genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  7  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2185976--2186006	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2186076--2186119	23	2.0	22	82	13	54	31	0	6	61	1.22
2186459--2186690	4	58.0	4	99	0	455	25	0	24	50	1.50
2187631--2187914	42	6.8	42	88	1	383	30	18	20	30	1.96
2187672--2187914	83	2.9	83	94	1	407	31	19	20	28	1.97
2188588--2189074	143	3.4	141	84	3	643	28	22	19	29	1.98
2189902--2189966	17	3.7	17	80	8	67	1	12	3	83	0.84
2189897--2189973	24	3.0	26	80	14	74	2	14	2	80	0.93
2189908--2189972	18	3.5	18	77	12	60	3	10	3	83	0.88
2192644--2192688	23	2.0	22	87	12	65	37	6	22	33	1.80
2192652--2192695	18	2.4	18	88	11	63	43	6	20	29	1.78
2197409--2197550	60	2.3	61	77	7	144	38	4	14	42	1.68
2208200--2208341	60	2.3	61	77	9	146	37	4	15	42	1.69
2211210--2211239	6	5.0	6	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2215864--2215915	22	2.4	22	100	0	104	38	3	15	42	1.65
2223811--2223850	20	2.0	20	90	0	62	25	12	10	52	1.70
2224600--2224686	43	2.0	43	97	0	165	33	27	17	21	1.96
2226500--2226550	27	1.9	27	84	4	68	58	1	1	37	1.20
2228887--2228923	3	12.3	3	100	0	74	32	35	0	32	1.58
2233301--2233409	49	2.3	46	85	4	137	42	11	11	33	1.79
2237613--2237651	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2240684--2240729	24	2.0	23	83	12	58	47	6	6	39	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2242594--2242634	22	2.0	21	85	9	57	31	12	0	56	1.36
2246014--2246072	31	1.9	31	86	6	84	38	10	8	42	1.69
2247684--2247729	24	2.0	23	83	12	58	47	6	6	39	1.55
2250449--2250606	46	3.5	46	95	2	277	27	22	15	34	1.94
2253172--2253214	18	2.5	17	80	3	50	30	4	2	62	1.28
2255748--2255869	64	2.0	61	81	4	145	31	10	12	45	1.76
2256330--2256381	24	2.2	24	82	0	59	51	9	5	32	1.58
2259672--2259720	21	2.3	21	89	0	80	32	2	12	53	1.50
2259672--2259817	47	3.0	48	78	16	140	32	1	15	50	1.52
2259707--2259796	8	10.4	8	69	19	56	35	1	15	47	1.53
2259615--2259770	61	2.7	60	81	13	152	34	1	11	52	1.46
2259698--2259770	27	2.7	27	95	2	130	34	0	13	52	1.41
2259816--2259912	33	3.1	32	68	24	82	35	0	10	54	1.34
2262050--2262148	27	3.7	27	89	7	139	17	21	39	22	1.92
2264588--2264623	11	3.2	11	88	4	54	69	0	0	30	0.89
2267679--2267726	13	3.7	13	77	0	51	39	18	2	39	1.63
2268117--2268277	31	5.3	31	79	2	164	31	8	15	45	1.75
2268115--2268277	61	2.7	61	78	3	186	31	7	15	44	1.75
2286179--2286204	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2287561--2287591	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2287922--2287953	9	3.4	10	91	8	50	59	6	0	34	1.23
2297346--2297400	23	2.4	24	75	9	69	58	1	0	40	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2301900--2302173	123	2.2	124	96	0	496	25	17	19	38	1.93
2303524--2303548	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2311364--2311418	16	3.2	16	80	17	58	65	0	0	34	0.93
2311364--2311401	8	4.6	8	84	15	51	63	0	0	36	0.95
2311356--2311426	34	2.1	33	84	2	88	63	1	1	33	1.12
2311891--2311937	16	2.9	15	87	9	58	72	2	0	25	0.96
2317898--2317964	28	2.4	28	97	0	125	38	16	13	31	1.87
2317898--2317999	28	3.6	29	85	7	104	43	13	11	31	1.80
2319106--2319289	95	1.9	95	94	0	323	32	20	17	29	1.95
2320457--2320494	19	2.0	19	85	10	51	10	42	0	47	1.38
2320749--2321033	154	1.8	155	97	0	545	46	11	8	34	1.70
2326608--2326695	44	2.0	44	95	0	158	39	10	11	38	1.75
2340376--2340518	45	3.3	43	83	11	186	41	20	18	19	1.91
2340379--2340545	39	4.2	39	86	6	185	38	21	19	19	1.93
2340722--2340806	39	2.2	40	82	6	102	41	18	5	34	1.75
2341528--2341553	11	2.4	11	100	0	52	0	42	7	50	1.31
2354955--2355009	27	2.1	27	83	12	71	67	3	0	29	1.08
2355348--2355407	19	3.3	19	84	6	72	26	1	0	71	0.95
2357826--2357885	30	2.0	30	81	9	70	26	28	30	15	1.96
2358123--2358158	18	2.0	18	100	0	72	33	16	5	44	1.71
2372607--2372642	2	19.0	2	88	11	58	50	0	0	50	1.00
2373288--2373339	27	2.0	26	84	3	68	26	0	3	69	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2374138--2374187	26	1.9	26	84	8	66	62	2	2	34	1.18
2379561--2379605	18	2.5	17	85	10	54	37	0	2	60	1.09
2389239--2389281	22	1.9	23	90	4	70	34	0	4	60	1.17
2389964--2389996	13	2.5	13	90	9	50	84	0	0	15	0.61
2390067--2390105	15	2.6	16	80	12	55	56	0	0	43	0.99
2391113--2391142	3	9.7	3	92	7	51	0	33	0	66	0.92
2396671--2396700	4	7.5	4	100	0	60	50	23	0	26	1.50
2399937--2400011	28	2.7	28	75	2	80	30	0	8	61	1.25
2400168--2400207	13	3.1	13	92	7	64	52	0	0	47	1.00
2401150--2401201	3	17.3	3	100	0	104	34	0	0	65	0.93
2401687--2401758	21	3.6	21	88	5	105	56	0	30	12	1.36
2402530--2402601	29	2.4	30	88	6	101	18	48	0	33	1.48
2406035--2406141	53	2.0	53	100	0	214	28	11	22	37	1.89
2412448--2412485	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2418323--2418384	30	2.1	30	87	6	90	41	1	1	54	1.19
2434145--2434169	12	2.1	12	100	0	50	16	24	8	52	1.70
2440853--2440879	14	1.9	14	100	0	54	25	0	0	74	0.83
2440915--2440978	33	1.9	34	83	3	85	32	0	9	57	1.30
2441046--2441105	22	2.9	20	76	13	68	46	1	13	38	1.53
2443289--2443318	15	2.0	15	93	0	51	86	0	3	10	0.67
2446440--2446480	20	2.0	20	100	0	82	29	4	21	43	1.73
2448454--2448482	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2453911--2453958	6	9.0	5	90	9	53	18	8	0	72	1.08
2453916--2453959	14	2.8	15	86	13	54	18	9	0	72	1.10
2464164--2464192	12	2.3	13	94	5	51	17	0	3	79	0.87
2465103--2465151	17	2.9	17	77	17	50	34	0	2	63	1.06
2465120--2465161	22	1.9	22	85	0	57	30	0	7	61	1.22
2472921--2472989	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
2472921--2472989	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
2472970--2473060	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
2473205--2473259	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
2473211--2473259	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
2473307--2473519	67	3.1	67	65	20	163	46	4	3	46	1.38
2473112--2473439	156	2.1	156	97	0	611	42	3	6	46	1.47
2473381--2473415	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
2473298--2473557	137	1.9	137	91	1	387	44	4	4	46	1.42
2473319--2473597	137	2.0	135	82	8	332	45	5	3	45	1.44
2485409--2485460	12	4.4	12	81	9	63	76	0	23	0	0.78
2487048--2487144	45	2.2	45	90	0	149	19	32	16	30	1.94
2487857--2487945	42	2.1	42	85	0	115	20	25	19	34	1.96
2487866--2488032	42	4.0	42	82	2	156	21	19	20	38	1.94
2502742--2502932	72	2.7	72	87	3	269	28	18	16	36	1.93
2508842--2508866	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
2518688--2518720	12	2.8	12	90	4	50	42	33	18	6	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2519753--2519803	21	2.4	21	76	0	57	33	31	5	29	1.81
2519995--2520025	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2520930--2520974	12	3.8	11	80	13	54	28	4	0	66	1.11
2527407--2527445	19	2.1	19	90	4	62	66	7	10	15	1.43
2527501--2527525	11	2.3	11	100	0	50	24	0	0	76	0.80
2534627--2534741	24	4.9	24	73	14	78	29	6	6	58	1.47
2534699--2534865	24	7.4	22	67	24	82	34	6	5	53	1.50
2534680--2534852	69	2.5	68	79	11	176	32	6	5	54	1.51
2538176--2538202	12	2.2	12	100	0	54	22	18	18	40	1.91
2542014--2542210	44	4.5	44	68	5	128	30	21	22	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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