genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  28  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8069078--8069163	15	5.9	15	71	15	63	20	0	43	36	1.53
8069073--8069118	22	2.1	22	83	0	56	21	0	36	41	1.54
8069381--8069421	21	2.0	20	85	4	55	19	0	41	39	1.52
8070201--8070496	106	2.8	106	93	0	504	48	11	11	28	1.75
8070573--8070742	92	1.8	92	91	0	277	52	9	10	27	1.66
8070815--8070889	26	2.9	26	100	0	150	69	4	2	24	1.19
8073731--8074169	23	19.3	23	70	13	228	28	5	23	41	1.77
8073733--8074169	46	9.6	45	73	7	314	28	5	23	41	1.77
8075084--8075313	43	5.3	43	86	4	304	20	18	32	27	1.96
8075084--8075313	86	2.7	85	87	6	338	20	18	32	27	1.96
8075075--8075313	129	1.9	129	87	3	356	20	17	32	28	1.96
8075384--8075427	22	2.0	22	90	0	70	38	29	20	11	1.87
8084881--8084916	12	2.8	12	91	8	54	30	0	0	69	0.89
8085712--8085832	59	2.1	59	95	0	215	32	4	7	55	1.49
8086993--8087352	179	2.0	179	98	0	702	39	27	10	21	1.87
8087589--8087621	16	2.0	17	94	5	59	30	0	3	66	1.06
8087637--8087678	21	2.0	21	81	9	50	33	0	14	52	1.42
8088456--8088518	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
8088641--8088675	12	2.9	12	91	0	52	65	0	5	28	1.15
8092757--8092810	21	2.4	22	81	9	65	46	1	0	51	1.11
8093124--8093270	73	2.0	73	100	0	294	34	14	20	30	1.93
8095008--8095045	18	2.1	18	90	0	58	21	26	10	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8096775--8096875	11	10.1	10	74	19	79	44	1	0	53	1.11
8096759--8096908	38	3.7	37	77	14	138	39	1	0	58	1.11
8096800--8096871	17	4.0	17	83	16	92	43	0	0	56	0.99
8097224--8097520	94	3.1	96	84	8	381	39	16	3	40	1.64
8097224--8097520	96	3.1	94	84	6	373	39	16	3	40	1.64
8097562--8097618	7	8.1	7	82	5	53	50	38	0	10	1.37
8097990--8098043	26	2.0	27	82	10	67	29	0	3	66	1.09
8101382--8101407	4	6.5	4	100	0	52	73	0	0	26	0.84
8118415--8118441	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
8120798--8120822	12	2.1	12	100	0	50	32	24	24	20	1.98
8123475--8123505	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
8123559--8123595	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
8125478--8125537	21	2.9	21	87	0	93	10	20	18	51	1.74
8126353--8126424	30	2.4	30	85	0	108	22	30	31	15	1.94
8127023--8127064	21	2.0	21	85	0	57	21	23	30	23	1.99
8129976--8130015	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
8129948--8130000	22	2.4	22	87	0	70	52	1	1	43	1.23
8130088--8130115	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
8130004--8130213	68	3.1	68	97	1	388	40	4	9	45	1.57
8130156--8130183	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
8130280--8130325	24	1.9	24	91	8	76	60	2	0	36	1.09
8135747--8136003	129	2.0	129	92	0	433	33	19	13	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8143404--8143442	19	2.1	19	85	0	51	20	7	2	69	1.26
8143513--8143537	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
8147089--8147178	44	2.0	44	91	4	146	33	25	7	33	1.85
8151548--8151599	26	2.0	26	96	3	97	34	17	7	40	1.78
8152397--8152455	3	19.7	3	92	0	100	32	1	1	64	1.13
8156613--8156805	50	3.8	50	86	0	260	19	30	23	26	1.98
8156900--8156931	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
8157143--8157200	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
8164148--8164340	50	3.8	50	86	0	260	19	30	23	26	1.98
8164435--8164466	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
8164678--8164735	30	1.9	30	85	0	80	31	22	3	43	1.70
8172397--8172439	5	8.4	5	87	5	50	72	2	4	20	1.14
8184696--8184744	21	2.3	22	86	10	66	20	2	4	73	1.10
8190769--8190803	9	3.9	9	84	0	52	20	28	11	40	1.87
8199968--8200002	17	2.1	17	94	0	61	22	17	31	28	1.96
8199976--8200059	34	2.5	34	80	0	105	21	14	32	32	1.93
8204299--8204381	34	2.4	34	79	0	94	26	14	28	30	1.95
8210775--8210856	40	2.0	40	100	0	164	21	21	7	48	1.74
8213568--8213820	124	2.0	124	96	0	470	35	17	13	33	1.89
8214631--8214673	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
8215558--8215595	13	2.9	13	81	14	51	39	2	0	57	1.12
8223864--8223891	12	2.3	12	100	0	56	46	28	10	14	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8225326--8225403	39	2.0	39	100	0	156	28	25	7	38	1.83
8238274--8238341	31	2.2	31	84	5	84	38	10	16	35	1.82
8243144--8243183	6	6.5	6	88	5	62	27	35	2	35	1.71
8243144--8243183	19	2.2	18	90	4	62	27	35	2	35	1.71
8247822--8247862	16	2.6	16	78	21	50	34	2	0	63	1.08
8254811--8254868	22	2.8	21	74	25	61	27	0	5	67	1.12
8257618--8257657	3	13.3	3	94	0	71	32	2	0	65	1.06
8259734--8259780	20	2.3	22	78	14	55	63	0	0	36	0.94
8260730--8260771	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
8265437--8265465	15	1.9	15	100	0	58	6	13	3	75	1.13
8265697--8265749	21	2.5	21	96	0	97	22	9	37	30	1.86
8271584--8271620	7	5.3	7	100	0	74	29	0	27	43	1.55
8281377--8281426	21	2.4	21	83	9	59	40	0	2	58	1.10
8281665--8281711	2	24.0	2	95	4	87	48	0	0	51	1.00
8282190--8282227	5	7.8	5	97	2	69	42	0	0	57	0.98
8284518--8284552	5	7.2	5	87	6	54	80	0	17	2	0.84
8286148--8286218	14	4.7	14	70	13	52	43	1	7	47	1.39
8286551--8286575	13	1.9	13	100	0	50	40	0	12	48	1.40
8295919--8295977	3	19.7	3	92	0	100	64	0	1	33	1.04
8297738--8298097	130	2.8	129	91	2	569	25	24	18	31	1.97
8298100--8298577	88	5.4	88	91	1	753	22	25	25	26	2.00
8298101--8298577	265	1.8	264	92	1	803	22	25	25	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8298100--8298577	177	2.7	175	92	1	794	22	25	25	26	2.00
8305161--8305203	3	14.3	3	90	0	68	65	2	2	30	1.18
8317003--8317034	12	2.7	12	100	0	64	25	34	40	0	1.56
8330063--8330111	16	3.1	16	93	0	89	36	4	36	22	1.73
8330077--8330206	56	2.3	55	84	3	172	35	5	30	29	1.80
8330133--8330167	16	2.2	16	94	0	61	42	5	31	20	1.75
8330336--8330377	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
8330345--8330386	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
8330574--8330636	30	2.1	30	82	11	76	52	1	0	46	1.10
8330595--8330629	18	2.0	18	88	5	54	54	0	0	45	0.99
8330713--8330749	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
8330339--8330750	120	3.4	120	96	0	754	50	5	1	42	1.35
8330904--8331026	18	6.8	18	67	15	56	49	4	2	43	1.34
8330766--8331061	91	3.3	91	90	3	465	46	4	3	45	1.38
8330798--8331042	44	5.4	47	69	18	171	48	4	2	44	1.34
8341023--8341079	20	2.9	19	85	10	80	29	0	3	66	1.08
8350146--8351602	146	10.0	146	83	2	1741	37	14	20	27	1.91
8356779--8357187	91	4.6	91	79	10	409	38	18	8	33	1.82
8357276--8357322	15	3.2	14	77	17	51	68	0	0	31	0.90
8357291--8357354	26	2.6	24	83	9	83	67	1	1	29	1.09
8357272--8357354	26	3.2	26	78	10	80	68	1	1	28	1.04
8357338--8357413	10	7.6	10	73	15	59	64	0	6	28	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8357662--8357778	9	12.6	9	76	14	78	41	1	0	57	1.09
8357666--8357739	28	2.7	28	83	8	91	36	2	0	60	1.11
8357601--8357802	9	22.0	9	73	17	69	34	3	1	60	1.24
8357604--8357720	46	2.5	44	73	17	103	29	5	1	62	1.29
8357666--8357777	28	4.1	28	77	7	79	41	1	0	56	1.10
8357662--8357753	38	2.4	38	80	5	107	39	2	0	58	1.10
8358157--8358218	26	2.4	26	81	7	74	43	1	3	51	1.27
8358232--8358257	6	4.3	6	100	0	52	30	0	0	69	0.89
8359577--8359646	35	2.0	35	100	0	140	31	22	14	31	1.94
8359752--8359792	21	2.0	21	90	9	68	34	0	2	63	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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