genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  58  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16526982--16527122	25	5.6	25	71	9	90	38	21	21	18	1.94
16533467--16533650	24	7.4	25	71	11	112	35	21	25	17	1.95
16535334--16535515	29	6.2	28	75	13	106	23	25	14	36	1.93
16535378--16535513	58	2.3	59	86	3	186	22	27	12	37	1.90
16535334--16535515	59	3.1	58	81	3	213	23	25	14	36	1.93
16538041--16538753	362	2.0	363	94	1	1270	31	17	16	34	1.92
16546410--16546549	40	3.5	40	85	3	192	17	31	16	35	1.92
16546410--16546548	20	6.9	20	64	18	74	16	31	16	35	1.91
16551423--16551505	13	6.1	13	71	14	60	42	1	18	38	1.58
16556016--16556046	14	2.1	15	94	5	55	25	3	12	58	1.50
16556003--16556048	13	3.4	14	77	19	53	26	8	13	52	1.69
16559173--16559249	38	2.0	38	92	0	127	24	19	9	46	1.79
16560417--16560441	13	1.9	13	100	0	50	28	0	24	48	1.52
16561160--16561202	15	2.8	15	86	10	52	25	4	4	65	1.32
16561191--16561240	20	2.7	18	84	9	66	22	2	0	76	0.89
16561178--16561252	17	4.2	17	73	17	55	26	2	2	68	1.17
16562149--16562186	17	2.2	18	85	4	51	21	2	10	65	1.35
16562170--16562209	21	1.9	21	89	0	62	27	0	12	60	1.33
16568433--16568494	25	2.5	25	82	7	81	29	24	19	27	1.98
16568900--16569027	65	2.0	65	93	0	220	42	14	6	36	1.70
16573663--16573755	29	3.2	29	85	7	118	35	12	30	21	1.91
16573659--16573772	59	1.9	59	81	10	135	36	14	27	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16580305--16580343	4	9.8	4	82	0	51	20	25	5	48	1.70
16580305--16580343	12	3.2	12	92	0	60	20	25	5	48	1.70
16580613--16580834	50	4.3	50	84	3	255	22	28	22	27	1.99
16590070--16590114	21	2.1	22	83	4	56	57	0	4	37	1.19
16591408--16591459	26	2.0	26	85	7	70	44	30	5	19	1.74
16595806--16595843	20	1.9	20	84	10	51	52	23	0	23	1.47
16600252--16600312	28	2.2	28	88	2	88	32	21	22	22	1.98
16600420--16600487	26	2.6	26	88	0	100	35	23	22	19	1.96
16600663--16600800	27	5.1	27	86	0	159	22	15	21	39	1.91
16601660--16601701	19	2.3	18	80	15	50	73	0	23	2	0.94
16613097--16613172	29	2.6	29	89	0	116	51	15	18	14	1.77
16623588--16623629	13	3.2	13	93	0	66	21	16	35	26	1.94
16624348--16624469	61	2.0	61	93	3	210	31	13	28	26	1.94
16627373--16627411	20	2.1	18	86	13	53	64	0	5	30	1.15
16632371--16632395	13	1.9	13	100	0	50	56	0	12	32	1.36
16636513--16636720	27	7.7	27	90	2	258	24	24	10	40	1.86
16637515--16637555	17	2.4	18	72	12	50	56	12	7	24	1.61
16638630--16638664	8	4.2	8	88	3	52	51	0	11	37	1.38
16638891--16638945	28	2.0	28	100	0	110	49	14	21	14	1.79
16639183--16639267	25	3.4	25	75	16	88	23	24	20	31	1.98
16639183--16639279	25	4.0	22	76	17	86	25	23	19	30	1.98
16646887--16647658	44	17.8	44	64	16	236	26	25	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16646901--16647770	132	6.7	132	93	2	1470	25	26	19	28	1.99
16646901--16647770	387	2.2	390	92	1	1458	25	26	19	28	1.99
16668830--16668895	22	3.0	22	93	0	105	31	15	27	25	1.95
16675713--16675757	19	2.3	20	75	17	51	35	4	0	60	1.17
16693628--16693652	12	2.1	12	100	0	50	8	0	24	68	1.16
16694843--16694896	11	4.9	11	81	0	72	38	50	0	11	1.38
16695682--16695792	47	2.3	47	75	1	123	22	12	23	41	1.88
16696945--16697059	41	2.7	42	75	11	119	26	22	19	31	1.98
16712321--16712354	16	2.1	17	88	5	52	50	5	2	41	1.42
16712520--16712578	27	2.2	26	84	3	73	45	15	5	33	1.68
16715716--16715767	22	2.4	21	81	9	59	11	5	48	34	1.63
16716735--16716759	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
16718375--16718463	41	2.2	41	93	4	153	37	17	7	37	1.80
16719398--16719434	19	1.9	19	89	10	58	70	10	8	10	1.35
16720298--16720362	23	2.8	23	92	2	103	49	3	38	9	1.51
16721408--16721435	7	4.0	7	100	0	56	14	0	14	71	1.15
16729973--16730015	18	2.3	18	92	4	68	44	0	0	55	0.99
16733471--16733562	37	2.4	40	81	12	97	70	3	4	21	1.19
16734356--16734390	11	3.2	11	95	0	61	28	34	0	37	1.58
16743563--16743602	21	2.0	21	85	5	55	55	2	0	42	1.13
16748753--16748830	26	3.0	26	78	0	84	42	20	19	17	1.90
16749011--16749127	27	4.3	27	80	8	121	18	17	20	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16756030--16756080	26	2.0	26	92	0	84	37	25	21	15	1.93
16757310--16757450	25	5.6	25	70	11	110	37	19	12	31	1.88
16757325--16757449	50	2.5	52	84	7	161	38	20	12	29	1.88
16757565--16757591	5	5.4	5	100	0	54	37	0	0	62	0.95
16761926--16761997	24	3.0	24	85	6	65	37	22	22	18	1.94
16761936--16762011	24	3.1	24	92	5	118	34	23	25	17	1.96
16767909--16768044	50	2.7	51	86	4	195	25	18	27	28	1.98
16767969--16768048	26	3.1	26	65	22	69	25	16	27	31	1.96
16768055--16768140	45	1.9	45	87	0	127	26	13	22	37	1.92
16772164--16772863	75	9.3	75	79	4	532	24	23	14	37	1.92
16772164--16772916	150	5.0	150	80	3	674	24	22	14	37	1.92
16772170--16772872	225	3.1	221	80	6	741	24	22	14	37	1.92
16774418--16774491	30	2.4	30	75	14	80	43	1	2	52	1.23
16774702--16774742	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
16781044--16781266	41	5.5	41	88	1	306	33	19	29	17	1.95
16781164--16781230	20	3.3	20	69	10	64	29	16	34	19	1.94
16781145--16781250	20	5.2	20	65	10	63	33	17	33	15	1.91
16783800--16783925	37	3.4	37	82	2	155	17	15	28	38	1.91
16789518--16789574	21	2.7	21	83	5	62	14	12	29	43	1.81
16795257--16795381	53	2.3	54	78	12	123	27	19	5	48	1.71
16800445--16800482	14	2.8	13	92	7	67	47	5	10	36	1.61
16804911--16804944	14	2.4	14	90	9	52	29	44	2	23	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16804963--16805000	14	2.7	15	88	12	62	42	26	0	31	1.56
16804963--16805009	15	3.3	15	85	8	53	40	29	0	29	1.57
16805195--16805238	22	2.0	22	86	8	63	31	43	2	22	1.66
16804800--16805377	295	2.0	284	86	7	797	41	27	2	28	1.69
16805634--16805815	41	4.4	41	79	2	170	32	28	19	19	1.96
16808786--16808956	50	3.4	50	80	4	168	26	22	29	22	1.99
16815042--16815139	51	1.9	51	85	8	137	38	11	4	45	1.59
16815377--16815414	11	3.2	12	85	7	51	13	7	0	78	0.94
16815906--16815954	16	3.3	16	67	21	52	26	8	4	61	1.42
16816554--16816590	19	2.0	18	89	5	56	62	2	0	35	1.10
16821354--16821403	26	2.0	25	92	4	82	38	8	18	36	1.80
16821419--16821460	22	2.0	22	85	4	59	42	0	14	42	1.45
16826041--16826172	39	3.4	39	89	1	192	22	28	15	34	1.94
16826089--16826148	19	3.0	21	69	14	63	25	26	16	31	1.96
16826074--16826136	19	3.3	19	72	12	65	19	33	14	33	1.91
16827712--16828232	27	19.3	27	87	4	594	41	18	20	19	1.91
16827712--16828233	81	6.4	81	86	4	685	41	18	20	19	1.91
16828408--16828509	26	3.9	26	81	2	107	18	23	21	36	1.95
16828617--16828702	30	2.8	31	89	3	122	20	27	24	26	1.99
16834922--16834988	23	3.0	22	76	10	64	38	17	10	32	1.84
16835181--16835232	9	5.7	9	78	13	61	19	3	1	75	1.06
16840384--16840419	10	3.6	10	100	0	72	0	0	8	91	0.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16840681--16840719	21	1.9	20	89	5	60	41	2	0	56	1.13
16842239--16842302	33	2.0	32	81	9	76	45	15	1	37	1.56
16844827--16844869	19	2.3	19	79	0	50	4	34	4	55	1.41
16845372--16845851	27	17.9	27	84	4	569	40	21	18	19	1.91
16846018--16846077	26	2.3	26	85	2	75	18	23	23	35	1.96
16846035--16846107	26	2.8	26	85	0	92	16	21	24	36	1.94
16846220--16846278	28	2.1	27	93	3	100	23	25	25	25	2.00
16851481--16851515	18	1.9	18	88	11	54	34	14	8	42	1.76
16853563--16853592	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
16854186--16854775	299	2.0	298	92	1	993	30	20	25	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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