genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

This is table  179  of  208  ( 24913 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54692154--54692195	19	2.2	19	87	8	59	28	0	9	61	1.27
54698130--54698191	28	2.3	27	83	8	72	56	3	11	29	1.50
54698586--54698643	25	2.2	27	90	6	93	48	6	5	39	1.52
54702827--54702853	14	1.9	14	100	0	54	48	7	7	37	1.59
54703304--54703528	113	2.0	111	93	1	387	36	16	12	35	1.86
54707316--54707344	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
54716543--54716585	18	2.4	18	88	0	68	32	6	18	41	1.77
54721214--54721311	50	2.0	50	87	2	144	47	12	9	30	1.72
54723635--54723662	9	3.1	9	100	0	56	46	10	10	32	1.73
54723715--54723755	17	2.4	17	95	0	73	24	29	0	46	1.53
54727417--54727466	11	4.3	11	78	14	55	38	0	6	56	1.24
54732334--54732409	11	6.8	11	72	24	61	55	0	1	43	1.08
54755544--54755901	179	2.0	179	90	4	562	40	14	13	31	1.85
54756117--54756145	11	2.5	12	94	5	51	27	0	0	72	0.85
54756260--54756306	20	2.2	22	77	7	53	25	10	2	61	1.39
54756903--54756929	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
54759595--54759645	24	2.1	24	92	0	84	25	9	15	49	1.75
54760095--54760281	93	2.0	95	94	2	333	38	5	8	48	1.56
54760196--54760246	16	2.8	19	67	27	56	37	0	11	50	1.39
54769049--54769097	18	2.5	19	80	12	55	30	0	2	67	1.02
54770235--54770274	18	2.2	18	86	4	53	57	0	35	7	1.27
54772795--54772825	10	3.1	10	90	0	53	48	22	0	29	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54775737--54775783	24	2.0	24	91	8	78	53	0	19	27	1.45
54777926--54778022	46	2.1	46	90	1	151	34	7	9	49	1.62
54789022--54789058	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
54805462--54805500	20	1.9	20	89	5	60	43	0	23	33	1.54
54807364--54807424	16	3.4	18	76	17	63	22	29	0	47	1.52
54808110--54808150	19	2.1	20	86	4	57	31	9	2	56	1.45
54809503--54809541	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
54809758--54809982	50	4.4	49	80	9	168	24	26	21	28	1.99
54809790--54809982	50	3.7	50	82	6	217	23	27	21	26	1.99
54809790--54809976	100	1.8	103	82	6	245	23	28	20	27	1.99
54813127--54813162	15	2.4	15	90	0	54	27	22	11	38	1.88
54813934--54813958	9	2.8	9	100	0	50	76	0	24	0	0.80
54814346--54814374	11	2.6	11	100	0	58	0	6	0	93	0.36
54822195--54822302	22	4.9	22	87	0	144	26	26	14	31	1.95
54824808--54824840	15	2.2	15	89	10	50	33	3	18	45	1.65
54827169--54827236	5	14.2	5	79	14	81	38	0	0	61	0.96
54827170--54827238	24	3.0	24	74	21	76	40	0	0	59	0.97
54828447--54828515	24	2.7	26	82	10	72	42	1	26	30	1.64
54831154--54831261	40	2.7	41	75	7	105	36	18	26	18	1.94
54832239--54832273	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
54835889--54835983	13	7.2	13	70	15	61	38	9	4	47	1.55
54835889--54835983	26	3.6	26	75	8	102	38	9	4	47	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54835882--54835989	53	2.0	53	96	0	198	39	9	5	45	1.60
54836187--54836241	16	3.7	16	69	18	55	45	18	1	34	1.60
54836315--54836649	9	38.8	9	72	15	244	45	19	2	32	1.62
54836321--54836660	16	20.3	16	70	17	169	46	19	1	32	1.60
54836334--54836577	25	9.5	26	72	15	152	47	19	1	31	1.59
54836342--54836541	78	2.6	73	80	11	197	48	20	1	31	1.56
54836511--54836618	25	4.3	25	76	12	80	44	18	2	34	1.64
54836441--54836590	59	2.5	59	92	3	246	45	18	2	33	1.64
54836315--54836622	59	5.1	59	77	12	245	46	19	1	32	1.61
54836556--54836660	25	4.2	25	78	11	115	44	18	2	34	1.64
54842197--54842244	21	2.3	21	89	7	71	35	18	43	2	1.62
54842229--54842256	12	2.3	12	100	0	56	39	17	42	0	1.50
54843942--54843972	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
54850931--54850980	26	1.9	26	84	8	66	30	0	2	68	1.01
54856687--54856791	41	2.5	42	87	3	149	34	24	11	29	1.91
54857820--54857859	14	2.8	14	84	3	53	30	2	42	25	1.68
54865075--54865202	43	3.0	43	78	12	145	21	17	28	32	1.96
54866493--54866533	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
54872376--54872426	24	2.1	24	92	0	84	33	13	31	21	1.92
54879436--54879512	17	4.8	17	73	17	51	58	2	7	31	1.40
54883150--54883184	17	2.1	17	88	0	52	51	0	14	34	1.42
54884004--54884258	124	2.1	124	82	4	309	31	14	22	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54887175--54887216	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
54887166--54887268	52	2.0	51	83	9	129	34	0	32	33	1.58
54887218--54887302	22	3.9	22	87	3	118	41	0	28	30	1.56
54889638--54889688	26	2.0	25	85	14	68	45	9	0	45	1.36
54889859--54889940	37	2.3	36	82	4	103	35	9	4	50	1.57
54891516--54891545	14	2.1	14	100	0	60	30	13	20	36	1.90
54891645--54891707	27	2.4	27	97	2	119	44	9	0	46	1.36
54891757--54891835	27	2.9	27	96	0	140	31	22	31	13	1.93
54892086--54892123	20	1.9	20	89	10	60	47	7	5	39	1.55
54892381--54892437	19	3.1	19	79	5	80	36	12	0	50	1.40
54892757--54892815	26	2.3	26	93	0	100	50	0	5	44	1.24
54903226--54903271	23	2.0	23	100	0	92	21	17	13	47	1.81
54907566--54907599	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
54908510--54908683	41	4.2	41	89	2	260	24	20	25	30	1.98
54908538--54908737	82	2.4	81	83	4	222	24	20	26	29	1.99
54910887--54910930	20	2.2	20	84	8	54	54	4	11	29	1.56
54915519--54915560	17	2.5	17	80	3	50	52	0	9	38	1.34
54927247--54927281	18	2.1	18	89	10	56	54	2	0	42	1.15
54927247--54927299	18	3.0	17	83	10	54	54	3	0	41	1.18
54928118--54928156	19	2.1	19	85	9	53	17	0	5	76	0.96
54936149--54936190	17	2.5	17	80	3	50	54	0	9	35	1.33
54936966--54937007	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54940430--54940464	18	1.9	18	88	0	52	71	8	8	11	1.31
54942046--54942074	12	2.4	12	100	0	58	17	41	10	31	1.83
54956703--54956765	29	2.2	29	94	0	108	42	6	6	44	1.55
54957381--54957467	31	2.7	32	78	8	97	55	4	4	35	1.41
54961382--54961406	8	3.1	8	100	0	50	24	12	0	64	1.27
54962370--54962414	9	5.2	9	82	15	51	40	0	2	57	1.11
54966253--54966296	5	9.4	5	80	14	58	38	0	0	61	0.96
54966249--54966306	27	2.2	27	79	17	68	37	0	0	62	0.96
54970891--54970951	20	3.1	20	79	11	56	47	6	0	45	1.28
54987154--54987183	13	2.3	13	94	0	51	6	10	16	66	1.41
54989040--54989189	40	3.7	40	90	7	223	63	0	3	33	1.11
54989090--54989150	9	6.4	9	73	17	52	70	0	1	27	0.97
54989148--54989172	11	2.3	11	100	0	50	52	0	8	40	1.31
54989177--54989208	7	4.7	7	92	7	57	87	0	0	12	0.54
54989177--54989208	13	2.4	13	94	5	55	87	0	0	12	0.54
54995872--54995982	18	5.9	18	73	18	93	37	0	2	58	1.18
54995950--54995995	21	2.2	21	84	7	58	47	0	0	52	1.00
55002302--55002339	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
55003396--55003423	9	3.1	9	100	0	56	57	0	0	42	0.99
55006045--55006083	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
55006307--55006359	23	2.3	23	90	0	88	22	20	24	32	1.98
55008371--55008750	67	5.8	67	87	6	546	37	1	19	41	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55008897--55009020	23	5.3	23	69	12	65	25	23	16	35	1.95
55008918--55009035	45	2.6	46	79	5	116	25	22	15	36	1.93
55017662--55017696	17	2.0	18	88	5	54	60	0	2	37	1.12
55023611--55023641	15	2.1	15	100	0	62	67	12	12	6	1.40
55024643--55024711	30	2.3	31	82	7	79	21	8	20	49	1.76
55026311--55026353	18	2.4	18	88	0	59	41	44	2	11	1.53
55026457--55026505	9	5.4	9	90	9	66	28	10	20	40	1.85
55031814--55031865	15	3.2	17	73	15	56	23	5	0	71	1.07
55031800--55031863	27	2.2	30	81	8	80	25	6	0	68	1.12
55031805--55031865	23	2.7	23	78	19	65	24	4	0	70	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208