genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  197  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59926026--59926058	16	2.0	17	94	5	59	51	0	0	48	1.00
59930499--59930528	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
59935961--59936451	48	10.3	47	67	16	226	40	17	14	27	1.88
59935868--59936512	71	9.1	71	91	1	1008	41	17	13	28	1.87
59937253--59937376	28	4.4	29	81	6	130	32	27	10	29	1.90
59937253--59937376	57	2.2	56	84	4	151	32	27	10	29	1.90
59939855--59939918	33	1.9	33	90	0	101	10	4	14	70	1.31
59946530--59946574	23	1.9	24	86	4	65	53	0	4	42	1.21
59947944--59947983	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
59950394--59950425	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
59951184--59951238	25	2.2	24	79	17	60	61	3	3	30	1.30
59952579--59952614	16	2.2	17	90	5	56	50	0	0	50	1.00
59958249--59958279	15	2.1	15	100	0	62	19	29	12	38	1.89
59961204--59961233	7	4.3	7	100	0	60	86	13	0	0	0.57
59969591--59969630	18	2.2	18	86	0	53	50	0	0	50	1.00
59969717--59969802	34	2.9	30	76	18	81	43	0	0	56	0.99
59969717--59969782	29	2.2	30	84	15	84	42	0	0	57	0.98
59982829--59982855	12	2.2	12	100	0	54	22	7	0	70	1.12
59983521--59983559	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
59987085--59987353	36	6.6	45	74	17	166	37	13	20	28	1.90
59987123--59987311	36	5.0	36	80	12	207	38	13	19	29	1.90
59987085--59987275	82	2.3	82	90	0	292	38	11	20	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59997381--59997419	17	2.1	20	86	13	57	38	28	5	28	1.78
60018648--60018836	93	2.0	92	91	1	306	34	4	5	55	1.43
60021481--60021581	50	2.0	50	90	0	157	41	7	14	35	1.76
60022009--60022503	123	4.0	124	87	4	631	27	17	15	38	1.91
60022026--60022503	249	1.9	247	84	4	640	27	17	15	39	1.89
60022577--60022663	34	2.6	33	85	10	124	44	13	0	41	1.44
60026768--60026833	25	2.6	24	75	11	69	34	0	1	63	1.04
60026768--60026834	26	2.6	25	73	15	66	35	0	1	62	1.04
60040991--60041044	11	4.9	11	80	8	65	25	29	1	42	1.66
60040991--60041044	22	2.5	22	87	6	74	25	29	1	42	1.66
60040987--60041088	22	4.4	22	66	25	57	25	24	1	48	1.62
60041002--60041101	51	2.0	51	86	4	139	27	24	2	47	1.63
60041117--60041145	12	2.3	13	94	5	51	34	0	0	65	0.93
60042165--60042205	21	1.9	21	85	5	55	53	29	0	17	1.44
60046192--60046241	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
60053247--60053278	15	2.1	16	88	11	50	37	0	3	59	1.13
60058587--60058631	18	2.5	17	82	10	54	66	2	2	28	1.15
60071610--60071674	11	6.0	11	81	3	78	21	30	0	47	1.51
60071612--60071674	32	2.0	32	83	0	81	22	30	0	47	1.51
60090648--60090684	13	2.8	14	84	12	51	43	24	0	32	1.55
60091199--60091256	30	1.9	30	85	0	80	50	12	12	25	1.74
60091730--60091813	42	2.0	42	95	0	150	55	7	9	27	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60092815--60092891	27	2.9	28	88	3	106	20	38	23	16	1.92
60093594--60093639	24	1.9	24	82	8	58	41	8	0	50	1.33
60094515--60094621	9	11.1	9	72	21	58	39	1	0	58	1.09
60094560--60094625	11	6.3	11	87	7	75	46	0	0	53	1.00
60094523--60094625	49	2.0	52	87	9	151	41	1	0	56	1.10
60095528--60095572	19	2.4	20	82	14	60	57	2	2	37	1.23
60101916--60101965	14	3.6	14	78	10	50	36	0	16	48	1.46
60109103--60109174	36	2.0	36	91	0	117	25	0	44	30	1.54
60112901--60112997	28	3.4	28	72	18	81	25	13	11	49	1.75
60116217--60116291	4	18.8	4	97	0	141	25	0	25	49	1.51
60117519--60117560	3	14.3	3	90	5	68	33	2	0	64	1.07
60117840--60117901	32	2.0	32	84	6	83	37	11	3	48	1.55
60118051--60118089	14	2.8	14	84	0	51	33	2	7	56	1.41
60119448--60119593	37	3.9	37	87	2	204	45	13	5	34	1.67
60119491--60119588	17	5.4	17	65	13	52	48	11	5	34	1.61
60123809--60123847	6	6.5	6	81	0	51	46	2	28	23	1.65
60126705--60126750	9	5.1	9	91	0	74	47	13	8	30	1.72
60129545--60129602	28	2.2	27	84	9	75	65	12	10	12	1.47
60131093--60131148	22	2.5	23	80	8	62	55	5	3	35	1.40
60131170--60131213	18	2.4	18	88	7	63	45	0	2	52	1.13
60134286--60134312	12	2.2	12	100	0	54	44	0	7	48	1.31
60134630--60134685	21	2.7	21	83	5	69	30	32	8	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60148443--60148503	30	2.2	28	83	13	74	47	16	34	1	1.56
60149018--60149056	17	2.3	17	91	8	62	28	0	0	71	0.86
60149001--60149053	27	2.0	27	85	3	72	33	0	0	66	0.92
60149013--60149057	18	2.5	17	85	7	63	28	0	0	71	0.87
60153957--60154014	30	1.9	30	83	13	75	36	8	1	53	1.42
60154378--60154436	30	2.0	30	93	0	100	49	11	13	25	1.76
60155422--60155485	32	2.0	32	100	0	128	28	18	9	43	1.81
60155524--60155602	34	2.2	36	86	4	108	40	0	0	59	0.97
60155546--60155620	30	2.5	30	81	10	75	42	0	0	57	0.98
60162738--60162773	18	2.0	18	100	0	72	27	33	16	22	1.95
60166550--60166588	19	2.1	19	90	0	60	30	0	5	64	1.15
60173071--60173100	15	1.9	16	93	6	53	56	3	0	40	1.16
60180383--60180442	25	2.4	25	97	0	111	13	10	45	31	1.76
60181744--60181774	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
60182905--60183199	126	2.3	126	89	1	457	31	20	20	27	1.97
60188694--60188802	11	10.5	10	71	19	73	48	1	27	22	1.60
60188687--60188788	51	2.0	51	86	3	143	48	1	25	24	1.62
60191921--60191985	32	2.1	32	82	8	80	24	12	10	52	1.71
60192822--60192863	18	2.3	18	87	0	57	9	26	33	30	1.88
60198376--60198461	31	2.9	30	76	8	86	40	10	12	36	1.78
60200595--60200654	21	2.9	23	77	20	62	43	0	5	51	1.23
60200598--60200654	20	2.8	22	80	15	61	43	0	5	50	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60201273--60201303	14	2.2	14	94	0	53	16	0	32	51	1.44
60202132--60202189	24	2.4	25	85	2	73	39	5	1	53	1.33
60208861--60209947	216	5.0	216	87	1	1372	27	25	14	31	1.95
60209001--60210053	432	2.4	429	84	4	1228	27	25	14	31	1.95
60208876--60210105	648	1.9	646	80	5	1433	27	26	14	31	1.95
60211858--60211924	27	2.5	27	92	0	107	26	29	28	14	1.96
60214963--60215414	159	2.8	154	72	12	385	49	8	12	29	1.69
60217486--60217547	24	2.5	24	94	2	106	43	0	11	45	1.40
60222526--60222582	28	2.0	30	86	10	84	54	1	12	31	1.48
60223917--60223967	17	3.0	17	94	0	84	41	11	11	35	1.78
60225956--60226002	15	3.2	15	75	6	60	70	4	2	23	1.16
60225957--60226002	14	3.2	14	75	6	56	69	4	2	23	1.17
60226500--60226547	21	2.2	22	78	14	55	52	0	2	45	1.12
60226741--60226793	14	3.8	14	77	7	63	52	5	0	41	1.25
60236376--60236415	21	1.9	21	94	0	71	20	12	12	55	1.69
60236400--60236763	121	3.0	121	95	0	658	30	10	16	42	1.82
60236950--60236988	9	4.3	9	87	9	53	48	0	0	51	1.00
60236956--60236985	8	3.6	8	95	4	51	53	0	0	46	1.00
60236956--60236988	17	1.9	17	93	0	57	51	0	0	48	1.00
60237034--60237096	26	2.4	27	78	2	65	44	1	1	52	1.20
60237049--60237111	18	3.5	18	79	14	76	39	0	3	57	1.15
60237049--60237102	18	2.9	20	86	13	80	40	0	3	55	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60243023--60243048	7	3.7	7	100	0	52	15	30	11	42	1.82
60243024--60243193	51	3.4	51	95	0	297	27	25	15	31	1.96
60248666--60248724	24	2.6	24	78	7	70	28	30	18	22	1.97
60251479--60251672	49	3.9	49	93	0	307	32	28	14	24	1.94
60253540--60253569	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
60255041--60255082	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
60255050--60255091	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
60255064--60255281	108	2.0	108	94	1	384	50	5	2	41	1.41
60255155--60255216	32	1.9	33	83	3	81	54	3	0	41	1.16
60255067--60255306	108	2.3	106	90	6	364	50	5	2	41	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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