genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59367176--59367248	20	3.7	20	79	5	76	58	4	0	36	1.17
59367230--59367279	25	2.0	25	84	0	64	56	2	0	42	1.11
59370928--59370964	11	3.2	12	85	11	51	32	5	5	56	1.45
59378089--59378114	9	2.9	9	100	0	52	19	0	0	80	0.71
59378948--59378988	16	2.5	16	88	11	57	17	9	2	70	1.25
59379007--59379056	26	2.0	27	84	11	70	26	10	10	54	1.65
59383249--59383294	20	2.3	20	80	0	56	78	6	2	13	1.04
59384164--59384196	14	2.4	14	94	0	57	72	0	15	12	1.12
59385440--59385748	88	3.5	88	86	0	429	30	23	21	24	1.99
59387642--59387682	16	2.5	16	88	11	57	14	9	4	70	1.30
59387701--59387750	26	2.0	27	84	11	70	26	10	10	54	1.65
59388988--59389029	16	2.6	16	88	0	57	9	47	16	26	1.77
59390874--59391819	54	17.5	54	79	2	824	27	19	14	38	1.91
59390874--59391821	108	8.8	108	80	2	907	27	19	14	38	1.91
59391799--59391936	68	2.0	68	85	0	186	29	16	13	39	1.87
59392571--59392672	32	3.2	31	89	6	143	39	9	17	33	1.83
59394338--59394377	20	2.0	20	90	9	64	52	0	0	47	1.00
59399137--59399189	13	4.1	13	80	9	72	37	26	7	28	1.83
59399625--59399664	11	3.6	11	82	0	53	20	10	10	60	1.57
59399595--59399672	22	3.6	21	76	6	75	16	7	14	61	1.55
59405639--59405668	16	1.9	16	93	6	53	30	0	3	66	1.07
59406249--59406278	15	1.9	16	93	6	53	63	0	6	30	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59406588--59406662	28	2.8	25	77	16	71	34	5	1	58	1.29
59408434--59408466	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
59415845--59415890	16	2.9	16	90	3	67	76	4	19	0	0.96
59422535--59422663	30	4.4	28	73	14	91	34	3	11	50	1.54
59424055--59424095	20	2.0	21	86	13	59	58	0	7	34	1.26
59424946--59424983	19	2.0	19	85	10	51	73	7	2	15	1.17
59426936--59426967	2	16.0	2	93	0	55	46	3	0	50	1.17
59442311--59442400	6	15.3	6	71	11	53	16	3	3	76	1.05
59442311--59442369	28	2.1	28	81	12	68	16	3	1	77	0.98
59448866--59448904	19	2.0	20	85	9	55	43	10	12	33	1.77
59448891--59448933	22	2.0	22	85	0	59	39	16	4	39	1.69
59454182--59454294	20	5.5	20	71	10	93	23	8	7	59	1.54
59454964--59455091	20	6.4	20	70	3	69	53	13	12	21	1.72
59455113--59455166	20	2.8	20	80	2	56	61	9	9	20	1.54
59455213--59455317	21	5.2	21	77	15	89	58	4	15	21	1.56
59455213--59455299	39	2.2	39	85	4	111	56	5	14	22	1.60
59455233--59455371	20	6.9	19	68	14	75	56	5	17	20	1.61
59455195--59455371	60	2.9	57	74	11	140	54	6	17	20	1.65
59455234--59455304	20	3.6	20	78	14	85	53	5	16	23	1.64
59455702--59455743	20	2.2	20	91	4	68	52	0	21	26	1.47
59459382--59459527	75	1.9	75	88	0	220	30	22	24	22	1.99
59461480--59461576	37	2.6	37	87	8	126	41	30	15	12	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59474854--59474896	22	2.0	22	100	0	86	23	25	13	37	1.92
59476830--59476880	24	2.1	24	100	0	102	27	21	15	35	1.94
59477918--59477956	21	1.9	21	89	5	62	41	2	15	41	1.61
59480317--59480361	13	3.5	12	77	16	54	75	0	0	24	0.80
59480318--59480365	19	2.6	18	81	12	62	75	0	0	25	0.81
59480308--59480365	5	11.0	5	84	14	57	75	0	1	22	0.89
59484475--59484529	21	2.6	21	88	0	83	29	32	10	27	1.91
59485633--59485703	35	2.0	35	97	0	133	25	21	25	28	1.99
59486861--59486905	21	2.2	21	92	4	74	51	17	6	24	1.70
59489092--59489134	15	2.9	15	86	10	61	65	2	2	30	1.18
59489092--59489134	14	3.0	13	83	16	50	65	2	2	30	1.18
59492392--59492432	19	2.1	20	86	4	57	56	2	9	31	1.45
59499020--59499060	19	2.1	20	86	4	57	56	2	9	31	1.45
59502943--59502967	11	2.3	11	100	0	50	8	0	0	92	0.40
59503623--59503699	25	3.1	25	100	0	154	32	19	23	24	1.97
59508190--59508239	2	25.0	2	87	0	73	6	0	44	50	1.26
59511830--59511874	22	2.0	22	100	0	90	33	17	13	35	1.89
59517300--59517357	27	2.1	27	90	0	89	58	10	1	29	1.41
59517493--59517533	19	2.2	19	86	0	55	7	14	7	70	1.31
59518431--59518475	22	1.9	24	86	13	67	40	0	6	53	1.27
59521260--59521292	14	2.5	14	90	9	52	24	9	27	39	1.85
59521210--59521430	51	4.4	51	82	4	259	24	16	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59521210--59521430	101	2.2	101	86	2	300	24	16	28	30	1.97
59530326--59530377	20	2.6	20	78	6	61	38	9	5	46	1.61
59533607--59533661	24	2.2	25	87	3	76	36	21	21	20	1.95
59533599--59533661	24	2.6	24	82	5	74	39	20	20	19	1.92
59533654--59533735	25	3.4	25	74	6	78	29	20	28	21	1.98
59550027--59550053	5	5.4	5	100	0	54	62	18	0	18	1.32
59550219--59550273	28	2.0	28	85	7	76	23	10	9	56	1.62
59551009--59551061	20	2.7	19	82	8	61	22	3	1	71	1.12
59563300--59563842	44	12.6	44	71	10	286	29	20	22	28	1.98
59563301--59564265	217	4.5	217	85	5	1268	28	20	22	28	1.98
59563814--59563867	27	2.0	27	92	7	92	18	22	25	33	1.97
59564014--59564134	44	2.7	44	79	13	140	28	19	25	26	1.99
59563424--59564260	417	2.0	417	87	0	1219	28	19	22	28	1.98
59564614--59564640	5	5.4	5	100	0	54	62	18	0	18	1.32
59564806--59564860	28	2.0	28	85	7	76	25	10	9	54	1.64
59565904--59566012	37	3.0	37	93	2	177	24	22	16	36	1.94
59565976--59566244	52	5.2	52	89	6	406	27	23	14	34	1.94
59565976--59566244	98	2.7	98	91	4	421	27	23	14	34	1.94
59570345--59570443	33	3.0	32	82	5	117	20	23	28	28	1.99
59574466--59574581	43	2.7	42	82	16	148	20	19	31	28	1.97
59574863--59574912	24	2.1	24	96	0	91	28	18	14	40	1.89
59575415--59575460	23	2.0	23	83	8	58	39	6	17	36	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59583908--59583984	38	2.0	38	100	0	154	41	12	10	35	1.78
59591190--59591224	15	2.3	15	90	0	52	8	14	20	57	1.63
59592773--59592806	17	1.9	18	88	5	52	35	32	26	5	1.81
59604062--59604394	165	2.0	166	88	3	501	27	21	21	30	1.98
59604520--59604577	2	29.5	2	96	3	109	50	0	0	50	1.00
59608012--59608154	41	3.3	43	95	4	254	29	24	15	30	1.95
59613280--59613304	13	1.9	13	100	0	50	32	4	8	56	1.47
59613404--59613652	50	4.8	50	86	5	293	26	22	29	21	1.99
59617268--59617292	10	2.5	10	100	0	50	72	0	0	28	0.86
59617316--59617365	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
59619578--59619623	16	2.7	18	77	16	53	43	0	4	52	1.21
59635308--59635342	18	1.9	18	88	0	52	57	2	11	28	1.48
59635372--59635409	2	19.0	2	94	0	67	50	2	0	47	1.15
59637350--59639383	132	15.4	132	92	0	3226	28	23	18	29	1.98
59640191--59640215	13	1.9	13	100	0	50	56	8	24	12	1.62
59649356--59649398	21	2.0	21	86	8	61	18	37	11	32	1.87
59655809--59655877	26	2.5	27	93	6	113	40	5	8	44	1.59
59666474--59666516	18	2.4	18	96	0	77	13	0	25	60	1.34
59669561--59669597	19	1.9	19	89	10	58	51	0	0	48	1.00
59674538--59674593	25	2.2	26	90	9	89	57	0	0	42	0.99
59676238--59676278	21	1.9	22	85	5	57	24	7	2	65	1.30
59690964--59691033	25	3.1	22	73	16	63	41	0	2	55	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59690970--59691025	25	2.3	25	84	3	69	39	0	3	57	1.16
59694334--59694369	16	2.2	17	95	5	65	16	5	2	75	1.12
59694334--59694369	17	2.2	16	90	5	54	16	5	2	75	1.12
59695070--59695111	16	2.7	16	82	13	52	64	2	19	14	1.39
59696038--59696077	21	1.9	21	85	10	55	20	17	12	50	1.78
59696230--59696299	33	2.1	33	100	0	140	22	17	15	44	1.86
59698546--59698644	51	1.9	51	91	0	162	35	11	33	20	1.88
59698606--59698773	60	2.8	60	83	5	196	35	15	27	20	1.93
59703859--59703919	26	2.2	26	82	11	68	52	0	3	44	1.17
59704090--59704150	31	2.0	31	83	0	77	36	14	6	42	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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