genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

This is table  190  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58059512--58059575	13	4.5	13	76	16	65	37	1	42	18	1.60
58059645--58060006	30	12.1	30	83	11	408	52	0	9	37	1.37
58059686--58059895	25	7.5	26	83	11	181	50	0	9	39	1.39
58059645--58060006	29	12.1	29	78	12	301	52	0	9	37	1.37
58059857--58059936	40	2.0	40	92	0	133	56	0	8	35	1.30
58059803--58059989	99	1.9	99	97	0	356	52	0	10	36	1.36
58060322--58060399	39	2.0	39	97	0	147	53	8	15	21	1.69
58062616--58062686	2	35.5	2	100	0	142	49	0	0	50	1.00
58064549--58064590	20	2.1	20	86	0	57	50	4	28	16	1.66
58067425--58067473	7	7.3	7	86	9	75	69	0	16	14	1.19
58067425--58067473	13	3.6	14	83	10	75	69	0	16	14	1.19
58067425--58067473	20	2.5	20	96	0	89	69	0	16	14	1.19
58068897--58070073	44	26.7	44	69	13	396	30	19	22	28	1.98
58068897--58069361	218	2.1	218	89	3	722	30	19	22	27	1.98
58069072--58069410	175	2.0	171	87	5	493	30	20	21	27	1.98
58069317--58069508	98	2.0	98	87	4	280	33	18	19	28	1.95
58069415--58069660	129	1.9	129	89	3	388	29	20	21	28	1.98
58069472--58070081	218	2.8	219	88	2	926	29	18	22	28	1.98
58068717--58069946	620	2.0	620	96	0	2271	30	19	22	28	1.98
58070938--58070968	8	4.0	8	91	8	55	12	0	0	87	0.55
58070940--58070968	15	1.9	15	100	0	58	10	0	0	89	0.48
58074422--58074447	13	2.0	13	100	0	52	23	7	7	61	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58078707--58078755	21	2.3	21	92	0	80	32	34	8	24	1.85
58082691--58082717	6	4.5	6	100	0	54	37	29	0	33	1.58
58084243--58084295	27	2.0	27	92	0	88	20	22	28	28	1.99
58084274--58084484	33	5.8	34	70	20	131	21	19	26	32	1.97
58084270--58084487	76	2.9	76	88	0	310	22	19	26	31	1.98
58091702--58091753	27	1.9	27	100	0	104	19	23	30	26	1.98
58091706--58092003	33	8.8	33	71	21	190	20	20	27	32	1.97
58091837--58091890	27	2.0	28	96	3	101	20	24	29	25	1.99
58091766--58091966	103	2.0	103	93	0	348	20	19	26	32	1.97
58099179--58099226	21	2.2	22	92	3	80	47	33	14	4	1.63
58102156--58102204	24	2.0	24	96	0	89	24	18	28	28	1.98
58108766--58108799	4	8.5	4	86	0	50	20	0	2	76	0.92
58108882--58108940	3	18.7	3	76	10	55	25	5	1	67	1.20
58108939--58108964	9	2.9	9	100	0	52	34	0	0	65	0.93
58110901--58110936	18	2.0	18	100	0	72	22	27	27	22	1.99
58115810--58115850	16	2.5	17	88	4	57	39	34	2	24	1.69
58116753--58116786	16	2.1	16	100	0	68	38	0	11	50	1.39
58118775--58118824	26	1.9	26	91	0	82	40	0	24	36	1.55
58118764--58118824	26	2.5	24	83	5	77	42	0	24	32	1.55
58118874--58118971	17	5.4	17	66	13	61	33	3	13	50	1.57
58118890--58118954	20	3.4	19	69	14	62	35	4	15	44	1.67
58118865--58118977	37	3.1	37	96	1	201	33	4	14	47	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58118978--58119076	9	10.6	9	88	4	117	22	6	31	40	1.78
58118978--58119077	18	5.3	18	83	9	137	22	6	31	41	1.78
58119266--58119423	43	3.7	41	76	7	120	26	29	16	27	1.97
58119449--58119500	25	2.2	25	83	10	65	44	1	5	48	1.38
58119686--58119776	43	2.1	43	85	2	121	45	9	10	34	1.73
58120576--58120642	13	5.1	13	82	10	91	31	7	25	35	1.84
58120576--58120640	27	2.4	27	80	12	89	32	7	24	35	1.84
58128779--58128804	12	2.2	12	100	0	52	50	7	15	26	1.71
58130637--58130685	22	2.2	21	79	10	53	75	6	2	16	1.09
58131241--58131287	15	3.3	15	82	8	62	38	36	0	25	1.56
58131672--58131908	41	5.9	41	80	3	264	26	29	22	20	1.99
58131672--58131908	79	3.0	79	83	1	285	26	29	22	20	1.99
58131931--58131986	29	1.9	29	100	0	112	3	10	33	51	1.54
58131931--58131975	13	3.0	16	68	18	51	4	8	35	51	1.54
58132645--58132732	44	2.0	44	88	0	131	27	26	10	36	1.88
58136075--58136112	2	19.5	2	86	5	51	52	5	0	42	1.24
58136074--58136106	17	1.9	17	93	0	57	54	6	0	39	1.25
58137057--58137141	24	3.6	24	67	12	68	35	5	3	55	1.41
58142899--58143219	44	7.2	45	72	13	189	28	26	22	23	1.99
58142852--58143181	44	7.5	44	71	14	203	27	26	22	23	1.99
58142839--58143219	89	4.3	89	85	2	489	28	25	22	23	1.99
58143265--58143754	50	9.8	50	71	2	306	30	21	21	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58143265--58143753	100	4.9	100	83	0	577	30	21	21	25	1.98
58143265--58143689	150	2.8	149	73	3	395	31	21	21	25	1.98
58143781--58144025	129	1.9	129	83	3	323	31	22	19	26	1.97
58145481--58145551	28	2.6	28	88	2	108	14	21	7	57	1.60
58145887--58145971	24	3.6	24	67	12	68	35	5	2	56	1.36
58148265--58148299	18	1.9	19	88	11	56	31	11	0	57	1.34
58148352--58148390	12	3.2	12	77	0	51	43	10	0	46	1.37
58160854--58161430	100	5.8	100	89	0	740	31	22	22	23	1.98
58160854--58161402	50	11.0	50	76	1	492	30	22	22	23	1.99
58162509--58162553	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
58163764--58163809	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
58164575--58164695	58	2.1	59	98	1	235	42	12	13	32	1.81
58165601--58165673	38	1.9	38	83	10	96	60	5	5	28	1.42
58178410--58178483	39	1.9	39	84	13	100	60	5	5	28	1.41
58181627--58181661	18	1.9	19	88	11	56	31	11	0	57	1.34
58181712--58181750	12	3.2	12	77	0	51	43	10	0	46	1.37
58184478--58184506	14	2.1	14	100	0	58	13	6	20	58	1.58
58186399--58186444	20	2.3	20	85	3	58	50	0	2	47	1.13
58186612--58186684	27	2.7	27	72	16	69	56	0	4	39	1.19
58188933--58188979	22	2.2	22	85	11	62	65	10	14	8	1.45
58189816--58189857	4	10.5	4	94	0	75	23	0	2	73	0.94
58194072--58194106	12	2.9	12	86	0	52	22	8	2	65	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58200504--58200550	20	2.3	20	81	3	58	53	6	25	14	1.65
58201864--58201917	27	2.0	27	100	0	108	14	18	29	37	1.91
58202722--58202812	26	3.4	27	73	20	66	76	5	7	9	1.14
58202788--58202817	7	4.4	7	91	8	53	86	0	13	0	0.57
58202788--58202817	13	2.2	14	94	5	53	86	0	13	0	0.57
58205010--58205175	88	1.9	87	81	7	201	26	23	24	25	2.00
58205153--58205273	44	2.7	43	82	5	152	27	16	27	28	1.97
58205242--58205575	44	7.6	42	67	13	142	30	19	23	26	1.98
58205241--58205599	131	2.7	131	89	1	533	30	20	23	25	1.99
58205617--58205866	49	5.1	49	74	7	195	35	22	17	25	1.95
58205578--58205828	97	2.6	97	88	1	349	35	21	19	23	1.96
58205613--58205860	97	2.5	97	88	0	352	35	22	17	24	1.95
58205861--58206601	44	17.1	44	69	11	307	29	20	23	26	1.99
58205861--58206608	218	3.5	218	89	2	1121	29	20	23	26	1.99
58206181--58206344	89	1.8	89	81	5	206	27	21	25	25	2.00
58206614--58206732	50	2.4	49	76	8	123	32	21	18	27	1.96
58207025--58207071	23	2.1	22	84	11	60	74	8	0	17	1.05
58208234--58208269	18	1.9	19	88	5	56	33	8	0	58	1.28
58217502--58217593	24	3.8	24	89	0	139	23	29	14	32	1.94
58231435--58231556	58	2.1	58	81	9	140	39	11	7	41	1.69
58233362--58233418	20	2.9	19	82	12	71	24	1	3	70	1.13
58233354--58233424	21	3.4	21	81	11	83	23	1	8	66	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58238102--58238137	18	1.9	19	88	5	56	52	0	22	25	1.47
58247279--58247304	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
58248510--58248547	20	1.9	20	94	0	67	50	2	7	39	1.46
58248532--58248566	15	2.3	15	90	0	52	48	0	0	51	1.00
58257312--58257351	19	2.2	19	86	4	55	25	7	2	65	1.32
58257366--58257419	22	2.4	23	79	14	67	20	9	7	62	1.48
58257569--58257599	12	2.6	12	94	0	53	32	16	6	45	1.72
58258539--58258580	19	2.2	19	86	0	57	38	9	30	21	1.85
58258546--58258583	19	2.0	19	94	0	67	39	5	34	21	1.76
58258612--58258692	41	2.0	42	87	7	121	25	25	30	17	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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