genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  31  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8825115--8825305	43	4.4	44	67	10	124	30	18	24	26	1.98
8825034--8825363	130	2.5	131	94	1	563	30	18	24	26	1.98
8825141--8825324	43	4.3	43	66	9	113	29	20	22	27	1.98
8825964--8826014	3	17.0	3	76	15	52	25	1	0	72	0.95
8825964--8826014	16	3.2	16	83	13	61	25	1	0	72	0.95
8829198--8829249	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
8833494--8833545	24	2.2	24	85	0	68	48	9	5	36	1.60
8838844--8839075	97	2.4	99	89	5	362	39	1	18	40	1.60
8839122--8839412	126	2.3	126	90	0	465	33	17	20	28	1.95
8842114--8842148	18	1.9	18	88	0	52	37	8	31	22	1.85
8842211--8842269	30	2.0	30	82	0	73	6	18	44	30	1.76
8844132--8844213	40	2.0	41	80	4	94	20	26	25	26	1.99
8849539--8849648	45	2.4	45	86	0	139	24	20	17	37	1.94
8849551--8849712	45	3.6	45	88	0	225	20	22	17	38	1.93
8852853--8852915	31	2.0	32	90	3	101	42	14	15	26	1.86
8853637--8853704	25	2.6	27	86	13	97	26	27	7	38	1.83
8858032--8858100	35	1.9	36	97	2	131	26	2	18	52	1.60
8859043--8859185	71	2.0	72	95	1	261	27	9	20	42	1.82
8859378--8859405	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
8859438--8859522	32	2.6	33	77	5	93	44	18	10	25	1.82
8859499--8859575	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
8859515--8859554	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8859503--8859569	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
8867682--8867734	19	2.9	19	76	15	58	64	3	0	32	1.12
8874152--8874190	20	2.0	19	85	5	51	46	17	0	35	1.49
8877496--8877523	8	3.5	8	100	0	56	75	0	0	25	0.81
8884683--8884729	21	2.2	22	81	11	62	29	0	6	63	1.19
8887119--8887169	19	2.5	21	78	15	61	47	0	3	49	1.20
8895185--8895252	9	7.4	9	82	9	75	23	10	25	41	1.86
8898692--8898726	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
8900093--8900170	33	2.4	32	80	6	84	26	23	16	33	1.96
8900045--8900237	101	1.9	99	87	2	278	25	26	16	31	1.97
8903345--8903390	15	3.1	15	73	17	51	58	10	6	23	1.55
8918225--8918300	23	3.3	23	94	0	134	32	26	19	21	1.97
8918387--8918415	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
8918520--8918558	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
8932578--8932626	23	2.1	24	92	3	82	2	24	24	48	1.61
8932569--8932630	23	3.1	19	73	22	54	1	24	20	53	1.55
8932870--8932920	13	3.9	13	76	0	57	33	25	9	31	1.88
8934751--8934787	16	2.3	16	95	0	65	5	43	40	10	1.63
8935692--8936130	40	10.7	41	72	11	292	22	19	25	32	1.97
8935691--8936136	82	5.4	82	92	0	658	22	19	25	32	1.97
8936431--8936468	16	2.5	15	87	8	58	34	7	21	36	1.82
8950270--8950336	7	9.6	7	80	6	55	77	1	2	17	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8954949--8955074	66	1.9	66	91	0	207	37	11	23	26	1.90
8960488--8960547	9	6.4	9	72	14	50	55	1	0	43	1.10
8960489--8960545	30	1.9	29	89	3	87	56	1	0	42	1.10
8965348--8965407	11	5.5	11	78	13	70	38	1	8	51	1.42
8965348--8965409	6	11.2	6	78	14	62	37	1	9	51	1.45
8965348--8965407	27	2.2	28	84	3	86	38	1	8	51	1.42
8969443--8969472	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
8970487--8970517	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
8976160--8976193	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
8976552--8976602	24	2.0	25	85	14	68	45	0	9	45	1.36
8982257--8982286	14	2.1	15	93	6	53	60	0	13	26	1.34
8997911--8997992	21	3.8	22	80	9	98	36	24	21	17	1.94
8999264--8999295	16	2.1	16	94	5	57	40	0	0	59	0.97
8999251--8999303	27	2.1	26	86	10	74	43	0	0	56	0.99
9011845--9011892	21	2.3	21	78	7	53	39	2	20	37	1.65
9016723--9016757	16	2.1	17	94	5	63	60	0	0	40	0.97
9018876--9018925	24	2.1	24	96	0	91	38	8	10	44	1.68
9019566--9019620	28	2.0	28	82	13	69	65	5	5	23	1.35
9025849--9025920	29	2.5	28	73	8	72	6	22	4	66	1.33
9025899--9025957	21	2.9	19	83	11	73	6	22	3	67	1.29
9028188--9028277	39	2.4	38	84	3	110	47	11	12	28	1.75
9028260--9028299	12	3.4	12	86	6	64	50	12	15	22	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9028254--9028306	23	2.2	24	93	3	90	50	15	13	20	1.76
9028301--9028327	9	3.0	9	100	0	54	66	11	0	22	1.22
9029128--9029159	10	3.3	10	95	4	57	0	53	9	37	1.34
9033501--9033539	15	2.4	16	83	12	53	46	0	0	53	1.00
9033667--9033776	45	2.6	44	81	8	131	31	28	5	34	1.80
9033757--9033808	16	3.2	16	88	0	77	36	34	0	28	1.58
9039011--9039053	14	3.2	14	80	9	54	25	2	2	69	1.12
9049670--9049720	25	2.0	25	100	0	102	35	11	25	27	1.91
9051422--9051454	11	3.0	11	87	12	50	0	18	0	81	0.68
9053072--9053143	29	2.4	31	80	20	89	41	8	1	48	1.42
9058499--9058571	29	2.5	30	77	16	73	46	12	2	38	1.56
9069875--9069924	16	3.1	16	78	21	52	44	0	2	54	1.11
9083294--9083386	44	2.1	46	88	8	138	32	4	26	36	1.76
9083594--9083643	21	2.4	20	83	12	57	60	2	2	36	1.20
9086869--9086898	14	2.1	14	93	0	51	83	0	16	0	0.65
9089761--9089844	9	9.3	9	90	0	114	42	25	8	23	1.82
9096540--9096603	13	4.9	13	81	7	85	35	23	7	32	1.84
9104213--9104237	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
9105897--9105948	27	1.9	27	88	0	77	65	11	11	11	1.48
9109068--9109161	27	3.5	28	78	11	90	59	17	9	13	1.60
9109900--9109959	27	2.2	27	82	8	77	51	18	10	20	1.74
9113341--9113783	181	2.4	181	99	0	868	38	18	14	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9118330--9118407	40	2.0	40	86	0	111	20	28	29	21	1.98
9118586--9118643	11	5.2	11	87	2	80	22	32	1	43	1.64
9118586--9118640	22	2.4	23	90	6	94	23	30	1	43	1.64
9118585--9118659	33	2.2	32	81	9	87	24	33	1	41	1.63
9118621--9118720	51	2.0	51	84	4	130	26	28	2	44	1.65
9118726--9118772	19	2.6	19	90	6	71	46	0	0	53	1.00
9119869--9119894	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
9122280--9122551	22	12.6	22	81	4	297	45	26	0	26	1.58
9122280--9122551	43	6.3	43	82	1	330	45	26	0	26	1.58
9122499--9122553	21	2.3	26	67	29	66	49	25	0	25	1.51
9125727--9126058	127	2.6	125	86	3	452	29	21	17	31	1.96
9126529--9126558	13	2.4	13	94	5	53	40	0	0	60	0.97
9139140--9139203	17	3.6	17	74	15	67	26	12	14	46	1.79
9139132--9139202	36	2.0	36	97	0	133	25	12	15	46	1.81
9139131--9139187	19	3.1	19	71	19	66	26	12	15	45	1.82
9139411--9139502	48	1.9	48	90	0	148	20	16	20	42	1.89
9144273--9144343	36	2.0	36	91	0	115	25	12	15	46	1.81
9144548--9144642	48	2.0	48	95	0	172	18	16	22	42	1.89
9147156--9147279	42	3.0	42	97	0	239	24	32	24	19	1.98
9147872--9147957	25	3.5	25	66	13	70	37	20	22	19	1.95
9148123--9148170	25	2.0	25	91	4	80	43	20	20	14	1.87
9150463--9150605	58	2.5	58	85	4	173	49	12	13	24	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9151463--9151498	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
9154274--9154375	37	2.7	36	74	11	89	22	20	27	29	1.99
9157688--9157756	35	2.0	35	97	0	129	46	1	21	30	1.60
9157844--9157903	14	4.2	14	70	18	52	43	1	1	53	1.20
9159185--9159243	18	3.4	17	75	13	57	49	16	13	20	1.80
9159218--9159291	38	1.9	38	83	5	96	39	10	16	33	1.83
9159251--9159608	18	19.9	18	68	12	103	41	9	13	35	1.77
9159252--9159413	70	2.3	71	81	3	184	37	11	15	35	1.84
9159251--9159413	17	9.3	17	70	14	82	37	11	15	35	1.84
9159421--9159475	17	3.2	17	77	10	58	45	10	12	30	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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