genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13622908--13623128	51	4.4	50	78	6	221	29	12	25	31	1.93
13622904--13623091	51	3.7	49	81	7	234	28	14	25	31	1.95
13622911--13623128	101	2.1	102	80	5	237	30	12	25	31	1.93
13626982--13627111	61	2.2	60	83	9	151	53	6	3	36	1.46
13629597--13629621	10	2.5	10	100	0	50	24	12	0	64	1.27
13631709--13631799	27	3.4	27	89	0	110	17	16	21	43	1.87
13632016--13632056	10	4.3	10	78	9	50	17	43	21	17	1.87
13636701--13636738	18	2.1	19	85	5	51	26	5	10	57	1.53
13677808--13677881	25	3.0	25	84	4	78	27	25	18	28	1.98
13677845--13677894	25	2.1	24	85	7	66	30	22	22	26	1.99
13684482--13684534	24	2.2	24	86	0	70	28	28	20	22	1.99
13684482--13684546	24	2.7	23	72	9	58	29	29	21	20	1.98
13688369--13688535	30	5.6	30	78	6	88	39	13	26	20	1.89
13688397--13688531	30	4.5	31	78	10	122	40	12	26	20	1.88
13688397--13688627	100	2.5	89	76	16	232	39	12	26	21	1.89
13688435--13688632	100	2.0	99	88	1	297	37	13	26	21	1.91
13688586--13688652	30	2.2	30	83	0	89	34	10	26	28	1.90
13695903--13695946	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
13715697--13715796	29	3.4	29	84	4	119	24	28	10	38	1.87
13715658--13715796	30	4.7	29	80	7	136	23	26	12	37	1.90
13720958--13721291	51	6.6	50	78	5	294	30	26	14	28	1.95
13720948--13721291	102	3.4	102	85	2	444	30	26	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13724314--13724430	42	2.7	43	81	9	112	31	25	12	29	1.93
13724359--13724459	47	2.1	47	81	3	114	31	25	14	27	1.95
13724533--13724559	12	2.2	12	100	0	54	51	22	0	25	1.48
13731403--13731450	14	3.4	14	71	5	51	60	22	6	10	1.52
13731400--13731472	29	2.4	30	93	4	121	61	21	5	10	1.49
13731410--13731467	16	3.8	16	71	13	59	60	24	6	8	1.51
13731569--13731620	24	2.2	24	89	0	77	53	7	3	34	1.48
13748868--13748901	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
13751578--13751603	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
13752355--13752414	30	2.0	31	86	3	86	41	1	36	20	1.62
13752628--13752664	9	4.1	9	85	0	56	29	8	13	48	1.71
13754480--13754509	14	2.1	15	93	6	53	20	6	13	60	1.55
13758837--13758904	32	2.1	32	100	0	136	33	19	8	38	1.82
13771947--13771986	21	1.9	21	89	0	62	15	27	2	55	1.53
13773239--13773273	11	3.2	11	88	11	54	28	0	0	71	0.86
13779004--13779602	27	22.1	27	83	1	642	42	21	17	19	1.90
13782418--13782454	19	1.9	19	89	10	58	35	24	0	40	1.55
13798767--13798799	16	2.0	17	88	5	50	27	3	18	51	1.60
13813055--13813096	21	2.0	21	86	4	59	30	4	16	47	1.67
13816042--13816076	15	2.3	15	100	0	70	20	31	25	22	1.98
13816313--13816352	16	2.5	16	83	0	53	82	2	7	7	0.92
13820892--13820993	39	2.6	39	93	0	168	20	23	34	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13822220--13822269	25	2.0	25	100	0	100	20	16	12	52	1.75
13822567--13822696	65	2.0	65	100	0	260	32	7	27	32	1.85
13824479--13824668	45	4.2	45	86	2	274	35	17	20	26	1.94
13831014--13831062	24	1.9	27	88	12	77	53	10	0	36	1.35
13834458--13834741	41	6.9	41	83	3	338	20	18	29	31	1.96
13834458--13834741	83	3.5	81	83	4	345	20	18	29	31	1.96
13835101--13835144	14	3.1	14	83	3	52	22	0	36	40	1.54
13835090--13835138	14	3.4	14	80	5	62	22	0	38	38	1.54
13835085--13835165	21	3.8	21	73	11	67	22	0	38	39	1.54
13835599--13835664	7	9.3	7	75	8	62	19	0	36	43	1.51
13835599--13835645	21	2.2	21	92	0	76	21	0	34	44	1.52
13835766--13835810	7	6.4	7	89	0	54	17	17	37	26	1.93
13837898--13838140	50	4.8	50	93	0	405	20	31	23	25	1.98
13842457--13842539	22	3.7	22	69	12	78	26	8	10	54	1.64
13842541--13842750	105	2.0	105	96	0	384	26	17	12	43	1.85
13844221--13844280	31	2.0	31	96	3	113	46	13	3	36	1.60
13844073--13844557	264	1.8	267	93	2	852	36	9	5	48	1.59
13844485--13844634	30	4.8	30	72	14	108	44	13	4	38	1.62
13844568--13844641	30	2.5	30	88	0	112	41	12	5	40	1.65
13844891--13844930	21	1.9	21	89	0	62	35	25	37	2	1.69
13845324--13845439	58	2.0	57	88	1	169	25	18	30	25	1.98
13845381--13845526	43	3.4	43	88	1	222	29	17	29	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13847282--13847492	43	4.9	43	72	8	158	33	23	14	28	1.94
13849649--13849748	40	2.5	40	77	4	103	36	21	24	19	1.95
13849785--13849974	41	4.6	41	88	6	251	21	21	26	31	1.98
13854232--13854322	43	2.1	43	87	2	130	34	12	9	43	1.75
13854588--13854900	43	7.3	42	80	6	283	23	17	30	28	1.97
13854647--13854900	86	3.0	86	90	3	379	24	17	30	27	1.97
13857007--13857039	16	2.1	16	94	0	57	36	6	33	24	1.80
13857272--13857306	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
13857252--13857864	120	5.1	120	93	1	985	50	5	1	42	1.35
13857510--13857546	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
13857602--13857642	13	3.2	12	80	12	55	58	0	0	41	0.98
13857635--13857688	18	3.1	17	84	7	56	51	5	0	42	1.25
13857258--13857863	241	2.5	240	91	0	980	50	5	1	42	1.35
13859595--13859645	13	3.9	13	76	0	57	33	17	7	41	1.79
13862444--13862548	40	2.6	40	75	8	106	33	6	4	55	1.47
13864265--13864309	18	2.4	18	92	3	72	15	4	4	75	1.12
13864655--13864697	14	2.9	16	76	16	56	34	41	0	23	1.55
13864736--13864768	14	2.3	15	89	5	50	45	39	0	15	1.46
13865141--13865618	40	12.1	40	76	7	456	28	23	20	28	1.99
13865145--13865489	120	2.9	120	89	1	505	29	23	19	28	1.98
13866858--13866882	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
13870305--13870352	21	2.3	21	76	16	55	54	6	2	37	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13870709--13870776	20	3.5	19	83	16	79	41	0	7	51	1.30
13876558--13876582	13	1.9	13	100	0	50	40	20	8	32	1.81
13878884--13878937	6	9.0	6	97	0	99	48	0	35	16	1.47
13882908--13882939	16	2.0	16	93	0	55	46	0	6	46	1.27
13882892--13883420	287	1.8	286	95	0	916	44	6	7	40	1.60
13891839--13891884	13	3.6	13	85	2	58	19	4	0	76	0.96
13896779--13896808	2	14.5	2	93	6	51	46	3	0	50	1.18
13903089--13903128	20	2.0	20	95	0	71	52	0	12	35	1.39
13908845--13908872	9	3.1	9	100	0	56	67	10	10	10	1.42
13917598--13917657	30	2.0	31	96	3	113	26	21	6	45	1.77
13918978--13919065	28	3.1	28	91	6	133	29	0	30	39	1.57
13918987--13919079	30	3.2	30	90	6	138	31	0	30	38	1.58
13920090--13920126	18	2.1	17	90	5	56	72	0	0	27	0.84
13920081--13920155	28	2.7	27	74	12	71	69	1	1	28	1.05
13920176--13920206	5	6.0	5	92	7	53	0	41	58	0	0.98
13923565--13923596	12	2.7	12	95	0	55	71	0	3	25	1.00
13923737--13923793	15	3.5	15	69	17	51	45	0	3	50	1.18
13935947--13936042	40	2.4	39	81	13	106	41	19	29	9	1.83
13935969--13936043	20	3.8	20	90	0	114	41	21	28	9	1.84
13936335--13936361	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
13936359--13936385	4	6.8	4	100	0	54	51	0	22	25	1.48
13941528--13941581	27	2.0	27	82	13	67	25	20	9	44	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13944590--13944692	29	3.4	29	77	12	98	23	15	24	36	1.93
13946780--13946824	19	2.6	17	86	10	56	62	0	0	37	0.96
13946791--13946834	19	2.2	20	92	4	72	65	4	0	29	1.12
13947784--13947818	18	1.9	18	94	0	61	68	0	0	31	0.90
13952899--13952929	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
13952982--13953018	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
13953237--13953295	29	2.0	31	83	6	77	18	38	1	40	1.61
13955066--13955138	29	2.6	29	76	10	69	38	6	8	46	1.60
13968476--13968557	40	2.0	40	100	0	164	34	20	19	25	1.96
13975156--13975226	36	2.0	36	94	0	124	42	16	19	21	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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