genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  92  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27320448--27320487	19	2.1	19	85	0	53	15	27	32	25	1.95
27321346--27321431	43	2.0	43	90	0	136	23	22	2	52	1.59
27322627--27322653	13	2.1	13	100	0	54	40	0	14	44	1.46
27323150--27323176	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
27323456--27323492	16	2.4	16	86	13	51	78	0	0	21	0.75
27323806--27323866	22	2.8	22	84	0	77	47	1	1	49	1.21
27324079--27324126	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
27328226--27328269	22	2.0	22	100	0	88	18	18	18	45	1.86
27329969--27330016	22	2.2	22	81	7	53	58	2	2	37	1.22
27329982--27330025	22	2.0	22	86	0	61	54	0	2	43	1.12
27333147--27333230	32	2.6	33	71	5	82	48	2	4	44	1.36
27334554--27334740	90	2.1	88	82	8	218	37	21	8	32	1.83
27334761--27334800	20	2.0	20	95	0	71	47	0	5	47	1.24
27334789--27334892	28	3.5	28	75	10	84	64	0	2	31	1.15
27334842--27334939	38	2.5	39	78	8	101	65	1	5	28	1.20
27334834--27335000	56	3.0	54	77	10	158	62	1	5	29	1.29
27334832--27334929	19	5.3	19	76	13	89	65	1	4	29	1.18
27335243--27335301	18	3.3	18	77	11	68	32	1	0	66	1.02
27335672--27335710	10	3.6	11	83	16	55	71	2	0	25	0.98
27341686--27341748	11	5.7	11	76	0	54	41	50	0	7	1.31
27341687--27341758	22	3.3	22	80	3	65	40	50	0	9	1.36
27342641--27342677	18	2.0	19	89	5	58	5	43	0	51	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27346819--27346912	35	2.6	36	75	9	95	24	12	17	45	1.83
27360009--27360328	28	11.4	28	78	6	283	25	16	22	35	1.94
27360009--27360421	56	7.3	56	77	7	295	26	17	22	33	1.96
27360595--27360633	18	2.2	18	95	0	69	41	2	28	28	1.69
27361480--27361507	11	2.5	11	100	0	56	50	7	0	42	1.30
27363098--27363139	20	2.0	21	90	4	68	57	14	0	28	1.38
27366154--27366296	72	2.0	72	84	2	189	44	11	13	30	1.79
27369381--27369712	67	5.0	68	81	3	372	25	24	15	34	1.95
27369380--27369744	201	1.8	201	86	2	536	25	25	15	33	1.95
27369381--27369719	134	2.5	134	79	1	421	25	24	15	33	1.95
27381210--27381248	19	2.1	19	90	0	60	76	7	7	7	1.15
27389051--27389075	10	2.5	10	100	0	50	52	16	8	24	1.70
27398684--27398736	22	2.4	22	96	0	97	43	3	1	50	1.30
27398697--27398745	22	2.2	22	81	3	53	46	2	2	48	1.25
27399313--27399414	9	10.8	9	76	13	82	59	0	1	37	1.15
27399314--27399414	19	5.3	19	70	22	79	59	0	1	37	1.15
27399321--27399367	10	4.7	11	77	17	50	59	0	0	40	0.97
27399316--27399413	28	3.5	27	77	14	94	59	1	2	37	1.16
27399313--27399490	66	2.9	60	78	17	154	62	2	1	33	1.17
27399428--27399488	14	4.4	14	72	14	54	72	3	0	24	1.00
27400986--27401050	20	3.2	20	97	0	121	20	23	4	52	1.65
27401240--27401480	43	5.6	43	89	3	308	31	27	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27404707--27404772	13	5.1	13	79	0	69	30	7	25	36	1.84
27404716--27404772	26	2.2	26	87	0	78	35	7	26	31	1.83
27405261--27405286	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
27406109--27406168	10	5.7	11	75	18	56	46	5	0	48	1.24
27406102--27406176	29	2.5	29	81	12	82	48	5	1	45	1.33
27406102--27406174	30	2.4	30	82	8	87	49	4	1	45	1.29
27406109--27406171	20	3.1	20	77	11	74	44	4	0	50	1.23
27406820--27407025	7	28.9	7	67	7	56	46	31	2	18	1.64
27406821--27407025	14	13.9	14	69	18	103	46	31	2	19	1.64
27406828--27406912	36	2.4	36	82	7	102	50	30	1	17	1.54
27406853--27406962	29	3.8	29	73	4	98	44	32	2	20	1.65
27406920--27407025	21	5.0	21	70	13	72	47	30	1	20	1.61
27407270--27407657	41	9.5	41	81	1	454	31	28	18	21	1.97
27407200--27407657	163	2.8	162	81	2	504	31	27	19	22	1.98
27407200--27407657	82	5.6	82	80	2	465	31	27	19	22	1.98
27407318--27407654	124	2.7	123	84	2	444	30	27	19	22	1.98
27408700--27408824	44	2.8	45	83	2	144	28	22	16	32	1.96
27408827--27408957	46	2.8	46	91	0	217	21	17	18	42	1.89
27418103--27418140	18	2.1	18	90	0	58	42	5	21	31	1.75
27432049--27432234	50	3.8	49	82	3	212	22	26	23	27	1.99
27433631--27433669	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
27433918--27434093	50	3.5	49	79	6	167	22	28	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27435964--27436004	20	2.0	20	90	0	64	29	14	21	34	1.93
27442829--27442939	11	9.8	11	69	13	73	43	2	0	54	1.14
27442904--27442947	12	3.7	12	84	9	63	43	0	2	54	1.12
27445432--27445495	21	3.2	21	82	13	89	31	17	4	46	1.68
27445435--27445492	18	3.1	18	87	7	71	34	15	5	44	1.69
27447299--27447342	23	1.9	23	85	0	61	27	13	20	38	1.90
27447289--27447352	23	2.9	21	75	11	56	29	15	18	35	1.92
27460592--27460638	23	2.0	23	91	0	76	40	4	10	44	1.59
27462039--27462150	43	2.6	43	80	8	138	23	20	26	29	1.99
27463114--27463187	23	3.2	23	88	1	76	27	12	18	41	1.86
27463126--27463191	24	2.8	23	88	4	96	28	13	18	39	1.89
27463135--27463219	23	3.7	23	81	6	64	25	11	22	40	1.88
27464726--27464756	12	2.5	13	89	10	55	12	19	0	67	1.22
27467107--27467218	32	3.5	32	79	6	129	48	16	9	25	1.76
27469879--27469910	12	2.7	12	100	0	64	15	6	34	43	1.72
27471768--27471810	17	2.5	17	81	11	61	41	0	13	44	1.44
27472674--27472731	25	2.3	25	96	0	107	29	12	13	44	1.80
27492339--27492368	4	7.5	4	100	0	60	53	0	0	46	1.00
27495824--27496337	137	3.8	137	90	1	773	21	20	26	31	1.98
27500849--27500920	22	3.3	22	94	0	117	25	27	16	30	1.97
27502859--27502956	25	4.0	25	70	11	60	34	18	23	23	1.96
27503054--27503113	26	2.3	26	82	5	77	38	18	21	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27503069--27503135	26	2.6	25	83	6	73	35	22	23	17	1.95
27503736--27503783	18	2.6	18	83	6	60	50	2	4	43	1.33
27504586--27504808	111	2.0	111	97	0	419	34	18	25	21	1.96
27513478--27513515	18	2.1	18	95	0	67	52	0	0	47	1.00
27514132--27514161	14	2.1	14	93	0	51	16	43	0	40	1.48
27516172--27516202	14	2.2	14	100	0	62	29	16	25	29	1.96
27524233--27524273	17	2.4	18	80	8	50	14	24	4	56	1.58
27529785--27529823	18	2.2	18	95	0	69	33	28	12	25	1.93
27540862--27541084	44	4.8	45	72	14	148	29	21	23	25	1.99
27540707--27541791	143	7.6	143	86	0	1405	29	20	22	27	1.98
27547186--27547213	10	2.8	10	100	0	56	82	0	10	7	0.85
27562137--27562188	11	4.7	10	86	11	50	21	1	1	75	1.00
27562150--27562188	3	13.7	3	84	10	55	25	0	0	74	0.82
27562187--27562221	3	11.7	3	100	0	70	0	0	31	68	0.90
27563664--27563781	36	3.3	36	80	2	130	17	12	27	41	1.86
27572307--27572346	19	2.0	20	85	4	55	80	2	7	10	1.00
27576085--27576139	21	2.7	20	77	5	56	63	16	10	9	1.51
27576418--27576456	16	2.4	16	100	0	78	41	12	0	46	1.42
27581944--27581980	13	2.9	13	81	18	51	32	2	0	64	1.07
27582280--27582405	47	2.7	46	81	6	164	46	3	7	42	1.49
27583359--27583399	19	2.2	19	100	0	82	43	14	4	36	1.67
27588788--27588875	41	2.1	41	83	8	108	30	21	18	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27592321--27592498	49	3.6	49	80	3	180	28	23	26	20	1.99
27592264--27592506	99	2.4	102	76	8	244	28	22	26	22	1.99
27597923--27598089	50	3.4	50	80	4	178	22	26	22	28	1.99
27599912--27600012	21	4.8	21	72	3	78	46	15	21	15	1.83
27599858--27600012	42	3.7	42	80	0	148	45	17	21	15	1.85
27600333--27600373	20	2.0	20	100	0	82	46	14	4	34	1.66
27600430--27600482	26	2.0	26	100	0	106	37	16	0	45	1.48
27604275--27604300	12	2.2	12	100	0	52	73	0	0	26	0.84
27604248--27604494	129	1.9	135	88	6	382	54	4	4	36	1.39
27604518--27604547	15	1.9	16	93	6	53	63	0	3	33	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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