genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  51  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14304778--14304843	20	3.3	20	76	16	73	39	21	24	15	1.91
14304755--14304853	40	2.5	40	86	0	135	40	21	25	13	1.89
14304789--14304855	20	3.4	19	76	15	73	37	22	25	14	1.93
14315688--14315740	27	2.0	27	92	0	88	39	15	28	16	1.89
14321551--14321592	20	2.2	19	87	12	59	19	21	4	54	1.62
14349912--14349936	12	2.1	12	100	0	50	16	16	28	40	1.89
14349937--14350099	29	5.6	29	86	0	218	26	12	23	36	1.91
14349918--14350130	29	7.4	29	83	0	212	25	14	23	36	1.93
14349918--14350122	87	2.4	87	83	0	268	25	14	22	37	1.92
14354496--14354607	22	5.4	22	71	12	92	16	17	31	33	1.93
14354466--14354644	60	3.0	60	82	0	223	18	15	31	34	1.92
14360834--14361117	50	5.6	50	81	6	268	27	19	28	24	1.99
14361367--14361398	16	2.0	16	93	0	55	62	9	18	9	1.52
14362068--14362115	25	1.9	25	100	0	96	20	22	18	37	1.94
14377434--14377623	49	3.9	49	81	0	200	34	24	15	25	1.95
14379618--14379701	27	3.1	27	73	0	78	45	22	16	15	1.85
14380158--14380229	34	2.1	35	84	5	94	29	22	20	27	1.99
14386483--14386527	19	2.4	19	85	7	56	53	24	8	13	1.68
14392539--14392960	138	3.1	138	90	1	632	41	7	4	45	1.55
14396640--14396672	17	1.9	17	93	0	57	63	6	24	6	1.40
14397349--14397379	16	1.9	16	93	0	53	22	0	0	77	0.77
14398426--14398686	39	6.7	39	79	1	281	18	32	16	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14398420--14398711	39	7.5	38	77	4	253	18	32	16	32	1.93
14398419--14398711	117	2.5	116	77	8	290	18	32	16	32	1.93
14422913--14422937	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
14432640--14432698	22	2.7	22	86	0	82	35	20	27	16	1.94
14433178--14433346	85	2.0	86	83	3	216	27	17	22	33	1.96
14437733--14437757	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
14438097--14438130	18	1.9	17	88	5	50	26	23	17	32	1.97
14438909--14439019	35	3.2	35	67	14	102	42	0	12	44	1.48
14438916--14439025	25	4.6	25	65	19	81	43	0	12	42	1.49
14438872--14439025	70	2.2	69	95	1	272	44	0	11	42	1.45
14439044--14439584	29	19.4	29	80	14	599	44	28	0	26	1.57
14439031--14439112	23	3.3	23	75	18	74	42	28	0	29	1.56
14439271--14439613	51	6.6	51	74	11	293	45	26	0	27	1.59
14439171--14439579	80	5.1	79	83	11	396	44	27	0	27	1.58
14439403--14439448	22	2.2	20	88	11	67	45	28	0	26	1.54
14439563--14439608	22	2.2	20	88	11	67	45	28	0	26	1.54
14439610--14439830	116	1.9	116	95	0	397	38	9	9	42	1.69
14442973--14443323	126	2.8	124	90	4	537	33	22	15	29	1.94
14447839--14447897	30	1.9	31	86	3	84	38	0	40	20	1.53
14448111--14448165	9	6.1	9	89	0	83	30	10	12	45	1.77
14448111--14448165	18	3.1	18	94	0	92	30	10	12	45	1.77
14466963--14467030	21	3.2	21	68	13	59	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14466969--14467023	28	2.0	28	86	13	78	67	0	0	32	0.91
14468882--14468910	3	9.7	3	100	0	58	0	65	0	34	0.93
14470019--14470064	24	1.9	24	95	0	83	32	10	15	41	1.82
14474225--14474290	30	2.2	30	100	0	132	37	16	24	21	1.93
14474490--14474738	76	3.3	76	83	1	293	29	15	22	32	1.95
14474648--14474713	25	2.6	25	76	9	71	34	13	18	33	1.90
14475972--14476114	59	2.4	58	80	4	144	23	20	16	39	1.92
14476121--14476303	90	2.0	90	82	2	224	38	17	19	24	1.93
14476125--14476331	90	2.3	90	78	5	204	37	17	19	25	1.94
14476431--14476455	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
14479649--14479841	21	9.2	21	70	6	131	19	22	15	42	1.89
14479640--14479822	42	4.4	42	82	2	224	18	22	15	44	1.86
14479640--14479836	84	2.3	84	88	1	288	18	22	15	44	1.87
14483409--14483458	20	2.5	20	83	0	55	26	28	10	36	1.88
14486491--14486523	17	2.0	17	88	5	50	42	12	9	36	1.74
14488043--14488414	105	3.6	103	87	4	455	29	30	21	18	1.97
14495146--14495400	104	2.5	103	89	4	395	30	30	20	18	1.97
14496158--14496477	70	4.7	69	77	8	316	25	21	22	30	1.98
14496207--14496462	133	1.9	134	84	2	345	26	21	22	30	1.99
14496434--14496537	48	2.1	49	82	8	122	21	23	20	35	1.96
14496364--14496581	120	1.8	118	83	3	285	23	21	21	33	1.98
14496482--14496787	70	4.3	71	73	10	222	25	21	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14496482--14496787	140	2.2	140	84	5	395	25	21	19	33	1.97
14503601--14503666	24	2.8	24	86	6	82	33	3	6	57	1.38
14506093--14506172	40	2.0	40	95	0	142	23	21	28	26	1.99
14516187--14516227	17	2.3	18	87	4	57	12	19	43	24	1.85
14518542--14518704	45	3.6	44	85	3	184	41	12	15	29	1.85
14530454--14530570	58	2.0	58	94	0	207	36	17	10	35	1.83
14532372--14532502	69	1.9	69	87	3	192	16	35	17	30	1.93
14533637--14533676	19	2.2	18	86	13	55	50	2	0	47	1.14
14534400--14534447	15	3.3	15	75	13	55	79	4	8	8	1.06
14534409--14534464	16	3.7	15	75	13	53	76	1	7	14	1.07
14544680--14544743	21	3.1	21	76	10	69	20	23	26	29	1.99
14546443--14546475	6	5.3	6	96	3	57	48	21	0	30	1.50
14547697--14547737	3	13.7	3	84	0	55	36	2	2	58	1.24
14561312--14561359	18	2.6	17	83	9	51	20	10	0	68	1.18
14564388--14564450	31	2.0	31	100	0	126	38	28	15	17	1.91
14572245--14572311	28	2.4	28	75	18	77	31	22	22	23	1.98
14572322--14572388	29	2.2	31	86	7	93	40	14	16	28	1.88
14572782--14572980	27	7.4	27	89	0	247	17	19	22	41	1.90
14572782--14572980	81	2.5	81	87	2	285	17	19	22	41	1.90
14575061--14575142	33	2.5	33	84	2	94	19	43	17	19	1.88
14578916--14578973	29	2.0	29	96	0	107	32	31	13	22	1.93
14583170--14583345	57	3.1	57	90	1	271	26	19	6	47	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14584434--14584506	37	2.0	37	86	0	101	19	5	30	45	1.73
14584444--14584514	37	1.9	37	82	0	88	21	8	26	43	1.81
14588843--14588895	26	2.0	27	88	3	81	30	22	20	26	1.98
14592900--14592982	43	1.9	43	82	4	105	24	26	4	44	1.73
14594218--14594250	16	2.1	16	100	0	66	51	12	6	30	1.63
14597543--14597572	15	2.0	15	93	0	51	53	10	6	30	1.60
14598756--14598843	42	2.1	43	91	6	144	26	26	2	45	1.65
14603505--14603551	21	2.2	21	100	0	94	25	8	25	40	1.84
14607376--14607410	3	11.7	3	93	0	61	65	0	31	2	1.07
14607982--14608206	105	2.2	104	80	6	260	30	15	21	32	1.94
14608006--14608205	105	1.9	105	86	4	287	31	14	20	33	1.93
14608194--14608996	69	11.6	69	76	5	530	28	17	25	28	1.98
14609451--14609483	13	2.5	13	100	0	66	27	21	15	36	1.93
14619624--14619719	48	2.0	48	100	0	192	27	14	10	47	1.76
14620983--14621079	48	2.0	48	89	0	149	30	6	21	41	1.78
14621031--14621219	91	2.1	91	83	5	240	29	6	20	43	1.78
14621987--14622150	43	3.8	43	87	1	240	28	26	18	26	1.98
14621987--14622150	85	1.9	85	88	0	247	28	26	18	26	1.98
14625858--14625919	9	7.1	9	73	12	58	30	4	0	64	1.14
14625870--14625911	10	4.5	10	80	17	54	28	7	0	64	1.20
14626016--14626222	76	2.5	83	82	11	223	44	23	1	29	1.64
14626089--14626229	76	1.9	76	92	0	237	45	24	0	29	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14626243--14626273	7	4.4	7	91	0	53	32	41	0	25	1.56
14626383--14626434	14	3.9	14	85	5	63	32	48	1	17	1.58
14626392--14626438	7	6.7	7	83	9	60	29	48	2	19	1.60
14626392--14626444	21	2.5	21	84	0	61	30	47	1	20	1.61
14626240--14626581	157	2.2	158	89	2	535	38	33	0	28	1.63
14626604--14626636	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
14627143--14627853	147	4.8	147	94	1	1230	25	16	14	43	1.85
14627143--14627853	295	2.4	293	93	1	1237	25	16	14	43	1.85
14627821--14628195	114	3.3	115	86	4	510	26	25	22	25	2.00
14628263--14628288	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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