genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8359759--8359801	21	2.0	21	86	9	59	34	4	2	58	1.32
8372956--8373000	20	2.2	20	84	7	56	51	11	6	31	1.63
8380690--8380731	2	21.0	2	95	0	75	2	0	47	50	1.14
8382362--8382496	37	3.4	40	70	11	116	33	25	17	24	1.96
8386990--8387056	9	7.4	9	85	6	91	43	19	10	26	1.83
8390089--8390218	43	3.0	43	80	10	140	21	20	26	30	1.98
8391021--8391062	2	21.0	2	95	0	75	47	0	0	52	1.00
8393631--8393669	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
8393895--8394062	23	7.3	23	90	0	255	22	20	26	30	1.98
8393895--8394062	69	2.4	69	92	0	282	22	20	26	30	1.98
8400949--8401000	25	2.0	26	85	3	70	46	1	1	50	1.23
8400973--8401012	20	2.0	20	90	4	64	35	0	5	60	1.19
8405662--8405692	5	6.2	5	92	0	53	0	19	3	77	0.90
8408729--8408767	17	2.4	16	84	16	53	46	2	0	51	1.14
8409710--8409764	13	4.4	13	72	25	55	21	14	5	58	1.57
8409710--8409787	37	2.1	37	85	7	104	24	15	6	53	1.65
8410869--8410912	22	2.0	21	86	4	61	20	34	25	20	1.97
8411856--8411907	21	2.5	22	75	12	56	53	0	3	42	1.19
8415459--8415510	25	2.0	26	81	3	61	78	3	0	17	0.89
8417020--8417107	44	2.0	44	100	0	176	52	11	4	31	1.57
8419056--8419264	104	2.0	104	88	1	312	29	28	11	31	1.91
8420518--8420577	21	2.9	21	97	0	111	31	15	20	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8430965--8431004	21	1.9	21	89	0	62	27	0	20	52	1.46
8431276--8431314	21	1.9	20	89	5	60	23	7	25	43	1.80
8432511--8432571	23	2.8	22	78	7	63	47	3	1	47	1.28
8440184--8440247	30	2.1	30	85	5	85	35	6	25	32	1.81
8440639--8440794	50	3.1	50	91	0	249	26	23	30	19	1.98
8440584--8440833	100	2.4	101	83	6	290	27	21	28	23	1.99
8440584--8440872	50	5.7	50	80	6	228	28	21	26	23	1.99
8442665--8442776	52	2.2	51	83	6	136	43	12	15	28	1.83
8453817--8453848	12	2.7	12	90	0	55	0	40	0	59	0.97
8453941--8454304	184	1.9	188	80	4	423	27	18	13	40	1.88
8459838--8459885	24	2.0	24	95	0	87	16	22	0	60	1.36
8464123--8464175	26	2.0	28	92	7	92	18	24	32	24	1.97
8464151--8464497	149	2.3	148	92	2	556	22	16	27	33	1.95
8464151--8464508	74	4.8	75	90	2	553	22	17	27	32	1.96
8472093--8472168	3	25.3	3	94	0	134	32	1	1	64	1.10
8472531--8472555	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8475659--8475747	24	3.7	24	77	14	103	40	19	25	14	1.89
8475641--8475739	48	2.1	48	100	0	198	44	18	22	15	1.86
8475641--8475772	48	2.7	48	90	1	174	42	18	23	15	1.88
8477315--8477389	34	2.2	34	87	0	105	26	33	24	16	1.95
8477992--8478026	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
8478571--8479102	270	2.0	270	92	0	893	28	19	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8482223--8482308	4	21.5	4	78	19	83	20	3	0	75	0.95
8482223--8482316	30	3.1	30	82	13	113	21	4	0	74	0.99
8483468--8483526	20	3.0	19	80	11	66	77	1	1	18	0.93
8483477--8483527	11	4.8	11	76	9	52	76	1	1	19	0.98
8483471--8483526	23	2.4	23	77	16	62	78	1	1	17	0.92
8483486--8483526	16	2.6	16	88	3	57	80	2	2	14	0.92
8484075--8484109	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
8488594--8488647	24	2.2	25	87	9	76	40	0	7	51	1.30
8501195--8501248	26	2.1	26	100	0	108	50	18	3	27	1.64
8502801--8502872	25	2.9	25	80	0	72	33	20	23	22	1.97
8507673--8507713	20	2.0	20	95	0	73	34	14	7	43	1.73
8523130--8523194	22	3.0	22	71	13	71	21	15	12	50	1.76
8525139--8525212	29	2.5	29	86	4	94	50	14	14	20	1.78
8527420--8528078	114	5.8	114	78	7	556	30	18	24	26	1.98
8527428--8527847	229	1.8	228	83	1	563	30	17	24	26	1.97
8528181--8528217	19	2.0	19	89	5	58	24	0	5	70	1.08
8528571--8528622	20	2.5	20	78	3	59	17	1	44	36	1.60
8528520--8528682	88	1.8	89	82	3	213	26	1	26	44	1.62
8528520--8528710	88	2.2	88	80	7	201	24	2	29	43	1.66
8529097--8529150	7	7.6	7	81	4	63	7	0	46	46	1.31
8529091--8529157	14	4.7	14	84	1	80	10	0	41	47	1.38
8529735--8529858	42	2.9	43	82	8	155	25	24	18	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8530533--8530602	35	2.0	36	88	2	106	30	2	4	62	1.28
8530546--8530635	17	5.3	17	71	12	69	34	2	2	61	1.21
8536892--8536953	28	2.3	27	82	2	70	35	11	8	45	1.70
8548522--8548585	29	2.2	28	91	2	101	68	0	0	31	0.90
8552046--8552098	27	2.0	27	100	0	106	37	15	20	26	1.92
8552129--8552165	5	7.4	5	100	0	74	81	0	0	18	0.70
8561281--8561424	31	4.4	31	70	18	78	43	3	2	50	1.30
8563340--8563436	43	2.3	42	77	12	106	28	27	16	26	1.97
8566621--8566655	18	1.9	18	88	11	54	25	0	2	71	1.00
8574756--8574808	24	2.2	25	86	3	72	58	24	15	1	1.47
8580071--8580343	43	6.3	44	79	3	169	38	17	17	26	1.92
8580467--8580601	38	3.6	38	85	0	117	38	17	11	32	1.86
8580531--8580596	22	3.3	21	68	24	61	36	19	7	36	1.81
8580482--8580604	38	3.2	38	88	0	156	38	16	12	33	1.85
8581229--8581274	20	2.3	19	82	14	56	43	8	21	26	1.81
8583456--8583531	9	8.4	9	94	0	107	43	25	7	23	1.80
8583842--8583893	18	2.7	19	82	5	52	21	19	17	42	1.89
8589515--8589557	9	5.0	8	81	13	50	39	2	2	55	1.25
8589515--8589557	18	2.5	16	85	14	59	39	2	2	55	1.25
8590842--8591217	126	3.0	124	84	2	511	30	16	22	30	1.96
8592647--8592678	13	2.3	15	89	10	50	40	15	0	43	1.47
8593193--8593369	45	4.0	45	84	0	212	40	20	19	19	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8593193--8593359	90	1.9	89	85	1	235	40	20	19	19	1.92
8597518--8598008	21	23.3	21	80	7	471	18	0	36	44	1.54
8597517--8598143	43	15.1	43	82	9	664	18	0	36	44	1.54
8597517--8598143	64	10.1	64	79	10	635	18	0	36	44	1.54
8597662--8598021	15	25.4	13	64	22	61	18	0	36	44	1.56
8598043--8598143	21	4.8	21	82	12	118	16	0	35	46	1.54
8598112--8598153	14	3.0	14	79	10	50	14	0	35	50	1.43
8598105--8598189	28	3.3	27	75	14	81	17	2	32	47	1.61
8598193--8598232	21	1.9	21	85	10	55	35	0	20	45	1.51
8598806--8598845	18	2.2	18	90	0	62	42	7	30	20	1.79
8600751--8600806	22	2.5	23	77	11	62	41	1	33	23	1.65
8602238--8602364	58	2.2	58	89	1	200	18	29	18	33	1.95
8604989--8605031	15	2.8	16	79	10	54	62	2	0	34	1.08
8612266--8612318	22	2.3	24	77	6	65	32	1	3	62	1.24
8612273--8612316	23	1.9	23	86	9	63	36	2	4	56	1.32
8612299--8612336	16	2.2	17	90	9	60	18	2	0	78	0.86
8612313--8612364	19	2.8	19	85	8	63	13	5	1	78	1.01
8612316--8612348	12	2.6	13	85	9	50	15	3	0	81	0.80
8612314--8612364	18	2.7	19	85	8	61	13	5	1	78	1.02
8612474--8612534	30	2.0	30	83	0	77	37	11	13	37	1.80
8612895--8612921	14	1.9	14	100	0	54	62	7	0	29	1.22
8612966--8613033	29	2.4	29	78	7	77	67	0	5	26	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8613010--8613038	11	2.6	11	100	0	58	79	0	0	20	0.74
8613030--8613074	19	2.4	18	85	10	63	62	0	2	35	1.08
8612970--8613073	39	2.7	40	78	3	122	65	0	3	30	1.10
8613027--8613073	20	2.3	21	82	10	62	63	0	2	34	1.06
8613173--8613285	11	10.4	11	65	18	58	46	4	0	48	1.22
8613164--8613275	56	2.0	56	98	0	215	48	6	0	45	1.27
8614732--8614772	21	2.0	21	100	0	82	14	19	19	46	1.84
8614944--8614981	10	3.8	10	83	10	51	39	7	31	21	1.82
8616354--8616407	21	2.6	21	83	11	67	33	0	1	64	1.04
8616362--8616426	22	2.7	25	79	15	75	35	0	4	60	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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