genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

This is table  81  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23676155--23676193	18	2.2	18	86	9	53	46	7	17	28	1.76
23679659--23679724	26	2.5	26	85	0	78	28	24	22	24	1.99
23694678--23694720	22	2.0	22	100	0	86	23	25	13	37	1.92
23694829--23694889	16	3.8	16	93	0	104	29	0	37	32	1.58
23694829--23694891	32	2.0	32	96	0	117	30	0	36	33	1.58
23695125--23695159	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
23695262--23695430	47	3.7	46	71	18	154	46	2	3	46	1.35
23700878--23700916	19	2.0	20	90	9	64	71	0	0	28	0.86
23701002--23701048	20	2.3	20	75	10	51	59	4	2	34	1.29
23701024--23701080	22	2.6	22	74	20	64	66	3	0	29	1.08
23701561--23701604	21	2.1	21	87	8	63	38	0	15	45	1.47
23706481--23706588	28	3.9	28	80	2	110	22	22	15	39	1.91
23707130--23707180	24	2.1	24	89	7	77	45	23	17	13	1.84
23709942--23710104	61	2.7	61	87	1	220	23	22	19	33	1.97
23709965--23710116	61	2.5	61	87	0	223	25	20	18	36	1.95
23710756--23710888	28	4.8	28	83	0	149	21	21	18	39	1.93
23711345--23711437	42	2.2	43	86	3	134	45	24	15	15	1.84
23711366--23711432	22	3.2	20	77	12	62	49	20	13	16	1.79
23717092--23717140	18	2.6	18	81	12	55	32	16	8	42	1.77
23720394--23720627	50	4.7	50	81	5	271	20	32	19	27	1.97
23723476--23723527	23	2.2	24	82	3	70	15	13	15	55	1.69
23730659--23730778	64	1.9	62	84	6	161	29	20	8	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23733091--23733175	20	4.3	20	77	3	82	37	20	29	12	1.90
23733119--23733155	19	1.9	19	88	0	56	40	18	27	13	1.88
23739185--23739290	20	5.3	20	70	6	90	38	20	29	11	1.88
23741557--23741677	60	2.0	60	98	0	233	47	4	18	29	1.67
23745978--23746026	26	2.0	25	84	15	66	44	2	2	51	1.24
23748919--23748977	27	2.2	27	90	0	91	25	20	15	38	1.91
23755360--23755402	21	2.0	21	86	0	59	44	13	4	37	1.65
23757180--23757237	29	2.0	29	100	0	116	44	24	10	20	1.82
23771440--23771510	25	2.8	24	75	12	63	22	22	15	39	1.92
23771449--23771562	25	4.5	26	71	13	78	17	22	19	40	1.91
23771443--23771537	50	1.9	50	84	4	129	20	23	16	40	1.91
23771475--23771576	25	4.1	23	72	14	60	15	22	19	42	1.89
23783679--23783723	21	2.1	21	84	8	56	40	51	2	6	1.41
23784087--23784491	27	15.0	27	84	0	423	18	18	21	42	1.90
23786639--23786680	12	3.5	12	81	12	59	23	40	0	35	1.55
23786634--23786680	24	1.9	24	95	4	85	27	36	0	36	1.57
23786634--23786681	14	3.6	14	76	21	50	27	35	0	37	1.57
23787758--23787799	21	2.0	21	90	9	68	26	9	4	59	1.48
23793371--23793410	21	1.9	21	84	0	53	42	2	2	52	1.28
23794113--23794147	8	4.1	8	86	13	52	71	2	0	25	1.00
23794714--23794747	16	2.1	17	94	5	61	67	20	0	11	1.21
23800192--23800225	17	2.0	17	88	0	50	29	23	5	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23800739--23800825	45	1.9	46	83	6	115	40	16	20	22	1.91
23801041--23801211	32	5.4	32	83	6	213	39	19	19	21	1.92
23801041--23801211	64	2.7	64	86	5	240	39	19	19	21	1.92
23801249--23801318	27	2.7	26	82	10	72	32	21	24	21	1.98
23801383--23801464	24	3.4	24	82	0	110	47	23	6	23	1.73
23801518--23802004	27	18.1	27	80	5	371	20	16	20	43	1.88
23801518--23802004	81	6.0	81	80	5	434	20	16	20	43	1.88
23801518--23802004	54	9.0	54	81	2	464	20	16	20	43	1.88
23802751--23802806	4	14.2	4	74	10	53	23	1	3	71	1.11
23802743--23802806	23	3.0	20	85	14	92	21	1	6	70	1.18
23804524--23804557	18	1.9	17	88	5	50	17	0	8	73	1.08
23805501--23805537	19	1.9	19	100	0	74	75	2	5	16	1.10
23816270--23816316	23	2.0	23	100	0	94	36	17	8	38	1.80
23817347--23817448	25	4.1	25	91	3	145	25	27	21	25	1.99
23818059--23818100	20	2.2	20	87	12	61	66	2	14	16	1.35
23819722--23819779	30	1.9	31	85	3	82	48	5	20	25	1.70
23840263--23840345	35	2.4	35	78	8	89	10	24	33	31	1.90
23841311--23841335	13	1.9	13	100	0	50	16	12	0	72	1.13
23851959--23851985	11	2.5	11	100	0	54	37	7	0	55	1.28
23857969--23858083	30	3.9	30	83	2	151	27	25	12	34	1.91
23861532--23861778	32	7.7	32	77	6	162	39	21	19	20	1.93
23861532--23861778	96	2.6	96	75	7	232	39	21	19	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23861539--23861766	64	3.6	64	78	5	221	39	21	17	20	1.92
23861769--23861825	26	2.2	26	90	0	87	31	31	26	10	1.90
23861822--23861881	27	2.2	27	80	11	70	31	21	26	20	1.98
23861950--23862036	24	3.7	23	78	4	84	45	25	6	21	1.76
23862072--23862522	27	16.7	27	84	1	510	23	21	21	33	1.97
23862446--23862527	26	3.1	27	87	3	112	14	15	29	40	1.87
23862077--23862656	27	21.5	27	80	3	191	22	21	20	36	1.96
23866931--23867165	50	4.7	50	78	4	206	28	22	27	22	1.99
23868690--23868737	24	2.0	25	84	12	64	25	39	0	35	1.56
23880331--23880555	100	2.2	100	97	0	423	24	20	19	36	1.95
23884894--23884967	33	2.2	33	92	0	130	29	5	35	29	1.80
23892347--23893157	419	1.9	419	83	4	1026	32	16	21	29	1.95
23911213--23911262	26	1.9	26	95	0	91	36	10	24	30	1.88
23912223--23912258	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
23931331--23931394	29	2.2	29	88	0	92	40	9	35	14	1.78
23939525--23939572	20	2.3	20	96	3	87	47	8	20	22	1.77
23940829--23940968	50	2.8	50	80	0	154	27	21	28	22	1.99
23941222--23941264	4	10.8	4	79	0	50	51	2	20	25	1.60
23947589--23947728	50	2.8	50	76	4	122	27	18	30	23	1.98
23947982--23948009	12	2.3	12	100	0	56	57	7	17	17	1.62
23962754--23962806	27	2.0	27	96	0	97	22	11	28	37	1.89
23980748--23980784	6	5.8	6	87	12	56	18	0	0	81	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23987213--23987261	18	2.6	19	78	18	57	22	2	2	73	1.04
23987212--23987261	22	2.3	22	83	10	66	22	2	2	74	1.03
23992627--23992655	13	2.1	14	93	6	51	51	0	0	48	1.00
23997865--23997932	34	2.0	35	82	5	86	27	23	25	23	2.00
23998632--23998689	25	2.3	26	87	3	82	36	13	17	32	1.89
24016355--24016401	24	1.9	24	86	4	67	36	0	36	27	1.57
24017031--24017370	27	12.6	27	83	0	385	42	23	17	15	1.88
24019939--24020170	27	8.6	27	84	2	288	40	24	17	18	1.91
24020553--24020644	28	3.3	29	87	4	127	27	23	23	25	2.00
24022113--24022329	27	8.1	27	82	4	244	41	21	18	17	1.90
24022553--24022604	26	2.0	26	84	3	68	25	21	13	40	1.89
24022727--24022831	28	3.8	28	84	0	129	24	23	24	26	2.00
24024172--24024391	27	8.2	27	73	15	163	43	19	16	20	1.88
24024224--24024391	81	2.1	80	86	4	230	42	19	17	21	1.89
24024224--24024403	27	6.7	27	80	5	193	40	20	16	22	1.91
24024792--24024887	28	3.4	28	91	2	149	29	21	25	23	1.99
24025575--24025957	27	14.2	27	82	1	428	42	20	17	19	1.89
24026341--24026409	28	2.5	28	88	4	95	24	24	26	24	2.00
24027061--24027435	27	14.0	26	82	3	383	42	20	17	19	1.89
24027061--24027448	54	7.2	54	82	4	426	42	20	17	19	1.90
24027795--24027863	28	2.5	28	88	4	95	24	24	26	24	2.00
24028654--24028680	14	1.9	14	100	0	54	14	25	22	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24032718--24032884	35	4.8	35	90	1	264	18	22	19	40	1.92
24032718--24032884	69	2.4	70	91	1	264	18	22	19	40	1.92
24035411--24035455	20	2.1	22	84	12	58	13	11	8	66	1.44
24038677--24038738	30	2.1	30	87	6	90	48	8	8	35	1.62
24055244--24055275	15	2.1	15	94	0	55	15	18	12	53	1.73
24060372--24060436	33	1.9	34	81	9	80	27	24	23	24	2.00
24060405--24060457	28	1.9	27	88	3	79	32	24	24	18	1.97
24060825--24060995	27	6.3	27	77	9	123	18	22	19	39	1.93
24060825--24060995	54	3.1	54	82	7	186	18	22	19	39	1.93
24061511--24061583	36	2.0	36	97	0	137	45	24	19	10	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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