genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.110.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  110  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33270161--33270215	18	3.2	17	77	10	58	65	1	0	32	1.03
33270159--33270208	9	5.7	9	75	13	50	66	2	0	32	1.03
33270168--33270229	17	3.5	17	74	12	54	59	1	1	37	1.17
33273927--33273966	20	2.0	21	90	5	64	35	0	5	60	1.19
33283668--33283724	30	1.9	30	92	0	96	42	26	12	19	1.86
33290680--33290736	30	1.9	30	88	0	87	38	26	12	22	1.89
33295348--33295440	46	2.0	46	89	0	141	36	19	18	25	1.94
33299380--33299415	14	2.6	14	95	0	63	19	8	5	66	1.38
33299746--33299839	46	2.0	46	95	0	170	35	22	19	23	1.96
33301091--33301159	20	3.5	20	75	20	83	47	7	2	42	1.46
33301106--33301203	17	5.8	17	68	21	62	53	3	3	40	1.32
33306243--33306321	25	3.2	23	65	16	59	25	12	18	43	1.86
33306325--33306413	23	4.0	22	72	17	69	16	8	22	51	1.72
33306432--33306520	23	4.0	22	73	17	78	17	7	22	51	1.71
33306319--33306576	107	2.4	107	99	0	507	23	6	23	46	1.76
33310628--33310767	47	3.0	47	71	17	157	45	2	3	48	1.34
33310677--33310815	44	3.1	44	69	17	140	46	2	3	46	1.35
33310629--33310787	47	3.5	45	71	14	137	44	2	3	49	1.33
33310613--33310922	44	7.1	44	65	24	133	46	2	3	47	1.33
33310736--33310890	75	2.0	78	90	3	244	47	2	3	47	1.32
33310816--33310869	15	3.9	15	72	16	53	48	0	1	50	1.11
33310613--33310819	91	2.3	91	95	0	371	45	2	3	47	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33310888--33310934	24	1.9	24	87	12	69	42	2	0	55	1.12
33310736--33310944	75	2.7	74	82	9	219	47	2	2	47	1.28
33311152--33311184	17	1.9	17	88	11	50	42	3	0	54	1.15
33311174--33311225	25	2.1	25	82	7	61	46	1	1	50	1.23
33310910--33311444	239	2.2	239	93	2	912	43	2	6	47	1.40
33311391--33311424	18	1.9	17	88	5	50	41	0	2	55	1.15
33310910--33311444	120	4.5	119	95	0	910	43	2	6	47	1.40
33312599--33312665	34	1.9	34	85	8	91	64	4	25	5	1.36
33314013--33314059	24	2.0	24	82	0	58	68	4	12	14	1.36
33314042--33314077	14	2.6	14	91	8	56	80	0	19	0	0.71
33333544--33333664	43	2.8	43	89	0	170	28	19	23	28	1.98
33345568--33345625	19	3.3	19	65	30	56	25	1	24	48	1.61
33345559--33345625	33	2.0	33	100	0	134	23	2	23	49	1.64
33348978--33349092	27	4.3	27	78	8	90	37	15	24	22	1.93
33354305--33354342	19	2.0	19	89	0	58	34	23	7	34	1.84
33354905--33354967	30	2.1	31	85	8	85	33	1	47	17	1.57
33355016--33355052	18	2.1	18	89	0	56	29	10	10	48	1.72
33358078--33358192	48	2.4	48	94	1	205	61	1	22	13	1.41
33363743--33364752	424	2.4	424	95	1	1776	33	11	19	35	1.88
33370438--33370483	15	3.1	15	84	6	58	45	0	8	45	1.34
33370939--33371024	20	4.4	20	81	5	81	10	25	22	41	1.85
33374161--33374195	11	3.0	12	91	4	54	74	0	25	0	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33384095--33384147	24	2.2	24	86	6	72	20	24	28	26	1.99
33398174--33398265	29	3.2	29	61	14	73	33	15	10	40	1.82
33403157--33403281	38	3.3	39	93	3	209	49	10	9	30	1.69
33409235--33409290	27	2.0	28	83	10	71	21	0	37	41	1.53
33414985--33415079	28	3.5	28	73	11	88	23	18	17	40	1.92
33415067--33415128	26	2.4	27	89	5	92	19	19	25	35	1.95
33414984--33415105	54	2.3	54	89	2	183	22	18	20	38	1.93
33415081--33415135	26	2.1	26	86	6	76	18	21	27	32	1.96
33417059--33417148	28	2.8	32	72	17	89	30	23	23	23	1.99
33417255--33417354	26	3.8	26	84	2	112	38	22	22	18	1.94
33417253--33417354	52	2.0	52	82	3	125	37	22	22	17	1.94
33417504--33417699	27	7.3	27	77	7	184	20	18	18	41	1.91
33417502--33417699	81	2.4	80	80	8	204	21	19	18	40	1.91
33418479--33418505	9	3.0	9	100	0	54	33	44	11	11	1.75
33423236--33423296	28	2.2	28	85	2	79	32	24	19	22	1.97
33423408--33423482	26	2.9	26	91	0	123	37	21	24	17	1.94
33424365--33424402	14	2.7	14	95	0	67	76	5	18	0	0.97
33431672--33431734	30	2.1	30	96	0	117	57	15	3	23	1.53
33434288--33434584	50	5.8	51	81	5	282	23	27	20	28	1.99
33437349--33437433	30	2.9	31	79	11	90	63	0	2	34	1.07
33437383--33437433	19	2.7	19	84	3	77	62	0	3	33	1.13
33437350--33437495	10	14.7	10	67	17	54	63	0	5	30	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33437531--33437572	11	3.9	11	87	3	59	28	7	0	64	1.20
33437680--33437774	20	4.8	20	75	8	70	26	4	3	66	1.25
33437761--33437831	28	2.5	28	82	11	81	38	4	1	56	1.28
33437713--33437856	9	15.6	9	69	19	66	33	3	1	61	1.21
33437969--33438237	91	3.0	88	85	6	339	32	10	20	36	1.87
33438656--33438687	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
33442375--33442408	18	1.9	17	94	5	59	26	11	14	47	1.79
33451866--33451910	15	3.0	15	90	0	72	64	6	8	20	1.44
33453568--33453759	80	2.4	80	82	6	232	27	17	9	45	1.79
33454533--33454560	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
33457133--33457173	21	2.0	21	85	0	55	63	2	0	34	1.08
33462505--33462543	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
33462792--33462988	50	4.0	50	85	2	236	20	29	22	26	1.99
33465950--33466224	43	6.4	43	87	2	363	29	26	17	26	1.97
33465951--33466287	43	7.9	43	85	1	291	32	26	15	25	1.96
33465950--33466287	86	3.9	85	83	2	347	31	26	15	25	1.96
33465950--33466287	129	2.6	129	81	3	351	31	26	15	25	1.96
33467291--33467321	15	2.1	15	93	0	53	19	0	38	41	1.51
33467291--33467411	7	17.0	7	68	13	59	22	0	37	40	1.54
33467349--33467410	29	2.1	30	79	8	74	24	0	35	40	1.55
33467328--33467379	21	2.5	22	87	6	72	23	0	34	42	1.54
33467291--33467411	15	8.5	14	68	14	52	22	0	37	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33469121--33469212	37	2.5	37	83	1	114	19	9	27	43	1.82
33469796--33469833	20	1.9	20	84	10	51	68	0	10	21	1.19
33469863--33469900	13	2.8	13	92	4	58	73	0	26	0	0.83
33474055--33474193	40	3.6	38	73	6	100	32	24	17	25	1.97
33474544--33474705	85	1.9	84	87	1	234	41	17	1	39	1.57
33475124--33475186	10	5.8	10	74	17	54	4	17	6	71	1.25
33480776--33480806	14	2.2	14	100	0	62	19	6	29	45	1.75
33481068--33481097	12	2.5	12	94	0	51	13	23	20	43	1.86
33484999--33485623	121	5.2	121	97	0	1144	43	2	5	48	1.39
33485841--33485893	16	3.2	16	94	5	97	37	37	0	24	1.56
33488743--33488879	41	3.5	40	74	13	131	33	24	17	24	1.96
33489287--33489339	16	3.3	16	94	0	97	37	5	33	22	1.78
33489321--33489413	44	2.1	46	93	4	163	27	4	31	36	1.76
33489321--33489426	39	2.5	44	85	11	141	29	3	32	34	1.75
33489666--33489738	10	7.9	10	66	17	50	56	1	0	42	1.08
33489553--33489788	120	2.0	119	91	4	390	51	5	1	42	1.32
33491581--33491611	4	7.8	4	92	0	53	25	3	22	48	1.66
33495253--33495293	6	6.5	6	89	10	64	34	0	14	51	1.43
33495259--33495289	14	2.2	14	100	0	62	35	0	12	51	1.40
33495253--33495301	14	3.8	13	79	15	57	32	0	16	51	1.45
33495252--33495293	20	2.1	20	100	0	84	35	0	14	50	1.43
33498370--33498399	15	1.9	16	93	6	53	3	13	0	83	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33498963--33498992	12	2.4	13	94	5	53	66	0	10	23	1.21
33500913--33500957	20	2.2	21	84	4	56	37	2	6	53	1.40
33504013--33504043	14	2.3	14	94	5	55	70	12	16	0	1.16
33504972--33505022	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
33505021--33505063	3	14.3	3	100	0	86	0	0	32	67	0.91
33509677--33509710	18	1.9	17	88	5	50	76	5	5	11	1.14
33509722--33509755	7	4.9	7	86	13	52	85	0	11	2	0.71
33509661--33509742	38	2.2	38	86	6	114	75	6	7	10	1.18
33509715--33509755	14	2.8	15	85	14	59	82	0	12	4	0.81
33510537--33510575	9	4.6	9	87	12	64	79	0	10	10	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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