genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  59  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16858050--16858117	29	2.3	29	84	0	91	36	11	26	25	1.90
16858106--16858177	29	2.5	29	84	8	94	38	13	30	16	1.88
16858103--16858295	30	6.5	30	76	8	164	38	13	24	23	1.91
16858135--16858300	90	1.9	89	83	3	217	39	13	22	24	1.91
16862262--16862325	18	3.3	20	81	14	66	26	34	4	34	1.77
16862272--16862331	18	3.3	18	81	6	77	23	31	6	38	1.81
16862279--16862357	36	2.2	35	82	13	90	26	32	7	32	1.85
16866139--16866332	51	3.8	50	76	8	187	28	14	25	30	1.95
16871830--16872410	296	2.0	296	90	0	921	35	13	21	29	1.91
16881278--16881439	42	3.8	43	73	9	118	32	24	17	25	1.97
16881609--16881700	26	3.4	26	68	16	78	41	11	4	42	1.61
16881589--16881675	26	3.0	30	65	19	76	41	14	4	39	1.67
16881589--16881700	56	2.0	56	94	0	197	41	14	4	40	1.66
16885547--16885710	42	3.9	40	71	15	127	33	26	17	22	1.96
16890643--16890878	27	8.7	27	77	10	207	41	19	15	23	1.90
16890655--16890880	81	2.8	81	81	4	233	40	21	15	22	1.90
16891912--16891944	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
16892255--16892302	19	2.4	21	76	16	66	54	8	2	35	1.42
16915846--16915901	27	2.1	27	89	0	85	50	5	33	10	1.60
16927168--16927215	20	2.4	20	86	6	62	6	31	22	39	1.79
16933022--16933083	20	3.1	20	90	0	97	8	27	19	45	1.78
16934698--16934785	34	2.6	33	85	7	117	31	5	15	46	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16934780--16935005	92	2.5	90	84	6	294	29	19	22	28	1.98
16934780--16934962	48	3.9	48	85	5	257	30	18	22	28	1.97
16934784--16935031	48	5.5	43	75	16	173	30	19	21	28	1.98
16938540--16938579	3	13.3	3	100	0	80	67	0	32	0	0.91
16947494--16947540	19	2.4	20	89	3	69	0	8	10	80	0.89
16947487--16947540	19	2.7	20	82	8	65	0	9	9	81	0.88
16948073--16948141	34	2.0	34	100	0	138	44	17	8	28	1.78
16948780--16948815	4	9.8	4	82	17	51	25	0	0	75	0.81
16948780--16948821	7	6.0	7	91	8	68	26	0	0	73	0.83
16951114--16951151	9	4.3	9	90	6	51	39	0	0	60	0.97
16962886--16962914	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
16968753--16968786	17	2.0	17	88	0	50	35	14	8	41	1.77
16969033--16969131	27	3.7	27	76	6	94	38	16	21	24	1.93
16970612--16970644	17	2.1	17	88	11	52	51	0	6	42	1.26
16970702--16970726	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
16987999--16988068	20	3.5	20	96	0	122	22	25	0	51	1.48
16989538--16989563	12	2.2	12	100	0	52	42	34	0	23	1.54
17001348--17001384	5	7.4	5	100	0	74	40	0	0	59	0.97
17004364--17004400	14	2.6	14	95	0	65	27	32	18	21	1.97
17009952--17010087	50	2.7	50	88	3	193	29	29	16	25	1.96
17011982--17012031	26	1.9	26	88	8	75	40	10	16	34	1.81
17013422--17013529	27	4.0	27	81	2	110	29	21	15	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17015431--17015915	247	2.0	247	86	1	686	31	4	22	41	1.75
17018449--17018489	16	2.6	16	80	11	57	19	0	4	75	0.98
17042502--17042540	20	2.0	20	84	0	51	23	35	0	41	1.55
17044779--17044849	35	2.0	35	97	0	133	25	21	25	28	1.99
17045577--17045601	12	2.1	12	100	0	50	44	16	16	24	1.86
17046494--17046527	17	2.0	17	88	0	50	61	8	11	17	1.54
17054130--17054162	17	1.9	17	100	0	66	57	12	12	18	1.64
17058054--17058094	21	2.0	21	90	0	64	14	14	29	41	1.86
17065352--17065470	45	2.6	45	84	2	150	24	14	25	36	1.93
17065352--17065497	45	3.2	45	79	5	143	25	13	26	34	1.93
17080248--17080328	25	3.3	23	77	12	81	32	17	19	30	1.95
17080254--17080375	50	2.4	50	83	2	138	32	17	18	31	1.94
17080257--17080347	25	3.6	25	76	8	78	32	16	17	32	1.93
17080304--17080384	25	3.2	25	72	10	76	32	16	19	32	1.94
17082861--17083048	50	3.8	49	83	6	225	20	30	21	27	1.98
17082861--17083077	50	4.2	51	78	14	196	21	30	21	26	1.98
17089601--17089848	50	4.8	50	89	4	327	20	30	23	25	1.98
17091102--17091131	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
17097542--17097607	25	2.6	25	82	0	78	25	18	25	30	1.98
17120842--17120945	29	3.6	29	88	5	156	40	12	0	47	1.41
17121012--17121078	27	2.5	27	95	0	116	28	29	26	14	1.96
17121122--17121184	20	3.0	21	78	17	60	69	0	30	0	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17121113--17121184	8	8.8	8	71	26	53	69	0	30	0	0.89
17121118--17121207	39	2.4	37	85	12	112	68	0	30	1	0.96
17127622--17127658	19	1.9	19	88	0	56	62	10	2	24	1.41
17127656--17127696	3	13.7	3	100	0	82	68	31	0	0	0.90
17127775--17127813	20	2.0	21	85	10	55	66	7	0	25	1.18
17127955--17128057	27	3.8	27	90	0	152	16	28	29	26	1.97
17128127--17128224	27	3.5	28	90	5	146	47	1	12	38	1.48
17130817--17130917	47	2.1	47	80	3	114	30	18	15	34	1.93
17133320--17133601	41	6.8	41	78	7	282	23	17	24	35	1.95
17133319--17133614	84	3.6	84	88	1	427	23	17	23	35	1.95
17138548--17138634	36	2.3	38	80	5	97	29	27	3	39	1.73
17140375--17140399	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
17143655--17143956	43	7.1	43	78	4	225	26	19	22	31	1.97
17143738--17143955	84	2.6	85	80	2	242	26	18	22	32	1.97
17146906--17147319	115	3.6	115	89	0	594	27	20	20	31	1.97
17154654--17154683	13	2.3	13	100	0	60	0	20	0	80	0.72
17154654--17154691	14	2.8	13	85	14	51	0	21	0	78	0.74
17159632--17159696	17	3.4	19	70	18	53	63	0	1	35	1.04
17159793--17159847	25	2.2	26	81	15	62	32	0	1	65	1.03
17159864--17159907	16	2.8	16	79	6	54	29	0	4	65	1.12
17168378--17168418	21	1.9	22	90	5	66	56	0	7	36	1.27
17172342--17172416	38	2.1	36	82	7	89	18	16	20	45	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17172351--17172427	38	2.0	38	92	0	127	16	16	18	48	1.82
17173713--17173744	10	3.2	10	90	0	55	37	0	0	62	0.95
17173784--17173818	18	1.9	18	94	0	61	37	0	0	62	0.95
17174050--17174105	16	3.5	16	85	4	78	30	23	7	39	1.81
17174276--17174345	20	3.6	18	76	14	59	52	4	4	38	1.41
17174367--17174417	19	2.7	19	80	14	61	58	5	0	35	1.22
17174359--17174411	21	2.5	21	87	0	70	64	5	0	30	1.17
17175996--17176032	6	6.3	6	87	6	58	16	2	0	81	0.81
17175996--17176030	11	3.1	11	87	4	52	14	2	0	82	0.77
17175999--17176031	17	1.9	17	100	0	66	12	3	0	84	0.72
17176633--17176702	3	23.3	3	78	11	72	28	2	2	65	1.21
17177026--17177122	2	49.0	2	69	17	60	42	6	5	46	1.51
17177440--17177767	111	3.0	111	89	2	477	30	16	19	33	1.94
17181105--17181161	8	6.8	8	80	11	69	85	1	0	12	0.66
17181105--17181160	17	3.2	17	89	2	85	87	1	0	10	0.62
17181178--17181216	6	6.3	6	83	16	53	79	0	20	0	0.73
17182209--17182261	9	5.9	9	78	8	54	73	0	26	0	0.83
17182344--17182460	43	2.7	44	82	5	132	30	13	29	26	1.94
17183585--17185385	50	36.1	50	68	5	870	33	23	19	23	1.97
17184192--17184678	251	1.9	251	82	1	609	33	24	19	22	1.97
17184092--17184771	351	1.9	349	82	2	853	33	23	20	22	1.97
17184348--17185374	99	10.3	98	85	2	1142	33	23	20	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17185476--17185671	95	2.1	95	90	1	304	28	16	25	29	1.97
17187182--17187242	3	20.3	3	75	12	54	27	3	3	65	1.24
17187178--17187242	22	3.0	22	82	10	71	27	3	3	66	1.22
17187569--17187667	2	50.0	2	68	16	55	41	6	5	47	1.50
17187569--17187704	73	1.9	73	81	3	166	42	5	4	47	1.48
17187840--17187878	18	2.2	18	86	13	55	20	0	5	74	1.01
17191475--17191632	32	5.0	32	84	1	183	41	18	15	24	1.89
17191475--17191633	64	2.5	64	87	1	221	41	18	15	23	1.89
17191623--17191672	26	1.9	26	91	0	82	38	28	20	14	1.91
17191676--17191740	27	2.4	27	85	7	80	32	21	23	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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