genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  80  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23501412--23501510	13	7.5	13	77	6	92	41	10	3	45	1.53
23501442--23501519	40	2.0	40	94	0	138	43	10	2	43	1.52
23501529--23501913	9	44.4	9	68	16	206	42	21	2	34	1.65
23501530--23501908	16	21.9	17	69	17	157	42	21	2	33	1.65
23501539--23501630	25	3.6	25	79	7	96	47	22	1	28	1.58
23501536--23501672	41	3.3	41	79	9	134	46	22	1	29	1.61
23501765--23501913	25	5.8	25	77	7	138	41	21	2	34	1.67
23501755--23501909	34	4.5	33	71	17	104	41	21	2	34	1.67
23507774--23507994	43	5.2	44	80	8	219	27	18	28	25	1.98
23507839--23507996	42	3.8	40	80	7	140	25	19	28	25	1.99
23513007--23513044	18	2.2	18	85	4	51	60	13	13	13	1.59
23523711--23524073	43	8.4	43	80	4	338	27	29	17	26	1.97
23524931--23525250	23	13.9	22	74	14	227	39	22	6	32	1.79
23524931--23525250	46	6.9	45	83	7	376	39	22	6	32	1.79
23526809--23527052	41	5.9	41	86	3	287	20	19	29	30	1.97
23526809--23527052	83	2.9	81	85	6	296	20	19	29	30	1.97
23527460--23528103	283	2.2	282	81	9	752	28	2	26	42	1.69
23527942--23527996	21	2.6	21	80	8	58	29	1	32	36	1.68
23528768--23529624	428	2.0	429	96	0	1572	31	16	18	32	1.94
23529403--23529624	83	2.7	83	75	8	209	29	15	19	35	1.92
23530188--23530248	16	3.8	16	82	4	86	22	4	13	59	1.53
23530185--23530249	33	2.0	33	100	0	130	23	6	12	58	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23530301--23530614	157	2.0	157	98	0	610	33	14	18	33	1.91
23531829--23531888	33	1.9	30	80	12	68	33	8	15	43	1.76
23532027--23532153	13	9.4	13	67	19	55	44	11	1	41	1.50
23532055--23532161	35	3.1	35	69	16	96	42	13	0	42	1.49
23532136--23532225	18	4.6	18	75	24	92	45	12	0	42	1.41
23532104--23532228	62	2.0	62	87	3	180	44	12	0	43	1.42
23532257--23532345	43	2.1	43	100	0	178	34	6	8	49	1.61
23532550--23532748	9	23.8	9	69	19	128	47	20	1	31	1.57
23532556--23532715	25	6.8	21	68	22	79	48	19	0	31	1.54
23532569--23532648	25	3.2	25	83	5	90	50	20	0	30	1.49
23532557--23532729	82	2.2	78	82	10	201	48	18	0	32	1.53
23532599--23532743	16	9.0	16	69	23	99	48	19	0	31	1.54
23538205--23538375	66	2.6	65	86	4	218	39	19	28	12	1.88
23538346--23538437	21	4.4	21	84	0	121	34	16	43	5	1.71
23538800--23539178	43	8.8	43	87	3	496	25	18	30	25	1.98
23538800--23539224	43	9.9	42	83	5	145	25	18	29	26	1.98
23541780--23541821	7	6.0	7	94	0	75	28	54	0	16	1.42
23541935--23541980	14	3.3	14	87	0	65	32	43	0	23	1.54
23541974--23542116	74	1.9	75	89	2	225	46	25	0	27	1.58
23542295--23542328	14	2.4	14	100	0	68	44	32	0	23	1.54
23542588--23542633	20	2.4	19	85	7	58	65	4	4	26	1.30
23542642--23542915	41	6.7	41	79	5	277	29	27	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23542642--23542915	82	3.4	81	83	3	325	29	27	21	21	1.99
23542646--23542915	123	2.2	123	83	2	328	29	27	21	21	1.98
23543053--23543078	12	2.2	12	100	0	52	53	23	7	15	1.67
23547929--23547963	16	2.2	16	89	0	52	37	40	8	14	1.76
23548021--23548080	30	2.0	30	93	0	102	31	28	5	35	1.79
23556647--23556699	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
23562087--23562116	13	2.4	12	94	5	51	46	6	0	46	1.29
23562471--23562510	14	2.6	14	85	14	53	55	5	2	37	1.35
23563713--23563772	27	2.3	27	82	8	70	18	5	8	68	1.34
23564039--23564264	50	4.5	49	73	3	173	24	21	24	29	1.99
23564031--23564298	100	2.7	100	86	4	355	24	22	25	28	1.99
23564465--23564619	44	3.5	44	92	3	242	27	22	20	29	1.99
23564410--23564895	88	5.4	89	71	15	325	28	21	17	32	1.96
23564268--23565056	277	2.9	277	95	0	1427	27	21	18	32	1.97
23564730--23564896	44	3.8	44	87	1	219	28	22	19	29	1.98
23565030--23565343	130	2.4	130	91	3	515	24	25	21	28	1.99
23565219--23565430	87	2.4	87	99	0	415	25	25	21	28	1.99
23565089--23565560	217	2.2	217	94	0	820	26	25	20	28	1.99
23565335--23565917	132	4.4	131	91	2	807	25	24	20	29	1.99
23567159--23567207	7	7.0	7	82	13	57	16	12	0	71	1.14
23567177--23567206	13	2.3	13	94	0	51	16	10	0	73	1.09
23568137--23568162	6	4.3	6	100	0	52	15	0	15	69	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23568174--23568203	7	4.3	7	100	0	60	13	0	0	86	0.57
23572392--23572421	13	2.4	12	94	5	51	46	6	0	46	1.29
23572421--23572454	17	2.0	17	88	0	50	61	0	11	26	1.30
23572777--23572816	14	2.6	14	85	14	53	55	5	2	37	1.35
23573791--23573842	23	2.3	23	80	6	63	17	21	48	13	1.81
23574019--23574070	27	1.9	27	84	0	68	19	3	7	69	1.29
23574035--23574084	22	2.3	22	85	0	64	16	4	6	74	1.17
23574292--23574343	21	2.5	22	71	9	54	46	17	0	36	1.48
23574498--23574588	23	4.0	23	85	0	119	26	27	17	28	1.98
23577478--23577534	11	4.8	11	83	14	60	57	0	0	42	0.98
23577478--23577522	14	3.4	13	85	11	56	57	0	0	42	0.98
23577479--23577537	25	2.3	26	88	5	84	57	0	0	42	0.98
23578859--23578917	29	2.0	29	90	0	91	13	3	13	69	1.31
23584127--23584258	50	2.6	52	77	17	141	37	12	15	34	1.84
23587757--23587800	17	2.7	15	83	13	52	59	0	4	36	1.18
23588753--23588904	20	7.6	20	69	11	96	19	29	19	31	1.96
23588753--23588904	40	3.8	40	70	6	128	19	29	19	31	1.96
23588940--23589004	19	3.4	19	77	10	62	13	24	23	38	1.91
23589179--23589330	20	7.6	20	70	5	92	19	28	20	31	1.97
23592767--23592807	21	2.0	21	90	0	64	31	2	4	60	1.30
23600725--23600776	15	3.3	15	86	7	77	25	23	7	44	1.79
23604297--23604346	17	2.9	17	93	0	91	24	26	6	44	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23607520--23607570	6	8.5	6	77	16	52	15	1	15	66	1.34
23607520--23607576	18	3.2	17	78	16	53	15	1	14	68	1.29
23611843--23612036	50	3.8	50	79	4	190	27	20	27	24	1.99
23615551--23615733	51	3.6	50	75	6	154	24	17	25	32	1.97
23615739--23615833	45	2.1	45	88	0	145	29	17	22	30	1.97
23628648--23628832	50	3.7	50	79	4	171	27	23	26	22	2.00
23629733--23629777	11	4.4	11	72	16	51	53	13	6	26	1.64
23633655--23633712	22	2.5	24	72	13	59	62	5	5	27	1.38
23633697--23633725	12	2.4	12	100	0	58	58	0	6	34	1.25
23641022--23641063	22	2.0	21	85	4	57	23	7	11	57	1.59
23645388--23645481	20	4.7	19	76	5	89	10	28	20	40	1.86
23645388--23645486	40	2.5	40	78	6	110	12	27	20	40	1.87
23646495--23646546	26	2.0	26	85	3	70	44	15	9	30	1.78
23646508--23646571	26	2.4	27	81	2	76	34	17	15	32	1.91
23652496--23652558	29	2.2	29	91	8	103	34	19	11	34	1.87
23653761--23653805	21	2.1	22	83	4	56	57	0	4	37	1.19
23655955--23655983	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
23657010--23657050	20	2.0	20	86	9	57	19	7	51	21	1.71
23667083--23667123	17	2.3	19	83	16	68	53	0	0	46	1.00
23667180--23667212	16	2.1	16	94	0	57	45	3	0	51	1.16
23669614--23669659	24	2.0	21	84	12	56	30	4	2	63	1.26
23669696--23669803	31	3.5	31	73	12	96	27	4	3	63	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23669688--23669803	32	3.7	31	74	8	83	28	4	3	63	1.29
23669728--23669826	10	9.6	10	68	16	60	30	2	4	63	1.24
23669771--23669866	9	10.8	9	72	20	60	32	2	1	64	1.12
23669740--23669794	22	2.6	22	78	16	62	27	3	5	63	1.33
23669770--23669831	29	2.2	27	82	5	70	29	1	1	67	1.09
23669976--23670204	90	2.6	90	81	10	256	34	9	18	37	1.83
23670630--23670672	10	4.5	10	80	11	54	0	13	0	86	0.58
23670630--23670674	18	2.6	18	89	3	65	0	13	0	86	0.57
23670635--23670672	14	2.7	14	84	15	60	0	13	0	86	0.56
23670629--23670674	24	2.0	24	86	4	67	0	15	0	84	0.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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