genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25859831--25859866	18	2.0	18	89	10	56	69	5	0	25	1.10
25859835--25859874	18	2.2	19	86	4	55	70	5	0	25	1.08
25860062--25860134	39	1.9	38	83	5	94	26	24	17	31	1.97
25859974--25860457	114	4.2	112	77	8	388	26	24	16	32	1.96
25863936--25864007	35	2.1	35	97	0	135	45	19	15	19	1.85
25864722--25864887	66	2.6	65	82	6	185	39	15	19	25	1.91
25864941--25865126	64	2.8	65	72	3	167	40	17	20	22	1.91
25864935--25865143	66	3.2	65	72	4	197	39	17	19	22	1.92
25868038--25868080	24	1.9	22	86	13	61	55	0	2	41	1.12
25868009--25868122	62	1.9	59	87	5	165	51	3	4	40	1.39
25868116--25868176	25	2.4	26	81	10	72	52	4	4	37	1.45
25873428--25873477	9	5.6	9	82	0	64	44	0	30	26	1.55
25875656--25875718	32	2.0	32	93	0	108	39	0	9	50	1.35
25878077--25878112	16	2.2	16	95	0	63	38	2	5	52	1.39
25878122--25878152	16	1.9	16	93	0	53	38	0	0	61	0.96
25878287--25878587	83	3.6	82	81	4	302	27	14	13	44	1.82
25878289--25878587	165	1.8	164	81	5	379	27	14	13	44	1.82
25878407--25878670	89	3.0	89	78	7	197	28	12	13	45	1.80
25883706--25883752	22	2.0	24	88	8	71	42	2	6	48	1.40
25883727--25883762	16	2.2	16	90	0	54	41	2	2	52	1.30
25883789--25883825	6	6.2	6	100	0	74	32	0	0	67	0.91
25887396--25887440	22	2.0	22	83	8	56	40	6	0	53	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25889313--25889363	21	2.5	21	83	3	68	39	7	15	37	1.77
25894263--25894309	18	2.6	18	86	0	58	74	17	0	8	1.05
25899268--25899376	29	3.8	29	77	2	103	41	17	21	20	1.91
25899267--25899392	58	2.2	59	81	4	139	42	16	19	21	1.90
25899562--25899647	26	3.3	26	85	0	82	40	16	13	29	1.87
25899549--25899652	52	2.0	52	84	0	136	39	17	17	25	1.91
25902769--25902825	26	2.2	26	96	0	105	19	14	21	45	1.85
25902777--25902837	26	2.3	26	94	0	104	26	13	19	40	1.88
25922843--25923037	50	3.8	50	79	6	185	27	22	28	22	1.99
25923170--25923231	25	2.5	25	86	0	97	50	8	19	22	1.74
25931556--25931585	15	1.9	16	93	6	53	46	10	3	40	1.54
25932001--25932046	24	1.9	24	90	0	74	30	15	26	28	1.96
25941397--25941433	17	2.2	17	90	0	56	48	8	18	24	1.75
25952917--25952983	26	2.5	26	83	7	82	20	13	5	59	1.55
25955252--25955562	44	7.1	44	61	9	114	27	28	24	18	1.98
25955157--25955719	88	6.4	88	92	1	914	27	27	24	20	1.99
25956185--25956293	44	2.5	44	82	5	123	30	18	24	26	1.98
25956728--25956803	21	3.7	21	92	3	120	36	9	14	39	1.78
25962806--25962920	36	3.2	36	75	2	106	31	27	12	28	1.92
25962814--25962920	18	5.9	18	75	0	79	31	27	12	28	1.92
25975812--25975872	31	2.0	30	81	9	70	65	3	3	27	1.24
25987873--25987925	13	4.1	13	76	9	54	41	28	3	26	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25989319--25989414	40	2.3	40	81	10	106	20	23	20	34	1.97
25989343--25989406	20	3.2	20	70	0	56	15	21	23	39	1.92
25992501--25992530	15	2.0	15	100	0	60	46	20	13	20	1.83
26001730--26001869	51	2.8	50	76	3	138	31	15	19	33	1.93
26005246--26005319	24	3.1	24	80	0	85	24	22	8	44	1.80
26005807--26005839	13	2.5	14	85	14	52	42	12	0	45	1.41
26018532--26018668	50	2.7	50	81	0	139	26	20	29	24	1.99
26032211--26032271	25	2.4	25	81	10	72	39	3	0	57	1.15
26033158--26033182	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
26046105--26046202	27	3.6	27	81	0	88	18	27	20	33	1.96
26046287--26046402	40	2.7	43	84	6	148	25	21	11	41	1.86
26050640--26050763	62	2.0	62	95	0	221	37	19	17	25	1.94
26051121--26051259	61	2.3	61	87	2	199	20	17	22	39	1.92
26051379--26051456	30	2.6	30	86	8	97	17	19	24	38	1.93
26058447--26058964	277	1.9	281	85	2	731	35	12	11	39	1.80
26063542--26063602	30	2.0	30	84	6	79	68	0	0	31	0.89
26063544--26063600	10	5.6	10	82	10	71	68	0	0	31	0.90
26063534--26063673	9	14.9	9	69	19	56	62	0	3	32	1.17
26063541--26063682	27	5.3	26	70	8	88	63	0	3	33	1.11
26063635--26063682	14	3.1	17	75	25	61	64	0	0	35	0.94
26063567--26063675	22	5.0	22	75	14	77	61	0	4	33	1.16
26065814--26065871	27	2.2	27	87	3	82	36	15	25	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26070303--26070388	45	1.9	45	95	0	154	33	24	16	25	1.95
26070390--26070584	51	3.9	50	79	4	196	31	28	16	23	1.96
26073168--26073211	21	2.1	21	100	0	88	54	0	4	40	1.21
26077431--26077485	18	3.2	17	78	12	51	58	1	7	32	1.36
26077375--26077684	156	2.0	155	88	7	461	56	2	7	34	1.40
26077456--26077647	95	2.0	94	79	11	205	57	3	5	33	1.38
26077743--26077777	3	11.3	3	93	6	61	68	0	0	31	0.90
26079065--26079594	86	6.3	83	77	8	446	29	21	19	30	1.97
26079069--26079594	168	3.1	168	75	10	455	29	21	19	30	1.97
26079238--26079730	127	3.9	127	92	0	801	27	20	20	31	1.98
26079238--26079730	253	1.9	253	91	0	808	27	20	20	31	1.98
26084428--26084462	16	2.2	16	94	0	61	42	20	17	20	1.89
26086239--26086285	24	2.0	23	84	12	60	55	4	6	34	1.45
26086266--26086391	61	2.0	63	79	14	138	59	2	5	32	1.33
26086419--26086548	61	2.1	60	77	12	131	57	2	6	33	1.36
26086244--26086562	159	2.0	158	93	1	550	55	2	6	35	1.39
26086617--26086669	3	17.3	3	96	3	97	67	0	0	32	0.91
26087220--26087283	31	2.1	31	82	5	76	73	4	12	9	1.23
26087264--26087296	15	2.1	16	94	5	59	84	3	0	12	0.72
26088531--26088740	105	2.0	105	100	0	420	37	22	15	24	1.93
26091623--26091660	15	2.4	16	91	4	60	65	0	2	31	1.06
26091950--26091982	8	4.2	8	88	7	50	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26091950--26091982	15	2.1	16	88	5	50	36	0	0	63	0.95
26092082--26092245	90	1.8	90	84	2	222	31	9	19	39	1.83
26093242--26093283	22	1.9	22	85	9	59	47	7	23	21	1.75
26094898--26095004	34	3.1	34	62	19	78	41	20	9	28	1.83
26094873--26095011	68	2.0	68	97	0	260	40	23	8	28	1.84
26101750--26101796	24	1.9	25	91	4	78	23	8	8	59	1.54
26103354--26103399	18	2.5	19	82	13	60	19	2	26	52	1.58
26107643--26107698	9	6.2	9	82	0	76	41	26	12	19	1.87
26113076--26113301	117	1.9	118	97	0	427	41	7	23	26	1.81
26113242--26113357	57	2.0	57	94	0	205	37	6	24	32	1.80
26113316--26113434	39	2.8	45	72	16	124	36	8	21	34	1.83
26113311--26113446	46	3.1	46	71	18	144	33	8	22	36	1.83
26119489--26119540	23	2.3	23	93	3	88	34	7	25	32	1.84
26122406--26122451	20	2.3	21	81	11	60	63	4	8	23	1.42
26130991--26131028	19	2.0	19	85	10	51	39	5	13	42	1.66
26137017--26137083	33	2.0	33	94	0	116	28	7	22	41	1.80
26138384--26138443	3	20.0	3	96	0	111	33	1	33	31	1.68
26139377--26139546	82	2.1	81	82	4	198	38	15	7	38	1.77
26143086--26143150	34	1.9	34	96	0	121	27	24	23	24	2.00
26143427--26143656	27	8.6	27	90	2	356	36	14	16	32	1.89
26165199--26165231	11	3.0	11	83	16	50	36	27	0	36	1.57
26166635--26166676	22	2.0	20	90	4	57	35	9	14	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26174648--26174701	22	2.4	23	84	9	76	40	18	27	12	1.87
26182660--26182726	22	3.0	22	93	0	107	25	25	14	34	1.94
26196579--26196622	23	1.9	23	81	9	54	38	0	11	50	1.39
26204093--26204141	22	2.2	22	92	0	80	18	53	14	14	1.74
26209748--26209781	18	1.9	18	88	5	52	20	47	26	5	1.73
26213780--26213831	26	2.0	26	96	0	95	21	0	21	57	1.41
26236273--26236446	80	2.2	81	86	3	235	43	22	16	17	1.88
26236274--26236445	27	6.4	27	84	1	211	43	22	16	17	1.88
26236852--26236929	29	2.7	29	92	4	122	30	11	14	43	1.80
26238784--26238823	21	2.0	21	85	5	55	50	12	7	30	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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