genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7728942--7729060	43	2.8	43	84	3	134	32	26	13	27	1.94
7754991--7755041	4	11.8	4	80	15	57	70	0	29	0	0.87
7754984--7755045	13	4.8	13	81	13	65	74	0	25	0	0.82
7754984--7755042	9	6.7	9	81	11	59	72	0	27	0	0.84
7755171--7755550	100	3.7	100	84	7	460	26	0	14	59	1.37
7755761--7755835	21	3.5	20	71	10	51	30	4	5	60	1.38
7757595--7757628	6	5.7	6	92	0	59	32	32	32	2	1.73
7758051--7758158	48	2.2	48	83	3	128	45	9	9	36	1.68
7762828--7763153	46	7.6	46	81	14	392	28	22	14	34	1.93
7762963--7763117	36	4.0	36	79	15	166	29	20	13	36	1.91
7762828--7763153	128	2.5	133	80	14	398	28	22	14	34	1.93
7762917--7763153	82	2.9	82	95	0	411	29	21	13	35	1.91
7765180--7765221	21	2.0	21	85	0	57	45	11	4	38	1.62
7776453--7776489	3	12.3	3	88	0	56	29	32	2	35	1.72
7782709--7782755	19	2.4	19	76	13	51	4	17	6	72	1.22
7786618--7786683	32	2.1	32	100	0	132	27	24	6	42	1.78
7809923--7809965	21	2.0	23	81	9	54	44	11	11	32	1.77
7812192--7812227	9	4.1	9	89	3	56	30	11	13	44	1.79
7813413--7813557	34	4.3	34	81	0	164	41	13	22	22	1.89
7813429--7813557	68	1.9	68	86	0	186	41	14	21	22	1.90
7813810--7813847	14	2.8	13	92	7	67	36	10	5	47	1.61
7815768--7815811	17	2.6	17	85	0	61	29	20	15	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7818512--7818546	18	1.9	18	88	0	52	42	5	40	11	1.65
7823431--7823474	16	2.6	18	78	10	56	45	0	29	25	1.54
7825561--7825598	20	1.9	20	100	0	76	5	26	15	52	1.64
7828034--7828059	9	2.9	9	100	0	52	23	0	0	76	0.78
7828064--7828116	21	2.6	20	79	11	54	39	0	5	54	1.24
7828665--7828733	29	2.3	30	87	7	97	31	11	10	46	1.74
7829826--7830219	205	1.9	203	96	1	734	32	9	23	34	1.87
7831840--7831890	15	3.5	15	75	21	54	39	1	11	47	1.52
7832685--7832949	41	6.5	41	91	1	435	27	20	28	23	1.99
7832685--7832950	81	3.3	81	94	0	460	28	19	28	23	1.98
7832685--7832945	122	2.1	121	92	1	432	27	20	28	23	1.99
7833845--7833890	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
7842279--7842354	29	2.6	29	82	2	98	43	17	11	27	1.84
7842274--7842354	30	2.7	30	80	1	101	44	16	12	27	1.83
7847476--7847572	51	1.9	51	100	0	194	34	10	8	47	1.67
7861379--7861456	39	2.0	39	82	0	93	46	19	3	30	1.68
7865518--7865559	21	2.0	22	85	4	59	45	19	9	26	1.80
7878929--7878962	17	2.0	17	88	0	50	55	11	14	17	1.68
7880258--7880402	41	3.5	40	89	1	218	26	20	30	22	1.98
7884789--7884910	60	2.0	60	93	0	208	29	9	16	45	1.78
7885060--7885104	23	1.9	24	90	4	74	17	2	55	24	1.53
7894751--7894801	3	17.0	3	100	0	102	0	33	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7898055--7898108	28	1.9	28	92	0	90	7	31	5	55	1.51
7898149--7898198	22	2.2	23	78	7	57	20	16	14	50	1.78
7902381--7902443	28	2.2	28	88	0	90	31	4	15	47	1.67
7915525--7915628	30	3.6	28	78	16	81	58	5	2	32	1.36
7915766--7915809	17	2.6	17	85	3	63	47	0	11	40	1.39
7915717--7915843	60	2.1	58	76	8	130	54	1	10	33	1.44
7915938--7915966	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
7916309--7916358	19	2.6	19	93	0	91	38	16	10	36	1.82
7916980--7917159	99	1.8	99	87	2	272	27	26	18	27	1.98
7917411--7917573	44	3.7	45	79	9	185	29	25	19	25	1.98
7917655--7917881	44	5.2	44	63	10	131	18	22	30	28	1.97
7917573--7918062	88	5.6	88	90	0	737	18	23	28	28	1.98
7920197--7920257	26	2.3	26	83	10	72	59	3	13	24	1.49
7924159--7924202	17	2.6	17	85	3	63	47	0	11	40	1.39
7924326--7924361	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
7924687--7924771	19	4.0	23	82	13	69	40	16	5	37	1.73
7924723--7924777	19	2.9	19	100	0	110	41	14	5	38	1.69
7924687--7924777	38	2.2	41	84	11	116	40	15	6	37	1.73
7926815--7926897	29	2.7	30	75	17	91	34	0	15	49	1.45
7926816--7926899	32	2.8	30	82	12	93	35	0	14	50	1.43
7926886--7926990	30	3.6	28	77	8	84	33	4	15	46	1.66
7929155--7929206	24	2.3	23	81	15	63	7	19	0	73	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7929155--7929200	24	2.0	24	88	12	71	8	17	0	73	1.07
7936087--7936128	18	2.3	18	88	12	59	7	9	9	73	1.24
7937896--7937940	21	2.3	19	84	7	54	51	8	6	33	1.59
7938083--7938211	41	3.1	41	80	6	136	20	21	6	51	1.68
7957761--7957797	18	2.0	19	94	5	67	48	5	21	24	1.71
7959004--7959136	41	3.2	41	84	0	176	23	20	5	51	1.68
7962005--7962129	50	2.5	49	77	12	137	20	27	24	28	1.99
7963887--7963919	14	2.4	14	94	0	57	33	21	3	42	1.68
7964733--7964829	30	3.2	30	77	12	92	48	15	6	29	1.69
7964782--7964860	34	2.3	34	87	8	108	49	12	6	31	1.66
7966856--7966920	3	21.7	3	100	0	130	32	0	0	67	0.91
7967465--7967511	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
7971096--7971171	36	2.2	35	84	9	95	14	23	0	61	1.32
7971164--7971214	25	2.0	26	84	3	68	23	15	3	56	1.56
7972098--7972133	18	2.0	18	94	0	63	22	19	11	47	1.80
7973240--7973301	32	1.9	32	100	0	124	45	9	9	35	1.70
7986178--7986258	30	2.7	29	86	7	108	46	7	18	27	1.75
7990846--7990899	15	3.6	15	77	7	56	51	7	14	25	1.68
7993904--7993951	22	2.2	22	96	0	87	12	4	27	56	1.54
8004932--8005011	35	2.4	31	76	15	79	61	5	3	30	1.35
8008449--8008851	104	3.7	105	84	9	526	38	15	16	30	1.89
8008846--8009044	102	2.0	101	93	3	346	29	17	15	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8010495--8010561	31	2.2	31	86	0	89	43	13	10	32	1.78
8011318--8011347	6	5.0	6	95	0	51	20	16	30	33	1.94
8015264--8015295	6	5.7	6	85	14	50	87	0	12	0	0.54
8015262--8015295	11	3.1	11	95	0	59	88	0	11	0	0.52
8018059--8018113	21	2.6	21	91	0	92	21	9	40	29	1.84
8018981--8019163	30	6.2	30	95	2	334	36	10	0	51	1.41
8018981--8019163	59	3.1	59	95	0	330	36	10	0	51	1.41
8019209--8019300	43	2.1	44	93	2	159	9	53	4	32	1.54
8019276--8019319	7	6.6	7	89	10	74	13	45	0	40	1.44
8019246--8019381	30	4.4	30	73	14	105	10	52	3	33	1.53
8019371--8019404	13	2.6	13	90	0	59	14	41	0	44	1.45
8031022--8031067	18	2.6	18	86	6	58	43	0	2	54	1.12
8031016--8031175	31	5.3	30	65	22	93	42	0	4	53	1.21
8031084--8031135	22	2.4	21	79	17	54	38	0	5	55	1.24
8031125--8031160	16	2.3	16	95	4	65	47	0	5	47	1.25
8030917--8031209	122	2.4	122	96	1	536	43	0	4	52	1.23
8030917--8031258	122	2.9	116	88	8	451	42	0	4	52	1.26
8031422--8031454	16	2.1	16	94	0	57	21	33	6	39	1.78
8040239--8040268	8	3.8	8	100	0	60	53	23	10	13	1.69
8040254--8040303	23	2.2	23	100	0	100	50	18	8	24	1.73
8046806--8046838	16	2.1	16	88	5	50	48	0	0	51	1.00
8048052--8048093	15	2.6	16	88	7	59	33	0	2	64	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8048680--8048727	25	1.9	25	91	0	78	60	2	2	35	1.20
8052754--8052784	6	5.2	6	92	0	53	16	54	12	16	1.71
8052747--8052784	12	3.2	12	88	0	58	18	55	10	15	1.68
8053106--8053137	9	3.6	9	91	0	55	12	56	18	12	1.67
8059344--8059373	12	2.5	12	94	0	51	30	40	23	6	1.80
8059748--8059785	20	1.9	20	84	10	51	13	39	28	18	1.88
8065264--8065289	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
8065978--8066011	9	3.8	9	88	11	52	52	0	0	47	1.00
8068273--8068814	114	4.8	114	91	0	845	24	23	26	25	2.00
8068273--8068814	229	2.4	228	91	2	858	24	23	26	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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