genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  75  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21891785--21891821	18	2.1	18	94	0	65	27	8	8	56	1.56
21898031--21898331	22	13.7	22	81	0	332	30	11	17	40	1.85
21898028--21898331	44	6.9	44	86	0	419	30	11	17	40	1.85
21905975--21906299	22	14.8	22	81	3	341	30	9	18	41	1.83
21905975--21906299	44	7.4	44	88	1	447	30	9	18	41	1.83
21906153--21906290	11	12.5	11	65	16	63	28	7	20	42	1.80
21917633--21917699	20	3.3	20	76	0	71	13	31	19	35	1.90
21918753--21918799	24	2.0	24	95	0	85	31	8	14	44	1.76
21920741--21920796	19	2.8	21	76	15	64	37	5	30	26	1.79
21921892--21921951	30	2.0	30	96	0	111	26	15	11	46	1.79
21922826--21922867	22	1.9	22	90	0	66	35	19	14	30	1.91
21926950--21927017	30	2.2	31	84	2	84	45	5	20	27	1.74
21930442--21930484	23	1.9	22	85	4	59	18	39	2	39	1.64
21932234--21932261	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
21939952--21939979	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
21948467--21948615	43	3.5	41	74	10	131	27	12	24	36	1.91
21948492--21948607	43	2.7	43	79	1	135	26	13	25	34	1.93
21953974--21954040	35	1.9	35	93	0	116	34	5	13	46	1.68
21956284--21956314	15	2.0	16	93	6	55	61	6	25	6	1.45
21957655--21957771	42	2.8	41	85	5	164	28	18	19	33	1.96
21970304--21970410	25	4.3	25	85	2	144	28	27	21	23	1.99
21970302--21970410	50	2.2	50	89	0	182	27	27	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21998378--21998415	20	1.9	20	89	10	60	42	0	7	50	1.31
22000122--22000160	16	2.4	16	78	0	51	41	5	2	51	1.38
22005190--22005303	34	3.4	34	70	4	104	32	16	12	38	1.86
22006575--22006767	50	3.7	53	80	8	227	26	20	27	24	1.99
22006575--22006767	100	1.9	104	83	6	259	26	20	27	24	1.99
22009725--22009998	27	10.2	27	86	2	345	41	22	18	17	1.90
22022343--22022395	26	2.0	26	88	0	79	33	16	28	20	1.95
22022465--22022679	32	6.7	32	80	9	206	38	21	20	20	1.93
22022465--22022746	96	3.0	96	80	7	256	39	20	19	20	1.92
22030406--22030457	17	3.2	16	81	10	61	46	15	7	30	1.74
22030412--22030466	17	3.2	17	87	5	76	45	14	7	32	1.72
22030429--22030474	17	2.7	17	89	0	74	43	13	4	39	1.63
22031142--22031190	18	2.7	18	80	0	53	51	20	2	26	1.59
22031445--22031573	31	4.0	31	81	9	127	48	14	5	31	1.67
22034645--22034689	21	2.1	21	100	0	90	40	0	17	42	1.50
22034995--22035076	42	2.0	41	87	2	119	40	10	25	23	1.87
22041687--22041736	23	2.1	24	82	10	59	54	6	2	38	1.37
22044605--22044650	23	1.9	25	86	8	69	36	6	13	43	1.69
22046342--22046892	27	20.4	27	83	1	485	41	21	17	18	1.90
22046341--22046893	54	10.2	54	84	2	556	41	21	17	18	1.90
22047256--22047338	28	3.0	28	96	0	148	24	24	22	28	1.99
22054839--22054944	30	3.6	29	81	10	106	26	25	10	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22054929--22055002	30	2.5	30	84	0	103	21	25	10	41	1.85
22057845--22058190	147	2.4	147	90	1	514	26	24	15	33	1.95
22057882--22058088	49	4.2	49	69	18	144	25	26	13	34	1.92
22057845--22058107	49	5.4	49	70	14	141	25	24	15	33	1.95
22057909--22058255	147	2.4	147	84	2	385	26	24	15	33	1.95
22060894--22061013	57	2.1	58	84	4	154	29	17	5	47	1.71
22064792--22064857	30	2.2	30	86	5	89	43	13	0	42	1.44
22065887--22065931	22	2.1	22	87	4	65	46	0	0	53	1.00
22070797--22070831	18	1.9	18	88	0	52	54	5	0	40	1.24
22090737--22090818	38	2.2	37	85	8	105	43	4	0	51	1.23
22091188--22091244	28	2.0	28	100	0	114	43	7	7	42	1.58
22091804--22091854	4	12.8	4	100	0	102	50	23	0	25	1.49
22109267--22109433	67	2.5	67	80	0	190	26	22	17	34	1.96
22109512--22109538	14	1.9	14	100	0	54	14	14	14	55	1.70
22112245--22112285	17	2.5	17	88	7	59	39	2	14	43	1.59
22112282--22112348	31	2.2	31	100	0	134	37	11	17	32	1.87
22112548--22112716	41	4.1	41	92	0	284	28	20	27	23	1.98
22112548--22112710	82	2.0	82	100	0	326	28	19	28	23	1.98
22112909--22112993	37	2.5	35	77	11	97	29	10	25	34	1.90
22114838--22114920	43	1.9	43	85	0	112	16	14	27	40	1.88
22114978--22115061	29	2.8	28	79	19	98	30	13	23	32	1.93
22114975--22115181	61	3.4	60	82	5	186	33	14	21	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22127218--22127325	30	3.7	28	82	9	126	25	25	27	21	1.99
22127250--22127333	28	2.9	29	81	10	100	29	22	26	21	1.99
22127446--22127521	26	2.9	27	78	3	93	40	23	21	14	1.90
22127705--22127898	27	7.2	26	82	9	194	24	13	16	45	1.83
22127705--22127898	54	3.6	53	82	9	241	24	13	16	45	1.83
22127705--22127898	81	2.4	81	86	3	266	24	13	16	45	1.83
22131649--22131823	63	2.8	63	83	5	210	29	25	17	27	1.98
22133308--22133356	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
22146978--22147037	3	20.3	3	83	10	79	28	1	0	70	0.97
22146965--22147034	15	4.7	14	79	10	50	27	4	0	68	1.08
22146978--22147052	6	12.2	6	84	10	62	25	2	0	72	0.98
22149775--22149822	9	5.9	8	79	13	53	31	0	4	64	1.12
22156196--22156230	17	2.1	17	88	0	52	42	2	2	51	1.31
22162152--22162176	13	1.9	13	100	0	50	72	12	0	16	1.13
22166130--22166160	15	2.1	15	93	0	53	35	6	35	22	1.80
22169261--22169346	43	2.0	43	83	0	109	25	19	1	53	1.52
22169304--22169341	18	2.2	17	86	9	51	15	26	0	57	1.38
22171966--22171996	11	2.8	11	100	0	62	74	6	9	9	1.23
22184795--22184842	21	2.3	21	96	0	87	31	22	22	22	1.99
22196509--22196562	27	2.0	28	88	3	83	20	22	27	29	1.98
22196541--22196815	33	7.5	33	68	22	147	21	18	26	33	1.97
22196574--22196786	33	5.5	41	71	21	181	22	18	25	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22196537--22196820	75	3.8	75	92	0	460	22	19	26	32	1.97
22198393--22198418	13	2.0	13	100	0	52	53	7	15	23	1.67
22198597--22198689	42	2.2	43	96	3	170	40	15	16	27	1.88
22208613--22208719	41	2.6	42	86	1	135	20	24	34	20	1.96
22212550--22212587	18	2.1	18	90	0	58	21	31	5	42	1.75
22213138--22213402	130	2.0	130	97	0	503	24	21	20	33	1.97
22219248--22219283	18	1.9	19	88	5	56	75	19	0	5	1.00
22223500--22223568	26	2.6	26	86	2	84	33	4	4	57	1.38
22223478--22223563	26	3.3	27	76	14	72	29	3	4	62	1.31
22223493--22223579	26	3.5	24	75	18	79	33	4	3	58	1.35
22223619--22223684	16	4.1	15	76	21	55	22	0	1	75	0.88
22223619--22223691	35	2.2	33	80	14	78	21	0	2	75	0.93
22228276--22228373	41	2.4	41	87	5	153	26	24	23	25	2.00
22230613--22230648	11	3.3	11	88	0	54	41	16	5	36	1.72
22231711--22231850	51	2.7	51	76	10	126	38	15	6	40	1.72
22234654--22234680	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
22239430--22239501	25	2.8	25	85	6	83	22	25	20	31	1.98
22239444--22239521	25	3.2	25	87	5	97	21	25	21	30	1.98
22239460--22239539	25	3.2	25	82	7	83	23	26	21	28	1.99
22241734--22241763	2	15.0	2	92	0	51	53	0	46	0	1.00
22256749--22256819	35	2.0	35	97	0	133	33	11	14	40	1.81
22257190--22257231	20	2.1	20	90	0	66	47	21	23	7	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22262027--22262132	50	2.1	50	85	3	142	24	21	32	21	1.98
22262396--22262434	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
22264334--22264388	17	3.2	17	84	0	65	14	20	43	21	1.87
22264804--22265065	130	2.0	134	88	4	397	50	9	11	28	1.70
22270265--22270291	14	1.9	14	100	0	54	37	22	25	14	1.93
22277595--22277641	22	2.3	19	85	14	58	44	2	0	53	1.12
22277597--22277638	16	2.7	15	79	20	50	45	2	0	52	1.13
22285056--22285153	27	3.6	27	94	0	169	38	15	14	31	1.87
22292589--22292717	27	4.8	27	92	2	190	36	14	16	32	1.89
22294898--22295141	50	4.9	50	88	0	353	21	30	22	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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