genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

This is table  96  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28660729--28660776	15	3.2	14	81	18	53	70	0	18	10	1.15
28660739--28660778	15	2.6	16	85	14	57	70	0	20	10	1.16
28660742--28660782	16	2.5	17	84	11	50	70	0	19	9	1.14
28663013--28663065	26	2.0	27	85	3	72	28	20	20	30	1.98
28668147--28668179	16	2.1	16	88	11	50	60	0	21	18	1.36
28670521--28670545	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
28681189--28681545	183	2.0	183	92	0	597	28	4	35	31	1.77
28682594--28682707	27	4.2	28	82	7	130	40	23	14	21	1.90
28682875--28682977	26	4.0	26	80	0	98	18	20	26	34	1.95
28693103--28693144	16	2.7	15	79	20	50	47	2	0	50	1.14
28693695--28693733	20	2.0	20	85	10	53	33	7	0	58	1.26
28696801--28696845	22	2.0	22	83	8	56	42	4	0	53	1.21
28708176--28708226	23	2.2	23	89	0	75	27	7	21	43	1.80
28709438--28709552	53	2.2	53	85	0	149	27	24	32	15	1.95
28713648--28713673	8	3.2	8	100	0	52	34	0	0	65	0.93
28721432--28721485	23	2.3	24	75	9	58	40	11	0	48	1.39
28721717--28721741	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
28724208--28724269	27	2.3	27	83	2	81	17	20	20	40	1.92
28732651--28732695	22	2.0	22	83	8	56	31	2	17	48	1.59
28735686--28735884	99	2.0	100	92	2	330	47	8	11	32	1.70
28739688--28739726	20	2.0	20	85	10	53	10	38	23	28	1.87
28740331--28740396	34	1.9	34	96	0	123	28	12	9	50	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28741200--28741243	16	2.8	16	78	0	52	38	18	22	20	1.93
28743738--28743780	20	2.1	21	86	4	61	18	23	11	46	1.82
28744464--28744491	12	2.3	12	100	0	56	35	28	14	21	1.92
28748321--28748644	107	3.0	108	87	1	472	38	15	16	29	1.89
28771837--28772496	44	14.7	44	71	10	350	28	22	18	30	1.97
28771838--28772369	92	5.8	95	73	9	295	29	21	18	30	1.97
28771969--28772405	181	2.4	181	85	4	572	29	22	17	30	1.97
28772107--28772442	89	3.8	89	72	10	279	29	25	16	28	1.96
28778469--28778527	27	2.2	27	78	6	66	66	6	6	20	1.39
28778503--28778895	26	15.1	24	71	17	220	61	4	4	29	1.35
28778649--28778914	53	5.2	50	73	15	161	63	4	3	28	1.29
28778615--28778914	132	2.3	125	79	8	300	62	4	3	29	1.32
28778623--28778889	81	3.5	72	71	16	164	62	4	3	29	1.32
28778615--28778919	26	11.8	26	76	9	266	62	4	3	28	1.31
28778721--28778929	49	4.1	48	76	12	161	66	3	2	28	1.20
28787484--28787538	23	2.4	22	80	17	58	23	7	7	61	1.47
28791259--28791393	67	2.0	67	97	0	252	17	19	30	33	1.94
28791946--28792047	27	3.8	27	82	8	111	38	18	19	23	1.93
28791984--28792238	54	4.7	54	87	1	280	32	18	24	24	1.97
28792011--28792238	27	8.4	27	85	3	307	32	18	24	24	1.97
28792011--28792239	81	2.8	81	89	3	345	32	18	24	24	1.97
28792257--28792347	24	3.8	24	88	0	137	26	7	18	47	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28792431--28792495	27	2.4	27	85	14	91	18	24	24	32	1.97
28792449--28792501	27	2.0	27	85	7	72	20	26	22	30	1.98
28792542--28792709	32	5.3	32	82	3	196	23	17	18	39	1.92
28792538--28792694	64	2.5	64	87	0	233	23	18	18	39	1.92
28812163--28812201	17	2.2	17	86	4	51	53	5	2	38	1.37
28812197--28812297	40	2.6	38	81	12	116	48	8	2	39	1.50
28813918--28813967	26	1.9	25	84	8	64	36	18	8	38	1.80
28814206--28814243	9	4.1	10	83	16	55	21	18	0	60	1.36
28825424--28825604	50	3.6	50	90	0	281	25	24	30	19	1.98
28828504--28828530	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
28830231--28830345	44	2.7	43	78	14	112	24	18	27	29	1.98
28836336--28836388	25	2.1	25	89	0	79	43	13	22	20	1.86
28836343--28836393	25	2.0	25	92	0	84	39	13	21	25	1.90
28839851--28839932	36	2.3	36	83	8	96	15	12	30	41	1.84
28849856--28849899	23	1.9	23	95	0	79	40	9	18	31	1.81
28854783--28854815	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
28856236--28856298	30	2.1	30	84	0	81	58	14	3	23	1.50
28856328--28856370	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
28856335--28856375	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
28859279--28859344	21	3.2	21	67	16	66	31	9	24	34	1.87
28859276--28859358	40	2.1	40	97	0	157	34	9	21	33	1.86
28859432--28859466	15	2.3	15	90	0	52	71	8	2	17	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28861780--28861867	44	2.0	44	93	0	149	21	31	20	26	1.98
28862881--28862922	21	2.0	22	90	4	68	73	0	11	14	1.09
28876331--28876383	26	1.9	29	88	11	85	56	9	15	18	1.65
28876371--28876408	20	1.9	20	89	10	60	50	10	15	23	1.75
28876523--28876547	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
28882776--28882840	20	3.2	20	74	8	60	40	15	20	24	1.91
28884389--28884426	18	2.1	19	85	9	53	50	0	7	42	1.31
28884816--28884885	27	2.7	26	84	4	79	20	24	25	30	1.99
28889983--28890077	37	2.6	37	98	0	181	43	15	6	34	1.73
28891548--28891604	30	1.9	30	82	7	71	10	14	0	75	1.05
28891573--28891614	14	3.0	14	80	19	52	4	16	0	78	0.91
28903666--28903706	18	2.4	17	81	18	50	56	2	0	41	1.13
28909681--28909724	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
28931053--28931090	19	2.0	19	94	0	67	13	5	2	78	1.02
28932662--28932727	34	1.9	34	87	0	96	31	22	18	27	1.97
28935940--28935966	13	2.1	13	100	0	54	70	0	29	0	0.88
28942942--28942983	22	2.0	21	86	13	61	47	7	0	45	1.30
28943232--28943378	26	5.7	26	85	4	181	29	26	6	36	1.82
28943297--28943348	25	2.2	22	75	18	59	30	26	5	36	1.80
28943232--28943378	51	2.8	52	88	2	215	29	26	6	36	1.82
28947801--28947828	12	2.3	12	100	0	56	21	50	7	21	1.72
28954637--28954690	25	2.2	24	86	3	72	24	29	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28954654--28954733	25	3.3	25	75	13	69	27	21	17	33	1.96
28966116--28966158	19	2.3	19	80	15	54	11	18	41	27	1.85
28966369--28966601	27	8.6	27	88	0	340	34	21	20	22	1.97
28966611--28966692	24	3.5	24	85	5	96	21	7	25	45	1.78
28966761--28966819	27	2.2	26	85	14	77	22	25	22	30	1.99
28966863--28967065	32	6.4	32	88	2	275	20	18	21	40	1.92
28967057--28967120	22	2.9	21	73	13	58	17	20	17	45	1.86
28977037--28977168	30	4.4	30	90	0	183	42	15	27	15	1.86
28980040--28980064	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
28980604--28980646	3	14.7	3	85	4	52	32	6	0	60	1.23
28981783--28981813	6	5.2	6	92	0	53	16	48	16	19	1.81
28983589--28983882	27	10.9	27	84	5	319	21	16	20	41	1.90
28990893--28990929	17	2.2	17	90	0	56	27	24	5	43	1.76
28991721--28991767	22	2.1	22	84	0	58	46	17	17	19	1.84
28991808--28991857	26	1.9	26	91	0	82	38	26	20	16	1.92
28991845--28991908	27	2.4	27	85	12	80	31	23	25	20	1.98
28991994--28992059	24	2.8	24	90	0	105	48	22	3	25	1.65
28992103--28992647	27	20.2	27	85	3	589	20	17	21	40	1.91
28994625--28994700	13	5.8	13	87	0	98	32	7	25	34	1.85
28997772--28997816	19	2.4	19	84	0	63	31	2	2	64	1.18
28998432--28998594	59	2.8	57	80	10	186	42	1	3	52	1.27
29000677--29000736	13	4.6	13	85	8	86	33	5	23	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29001632--29001680	15	3.4	15	71	21	50	55	4	2	38	1.31
29001604--29001685	28	2.8	28	80	14	76	50	7	1	41	1.38
29004225--29004272	24	2.0	24	95	0	87	43	18	12	25	1.85
29004977--29005007	8	3.9	8	100	0	62	74	0	0	25	0.82
29005221--29005272	8	6.8	8	76	24	58	40	1	0	57	1.10
29005221--29005279	14	4.5	14	73	16	63	42	1	0	55	1.09
29005227--29005272	24	1.9	24	95	0	83	39	2	0	58	1.10
29012013--29012462	42	10.8	41	82	6	471	35	26	16	21	1.94
29012009--29012455	84	5.4	84	89	3	654	35	26	17	21	1.95
29017110--29017147	5	8.0	5	85	8	53	42	0	2	55	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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