genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  194  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59135114--59135188	10	7.8	10	73	18	61	62	2	2	32	1.23
59135123--59135186	18	3.5	18	72	19	60	65	3	1	29	1.17
59135136--59135187	27	1.9	27	88	7	79	67	1	1	28	1.12
59140233--59140259	13	2.1	13	100	0	54	37	0	0	62	0.95
59141182--59141219	13	2.9	13	88	0	58	28	10	23	36	1.88
59143242--59143430	72	2.6	72	82	4	213	56	12	5	25	1.58
59144761--59144792	15	2.2	14	94	5	55	59	12	21	6	1.55
59145336--59145368	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
59146994--59147025	7	4.6	7	96	0	55	53	15	31	0	1.43
59149224--59149273	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
59149399--59149433	17	2.0	18	88	5	54	48	0	2	48	1.16
59149464--59149493	14	2.1	14	93	0	51	46	0	0	53	1.00
59173491--59173520	14	2.1	14	93	0	51	40	0	3	56	1.16
59174765--59174806	16	2.7	15	73	20	50	47	4	0	47	1.23
59178845--59178879	12	2.8	13	86	8	54	62	5	0	31	1.18
59180731--59180773	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
59184514--59184604	38	2.3	38	92	3	146	60	0	3	36	1.13
59184550--59184587	11	3.5	11	85	3	51	57	0	2	39	1.12
59192652--59192711	31	1.9	31	86	0	84	43	10	11	35	1.75
59192659--59192726	31	2.2	31	86	0	91	42	5	13	38	1.68
59194008--59194059	20	2.6	20	84	6	61	9	1	5	82	0.90
59195989--59196145	41	3.8	41	80	3	190	20	20	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59196948--59196985	16	2.3	16	86	13	51	31	0	21	47	1.51
59196998--59197039	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
59197032--59197282	70	3.6	69	83	4	281	26	7	19	45	1.78
59197070--59197266	69	2.8	68	86	6	272	25	8	21	45	1.79
59197107--59197213	22	4.7	23	71	16	71	26	4	22	46	1.71
59197032--59197282	139	1.8	139	83	3	317	26	7	19	45	1.78
59197680--59197728	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
59197885--59197953	36	1.9	35	85	11	95	44	10	0	44	1.37
59198112--59198201	43	2.0	46	85	6	123	34	7	1	56	1.35
59200515--59200571	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
59205613--59205669	30	1.9	30	92	7	98	31	22	5	40	1.76
59210856--59210995	45	3.1	45	80	7	160	21	17	19	42	1.90
59210973--59211014	6	6.8	6	86	2	57	16	21	16	45	1.86
59214331--59215102	126	6.1	126	94	1	1221	27	18	17	36	1.93
59215184--59215273	33	2.7	33	80	1	108	44	13	0	42	1.43
59215337--59215375	15	2.6	15	87	0	51	53	33	0	12	1.39
59215462--59215496	14	2.5	14	85	0	52	14	34	31	20	1.92
59231597--59231637	19	2.2	19	95	0	73	21	19	14	43	1.87
59237220--59237269	25	2.0	25	88	0	73	26	4	16	54	1.59
59237262--59237309	25	1.9	25	91	8	80	18	8	18	54	1.68
59237316--59237340	13	1.9	13	100	0	50	32	4	16	48	1.64
59240763--59240807	17	2.6	17	82	10	56	37	4	4	53	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59240763--59240809	18	2.6	18	86	6	60	38	4	4	53	1.40
59242180--59242219	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
59242439--59242515	12	6.4	12	69	16	52	54	2	7	35	1.43
59247671--59247721	22	2.3	22	100	0	102	27	33	0	39	1.57
59247781--59247838	26	2.1	27	81	6	64	41	0	1	56	1.09
59247931--59247961	15	2.0	16	93	6	55	25	0	6	67	1.14
59249630--59249873	133	1.8	133	90	0	398	19	25	30	24	1.98
59250274--59250308	11	3.3	11	84	8	54	37	45	0	17	1.48
59250275--59250306	16	2.1	15	94	5	55	34	46	0	18	1.49
59250290--59250595	29	10.8	29	90	4	455	46	28	0	24	1.55
59250571--59250615	23	1.9	24	95	4	83	40	40	2	17	1.62
59250695--59250720	10	2.6	10	100	0	52	42	11	0	46	1.40
59253757--59254111	126	2.8	126	90	2	579	32	21	16	29	1.95
59254875--59254899	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
59270766--59270822	29	1.9	29	86	10	80	49	0	3	47	1.18
59271218--59271250	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
59273395--59273475	3	26.7	3	86	5	110	62	1	2	33	1.16
59275843--59275894	13	4.0	13	82	7	70	65	0	19	15	1.27
59275817--59275866	22	2.3	22	92	0	82	70	0	20	10	1.16
59275843--59275891	6	7.7	6	80	11	53	67	0	18	14	1.23
59275820--59275894	7	11.0	7	76	13	68	68	0	18	13	1.22
59277127--59277636	46	11.4	46	72	12	316	29	19	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59277180--59277560	90	4.3	90	73	11	329	29	18	23	28	1.97
59277272--59277609	180	1.9	177	90	3	536	30	18	23	28	1.97
59277127--59277560	134	3.3	131	78	8	468	30	19	22	28	1.98
59277130--59277639	44	11.4	46	72	12	232	30	19	22	27	1.98
59277180--59277636	175	2.6	175	83	5	564	29	18	22	28	1.98
59277600--59278003	44	9.2	44	75	6	304	30	22	24	22	1.99
59277628--59278003	87	4.3	87	74	6	346	30	23	23	22	1.99
59277600--59278002	131	3.1	131	95	0	725	30	22	24	22	1.99
59279431--59279502	3	23.7	3	86	8	92	33	2	1	62	1.18
59279451--59279508	9	6.3	9	93	2	62	31	3	3	62	1.29
59279696--59279739	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
59279792--59279825	12	2.8	12	86	0	50	41	14	2	41	1.61
59279775--59279825	24	2.1	24	82	7	59	43	11	3	41	1.60
59282708--59282802	48	2.0	48	97	0	181	45	22	6	26	1.76
59284743--59284992	17	14.7	17	83	0	302	46	23	7	22	1.77
59296541--59296868	68	5.2	61	81	16	324	45	7	6	40	1.58
59296664--59296691	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
59296605--59296886	68	4.3	68	88	8	456	46	7	5	40	1.55
59296575--59296877	127	2.4	127	98	0	579	44	7	5	41	1.58
59296859--59296904	9	5.1	9	100	0	92	56	10	0	32	1.34
59296790--59296970	86	2.1	84	94	3	326	48	8	4	38	1.53
59296977--59297018	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59296992--59297047	23	2.5	23	82	2	69	44	1	1	51	1.22
59302338--59302380	18	2.4	18	88	0	59	69	6	13	9	1.35
59306206--59306272	22	3.0	23	84	4	84	58	0	1	40	1.07
59306213--59306288	22	3.4	22	77	16	59	61	0	1	36	1.04
59306812--59306837	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
59307911--59307997	11	8.3	11	65	19	51	24	29	2	43	1.66
59307911--59307960	22	2.3	22	89	6	75	24	32	2	42	1.66
59307922--59308021	51	2.0	51	88	4	148	26	27	2	45	1.65
59309981--59310025	21	2.1	21	87	0	63	28	44	24	2	1.66
59310220--59310259	7	5.9	7	85	14	57	47	0	0	52	1.00
59310279--59310308	6	5.0	6	100	0	60	33	50	0	16	1.46
59310267--59310352	18	4.5	18	68	13	64	44	38	2	15	1.59
59310334--59310516	33	5.7	32	71	19	139	42	34	1	21	1.60
59310356--59310415	15	4.2	15	74	20	65	45	33	0	21	1.52
59310346--59310408	27	2.3	27	97	2	117	38	39	0	22	1.54
59310446--59310485	21	1.9	21	85	10	55	42	35	0	22	1.54
59310433--59310639	39	5.4	39	69	21	150	40	35	1	22	1.63
59310446--59310648	33	6.8	30	68	25	103	42	33	0	22	1.60
59310398--59310660	119	2.3	115	86	5	361	43	33	1	21	1.60
59310583--59310635	6	8.3	6	76	19	54	35	43	0	20	1.52
59310337--59310680	119	2.9	115	75	12	309	43	34	1	20	1.61
59310705--59310867	35	4.4	36	69	11	107	46	9	5	38	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59310688--59310927	112	2.1	112	93	1	410	45	7	7	40	1.61
59310911--59310955	22	2.0	22	86	0	63	44	0	4	51	1.21
59311424--59311477	27	2.1	25	82	6	63	27	5	1	64	1.26
59311657--59311687	7	4.3	7	95	4	53	48	38	0	12	1.42
59313969--59313999	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
59321615--59321684	3	23.3	3	100	0	140	65	0	0	34	0.93
59345900--59346114	107	2.0	107	99	0	421	47	12	4	35	1.61
59348634--59348682	20	2.5	20	89	0	71	22	6	20	51	1.69
59352689--59352830	20	6.9	20	75	3	113	21	9	14	54	1.69
59352769--59352845	40	1.9	40	84	5	102	22	7	14	55	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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