genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  35  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9790858--9790904	22	2.1	22	84	7	60	53	2	10	34	1.48
9794859--9794904	24	1.9	24	86	0	65	28	13	0	58	1.35
9796520--9796844	112	3.0	111	87	4	464	32	16	16	33	1.92
9797226--9797259	2	16.5	2	93	6	59	47	2	0	50	1.16
9797228--9797256	15	1.9	15	100	0	58	48	3	0	48	1.18
9797226--9797258	17	1.9	17	100	0	66	48	3	0	48	1.17
9797642--9797666	9	2.8	9	100	0	50	16	48	24	12	1.79
9798576--9798635	21	2.8	22	82	5	70	28	5	1	65	1.23
9798576--9798632	9	5.9	9	74	13	51	28	3	1	66	1.18
9805596--9805667	27	2.7	27	88	0	108	38	19	16	25	1.92
9814117--9814157	16	2.6	16	96	0	73	36	36	0	26	1.57
9815164--9815196	16	1.9	18	88	11	52	54	9	18	18	1.69
9816265--9816305	21	2.0	20	85	4	55	56	0	0	43	0.99
9821880--9821938	27	2.1	29	81	12	70	37	0	3	59	1.14
9823846--9824572	374	1.9	374	94	1	1271	31	20	12	35	1.90
9825366--9825402	18	2.1	18	100	0	74	24	5	37	32	1.78
9826230--9826373	42	3.5	42	80	4	112	39	18	23	18	1.92
9826262--9826396	42	3.2	41	77	2	117	38	16	25	19	1.92
9826264--9826422	83	1.9	83	83	2	203	39	15	23	20	1.91
9826275--9826439	83	2.0	83	79	2	179	39	16	22	21	1.92
9826885--9826938	23	2.4	23	84	9	67	53	3	3	38	1.36
9826915--9826952	16	2.4	16	90	0	58	47	5	5	42	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9827112--9827215	52	2.0	52	92	0	172	27	25	12	33	1.92
9827607--9827632	9	2.9	9	100	0	52	11	34	19	34	1.88
9829858--9829950	45	2.1	45	91	4	152	37	12	12	36	1.82
9830344--9830406	10	6.4	10	72	3	56	47	3	14	34	1.60
9840102--9840171	23	3.1	21	82	13	70	65	0	8	25	1.21
9840189--9840226	10	3.9	10	93	3	60	84	0	15	0	0.63
9840191--9840226	9	3.8	9	89	10	54	86	0	13	0	0.58
9846708--9846778	30	2.4	30	82	0	79	26	57	2	12	1.49
9846766--9846824	24	2.5	24	80	0	64	20	54	8	16	1.68
9860948--9861002	21	2.6	21	88	0	83	23	9	38	29	1.85
9864848--9865024	31	5.7	31	85	5	234	38	6	1	53	1.35
9865052--9865092	16	2.5	16	84	4	55	9	56	2	31	1.45
9865072--9865254	60	3.1	59	77	15	223	14	49	4	31	1.64
9865130--9865229	28	3.4	28	70	15	94	11	51	6	32	1.62
9865214--9865288	6	12.2	6	81	9	89	18	45	1	34	1.58
9865214--9865288	13	5.5	13	79	17	82	18	45	1	34	1.58
9865040--9865259	118	1.9	118	94	1	388	14	49	4	32	1.62
9865239--9865288	19	2.6	19	100	0	100	16	48	0	36	1.46
9867843--9867905	21	3.1	20	77	8	65	53	14	26	4	1.60
9873652--9873685	2	17.0	2	87	0	50	50	0	0	50	1.00
9873737--9873800	3	20.3	3	80	12	67	62	3	4	29	1.31
9875332--9876335	44	22.8	43	68	13	206	27	21	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9875225--9875537	129	2.4	129	90	0	473	29	21	19	29	1.98
9875378--9875720	175	1.9	177	85	2	476	27	22	20	30	1.98
9875510--9875979	131	3.6	131	94	1	784	27	21	21	30	1.98
9875293--9876149	306	2.8	303	82	4	976	28	21	19	30	1.98
9875767--9876511	175	4.2	175	80	8	808	27	21	20	30	1.98
9876212--9876533	44	7.4	44	73	8	187	26	23	20	29	1.99
9876631--9876769	44	3.2	43	68	19	115	25	23	24	27	2.00
9876802--9877277	43	11.2	43	62	13	137	25	24	21	28	1.99
9876525--9877288	86	8.9	86	87	5	989	24	24	21	28	1.99
9876525--9877288	253	3.0	256	85	5	983	24	24	21	28	1.99
9876525--9877290	339	2.2	344	87	4	1097	24	24	21	28	1.99
9880584--9880801	64	3.4	64	94	3	359	32	7	17	43	1.77
9880944--9881098	41	3.8	41	84	5	179	20	18	27	33	1.96
9882450--9882484	13	2.6	14	91	8	56	0	20	0	80	0.72
9882507--9882549	19	2.2	20	88	8	63	6	2	2	88	0.68
9894290--9894325	16	2.2	17	95	5	65	50	0	0	50	1.00
9894361--9894440	3	26.3	3	80	12	83	61	2	6	30	1.34
9896556--9896612	29	1.9	30	85	3	80	50	8	15	24	1.72
9897519--9897607	27	3.2	26	77	12	70	58	5	4	31	1.41
9897766--9897826	17	3.6	17	86	2	88	45	0	11	42	1.40
9897769--9897830	23	2.8	23	72	13	67	46	0	11	41	1.39
9898346--9898399	21	2.5	24	77	22	73	38	16	7	37	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9898357--9898412	19	2.8	19	91	5	85	39	16	8	35	1.80
9898601--9898688	28	2.9	30	85	9	117	47	9	15	27	1.76
9901283--9901344	18	3.4	18	72	12	56	30	11	22	35	1.89
9904260--9904300	22	2.0	20	86	13	57	24	12	29	34	1.91
9907415--9907518	49	2.1	49	92	0	172	30	7	11	50	1.67
9908689--9908730	14	3.1	14	86	3	59	45	7	11	35	1.69
9908908--9908950	21	2.0	21	82	8	52	37	0	6	55	1.27
9908978--9909012	18	1.9	18	100	0	70	37	0	0	62	0.95
9908915--9909392	120	4.0	120	94	1	829	41	1	4	51	1.33
9909531--9909623	44	2.1	44	88	6	134	35	27	4	32	1.77
9912627--9912660	11	3.2	11	87	8	52	79	0	0	20	0.73
9912627--9912665	19	2.0	21	90	10	64	74	0	0	25	0.82
9912627--9912665	21	1.9	20	89	5	60	74	0	0	25	0.82
9914054--9914113	24	2.5	24	77	2	57	58	6	3	31	1.40
9916666--9916717	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
9917369--9917417	22	2.2	22	78	7	55	18	28	0	53	1.45
9919223--9919260	18	2.1	18	90	0	58	21	26	10	42	1.85
9919528--9919567	21	1.9	21	89	0	62	30	47	20	2	1.63
9919682--9919807	49	2.6	49	97	0	234	42	3	8	46	1.51
9924688--9924725	12	3.1	12	82	17	51	10	23	0	65	1.23
9931276--9931330	24	2.3	24	96	3	103	50	3	10	34	1.55
9932220--9932253	12	2.8	12	95	0	59	8	17	0	73	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9932220--9932254	18	1.9	18	94	0	61	8	17	0	74	1.06
9932220--9932253	6	5.7	6	89	0	50	8	17	0	73	1.08
9935594--9935640	23	2.0	25	83	8	62	27	8	4	59	1.45
9935647--9935705	24	2.5	24	79	17	61	33	0	5	61	1.18
9936018--9936225	73	2.9	72	89	3	310	27	21	25	25	1.99
9937858--9937906	7	6.9	7	76	4	53	22	0	46	30	1.52
9939576--9939906	176	1.9	175	88	3	499	47	11	10	30	1.73
9940984--9941101	54	2.2	54	100	0	236	39	14	11	33	1.83
9943786--9944092	43	7.2	42	84	4	346	25	19	28	27	1.99
9943820--9944092	128	2.1	130	85	6	367	26	19	27	26	1.99
9947310--9947369	30	2.0	31	90	3	95	28	21	6	43	1.78
9947344--9947394	25	2.0	25	88	7	77	25	15	9	49	1.75
9947950--9948059	35	3.2	34	79	6	114	23	8	13	54	1.66
9951599--9951623	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
9951664--9951699	6	6.0	6	96	0	63	69	13	0	16	1.19
9963663--9963827	91	1.8	90	90	3	269	27	7	21	43	1.80
9964840--9964998	43	3.7	42	77	14	146	22	17	28	31	1.97
9964880--9965000	41	2.9	41	83	11	147	23	17	27	31	1.97
9969564--9969724	9	17.0	9	69	16	58	59	3	3	33	1.31
9969564--9969726	19	8.5	19	71	17	99	59	3	3	33	1.30
9969564--9969735	29	6.0	28	70	16	120	60	2	4	32	1.30
9969528--9969726	10	21.2	9	69	19	97	59	3	4	33	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9969590--9969626	16	2.2	16	90	9	56	64	2	0	32	1.07
9969564--9969695	18	7.0	18	71	20	92	61	3	3	32	1.27
9970113--9970172	20	3.0	20	76	13	61	30	3	3	63	1.27
9970118--9970239	30	4.3	29	72	13	76	35	2	3	59	1.27
9970118--9970284	46	3.6	46	75	18	125	35	2	2	59	1.26
9970159--9970235	27	2.8	28	71	9	68	36	2	2	58	1.26
9970148--9970311	19	8.8	19	67	11	70	33	2	2	61	1.22
9978319--9978361	22	2.0	22	85	0	59	9	11	27	51	1.69
9978433--9978786	42	8.4	42	86	3	446	30	20	21	26	1.98
9979218--9979245	12	2.3	12	100	0	56	0	42	17	39	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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