Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

This is table  87  of  208  ( 24913 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.65
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
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Indels
Score
A
C
G
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Entropy
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0
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10
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1.73
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
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Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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T
Entropy
(0-2)
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19
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52
1.47
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
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Percent
Indels
Score
A
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Entropy
(0-2)
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58
39
12
0
48
1.41
25754349--25754388
15
2.7
15
88
3
55
57
2
0
40
1.12
25754366--25754459
22
4.0
23
73
15
70
60
1
0
38
1.04
25754464--25754522
16
3.7
16
71
10
50
50
1
1
45
1.21
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25754538--25754599
24
2.9
21
83
9
63
75
4
4
14
1.13
25756155--25756224
30
2.3
30
85
2
86
65
5
0
28
1.15
25756171--25756215
20
2.3
20
84
3
56
75
2
0
22
0.91
25756237--25756278
15
2.8
15
72
13
50
61
0
0
38
0.96
25762416--25762515
17
5.6
17
68
17
69
29
11
12
48
1.74
25762408--25762514
36
3.0
36
94
0
196
28
11
13
47
1.76
25762436--25762497
19
3.4
19
77
8
83
25
9
16
48
1.76
25763782--25763833
6
9.3
6
97
2
76
17
73
0
9
1.09
25767102--25767141
20
2.0
20
85
0
53
37
2
2
57
1.26
25786553--25786608
8
6.8
8
74
22
53
58
1
0
39
1.08
25792673--25792706
11
2.9
12
82
8
52
64
2
26
5
1.30
25797114--25797264
40
3.8
40
80
6
189
16
20
21
41
1.91
25797128--25797192
20
3.2
20
71
0
67
20
23
18
38
1.93
25805854--25805919
29
2.2
29
86
2
87
37
7
13
40
1.73
25809497--25809539
20
2.2
20
100
0
86
25
0
13
60
1.34
25812837--25812896
29
2.1
29
84
3
77
65
11
8
15
1.47
25816099--25816151
20
2.7
20
85
2
63
32
11
13
43
1.79
25828511--25828549
19
2.1
19
85
9
53
35
10
15
38
1.81
25831727--25831793
26
2.6
26
90
2
100
28
22
23
25
1.99
25845670--25845710
18
2.3
18
86
0
55
24
2
14
58
1.49
25846348--25846419
10
7.3
10
69
18
53
30
2
1
65
1.15
25848926--25849127
42
4.8
42
94
1
343
34
23
19
22
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25848926--25849127
85
2.4
84
94
1
352
34
23
19
22
1.97
25855872--25855993
52
2.4
48
77
17
122
53
1
4
40
1.32
25856111--25856160
13
3.8
13
84
10
66
46
2
10
42
1.49
25856112--25856169
26
2.2
26
81
6
64
50
1
10
37
1.47
25856387--25856517
67
2.0
67
98
0
253
45
13
4
35
1.64
25856577--25856612
16
2.2
16
95
0
63
52
8
11
27
1.65
25856653--25856691
10
3.9
10
89
0
60
58
0
0
41
0.98
25858821--25858886
7
9.3
7
88
1
87
43
51
0
4
1.22
25858809--25858884
21
3.7
20
80
7
80
48
46
0
5
1.24
25858802--25858886
28
3.0
28
84
1
107
47
45
0
7
1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208