genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  34  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9590928--9591385	59	8.0	56	67	20	184	32	1	21	44	1.61
9591030--9591057	13	2.2	13	100	0	56	35	0	25	39	1.56
9591021--9591110	22	4.1	22	74	21	82	34	1	21	43	1.60
9591085--9591204	19	6.5	19	67	14	72	34	2	20	42	1.66
9591052--9591254	72	2.8	72	94	3	340	34	1	21	42	1.64
9591101--9591281	97	1.8	98	87	8	269	34	1	20	42	1.63
9591306--9591389	43	2.0	43	85	0	114	26	0	25	48	1.51
9591509--9591589	12	7.5	11	68	28	50	51	2	0	45	1.14
9594641--9594726	39	2.2	39	87	6	122	39	40	2	17	1.62
9595784--9595837	22	2.5	22	87	0	72	46	37	1	14	1.56
9595784--9595837	7	7.4	7	79	8	63	46	37	1	14	1.56
9595784--9595837	15	3.7	14	82	7	63	46	37	1	14	1.56
9596118--9596677	114	4.9	110	77	10	468	26	24	24	24	2.00
9596123--9596677	228	2.4	226	80	7	592	26	24	24	24	2.00
9597017--9597088	7	10.3	7	72	0	54	36	41	1	20	1.61
9597017--9597054	14	2.7	15	88	12	62	31	44	0	23	1.54
9597159--9597238	21	3.8	21	69	1	61	38	41	1	18	1.59
9597045--9597271	121	1.9	121	80	1	267	40	33	2	23	1.67
9597251--9597333	39	2.1	39	90	0	130	51	21	4	21	1.66
9597391--9598070	114	6.1	113	75	11	487	28	20	19	31	1.97
9597691--9597897	102	2.0	104	85	3	285	27	20	17	34	1.95
9597586--9598003	216	1.9	216	83	5	540	27	20	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9605967--9606023	29	2.0	29	100	0	114	43	14	10	31	1.79
9614821--9614856	15	2.5	14	91	8	63	50	0	5	44	1.25
9616126--9616161	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
9622824--9622884	28	2.2	27	79	2	68	42	1	1	54	1.20
9628858--9628898	20	2.0	20	85	0	55	41	39	12	7	1.70
9629452--9629480	6	4.8	6	100	0	58	17	17	31	34	1.93
9629941--9629977	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
9630030--9630060	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
9641067--9641106	9	4.3	9	84	6	53	72	2	2	22	1.09
9641796--9641858	33	1.9	33	84	12	85	33	1	11	53	1.46
9646870--9646902	17	1.9	18	88	11	52	45	0	12	42	1.41
9648888--9648937	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
9651248--9651296	4	12.2	4	95	0	89	48	0	24	26	1.51
9651294--9651342	3	16.3	3	100	0	98	65	0	0	34	0.93
9651694--9651902	112	1.9	112	92	0	355	32	22	16	29	1.95
9652406--9652449	2	21.5	2	95	4	79	50	0	2	47	1.13
9652619--9652654	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
9653771--9654030	86	3.0	86	90	3	391	27	24	25	23	2.00
9654065--9654158	40	2.3	40	83	5	116	32	23	21	22	1.98
9654884--9654920	14	2.6	14	91	0	56	18	5	10	64	1.43
9654945--9655007	30	2.1	30	96	0	117	23	3	15	57	1.53
9655129--9655159	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9655434--9655534	28	3.7	26	76	13	87	52	8	11	26	1.67
9662614--9662652	12	3.3	12	89	10	55	53	0	0	46	1.00
9663696--9663855	76	2.1	77	81	3	180	29	20	21	28	1.98
9665497--9665620	54	2.3	54	85	2	169	16	26	27	29	1.97
9666314--9666503	40	4.8	39	79	7	213	35	17	25	21	1.95
9666321--9666503	78	2.3	80	86	3	246	34	17	26	21	1.95
9670638--9670687	21	2.4	21	82	0	64	2	42	18	38	1.61
9676204--9676406	9	23.2	9	74	13	183	30	0	21	47	1.55
9676204--9676395	88	2.2	88	97	0	357	30	0	21	46	1.55
9676435--9677354	250	3.7	251	98	0	1754	32	8	10	48	1.66
9676435--9677354	501	1.8	501	98	0	1768	32	8	10	48	1.66
9677867--9677904	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
9680016--9680090	17	4.5	17	85	6	109	58	8	1	32	1.35
9680110--9680439	113	2.9	112	80	6	405	27	23	20	29	1.99
9680247--9680632	186	2.1	187	80	6	424	27	23	18	31	1.97
9680129--9680916	300	2.6	300	89	2	1172	27	23	18	31	1.97
9680434--9680688	114	2.2	112	80	4	280	27	22	18	31	1.97
9683675--9683715	18	2.3	18	95	0	73	9	21	14	53	1.70
9687880--9687927	22	2.1	23	92	3	80	43	8	6	41	1.60
9689652--9689741	45	2.0	45	97	0	171	45	17	17	18	1.86
9696763--9696845	24	3.4	24	77	11	80	33	20	28	16	1.95
9696724--9696845	25	5.0	25	73	8	90	33	20	25	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9702203--9702289	25	3.6	24	72	12	70	32	19	26	21	1.97
9702228--9702275	23	2.1	22	85	14	62	31	20	29	18	1.97
9702205--9702349	26	5.8	26	66	18	69	33	20	24	21	1.97
9703243--9703297	26	2.1	26	100	0	110	34	10	18	36	1.86
9713052--9713114	21	3.1	19	84	11	72	60	1	0	38	1.07
9713062--9713109	11	4.6	11	75	15	57	60	0	0	39	0.97
9713062--9713130	30	2.3	29	90	5	102	56	0	0	43	0.99
9713074--9713188	20	5.8	20	75	13	64	60	2	0	35	1.16
9713072--9713229	29	5.5	28	69	16	99	60	1	2	35	1.21
9713133--9713170	20	1.9	20	100	0	76	71	7	0	21	1.11
9713296--9713333	4	9.5	4	88	0	58	47	26	2	23	1.65
9713656--9713696	21	2.0	21	90	0	64	34	4	0	60	1.18
9713731--9713777	20	2.3	20	82	10	51	29	2	2	65	1.15
9713750--9713798	17	2.7	18	78	6	55	30	0	0	69	0.89
9713747--9713823	36	2.1	37	80	7	86	35	1	0	63	1.03
9720787--9720837	18	2.9	17	80	8	57	41	5	15	37	1.72
9721100--9721168	30	2.3	30	87	0	93	20	21	34	23	1.96
9754580--9754659	41	2.0	41	92	0	133	25	7	21	46	1.77
9757683--9757749	27	2.4	28	97	2	127	26	32	14	25	1.95
9757683--9757754	7	10.4	7	70	14	51	27	30	16	25	1.97
9757789--9757863	21	3.7	20	80	5	78	40	32	6	21	1.79
9757818--9757852	14	2.5	14	90	0	52	45	31	2	20	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9761554--9762083	114	4.7	112	75	7	444	31	20	22	25	1.98
9761480--9762090	114	5.3	115	75	7	442	30	20	22	26	1.98
9762989--9763090	53	1.9	53	95	0	186	18	2	36	42	1.66
9765701--9765900	45	4.3	46	86	8	280	19	19	20	41	1.91
9765785--9765810	6	4.3	6	100	0	52	19	15	15	50	1.79
9765700--9765909	96	2.2	96	88	3	323	19	19	20	41	1.91
9769394--9769418	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
9772309--9772400	21	4.4	21	80	10	107	33	20	42	3	1.68
9772504--9772529	7	3.7	7	100	0	52	38	15	0	46	1.46
9772728--9772846	42	2.8	42	91	2	177	21	21	21	35	1.96
9773703--9773839	43	3.2	43	95	0	247	20	31	22	25	1.98
9774210--9774262	28	1.9	27	92	0	79	56	11	9	22	1.63
9774334--9774395	25	2.4	26	89	2	90	40	1	14	43	1.55
9774334--9774405	17	4.2	17	72	13	58	40	1	13	44	1.53
9774498--9774557	17	3.5	17	75	8	59	36	1	16	45	1.58
9774501--9774584	34	2.3	36	86	8	109	34	1	16	47	1.55
9774525--9774780	46	5.3	46	68	15	183	33	1	17	46	1.58
9774501--9774557	9	6.8	8	76	7	51	33	1	17	47	1.58
9774531--9774586	17	3.1	17	74	18	58	37	0	14	48	1.44
9774553--9774734	53	3.6	53	72	15	193	34	1	17	46	1.58
9774509--9774780	99	2.7	99	98	0	517	33	1	18	46	1.59
9775389--9775435	21	2.2	21	84	0	58	46	0	12	40	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9779067--9779100	14	2.4	14	90	9	52	32	44	0	23	1.54
9779115--9779155	21	2.0	20	85	4	55	39	41	0	19	1.52
9779146--9779187	14	2.9	14	82	6	57	35	35	0	28	1.58
9779142--9779188	15	3.3	15	82	8	62	40	31	0	27	1.57
9779457--9779883	114	3.8	113	92	1	694	25	26	22	24	2.00
9781041--9781091	18	2.8	18	79	11	50	39	19	19	21	1.93
9781400--9781475	9	8.4	9	88	5	109	27	10	21	40	1.86
9781400--9781475	27	2.8	27	93	0	125	27	10	21	40	1.86
9782190--9782279	31	2.9	31	85	6	103	20	18	41	20	1.91
9787673--9787718	21	2.2	21	84	0	56	69	8	13	8	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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