genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  53  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15026809--15026866	25	2.4	25	80	8	66	3	25	1	68	1.14
15040589--15040637	22	2.2	22	100	0	98	16	10	34	38	1.82
15043526--15043565	20	2.0	20	90	0	62	42	22	27	7	1.80
15054887--15054952	30	2.2	29	82	12	73	54	6	6	33	1.50
15056252--15056402	75	2.0	75	90	0	239	33	15	9	41	1.80
15058208--15058621	186	2.2	184	90	2	643	30	8	17	42	1.80
15060452--15060490	3	13.0	3	94	0	60	28	0	5	66	1.12
15061053--15061084	16	2.0	16	100	0	64	18	18	6	56	1.62
15061154--15061459	109	2.8	109	91	2	476	28	16	19	35	1.94
15066331--15066358	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
15068232--15068265	15	2.2	16	89	5	52	44	0	11	44	1.40
15071320--15071358	19	2.1	19	85	0	51	33	23	10	33	1.88
15073100--15073253	45	3.4	45	78	6	159	33	22	16	27	1.95
15073186--15073281	45	2.1	45	82	3	113	31	25	13	30	1.94
15073617--15073799	50	3.8	48	85	5	244	18	32	22	26	1.97
15073617--15073799	97	1.9	99	89	3	289	18	32	22	26	1.97
15076920--15077017	43	2.3	42	89	1	142	30	15	24	29	1.95
15076911--15077059	43	3.5	43	77	9	135	31	16	24	28	1.96
15085124--15085188	23	2.6	25	76	11	71	70	1	6	21	1.17
15086966--15087325	44	8.1	44	77	3	247	27	18	18	35	1.94
15086975--15087329	89	4.0	90	84	3	425	28	18	17	35	1.94
15092169--15092197	7	4.1	7	100	0	58	0	27	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15099207--15099234	5	5.6	5	100	0	56	0	17	0	82	0.68
15100499--15100539	20	2.0	20	100	0	82	36	14	34	14	1.87
15100528--15100584	29	2.0	29	96	0	105	35	21	15	28	1.94
15100697--15100753	24	2.4	25	82	5	73	57	0	0	42	0.98
15100708--15100732	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
15101014--15101075	31	2.1	27	82	11	70	50	0	1	48	1.10
15101374--15101412	20	2.0	20	85	10	53	33	0	2	64	1.08
15103600--15103637	16	2.3	16	86	13	51	71	2	2	23	1.12
15103597--15103746	77	1.9	78	85	8	207	45	9	9	36	1.69
15113439--15113493	9	6.1	9	95	0	101	45	12	10	30	1.77
15114412--15114462	5	10.2	5	97	0	93	23	19	19	37	1.94
15119140--15119183	22	2.0	22	95	0	79	20	18	20	40	1.91
15119664--15119703	13	3.1	13	77	0	53	35	27	7	30	1.84
15121402--15121435	16	2.1	16	100	0	68	23	0	38	38	1.55
15132956--15133028	23	3.3	23	66	11	71	47	4	2	45	1.36
15138481--15138518	17	2.3	17	86	4	51	63	5	0	31	1.17
15147580--15149094	702	2.2	703	86	2	2141	38	10	18	32	1.85
15147585--15149094	353	4.3	353	86	2	2060	38	10	18	32	1.85
15150877--15150931	25	2.2	25	77	6	58	36	0	20	43	1.52
15151309--15151363	18	3.0	18	87	10	76	50	0	25	23	1.49
15151309--15151382	19	3.9	19	81	8	80	50	0	24	25	1.50
15152805--15152843	19	2.1	19	100	0	78	30	15	5	48	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15154364--15154433	25	2.8	25	97	0	131	21	21	22	34	1.97
15156478--15156688	69	3.0	68	91	2	314	44	18	10	25	1.83
15156483--15156672	24	8.2	23	70	8	107	45	19	9	25	1.80
15156680--15156722	7	5.5	8	86	10	54	51	16	0	32	1.45
15156680--15156722	16	2.8	17	83	16	58	51	16	0	32	1.45
15157510--15157657	41	3.6	41	85	0	188	32	25	20	20	1.98
15166329--15166456	41	3.0	41	77	8	132	32	26	15	25	1.95
15167330--15167383	26	2.1	26	86	6	74	48	3	1	46	1.30
15173204--15173246	18	2.3	19	88	8	61	41	0	2	55	1.12
15173332--15173365	9	3.8	9	84	0	50	23	2	17	55	1.55
15173333--15173370	18	2.1	18	90	0	58	28	2	13	55	1.51
15174722--15174758	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
15176547--15176587	17	2.3	18	84	12	50	43	0	12	43	1.41
15176545--15176588	18	2.3	18	84	11	52	40	0	15	43	1.47
15176684--15176718	2	17.5	2	93	0	61	48	0	0	51	1.00
15177441--15177477	17	2.2	17	100	0	74	72	0	5	21	1.04
15177614--15177652	19	2.1	19	85	0	51	2	10	12	74	1.17
15178339--15178646	130	2.4	128	92	2	501	23	19	22	34	1.97
15178654--15178877	99	2.3	99	80	6	265	25	20	22	30	1.98
15178654--15178933	99	2.8	98	79	8	259	25	20	22	32	1.98
15178914--15179014	44	2.3	44	81	5	114	22	23	26	26	2.00
15179036--15179287	44	5.8	44	74	7	183	31	25	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15179074--15179185	45	2.5	44	85	1	143	29	26	18	25	1.98
15179279--15179872	129	4.6	129	93	0	974	24	24	19	31	1.98
15182050--15182133	6	14.7	6	82	9	86	13	3	9	73	1.20
15182074--15182147	16	4.6	16	80	11	80	10	1	8	79	0.99
15182049--15182124	40	1.9	40	91	0	125	13	3	9	73	1.21
15182056--15182134	34	2.3	34	86	0	113	12	2	10	74	1.16
15182050--15182133	28	2.9	29	77	7	91	13	3	9	73	1.20
15182049--15182134	40	2.1	41	87	6	122	12	3	9	74	1.18
15186423--15186463	17	2.3	18	84	12	50	43	0	12	43	1.41
15186421--15186464	18	2.3	18	84	11	52	40	0	15	43	1.47
15186466--15186492	6	4.5	6	100	0	54	33	0	18	48	1.49
15188469--15188556	39	2.2	40	78	9	101	39	20	5	34	1.76
15188971--15189092	39	3.1	39	81	0	136	39	22	5	32	1.78
15191441--15191480	18	2.3	18	95	4	73	55	0	2	42	1.13
15192605--15192696	39	2.4	39	83	7	109	19	22	29	28	1.98
15197918--15197951	17	1.9	18	88	5	52	70	0	2	26	1.01
15198315--15198357	22	2.0	22	90	0	68	9	18	27	44	1.80
15198482--15198626	43	3.4	42	82	6	166	19	20	26	33	1.96
15198485--15198646	86	1.9	86	80	2	191	22	21	25	29	1.99
15198549--15198689	43	3.3	43	79	0	120	25	27	21	24	2.00
15198614--15198861	43	5.7	43	77	6	234	28	31	19	20	1.97
15199168--15199221	21	2.6	21	100	0	108	3	44	12	38	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15199168--15199279	21	5.3	21	86	0	107	3	41	16	37	1.66
15199251--15199397	66	2.2	66	89	2	215	13	27	18	40	1.88
15199256--15199420	66	2.5	66	88	2	206	13	24	19	41	1.88
15204838--15204871	16	2.1	16	94	0	59	32	0	14	52	1.42
15204852--15204907	25	2.2	25	83	0	67	35	5	14	44	1.68
15204909--15205305	9	45.7	9	65	19	73	38	3	13	45	1.59
15204951--15205029	34	2.3	34	80	0	86	41	1	13	43	1.53
15205021--15205569	31	17.5	31	75	14	459	38	3	11	47	1.56
15205029--15205569	96	5.7	95	83	10	598	38	3	11	47	1.55
15205293--15205461	56	3.0	56	97	1	313	39	2	10	47	1.51
15205389--15205576	22	8.6	22	67	18	92	39	2	10	47	1.50
15206809--15206876	33	2.1	33	94	0	118	35	29	2	32	1.73
15207147--15207184	17	2.2	17	95	0	67	39	13	36	10	1.79
15207425--15207492	33	2.1	33	94	0	118	35	29	2	32	1.73
15207713--15207752	15	2.8	14	85	7	53	37	2	35	25	1.69
15207727--15207783	23	2.4	22	80	13	60	36	1	42	19	1.62
15207746--15207799	23	2.3	23	84	6	65	38	1	38	20	1.63
15209869--15210190	42	7.8	41	87	2	387	32	26	25	15	1.95
15209829--15210190	82	4.4	82	81	4	399	32	25	25	15	1.96
15211204--15211267	30	2.2	29	83	8	76	57	3	0	39	1.14
15213099--15213165	27	2.5	26	79	9	73	55	8	1	34	1.40
15225270--15225355	30	2.8	32	89	7	140	47	11	9	31	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15228378--15228422	20	2.3	19	84	3	54	62	20	0	17	1.33
15228544--15228586	20	2.2	20	83	4	52	39	4	9	46	1.57
15229287--15229345	30	1.9	30	83	10	75	32	8	0	59	1.28
15229278--15229344	14	4.5	15	71	20	52	34	7	0	58	1.26
15243090--15243354	27	9.8	27	79	4	212	24	25	8	41	1.83
15247366--15247421	27	2.2	25	83	6	67	10	32	1	55	1.45
15250013--15250042	9	3.3	9	90	0	51	76	10	0	13	1.01
15253061--15253090	15	2.0	15	93	0	51	23	16	26	33	1.96
15253623--15253688	33	2.0	33	90	0	105	28	12	25	33	1.92
15258449--15258482	11	3.1	11	91	0	59	73	0	17	8	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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