genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27605676--27605707	7	4.6	7	92	0	55	12	53	0	34	1.39
27614428--27614614	92	2.0	92	100	0	374	28	13	19	37	1.90
27616315--27616339	12	2.1	12	100	0	50	16	0	8	76	1.02
27631385--27631674	50	5.7	50	81	3	287	28	21	26	23	1.99
27632410--27632461	25	2.1	25	96	3	97	40	11	9	38	1.74
27638145--27638210	32	2.1	32	94	0	114	25	18	28	27	1.98
27638177--27638409	50	4.7	50	77	3	202	29	21	27	21	1.98
27642021--27642105	34	2.5	36	84	7	115	42	24	9	23	1.84
27642021--27642110	17	5.3	17	72	0	72	41	24	10	24	1.85
27642027--27642127	51	2.0	51	84	3	132	45	23	8	21	1.80
27644863--27644920	20	2.9	21	74	7	57	37	3	18	39	1.68
27650965--27651027	31	2.0	31	96	0	117	28	28	14	28	1.95
27651578--27651629	24	2.1	25	85	3	70	38	3	7	50	1.50
27651593--27651639	24	2.0	24	83	8	60	42	6	8	42	1.60
27653849--27653889	21	1.9	22	85	5	57	39	2	12	46	1.54
27655364--27655397	7	4.9	7	100	0	68	58	0	26	14	1.36
27667746--27667830	42	2.0	42	83	0	107	38	18	24	17	1.92
27667760--27667867	42	2.6	42	80	2	110	38	19	25	16	1.92
27680360--27680579	111	2.0	109	98	1	422	33	11	15	39	1.83
27685124--27685192	29	2.4	29	95	0	120	28	10	24	36	1.88
27685304--27685368	24	2.7	24	83	4	69	40	6	9	44	1.61
27701844--27701877	15	2.3	15	100	0	68	35	0	5	58	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27715550--27715615	26	2.6	25	85	7	87	15	25	24	34	1.94
27715660--27715711	24	2.2	24	92	0	86	19	25	19	36	1.95
27715660--27715722	24	2.6	24	87	5	74	17	23	20	38	1.93
27720270--27720395	26	4.8	26	78	1	121	23	12	34	29	1.92
27721796--27721957	86	1.9	86	83	7	213	26	17	20	35	1.94
27722422--27722496	38	2.0	38	89	0	114	38	12	16	33	1.85
27723825--27723864	21	1.9	21	85	10	55	37	10	2	50	1.50
27731559--27731591	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
27734053--27734092	14	2.9	14	84	0	53	35	7	15	42	1.75
27734061--27734127	34	1.9	35	84	3	91	34	8	10	46	1.70
27734076--27734115	20	2.0	20	85	0	53	32	10	7	50	1.64
27736368--27736402	18	2.0	17	88	5	52	42	0	2	54	1.15
27736372--27736414	18	2.4	18	80	11	52	34	0	9	55	1.32
27736640--27736730	47	2.1	44	82	12	107	30	8	20	39	1.83
27741718--27742212	206	2.4	206	87	3	698	40	14	12	32	1.83
27745345--27745417	27	2.7	27	86	0	101	21	17	20	39	1.92
27745830--27745931	50	2.0	50	98	0	195	33	21	8	36	1.85
27747883--27748081	84	2.3	84	82	9	226	20	17	25	36	1.94
27747883--27748081	46	4.6	45	78	14	199	20	17	25	36	1.94
27753040--27753088	22	2.3	21	89	3	71	55	2	2	40	1.23
27753036--27753093	22	2.5	24	72	18	59	56	1	1	39	1.19
27766709--27766745	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27767402--27767431	10	2.9	10	95	5	51	26	0	3	70	1.03
27770228--27770279	20	2.7	19	85	5	77	34	3	7	53	1.48
27770202--27770279	39	2.0	39	82	9	97	42	3	6	47	1.47
27770366--27770394	9	3.2	9	100	0	58	31	10	10	48	1.71
27772695--27772804	44	2.6	43	84	8	118	34	27	16	21	1.95
27783675--27783720	22	2.1	22	100	0	92	54	0	15	30	1.41
27784213--27784294	22	3.7	22	91	0	119	26	28	15	29	1.96
27789181--27789210	13	2.3	13	100	0	60	43	43	0	13	1.43
27815304--27815338	16	2.1	17	89	5	54	11	51	0	37	1.38
27817033--27817084	25	2.1	25	89	7	79	67	5	5	21	1.33
27818797--27818851	27	2.0	26	82	6	65	49	0	1	49	1.11
27823302--27823418	27	4.3	27	92	2	182	43	20	17	17	1.88
27823631--27824148	259	2.0	259	98	0	991	16	16	27	38	1.91
27840330--27840477	40	3.7	41	76	8	144	18	32	14	33	1.92
27861637--27861788	78	2.0	77	96	1	277	39	13	17	30	1.87
27862786--27862816	8	3.9	8	100	0	62	12	0	9	77	0.99
27865624--27865661	10	3.9	10	86	6	60	28	0	2	68	1.03
27868567--27868597	10	3.1	10	95	0	53	38	0	29	32	1.57
27869991--27870037	19	2.5	19	82	6	60	29	0	8	61	1.25
27875168--27875208	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
27881437--27881518	41	2.0	41	88	4	121	52	2	9	35	1.48
27881545--27881581	18	2.1	18	89	0	56	72	16	0	10	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27883453--27883517	32	2.0	32	96	0	121	49	13	9	27	1.73
27885734--27885776	22	2.0	22	86	9	61	67	4	2	25	1.22
27885745--27885788	17	2.5	18	88	3	63	72	2	2	22	1.07
27885747--27885788	13	3.2	13	83	6	50	73	2	2	21	1.06
27888573--27888688	61	1.9	59	83	13	148	50	5	4	40	1.44
27888621--27888775	68	2.2	70	75	7	156	49	3	4	41	1.41
27888699--27888785	37	2.3	37	79	13	90	48	0	4	47	1.22
27890650--27891137	243	2.0	240	94	1	859	34	12	16	36	1.87
27891146--27891235	9	9.4	9	73	12	56	60	1	3	35	1.21
27891148--27891230	29	2.8	28	80	10	78	57	1	3	37	1.24
27891182--27891239	30	2.0	30	83	16	77	55	0	5	39	1.22
27899472--27899555	24	3.4	24	69	15	64	45	0	2	52	1.13
27900465--27900504	20	2.0	20	85	0	53	30	2	5	62	1.29
27914067--27914109	14	3.1	15	80	12	56	48	0	0	51	1.00
27918253--27918295	17	2.5	17	80	3	50	53	0	9	37	1.33
27926788--27926865	36	2.1	37	95	2	140	58	0	3	37	1.16
27932713--27932774	29	2.1	29	82	11	74	20	3	6	69	1.25
27936178--27936220	11	3.8	11	80	17	52	65	0	2	32	1.06
27948544--27948610	28	2.4	28	92	0	107	29	26	16	26	1.97
27948561--27948623	28	2.2	28	88	0	90	25	31	15	26	1.96
27957163--27957354	57	3.6	54	89	5	277	45	15	19	19	1.86
27959928--27959968	13	3.2	13	83	10	57	75	0	21	2	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27962048--27962076	13	2.2	13	100	0	58	13	17	31	37	1.89
27967531--27967588	24	2.3	26	82	8	66	31	6	10	51	1.62
27973605--27973635	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
27973929--27973988	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
27975587--27975642	22	2.5	22	82	0	58	66	14	8	10	1.45
27992976--27993000	12	2.1	12	100	0	50	0	8	0	92	0.40
27994757--27994784	12	2.3	12	100	0	56	32	17	14	35	1.90
27995434--27995718	139	2.1	139	93	0	491	44	5	9	41	1.60
27995694--27995843	75	2.0	75	92	5	250	29	14	10	46	1.77
28000565--28000603	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
28000654--28000680	7	3.9	7	100	0	54	14	29	0	55	1.40
28001168--28001201	17	2.0	17	88	11	52	52	0	23	23	1.47
28003059--28003091	16	2.1	16	100	0	66	48	0	30	21	1.50
28004725--28004754	10	3.0	10	90	0	51	10	0	26	63	1.26
28015000--28015029	10	3.0	10	90	0	51	10	0	26	63	1.26
28018032--28018256	27	8.5	26	83	4	256	21	17	16	43	1.88
28022066--28022106	17	2.3	18	84	16	50	48	0	2	48	1.14
28024640--28024668	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
28030618--28030664	23	2.0	23	100	0	94	21	8	40	29	1.83
28033124--28033239	42	2.7	43	82	1	144	31	25	18	25	1.98
28039047--28039168	43	2.9	42	81	4	147	27	18	25	28	1.98
28039051--28039204	43	3.7	42	79	4	141	30	16	25	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28040761--28040817	27	2.1	27	100	0	114	45	14	12	28	1.80
28044470--28044502	17	1.9	17	93	0	57	21	6	6	66	1.35
28049039--28049088	23	2.2	24	80	20	63	58	6	0	36	1.23
28050444--28050801	31	11.7	31	89	3	530	43	18	9	28	1.81
28050444--28050812	61	6.0	62	90	1	525	43	18	9	28	1.81
28050444--28050801	92	3.9	92	90	3	546	43	18	9	28	1.81
28058073--28058493	31	13.7	31	87	2	593	44	18	8	28	1.78
28058073--28058504	61	7.0	61	90	1	650	45	18	8	28	1.78
28060735--28060897	42	3.8	42	76	4	130	24	17	25	32	1.97
28065293--28065340	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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