genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

This is table  65  of  208  ( 24913 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18779747--18779805	21	2.8	21	85	10	68	37	1	3	57	1.25
18781195--18781236	16	2.7	16	88	3	59	38	11	16	33	1.86
18781657--18781690	18	1.9	17	94	5	59	17	35	2	44	1.64
18782080--18782232	26	5.8	26	78	7	121	32	26	15	26	1.95
18813108--18813159	26	2.0	26	100	0	104	34	7	26	30	1.85
18820494--18820539	23	2.0	23	95	0	83	15	17	28	39	1.90
18824089--18824150	31	2.0	31	100	0	124	16	9	29	45	1.79
18824470--18824526	20	2.7	20	79	17	62	63	1	1	33	1.15
18825614--18825706	32	2.9	32	95	0	159	25	16	16	41	1.88
18826030--18826143	57	2.0	57	98	0	219	30	8	14	46	1.74
18830849--18830905	28	2.0	28	100	0	114	29	21	21	28	1.98
18833233--18833276	22	2.1	22	87	8	65	40	6	11	40	1.68
18837010--18837086	29	2.6	29	83	4	91	48	12	12	25	1.78
18837372--18837421	24	2.1	23	82	14	57	50	2	2	46	1.24
18840484--18840543	30	2.0	31	86	3	86	26	11	25	36	1.90
18841086--18841129	16	2.8	15	76	10	52	50	0	34	15	1.45
18860054--18860094	21	2.0	21	100	0	82	46	19	0	34	1.50
18876247--18876280	12	2.8	12	90	0	50	14	17	17	50	1.79
18880617--18880758	70	2.0	70	100	0	284	26	18	16	38	1.92
18882313--18882354	20	2.1	20	86	0	57	47	4	4	42	1.45
18884120--18884149	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
18889089--18889162	25	3.0	25	78	9	62	35	18	20	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18892075--18892270	50	3.8	50	84	4	230	26	20	30	22	1.99
18892520--18892558	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
18894185--18894239	25	2.2	25	87	6	76	25	25	16	32	1.96
18894194--18894251	25	2.3	25	82	11	66	27	24	18	29	1.98
18900423--18900455	18	1.9	17	88	11	50	30	18	12	39	1.87
18900959--18901024	28	2.4	28	79	2	80	30	22	25	21	1.99
18901186--18901451	32	8.3	32	80	0	264	38	19	19	22	1.93
18901197--18901451	96	2.7	96	83	0	294	38	19	19	22	1.93
18901455--18901508	26	2.1	26	89	0	81	33	25	24	16	1.96
18901496--18901557	27	2.3	27	84	13	76	35	24	24	16	1.95
18901627--18901682	24	2.3	23	79	8	67	44	23	8	23	1.81
18901726--18901893	27	6.4	27	83	4	184	25	22	20	32	1.97
18901745--18901893	27	5.6	27	83	2	185	25	20	20	34	1.96
18901726--18901893	53	3.2	53	86	4	216	25	22	20	32	1.97
18903126--18903165	12	3.3	12	83	10	55	32	45	0	22	1.53
18907793--18907949	56	2.8	56	90	0	242	43	16	8	31	1.78
18909329--18909367	14	2.7	15	84	11	55	35	2	28	33	1.71
18919759--18919935	88	2.0	88	100	0	354	30	5	19	44	1.73
18927652--18927678	14	1.9	14	100	0	54	74	0	11	14	1.08
18931962--18931998	9	4.1	9	96	0	65	29	10	13	45	1.77
18932438--18932477	21	1.9	21	89	0	62	5	12	17	65	1.44
18934955--18935008	27	2.0	27	82	7	65	38	0	11	50	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18936022--18936068	3	15.7	3	95	0	85	65	0	2	31	1.04
18943758--18943994	131	1.8	131	87	1	359	23	21	28	27	1.99
18952308--18952365	20	2.9	19	76	5	62	6	24	22	46	1.76
18975778--18975807	5	6.0	5	92	0	51	56	20	3	20	1.56
18979830--18980108	148	1.9	147	83	2	362	24	26	15	34	1.95
18987413--18987451	14	2.8	14	96	0	69	46	0	28	25	1.53
18995338--18995363	13	2.0	13	100	0	52	23	23	23	30	1.99
18995659--18995699	19	2.1	20	86	4	57	56	2	9	31	1.45
18995996--18996029	16	2.1	16	88	0	50	41	2	20	35	1.68
19005970--19006012	21	2.0	21	91	8	70	0	13	9	76	1.01
19011061--19011104	21	2.2	20	88	12	63	36	0	9	54	1.32
19013451--19013494	22	2.0	22	86	8	63	38	11	0	50	1.39
19013461--19013501	22	1.9	21	85	5	55	43	9	0	46	1.36
19013897--19013927	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
19018082--19018147	24	2.8	23	71	15	62	60	1	0	37	1.06
19018086--19018123	14	2.6	15	83	8	51	60	0	0	39	0.97
19020137--19020176	20	2.0	20	100	0	80	50	15	15	20	1.79
19022853--19022926	27	2.8	26	74	11	69	48	1	1	48	1.18
19028242--19028343	40	2.5	40	93	0	168	39	35	6	18	1.78
19034890--19034981	48	1.9	48	93	0	157	25	22	7	44	1.79
19035145--19035207	26	2.4	26	81	0	72	74	1	1	22	0.99
19035159--19035203	20	2.3	20	88	3	65	75	2	0	22	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19035140--19035207	32	2.1	33	83	8	86	73	2	2	20	1.09
19035157--19035207	6	8.2	6	78	8	57	76	1	0	21	0.88
19037896--19037954	27	2.2	27	81	6	66	25	23	13	37	1.92
19039799--19039867	33	2.1	33	94	0	120	28	13	21	36	1.91
19040586--19040770	25	6.9	25	67	17	104	27	6	12	54	1.62
19040585--19040759	30	6.3	29	72	18	106	26	5	12	54	1.60
19040605--19040808	30	7.2	30	73	12	166	26	5	12	54	1.60
19040723--19040808	21	4.3	19	69	19	59	29	3	12	54	1.54
19040633--19040782	55	2.7	54	75	4	140	26	7	12	53	1.65
19054761--19054800	20	2.0	21	85	5	55	57	20	5	17	1.58
19055046--19055105	31	1.9	31	83	6	77	48	11	1	38	1.50
19064145--19064207	26	2.3	27	78	8	74	38	34	14	12	1.84
19068706--19068803	17	5.4	17	66	13	61	32	3	14	50	1.58
19068721--19068812	17	5.0	18	68	15	71	34	3	15	46	1.62
19068701--19068812	37	3.0	37	93	0	188	33	3	15	47	1.62
19068810--19068890	9	8.6	9	82	10	99	23	9	28	38	1.87
19068813--19068892	20	4.1	20	87	6	119	21	10	28	40	1.85
19068814--19068881	29	2.3	29	87	9	95	20	10	30	38	1.86
19075057--19075119	30	2.1	30	94	5	110	25	3	12	58	1.49
19078342--19078366	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
19081684--19081754	35	2.0	35	94	0	124	32	2	16	47	1.61
19083640--19083704	21	3.2	21	63	20	57	13	26	3	56	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19091723--19091797	37	2.0	37	84	5	98	25	14	14	45	1.83
19107671--19107725	28	2.0	28	88	0	83	30	27	12	29	1.93
19107680--19107734	28	2.0	28	88	0	83	30	29	14	25	1.95
19119802--19119966	43	3.9	42	79	12	149	30	27	18	23	1.97
19119802--19119966	86	1.9	84	82	10	201	30	27	18	23	1.97
19126056--19126090	16	2.1	17	89	5	54	42	0	45	11	1.40
19130991--19131028	20	1.9	20	89	10	60	60	5	0	34	1.19
19140308--19140379	36	2.0	36	100	0	144	50	11	11	27	1.72
19142234--19142358	50	2.5	50	78	0	124	19	26	24	29	1.98
19147190--19147225	18	2.0	18	100	0	72	22	16	0	61	1.35
19147193--19147238	18	2.6	18	86	6	58	21	19	0	58	1.39
19148686--19148800	44	2.7	44	81	5	119	31	28	17	22	1.97
19150912--19150957	24	1.9	24	86	8	67	60	2	4	32	1.28
19150912--19150965	24	2.2	24	83	9	65	61	1	7	29	1.34
19160810--19160874	20	3.0	22	75	8	80	10	35	24	29	1.89
19161189--19161228	21	1.9	21	100	0	80	22	15	10	52	1.71
19166492--19166554	31	2.0	31	100	0	126	9	34	6	49	1.61
19171038--19171076	19	2.0	19	90	5	60	35	2	0	61	1.10
19177516--19177540	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
19180204--19180239	17	2.1	17	94	0	63	38	19	2	38	1.66
19180945--19180985	20	2.0	20	100	0	82	34	14	19	31	1.92
19183614--19183657	19	2.3	20	80	7	56	43	0	4	52	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19184128--19184227	40	2.5	40	73	16	98	41	10	11	38	1.74
19187184--19187225	19	2.2	19	100	0	84	50	19	4	26	1.67
19188316--19188353	6	6.3	6	100	0	76	15	0	0	84	0.63
19188350--19188396	6	7.8	6	97	0	85	34	12	0	53	1.39
19188319--19188415	6	16.2	6	88	8	63	25	6	2	65	1.26
19188391--19188421	9	3.4	9	100	0	62	22	0	9	67	1.19
19194420--19194460	17	2.4	17	91	4	64	34	0	0	65	0.93
19196105--19196163	30	2.0	29	84	12	77	71	8	6	13	1.30
19196937--19196996	30	2.0	29	90	3	93	50	0	11	38	1.39
19197240--19197290	23	2.2	23	82	0	57	60	0	35	3	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208