genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  73  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21301715--21301887	51	3.4	49	77	9	150	33	13	24	28	1.93
21302736--21302929	91	2.2	87	80	8	214	36	20	17	25	1.94
21304323--21304376	21	2.6	21	90	0	90	29	7	33	29	1.85
21304544--21304724	30	6.2	30	88	5	257	37	10	1	50	1.44
21304544--21304724	61	3.1	59	89	4	262	37	10	1	50	1.44
21304915--21304949	6	5.7	6	93	6	61	17	45	0	37	1.48
21304915--21304949	13	2.8	12	91	8	61	17	45	0	37	1.48
21306640--21306731	45	2.0	45	97	0	175	42	11	14	31	1.82
21310009--21310097	44	2.0	45	86	6	128	44	1	1	52	1.15
21310078--21310113	18	1.9	19	88	5	56	25	5	0	69	1.10
21312584--21312608	12	2.1	12	100	0	50	36	48	0	16	1.46
21313261--21313349	44	2.0	44	88	0	133	22	20	14	42	1.88
21319659--21319695	17	2.2	17	90	0	56	56	0	5	37	1.22
21325149--21325178	15	2.0	15	100	0	60	26	26	6	40	1.81
21327555--21327593	20	1.9	21	89	5	62	38	5	0	56	1.22
21332702--21332756	21	2.7	21	82	2	67	29	18	14	38	1.90
21332762--21332806	22	2.0	22	82	4	54	20	20	13	46	1.83
21332707--21332806	21	4.6	23	75	10	59	26	19	13	42	1.87
21333054--21333092	19	2.0	20	85	5	53	64	0	20	15	1.30
21336098--21336128	15	2.1	15	100	0	62	32	12	12	41	1.81
21343729--21343792	33	2.0	33	84	9	87	54	3	7	34	1.45
21344993--21345043	26	1.9	27	92	4	86	13	3	41	41	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21352859--21352955	48	2.0	48	91	0	158	44	22	17	15	1.86
21353158--21353228	36	2.0	36	94	0	124	46	14	12	26	1.80
21353175--21353228	17	2.9	19	71	20	60	46	16	12	24	1.82
21353157--21353220	17	3.6	17	72	15	58	46	12	12	28	1.78
21356033--21356096	17	3.6	17	74	15	67	46	14	14	25	1.81
21357402--21357461	23	2.6	23	82	10	70	48	3	0	48	1.18
21357402--21357461	22	2.6	23	84	10	70	48	3	0	48	1.18
21357880--21357931	9	5.7	9	75	4	50	19	0	1	78	0.84
21357883--21357935	15	3.6	15	75	12	56	20	0	1	77	0.87
21365341--21365467	63	2.0	63	98	0	245	34	17	10	37	1.84
21366730--21366775	24	1.9	24	81	0	56	56	17	0	26	1.41
21368764--21368921	41	3.8	41	83	4	183	24	21	27	26	1.99
21369245--21369566	58	5.7	55	94	4	449	53	0	4	41	1.22
21369252--21369334	23	3.4	23	78	12	103	55	0	7	37	1.28
21369251--21369473	23	9.5	24	67	21	91	53	0	5	40	1.24
21369289--21369566	58	4.8	58	97	0	513	52	0	4	42	1.22
21369325--21369489	35	4.4	37	72	23	148	52	0	4	42	1.22
21369325--21369543	15	11.6	17	68	30	103	52	0	4	42	1.22
21369499--21369582	35	2.4	35	88	4	125	52	0	4	42	1.22
21369509--21369578	12	6.5	11	74	21	51	51	0	4	44	1.21
21372945--21372970	6	4.3	6	100	0	52	46	0	0	53	1.00
21373142--21373322	43	4.3	42	82	4	186	25	14	26	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21373900--21373943	19	2.3	19	84	7	54	45	0	4	50	1.22
21373908--21373943	18	1.9	19	88	5	56	41	0	5	52	1.24
21375967--21376010	23	2.0	23	86	4	63	59	6	4	29	1.44
21376202--21376275	31	2.4	32	82	6	82	66	5	4	24	1.30
21376041--21376390	140	2.5	138	80	9	375	54	10	9	26	1.64
21377417--21377463	23	2.0	23	95	0	85	34	2	17	46	1.59
21377419--21377461	13	3.5	13	75	18	56	32	2	16	48	1.58
21380760--21380858	49	2.0	49	100	0	198	18	22	4	55	1.59
21386128--21386183	13	4.5	13	84	13	82	33	1	16	48	1.56
21387366--21387406	22	1.9	22	90	5	66	29	2	2	65	1.18
21387485--21387543	19	3.2	19	70	15	52	32	1	5	61	1.28
21387464--21387600	10	14.5	10	68	17	71	33	2	4	59	1.29
21388285--21388339	27	2.0	27	100	0	110	61	3	10	23	1.44
21391115--21391208	45	2.1	45	89	0	143	29	23	19	27	1.98
21391211--21391320	51	2.2	51	83	3	141	34	26	16	22	1.95
21393635--21393671	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
21394653--21394679	5	5.4	5	100	0	54	18	18	18	44	1.87
21397536--21397582	2	23.5	2	91	0	76	53	2	0	44	1.12
21397777--21397805	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
21405084--21405111	13	2.2	13	100	0	56	46	21	7	25	1.76
21406207--21406271	27	2.4	27	84	5	78	16	18	36	27	1.93
21409456--21409617	10	18.4	8	69	25	64	64	1	3	30	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21409466--21409614	19	8.9	16	67	22	67	65	1	3	30	1.17
21409457--21409518	26	2.5	25	80	12	65	69	0	3	27	1.04
21409505--21409621	29	4.1	29	76	15	95	64	1	2	31	1.17
21409452--21409613	57	3.0	53	76	14	145	64	1	3	30	1.20
21409453--21409883	9	46.0	9	68	19	126	59	3	2	34	1.29
21409810--21409854	21	2.1	21	88	8	65	55	0	0	44	0.99
21413062--21413115	26	2.1	26	85	0	72	46	5	20	27	1.73
21417395--21417458	29	2.3	29	81	10	71	39	1	1	57	1.17
21417395--21417458	28	2.3	28	83	5	76	39	1	1	57	1.17
21417623--21417653	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
21418108--21418224	38	3.0	38	74	12	112	43	7	10	38	1.67
21419215--21419243	14	2.1	14	100	0	58	55	27	0	17	1.42
21422939--21423141	102	2.0	102	98	0	388	43	13	21	22	1.87
21425609--21425636	12	2.3	12	100	0	56	28	7	14	50	1.69
21438573--21438634	27	2.3	27	91	0	106	41	11	12	33	1.79
21439520--21439577	28	2.1	27	80	3	62	34	6	0	58	1.25
21439545--21439884	148	2.3	149	84	6	424	39	10	5	44	1.63
21440153--21440354	39	5.2	39	86	3	273	13	32	19	34	1.90
21440158--21440292	19	6.9	20	68	17	68	14	33	20	32	1.92
21440166--21440311	20	7.4	20	70	13	97	13	34	19	31	1.91
21447484--21447565	31	2.8	28	81	9	92	43	10	10	34	1.75
21454132--21454177	21	2.2	21	88	0	65	26	23	34	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21455346--21455390	15	3.0	15	93	0	72	40	15	8	35	1.79
21455958--21455998	21	2.0	21	86	9	59	39	12	9	39	1.76
21470627--21470691	29	2.2	31	83	5	80	46	10	7	35	1.68
21475495--21475533	13	2.9	14	84	7	62	46	5	0	48	1.24
21475638--21475694	20	2.9	20	81	2	71	35	7	0	57	1.26
21475638--21475694	19	2.9	20	82	7	64	35	7	0	57	1.26
21476502--21476542	21	2.0	21	95	0	73	29	14	0	56	1.39
21480849--21481035	29	6.4	30	83	6	183	22	13	25	37	1.92
21480849--21481035	88	2.1	87	82	7	227	22	13	25	37	1.92
21499531--21499888	184	1.9	184	92	2	603	28	28	18	25	1.98
21502011--21502063	18	2.7	20	77	14	56	32	16	3	47	1.65
21502025--21502072	18	2.6	19	77	9	55	37	16	0	45	1.48
21505134--21505171	10	3.5	11	86	13	53	63	2	0	34	1.09
21510525--21510614	40	2.2	41	82	3	112	31	6	20	42	1.77
21510818--21510918	45	2.2	45	91	0	157	20	17	19	41	1.90
21511584--21511627	21	2.1	21	100	0	88	36	18	4	40	1.71
21515116--21515163	22	2.2	22	100	0	96	25	33	0	41	1.55
21515138--21515250	51	2.2	51	93	0	190	28	28	1	41	1.66
21515251--21515316	10	6.5	10	75	3	60	34	0	0	65	0.93
21515252--21515316	31	2.1	31	100	0	130	33	0	0	66	0.92
21517034--21517068	18	1.9	18	88	0	52	25	34	8	31	1.86
21517561--21517642	29	2.8	29	94	0	146	48	24	0	26	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21517660--21517873	29	7.9	28	69	19	127	46	22	0	30	1.56
21517528--21518234	101	7.1	101	85	7	780	46	22	0	30	1.54
21517563--21518236	130	5.2	127	79	12	556	45	23	0	30	1.54
21517765--21517873	29	3.8	29	96	0	173	46	24	0	28	1.53
21517895--21517974	29	2.8	29	98	0	151	46	26	0	27	1.53
21517563--21518046	231	2.1	231	96	0	898	46	22	0	31	1.54
21518064--21518242	29	6.2	28	90	3	241	46	26	0	27	1.53
21518064--21518242	58	3.1	58	90	1	297	46	26	0	27	1.53
21518068--21518236	87	1.9	87	95	0	302	46	27	0	26	1.53
21518231--21518386	55	2.8	55	92	2	251	39	12	5	42	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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