genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

This is table  85  of  208  ( 24913 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24987387--24987628	50	4.9	50	83	3	249	27	21	28	22	1.99
24992369--24992416	18	2.7	18	96	0	87	39	12	12	35	1.81
24995918--24995951	16	2.2	15	94	5	59	23	2	23	50	1.63
24997295--24997361	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
24997310--24997349	20	2.0	20	85	0	53	30	10	10	50	1.69
24998410--24998451	19	2.3	18	87	4	57	50	0	26	23	1.50
25005392--25005437	21	2.2	21	100	0	92	21	26	15	36	1.93
25009438--25009466	14	2.0	15	93	6	51	58	0	13	27	1.36
25011786--25011843	24	2.4	24	80	8	64	41	17	17	24	1.90
25018270--25018411	23	6.2	23	82	0	176	24	22	23	29	1.99
25018271--25018407	46	3.0	46	87	0	211	23	22	24	29	1.99
25018270--25018411	69	2.1	69	86	0	194	24	22	23	29	1.99
25024550--25024621	35	2.1	35	94	0	126	26	20	22	30	1.98
25026245--25026286	20	2.1	20	100	0	84	14	4	28	52	1.62
25030828--25030868	2	20.5	2	94	0	73	0	46	0	53	1.00
25035364--25035477	37	3.1	36	84	2	147	35	27	14	22	1.94
25036739--25036792	25	2.1	26	89	3	83	25	11	12	50	1.74
25038369--25038397	8	3.6	8	100	0	58	24	0	10	65	1.23
25045336--25045421	45	1.9	45	83	4	111	27	22	13	36	1.92
25046273--25046303	15	2.1	15	93	0	53	45	6	3	45	1.45
25051657--25051723	34	1.9	35	87	3	100	31	7	13	47	1.70
25051651--25051727	14	5.0	15	71	20	52	32	7	15	44	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25053039--25053107	35	1.9	36	94	2	122	52	17	4	26	1.63
25053075--25053144	27	2.5	28	81	6	81	52	20	4	22	1.63
25056851--25056880	14	2.1	14	93	0	51	36	10	43	10	1.72
25056893--25056958	33	2.0	33	90	0	105	42	3	40	13	1.60
25058070--25058135	13	5.1	13	88	0	105	36	27	7	28	1.84
25058280--25058317	18	2.1	18	95	0	67	57	5	0	36	1.21
25061766--25061815	25	2.0	25	100	0	100	32	20	4	44	1.70
25061981--25062226	46	5.3	45	81	4	244	31	21	21	25	1.98
25065521--25065556	19	1.9	18	88	5	54	47	11	16	25	1.79
25070945--25070975	15	2.1	15	100	0	62	38	6	29	25	1.81
25075221--25075253	17	1.9	17	88	11	50	54	0	6	39	1.25
25076919--25076945	14	1.9	14	100	0	54	77	0	7	14	0.97
25077845--25077883	11	3.5	11	82	3	51	56	15	5	23	1.59
25079017--25079091	38	2.0	37	84	2	96	32	32	22	13	1.93
25086166--25086220	22	2.5	22	78	0	74	40	32	20	7	1.80
25091565--25091791	38	6.0	38	85	0	292	14	19	30	35	1.91
25091831--25091875	19	2.4	19	96	0	81	24	6	24	44	1.77
25095149--25095186	9	4.2	9	93	0	67	42	0	0	57	0.98
25098500--25098532	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
25103520--25103570	25	2.0	25	96	0	93	15	41	3	39	1.66
25104538--25104669	24	5.1	26	78	9	69	18	40	4	36	1.71
25104554--25104669	24	4.8	24	81	6	128	17	41	5	36	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25106396--25106441	23	2.0	23	100	0	92	34	13	26	26	1.92
25108314--25108348	15	2.3	15	90	5	52	31	8	0	60	1.27
25112725--25112759	16	2.2	16	89	0	52	34	20	2	42	1.66
25115365--25115425	14	4.7	13	80	11	72	77	4	4	13	1.10
25115361--25115444	26	3.2	26	81	6	91	76	7	4	11	1.15
25115403--25115440	19	2.1	18	90	5	58	86	2	5	5	0.76
25115365--25115452	14	6.5	14	77	18	71	77	6	4	11	1.11
25117587--25117768	88	2.1	88	81	2	204	28	21	26	23	1.99
25117733--25117855	44	2.8	44	78	7	115	28	19	25	26	1.99
25117773--25118394	131	4.7	131	89	3	955	30	21	23	24	1.99
25118211--25118398	44	4.3	44	68	9	123	28	22	23	25	1.99
25118393--25119204	218	3.7	218	90	0	1239	27	19	25	27	1.99
25118515--25119032	44	11.8	45	67	12	204	26	19	26	27	1.99
25118999--25119283	89	3.2	89	69	5	274	27	21	24	27	1.99
25118914--25119323	174	2.4	173	87	2	527	28	20	23	27	1.99
25118996--25119285	44	6.6	44	67	6	140	27	21	24	27	1.99
25118385--25119323	436	2.2	433	83	4	1217	27	19	24	27	1.99
25118393--25119330	218	4.3	218	86	1	691	27	19	24	27	1.99
25118992--25119377	174	2.2	174	92	0	639	27	20	24	27	1.99
25119430--25119693	100	2.6	100	90	1	413	33	22	18	25	1.97
25119427--25119685	50	5.2	50	70	3	207	33	22	19	24	1.97
25128650--25128689	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25131154--25131194	18	2.2	20	86	8	59	70	0	24	4	1.06
25135904--25136213	59	5.2	61	67	15	241	42	2	6	48	1.43
25136075--25136109	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
25136194--25136228	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
25135892--25136248	120	3.0	120	96	2	646	43	2	5	48	1.40
25136375--25136479	44	2.5	40	76	18	106	33	30	4	31	1.78
25136385--25136481	45	2.2	45	88	5	144	34	29	5	30	1.79
25136461--25136525	16	4.1	16	91	0	112	20	36	6	36	1.77
25138180--25138250	25	2.8	25	84	0	88	18	26	16	38	1.92
25139251--25139283	12	2.6	13	85	9	50	12	24	36	27	1.91
25145101--25145174	36	2.0	37	82	7	89	48	0	1	50	1.09
25155114--25155155	21	2.0	21	85	0	57	38	14	7	40	1.73
25158103--25158165	33	1.9	32	87	3	90	39	3	23	33	1.71
25158248--25158291	22	1.9	24	86	9	65	43	2	13	40	1.57
25160816--25160898	25	3.3	25	86	3	96	19	28	21	30	1.98
25164310--25164360	21	2.5	20	87	9	75	35	7	27	29	1.85
25165088--25165117	15	2.0	15	100	0	60	33	20	20	26	1.97
25170260--25170293	14	2.4	14	100	0	68	8	44	26	20	1.81
25173784--25173812	13	2.2	13	100	0	58	44	13	24	17	1.85
25176319--25176388	36	1.9	36	94	0	122	30	7	14	48	1.70
25178088--25178112	8	3.1	8	100	0	50	24	24	0	52	1.48
25181220--25181284	25	2.6	25	87	0	85	32	23	23	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25182754--25182787	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
25182785--25182854	9	7.1	10	73	19	58	51	8	0	40	1.33
25183035--25183059	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
25186500--25186538	18	2.2	17	86	13	60	76	5	7	10	1.13
25186482--25186552	31	2.3	31	90	0	106	73	5	8	12	1.24
25186502--25186538	19	1.9	19	100	0	74	75	5	8	10	1.17
25186524--25186550	12	2.2	12	100	0	54	77	7	0	14	0.97
25187690--25187753	32	2.0	32	88	11	96	59	9	21	9	1.57
25192138--25192196	29	2.0	30	86	3	84	49	13	6	30	1.68
25194025--25194050	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
25200501--25200530	14	2.1	14	93	0	51	43	6	13	36	1.70
25201825--25201878	26	2.1	26	96	0	99	50	5	3	40	1.44
25202083--25202363	141	2.0	139	82	8	336	52	9	13	24	1.70
25203356--25203381	4	6.5	4	100	0	52	0	26	0	73	0.84
25203402--25203434	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
25206193--25206263	34	2.0	38	83	10	96	32	5	22	39	1.77
25218179--25218459	135	2.1	137	91	2	458	46	5	7	39	1.56
25218409--25218979	288	2.0	287	94	1	1009	33	12	16	37	1.86
25221644--25221788	75	1.9	75	85	0	200	31	13	10	44	1.78
25222911--25223053	51	2.8	53	82	10	188	23	16	28	31	1.96
25223279--25223310	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
25229976--25230092	51	2.3	50	86	1	162	33	33	15	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25237216--25237260	22	2.0	22	100	0	90	42	8	31	17	1.80
25242903--25242943	17	2.4	17	95	0	73	36	19	24	19	1.95
25245166--25245194	13	2.1	14	93	6	51	20	3	13	62	1.46
25247021--25248052	536	1.9	541	82	6	1304	32	18	10	38	1.84
25263623--25263741	40	3.0	40	81	7	152	31	17	4	46	1.67
25263658--25263789	68	2.0	67	90	1	210	33	14	3	48	1.62
25264983--25265030	20	2.4	20	96	0	87	52	8	4	35	1.51
25271491--25271573	30	2.8	30	83	0	112	21	18	24	36	1.95
25271572--25271693	55	2.2	56	91	1	192	22	15	24	37	1.93
25275396--25275740	176	2.0	177	95	0	620	44	15	10	28	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208