genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7079183--7079481	50	5.8	50	90	2	409	20	30	23	26	1.98
7079900--7079957	30	1.9	30	85	0	80	31	24	3	41	1.71
7085654--7085723	35	2.0	35	94	0	122	31	14	11	42	1.81
7086375--7086497	59	2.1	59	83	6	151	48	10	16	24	1.77
7090084--7090111	14	2.0	14	100	0	56	78	7	7	7	1.09
7090299--7090357	29	2.0	29	83	6	73	54	13	11	20	1.70
7093388--7093446	29	2.0	29	93	0	100	49	0	11	38	1.40
7094256--7094332	36	2.2	35	86	6	102	28	12	12	45	1.80
7094749--7094773	7	3.6	7	100	0	50	44	0	12	44	1.41
7094836--7094904	20	3.5	20	74	20	56	50	1	2	44	1.25
7094855--7094888	17	1.9	18	88	5	52	50	0	2	47	1.16
7094853--7094904	22	2.2	24	83	6	63	51	1	1	44	1.23
7099011--7099058	16	3.1	14	77	16	51	8	8	2	81	0.96
7102921--7102994	34	2.1	34	82	2	85	39	21	17	21	1.93
7112148--7112192	21	2.1	21	88	8	65	57	0	2	40	1.11
7112398--7112441	18	2.5	17	82	13	54	43	0	6	50	1.29
7112411--7112453	19	2.3	18	88	4	59	32	0	6	60	1.23
7115093--7115144	23	2.3	23	84	12	65	61	5	0	32	1.20
7115284--7115326	22	2.0	22	81	9	52	58	11	11	18	1.63
7116581--7116638	28	2.1	28	100	0	116	32	17	12	37	1.86
7117830--7117879	25	2.0	25	100	0	100	20	12	32	36	1.89
7120350--7120396	22	2.1	22	84	0	58	40	2	2	55	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7121006--7121055	18	2.9	17	82	11	57	44	2	26	28	1.65
7124648--7124682	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
7127009--7127059	24	2.2	23	86	10	68	17	3	1	76	1.03
7127009--7127059	12	4.4	11	81	16	59	17	3	1	76	1.03
7134756--7134786	15	2.1	15	100	0	62	25	6	6	61	1.45
7135838--7135893	26	2.2	26	80	6	60	35	7	1	55	1.38
7137460--7137495	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
7145799--7145832	14	2.4	14	90	5	50	29	2	2	64	1.22
7152420--7152456	3	12.7	3	94	5	67	32	0	0	67	0.91
7152424--7152456	17	1.9	17	100	0	66	30	0	0	69	0.88
7153014--7153222	103	2.0	103	82	5	253	37	9	9	43	1.70
7155000--7155024	11	2.3	11	100	0	50	44	8	16	32	1.76
7161793--7161836	18	2.4	18	88	7	63	52	13	20	13	1.74
7164109--7164139	11	2.8	11	100	0	62	19	25	6	48	1.72
7164125--7164223	50	2.0	51	84	6	130	27	22	2	48	1.61
7166901--7167204	122	2.5	124	88	2	461	29	20	18	31	1.96
7167270--7167323	22	2.5	22	93	0	99	44	37	1	16	1.59
7167706--7167740	18	1.9	18	94	0	61	8	11	8	71	1.31
7168395--7168424	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
7178489--7178515	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
7179560--7179643	30	2.8	30	74	18	75	38	0	1	60	1.04
7179575--7179628	14	3.7	15	76	13	51	38	0	1	59	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7179575--7179629	16	3.7	16	74	13	55	38	0	1	60	1.08
7181029--7181075	22	2.1	23	88	4	69	46	4	0	48	1.21
7192711--7192740	12	2.5	12	94	0	51	56	16	0	26	1.40
7201482--7201534	21	2.5	21	87	0	70	32	35	7	24	1.84
7210791--7210817	11	2.5	11	100	0	54	40	7	0	51	1.30
7210781--7210907	40	3.2	40	87	5	193	34	3	0	62	1.11
7212728--7212767	19	2.1	20	86	9	57	35	12	5	47	1.63
7224664--7224774	46	2.8	37	74	21	123	33	14	24	27	1.94
7224691--7224814	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
7232459--7232499	17	2.3	18	84	12	50	26	2	2	68	1.15
7233917--7233950	9	3.8	9	88	0	50	23	8	32	35	1.86
7235799--7235835	17	2.1	19	90	10	60	59	0	0	40	0.97
7236671--7236738	19	3.5	19	75	13	57	42	7	8	41	1.64
7238458--7238522	25	2.6	25	95	0	121	16	18	23	41	1.90
7238559--7238640	24	3.4	24	83	6	103	19	25	23	31	1.98
7238599--7238653	25	2.2	25	90	0	83	18	29	20	32	1.96
7239334--7239366	15	2.3	15	89	5	50	39	0	24	36	1.56
7239246--7239502	129	2.0	129	96	0	478	32	1	21	43	1.64
7239980--7240008	6	4.8	6	100	0	58	82	0	0	17	0.66
7239934--7239993	30	2.1	29	90	6	95	65	6	1	26	1.27
7242149--7242185	19	2.0	18	89	5	56	29	0	2	67	1.04
7242713--7242754	23	1.9	21	90	9	66	35	0	7	57	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7256294--7256323	7	4.3	7	95	0	51	66	0	0	33	0.92
7262670--7262715	21	2.2	21	92	0	74	43	23	4	28	1.73
7266648--7266705	24	2.4	24	94	0	98	18	43	6	31	1.77
7270022--7270061	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
7270010--7270076	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
7270045--7270084	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
7273580--7273614	15	2.2	16	90	5	54	42	0	14	42	1.45
7277634--7277679	24	1.9	24	82	8	58	39	17	26	17	1.91
7296882--7296925	17	2.5	17	77	7	52	36	0	2	61	1.09
7304951--7304976	11	2.4	11	100	0	52	92	0	7	0	0.39
7304951--7304992	19	2.2	20	82	4	50	80	0	16	2	0.81
7306008--7306530	221	2.4	220	83	7	629	33	13	20	32	1.91
7314206--7314726	220	2.4	217	82	8	585	32	19	13	34	1.91
7314375--7315146	215	3.6	208	79	8	594	32	20	14	33	1.92
7316687--7316805	39	3.0	40	82	2	159	47	19	8	25	1.77
7327311--7327363	19	2.8	19	85	0	70	18	24	28	28	1.98
7330228--7330549	46	7.5	45	84	12	307	28	21	14	35	1.93
7330409--7330517	36	3.0	35	92	5	173	30	20	12	36	1.90
7336032--7336094	31	2.0	31	84	6	83	42	6	12	38	1.68
7342850--7343022	86	2.0	86	100	0	346	42	8	15	34	1.76
7344884--7344914	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
7354258--7354299	22	1.9	22	90	0	66	16	16	26	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7354394--7354503	43	2.6	43	89	0	166	29	29	20	20	1.98
7356626--7356736	46	2.4	46	92	1	179	28	22	18	30	1.97
7356698--7356871	37	4.7	37	94	0	285	26	21	13	38	1.90
7359919--7359948	15	2.0	15	93	0	51	43	10	0	46	1.37
7361352--7361981	150	4.2	149	94	1	1066	31	16	16	36	1.91
7361263--7361980	298	2.4	297	89	4	1009	30	16	16	36	1.91
7362002--7362293	94	2.9	94	82	9	318	27	13	13	46	1.80
7362093--7362329	110	2.2	106	83	12	295	27	10	11	49	1.72
7362947--7362988	14	2.9	14	82	6	57	35	35	0	28	1.58
7362943--7362989	15	3.3	15	82	8	62	40	31	0	27	1.57
7363223--7363271	14	3.4	14	88	5	71	34	40	0	24	1.55
7363230--7363274	15	3.1	15	90	3	65	35	42	0	22	1.54
7362777--7363352	288	2.1	268	83	10	688	41	26	1	30	1.66
7363427--7363569	73	2.0	72	88	1	214	25	25	20	28	1.99
7363479--7364122	114	5.7	114	89	2	971	25	27	20	25	1.99
7364800--7364832	15	2.3	15	89	5	50	45	0	0	54	0.99
7371429--7371488	30	2.0	30	93	0	102	26	3	15	55	1.56
7381333--7381378	14	3.3	14	93	0	83	41	0	2	56	1.11
7381843--7381905	3	21.0	3	93	0	108	34	0	1	63	1.04
7382049--7382117	24	2.7	27	82	10	83	42	0	26	31	1.56
7388372--7388417	14	3.3	14	93	0	83	41	0	2	56	1.11
7388543--7388568	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7388918--7388968	3	17.0	3	83	0	66	37	0	3	58	1.16
7388918--7388964	18	2.6	18	93	0	76	38	0	4	57	1.18
7388918--7388968	12	4.2	12	92	0	75	37	0	3	58	1.16
7389112--7389180	24	2.7	27	82	10	83	42	0	26	31	1.56
7389324--7389419	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
7396714--7396917	36	5.8	35	71	17	111	28	22	25	23	1.99
7400781--7400813	13	2.5	13	100	0	66	9	36	24	30	1.86
7406273--7406298	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
7408757--7408783	7	3.9	7	100	0	54	29	0	0	70	0.88
7409412--7409451	20	2.0	20	85	0	53	47	0	12	40	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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