582	37	2.1	37	88	4	113	43	10	7	38	1.67
7534502--7534583	21	4.2	20	75	17	82	41	9	7	41	1.66
7534606--7534834	38	6.2	37	76	13	161	41	8	13	36	1.75
7534647--7534832	17	10.3	18	71	13	114	43	7	14	34	1.74
7535645--7535679	16	2.3	15	95	5	61	5	25	48	20	1.71
7535715--7535740	10	2.6	10	100	0	52	7	19	0	73	1.07
7535843--7535876	12	2.8	12	90	4	50	0	38	0	61	0.96
7536515--7536542	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
7547315--7547367	25	2.2	25	83	10	65	77	1	11	9	1.07
7547322--7547372	25	2.1	24	85	10	68	76	1	9	11	1.10
7547896--7547953	17	3.6	16	75	11	57	46	3	6	43	1.47
7549692--7549828	41	3.3	40	77	7	123	40	17	25	16	1.89
7551761--7551792	10	3.2	10	95	0	55	21	18	6	53	1.67
7552166--7552240	39	1.9	39	100	0	150	16	10	18	54	1.70
7552496--7552529	5	6.6	5	89	3	50	0	23	61	14	1.33
7555197--7555264	35	1.9	35	82	11	86	38	2	2	55	1.30
7555575--7555627	14	3.9	14	85	5	63	58	0	9	32	1.30
7555676--7555847	52	3.3	52	90	0	272	45	18	1	34	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7555678--7555811	9	15.3	9	76	9	91	44	20	2	33	1.64
7557688--7557727	9	4.4	9	93	0	62	40	22	10	27	1.86
7557726--7557800	37	2.0	37	92	0	123	45	14	5	34	1.68
7557931--7558035	39	2.8	38	92	2	176	17	2	26	53	1.57
7562054--7562167	57	2.0	57	98	0	219	21	20	28	30	1.98
7562229--7562362	66	2.0	65	85	5	180	45	18	23	12	1.84
7562686--7562895	43	4.9	42	74	13	169	21	16	29	32	1.95
7562691--7562856	86	1.9	85	85	3	226	21	16	30	31	1.96
7562705--7562900	86	2.3	86	80	8	222	21	17	27	33	1.96
7562743--7562952	43	4.9	43	76	2	152	26	16	23	34	1.95
7562699--7562943	129	1.9	129	80	3	287	24	16	25	32	1.96
7562878--7562971	43	2.2	43	80	5	109	34	19	14	31	1.92
7566397--7566489	25	3.9	25	79	8	104	36	8	6	48	1.60
7566407--7566489	23	3.5	23	80	6	103	38	9	7	44	1.65
7566397--7566489	48	1.9	48	97	0	177	36	8	6	48	1.60
7577428--7577461	15	2.3	15	94	0	59	58	8	5	26	1.51
7577844--7577906	10	6.1	11	80	10	71	61	1	4	31	1.26
7577844--7577906	21	3.0	20	84	6	81	61	1	4	31	1.26
7580294--7580370	9	8.7	9	72	14	54	37	2	1	58	1.20
7590365--7590801	220	2.0	219	94	0	775	29	18	16	35	1.93
7594066--7594142	6	11.7	7	82	10	67	74	7	0	18	1.06
7594074--7594142	20	3.6	19	73	23	63	73	7	0	18	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7594067--7594141	26	2.9	25	82	9	89	73	8	0	18	1.07
7594066--7594150	33	2.6	31	81	9	89	72	7	1	18	1.13
7594067--7594150	13	6.4	13	76	16	75	72	7	1	19	1.14
7594067--7594142	19	3.9	18	76	19	73	73	7	0	18	1.06
7594074--7594157	14	6.3	13	78	14	66	72	5	2	19	1.16
7596530--7596989	169	2.7	168	86	3	672	28	18	26	26	1.98
7597153--7597326	89	2.0	89	81	2	206	33	23	18	23	1.97
7599571--7599595	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
7605591--7605632	18	2.2	20	87	8	61	42	0	2	54	1.13
7605590--7605629	17	2.3	18	82	4	55	40	0	5	55	1.22
7608547--7608644	44	2.2	44	82	8	112	31	27	16	24	1.96
7629554--7629579	13	2.0	13	100	0	52	15	7	7	69	1.35
7631005--7631037	12	2.8	12	90	4	50	42	33	18	6	1.75
7631937--7631989	21	2.5	21	87	0	70	30	37	9	22	1.86
7639025--7639082	29	2.1	29	83	6	75	50	0	3	46	1.18
7639112--7639149	17	2.2	18	90	4	60	47	0	0	52	1.00
7640189--7640236	21	2.3	21	85	7	62	6	14	18	60	1.55
7640238--7640281	22	2.2	20	84	12	54	22	11	9	56	1.62
7641453--7641490	10	3.9	10	82	3	51	71	5	0	23	1.07
7641451--7641498	20	2.4	20	82	10	62	68	4	0	27	1.07
7646802--7646839	11	3.5	11	85	3	51	5	2	7	84	0.86
7647407--7647465	31	1.9	31	82	0	73	35	16	20	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7648492--7648532	18	2.5	17	88	11	59	70	0	4	24	1.06
7649002--7649248	122	2.0	122	100	0	494	34	24	11	29	1.91
7666074--7666235	63	2.6	61	84	6	216	24	23	23	29	1.99
7666404--7666431	6	4.7	6	100	0	56	14	35	35	14	1.86
7666680--7666810	33	4.1	33	83	5	160	26	51	8	12	1.68
7671734--7672516	392	2.0	392	97	0	1485	45	18	14	21	1.85
7674570--7674610	18	2.3	18	91	0	64	36	24	12	26	1.91
7682181--7682318	30	4.7	30	74	4	111	27	27	18	26	1.98
7697377--7697414	5	7.8	5	88	5	60	57	0	42	0	0.98
7727305--7727417	44	2.6	43	73	9	113	30	24	19	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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