genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  77  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22582573--22582609	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
22583627--22583666	19	2.0	21	90	9	66	32	0	2	65	1.06
22590853--22590887	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
22594181--22594273	46	2.0	46	100	0	186	32	15	8	44	1.76
22595448--22595496	22	2.2	23	82	10	57	42	2	10	44	1.49
22595743--22595788	18	2.6	18	86	3	58	43	0	2	54	1.12
22595945--22596038	44	2.1	45	88	5	138	36	25	4	34	1.76
22596020--22596091	16	4.5	16	87	0	108	29	29	4	37	1.76
22596323--22596388	31	2.1	32	83	13	84	50	3	4	42	1.38
22600738--22601137	199	2.0	201	97	0	759	42	14	14	29	1.85
22601417--22601469	26	2.0	27	88	3	81	64	1	20	13	1.38
22603187--22603312	62	2.0	64	92	3	211	34	10	19	36	1.85
22605643--22605688	23	2.0	23	86	0	65	26	10	19	43	1.84
22608162--22608211	22	2.3	22	82	0	55	64	2	2	32	1.16
22609478--22609531	21	2.6	21	78	21	69	33	3	1	61	1.25
22613097--22613128	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
22632210--22632297	35	2.5	35	85	5	117	39	36	14	9	1.78
22635925--22635950	13	2.0	13	100	0	52	38	7	23	30	1.83
22642933--22642988	22	2.6	22	82	2	69	35	16	32	16	1.90
22645912--22646026	23	4.9	23	83	3	140	45	4	28	21	1.71
22653468--22653571	23	4.4	23	78	7	111	45	4	27	22	1.72
22653468--22653571	24	4.4	24	78	2	113	45	4	27	22	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22654975--22655031	29	2.0	29	96	0	105	31	14	19	35	1.91
22664858--22665031	91	1.9	89	88	2	258	28	22	13	34	1.93
22670558--22670715	25	6.4	25	70	9	101	35	19	24	20	1.96
22670621--22670834	25	8.7	24	67	16	82	35	21	24	18	1.96
22671818--22671846	5	5.8	5	100	0	58	20	0	0	79	0.74
22673289--22673319	6	5.2	6	100	0	62	16	35	0	48	1.46
22678360--22678478	25	4.8	25	75	7	109	33	22	25	18	1.97
22678434--22678552	48	2.5	47	78	5	130	33	23	25	17	1.96
22678484--22678604	26	4.8	26	72	12	92	34	23	23	18	1.96
22686606--22686670	27	2.4	28	97	2	123	40	10	0	49	1.38
22686723--22686774	27	1.9	27	84	0	68	28	23	30	17	1.97
22686815--22686931	4	29.0	4	71	22	61	68	0	29	1	1.00
22686805--22686861	27	2.1	28	90	9	91	59	0	36	3	1.14
22686805--22686931	28	4.7	26	72	16	89	66	0	31	2	1.05
22686818--22686949	22	6.4	21	70	21	84	67	0	31	1	1.00
22686841--22686949	43	2.8	36	75	21	121	68	0	30	0	0.96
22686843--22686945	10	10.4	10	70	21	58	68	0	30	0	0.96
22686845--22686949	38	2.6	41	79	10	128	68	0	30	0	0.96
22689675--22689700	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
22689699--22689784	3	28.7	3	97	0	163	67	1	0	31	0.98
22689954--22689978	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
22690018--22690119	27	3.8	27	79	5	109	16	33	24	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22690180--22690242	26	2.4	27	91	2	110	47	0	12	39	1.42
22693765--22693854	44	2.0	44	100	0	180	38	15	8	36	1.79
22696382--22696429	23	2.0	26	88	12	75	77	4	12	6	1.11
22701446--22701470	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
22703490--22703520	16	1.9	16	93	0	53	35	35	0	29	1.58
22704100--22704149	21	2.4	21	100	0	100	22	42	16	20	1.89
22705102--22705184	41	2.0	41	100	0	166	27	28	16	26	1.97
22705422--22705477	21	2.7	21	94	2	96	33	26	0	39	1.57
22705592--22705631	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
22705577--22705643	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
22705571--22705647	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
22706985--22707009	12	2.1	12	100	0	50	32	16	0	52	1.44
22707451--22707496	21	2.4	21	86	13	64	34	8	2	54	1.43
22711723--22711997	138	2.0	139	89	2	419	35	15	21	27	1.93
22713168--22713276	55	2.0	55	98	0	209	24	17	18	39	1.92
22714098--22714129	13	2.5	13	89	0	55	40	25	0	34	1.56
22715466--22715512	20	2.3	20	96	0	85	27	8	8	55	1.59
22720411--22720501	45	2.0	45	97	0	173	15	18	6	59	1.57
22732217--22732266	17	2.6	19	84	12	59	66	0	0	34	0.92
22732670--22732700	9	3.4	9	95	0	53	45	16	9	29	1.79
22735285--22735318	16	2.1	17	88	5	52	44	2	0	52	1.16
22737186--22737217	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22760811--22760843	17	1.9	17	88	11	50	42	6	0	51	1.26
22767065--22767096	15	2.0	17	88	11	50	53	6	0	40	1.26
22771221--22771271	2	25.5	2	100	0	102	0	50	0	49	1.00
22772805--22772906	20	5.2	20	72	9	75	48	15	4	31	1.67
22772805--22772903	19	5.0	21	77	13	93	49	16	5	29	1.66
22772805--22772906	39	2.6	39	82	3	125	48	15	4	31	1.67
22775070--22775144	25	3.4	21	73	22	73	57	5	0	37	1.22
22775071--22775121	20	2.6	20	84	9	61	58	5	0	35	1.22
22786472--22786542	25	2.9	23	74	14	61	18	29	22	29	1.97
22788551--22788583	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
22790707--22790739	14	2.3	15	90	10	52	0	42	0	57	0.98
22793632--22793722	45	2.0	45	97	0	173	32	4	23	39	1.74
22805778--22805820	21	2.0	21	95	0	77	20	32	4	41	1.73
22813558--22813583	12	2.2	12	100	0	52	69	0	15	15	1.20
22814193--22814261	30	2.3	30	89	0	102	40	14	18	26	1.89
22820311--22820373	26	2.4	26	81	0	72	41	11	14	33	1.81
22834137--22834197	29	2.1	30	84	3	79	36	16	8	39	1.78
22834648--22834679	14	2.3	14	94	0	55	84	0	12	3	0.74
22854449--22854485	19	1.9	19	94	0	65	48	2	24	24	1.64
22856725--22856754	6	5.0	6	95	0	51	33	13	33	20	1.91
22885432--22885487	28	1.9	30	82	7	71	32	1	21	44	1.63
22885991--22886210	75	2.9	74	78	3	224	13	15	31	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22885986--22886218	38	6.2	38	81	1	247	14	15	31	39	1.87
22886152--22886246	38	2.5	38	85	0	136	16	23	27	32	1.96
22886249--22886345	41	2.4	41	80	0	104	15	15	28	40	1.88
22893616--22893738	41	3.0	41	81	7	117	21	22	21	34	1.97
22899526--22899620	41	2.3	41	85	0	127	21	22	23	33	1.97
22899547--22899646	41	2.5	40	84	6	125	21	18	25	36	1.95
22904483--22904540	22	2.7	22	83	2	73	24	25	37	12	1.90
22906569--22906604	12	2.9	12	91	4	54	16	27	0	55	1.42
22906569--22906604	18	1.9	19	88	5	56	16	27	0	55	1.42
22908680--22908725	20	2.2	21	85	11	60	19	2	4	73	1.10
22909010--22909100	29	3.3	29	66	27	79	28	9	9	51	1.67
22908992--22909098	54	2.0	54	98	0	205	28	8	13	50	1.70
22915480--22915532	25	2.1	25	100	0	106	49	15	3	32	1.62
22923112--22923146	15	2.3	15	100	0	70	42	25	0	31	1.55
22930344--22930377	5	6.8	5	87	12	52	2	14	0	82	0.79
22937251--22937283	15	2.1	16	88	5	50	81	0	18	0	0.68
22937279--22937382	40	2.6	40	79	10	97	73	7	12	6	1.25
22937326--22937359	13	2.8	12	86	8	50	79	5	2	11	1.02
22937331--22937359	13	2.2	13	100	0	58	79	6	0	13	0.93
22938257--22938310	6	8.0	7	76	15	51	70	1	16	11	1.25
22939602--22939855	44	5.5	44	72	14	172	33	20	18	28	1.96
22939993--22940777	50	15.7	50	70	5	492	33	23	19	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22939985--22940810	100	8.2	100	80	7	908	33	23	19	23	1.97
22939992--22940810	301	2.7	301	89	2	1238	33	23	19	23	1.97
22942978--22943003	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22964025--22964062	16	2.5	15	87	12	51	39	0	2	57	1.12
22964073--22964189	60	1.9	61	84	1	155	39	3	15	41	1.64
22965476--22965529	15	3.1	18	76	20	60	29	1	0	68	1.00
22965720--22965764	21	2.2	20	84	11	56	40	4	4	51	1.42
22975058--22975109	21	2.4	21	83	3	59	50	11	25	13	1.75
22975058--22975099	22	1.9	22	85	9	59	52	9	23	14	1.71
22975325--22975366	21	2.0	21	86	4	59	64	2	26	7	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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