genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

This is table  86  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25278832--25278880	6	8.2	6	81	0	62	61	2	20	16	1.44
25278832--25278880	18	2.7	18	87	0	71	61	2	20	16	1.44
25287181--25287226	12	3.8	12	78	18	51	41	0	2	56	1.11
25287180--25287289	37	3.0	38	75	19	101	40	1	3	53	1.29
25287181--25287257	11	6.9	11	72	21	54	40	1	2	55	1.22
25288296--25288340	22	2.0	22	83	8	56	33	2	0	64	1.06
25288672--25288699	14	2.0	14	100	0	56	42	0	21	35	1.53
25290826--25290860	16	2.2	16	90	10	54	51	2	17	28	1.59
25301318--25301438	49	2.6	46	84	4	134	26	16	27	29	1.97
25301672--25301697	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
25309078--25309111	11	3.1	11	95	0	59	32	0	0	67	0.91
25313548--25313597	22	2.3	22	89	0	73	44	14	6	36	1.69
25314207--25314248	21	2.0	21	85	0	57	47	21	2	28	1.63
25318095--25318127	18	1.9	18	88	11	52	27	6	3	63	1.32
25319021--25319057	18	2.1	18	89	0	56	67	0	16	16	1.23
25321767--25321817	15	3.3	15	76	15	59	60	3	0	35	1.15
25321766--25321820	16	3.5	16	73	14	60	60	3	0	36	1.15
25324350--25324467	51	2.3	51	78	10	123	48	2	3	45	1.32
25324709--25324763	27	2.0	28	82	10	69	49	0	7	43	1.30
25324709--25324763	28	2.0	27	83	16	69	49	0	7	43	1.30
25325942--25325984	22	2.0	22	100	0	86	23	25	13	37	1.92
25332752--25332795	23	1.9	23	81	9	54	38	2	11	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25342807--25342879	25	3.0	25	83	4	94	31	16	20	31	1.95
25342812--25342879	24	2.8	25	81	4	84	32	17	20	29	1.96
25342839--25342929	25	3.7	25	73	12	71	32	25	18	23	1.97
25352384--25352476	45	2.1	44	88	6	134	34	27	5	32	1.80
25358875--25358926	24	2.1	25	82	10	63	48	5	0	46	1.26
25363147--25363275	49	2.6	49	95	0	231	29	27	14	27	1.95
25364467--25364588	23	5.3	23	80	0	154	31	23	19	24	1.98
25364474--25364588	46	2.5	46	91	0	185	32	23	20	24	1.98
25371564--25371593	13	2.3	13	100	0	60	26	0	20	53	1.46
25388626--25388681	21	2.6	22	88	2	78	23	14	25	37	1.92
25389678--25389795	43	2.7	43	100	0	236	45	2	4	47	1.35
25389703--25389772	20	3.3	20	66	11	59	45	1	4	48	1.30
25393407--25393800	121	3.2	121	97	0	725	43	2	5	48	1.38
25393948--25394037	43	2.0	45	82	4	112	37	28	6	26	1.82
25394018--25394086	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
25394018--25394086	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
25403379--25403409	12	2.6	12	100	0	62	35	32	25	6	1.82
25408629--25408667	10	3.8	10	82	3	51	76	0	10	12	1.01
25411681--25411880	50	3.9	52	77	9	178	28	21	28	23	1.99
25411735--25411929	50	3.9	49	81	4	153	28	21	28	21	1.99
25412130--25412168	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
25413501--25413559	31	1.9	31	89	0	91	30	15	16	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25413521--25413613	40	2.3	40	82	8	127	32	18	16	33	1.93
25419869--25419925	29	1.9	30	89	3	89	29	22	26	21	1.99
25426178--25426251	35	2.1	35	100	0	148	44	16	21	17	1.86
25427032--25427066	6	5.8	6	100	0	70	68	17	0	14	1.21
25435571--25435604	9	3.8	9	92	0	59	0	50	0	50	1.00
25436736--25436825	38	2.4	38	92	0	144	41	12	22	24	1.88
25436812--25436847	19	1.9	19	94	5	65	41	0	22	36	1.54
25436936--25437045	47	2.3	47	82	0	139	26	12	21	39	1.89
25438410--25438436	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
25444110--25444135	8	3.2	8	100	0	52	23	11	15	50	1.76
25449537--25449580	18	2.4	18	80	0	52	15	2	40	40	1.60
25451005--25451056	27	1.9	27	88	0	77	32	13	26	26	1.94
25452736--25452836	27	3.7	28	73	6	100	29	23	13	32	1.94
25457631--25457810	85	2.1	85	92	0	297	39	8	16	35	1.79
25460189--25460429	50	4.8	50	84	3	279	21	28	22	26	1.99
25467002--25467042	21	1.9	22	90	5	66	73	0	19	7	1.07
25476138--25476176	16	2.4	16	91	0	60	41	0	23	35	1.55
25476429--25476469	15	2.8	15	82	13	50	43	0	0	56	0.99
25476471--25476534	31	2.1	31	82	11	78	46	1	1	50	1.20
25476836--25476920	44	1.9	44	90	0	134	36	8	5	49	1.57
25485132--25485184	14	3.9	13	75	7	52	18	9	1	69	1.25
25491763--25491800	15	2.6	15	84	15	53	5	0	39	55	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25497439--25497495	19	2.8	20	78	14	64	31	1	7	59	1.34
25497935--25497960	13	2.0	13	100	0	52	23	7	7	61	1.49
25502743--25502880	71	1.9	71	92	0	231	28	7	13	49	1.71
25507424--25507465	22	2.0	21	90	4	66	33	0	11	54	1.37
25523879--25523947	29	2.4	29	87	0	93	30	17	14	37	1.90
25524432--25524465	16	2.0	18	88	11	54	11	35	32	20	1.89
25524432--25524472	17	2.3	18	80	16	50	12	36	31	19	1.89
25531860--25531945	43	2.0	43	100	0	172	41	13	16	27	1.86
25532434--25532758	30	10.8	29	82	8	357	42	15	6	35	1.73
25532466--25532758	60	4.9	60	84	5	405	42	15	6	35	1.73
25532434--25532758	90	3.6	90	83	3	393	42	15	6	35	1.73
25536403--25536528	33	3.8	33	80	4	130	18	19	15	46	1.85
25538971--25539077	55	1.9	55	86	3	153	29	10	26	33	1.89
25549257--25549309	25	2.2	24	89	3	79	37	24	22	15	1.92
25555276--25555323	19	2.4	21	76	16	57	22	31	8	37	1.84
25558240--25558284	16	2.8	16	79	3	54	66	8	2	22	1.30
25566590--25566656	20	3.4	19	75	8	62	29	22	35	11	1.90
25578920--25578976	3	18.7	3	81	3	51	54	1	7	36	1.38
25580803--25580832	12	2.5	12	94	0	51	3	40	26	30	1.72
25585580--25585608	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
25585960--25585991	15	2.1	15	94	0	55	12	0	9	78	0.97
25585962--25586004	13	3.2	13	86	6	50	11	2	9	76	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25591704--25591735	15	2.1	15	100	0	64	56	6	6	31	1.49
25594899--25594960	24	2.6	24	75	10	72	17	24	20	37	1.94
25599156--25599203	19	2.5	20	86	3	62	43	22	25	8	1.81
25600098--25600143	11	4.4	10	81	10	56	36	8	0	54	1.32
25600520--25600550	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
25604535--25604595	14	4.4	14	73	8	52	18	18	8	55	1.66
25604656--25604692	14	2.4	16	78	17	51	43	0	2	54	1.14
25604669--25604801	23	5.1	28	62	23	74	40	0	9	49	1.36
25604651--25604801	51	2.9	51	94	1	248	42	0	8	49	1.33
25613256--25613282	6	4.5	6	100	0	54	51	14	0	33	1.43
25618388--25618462	20	3.8	20	77	5	71	50	2	4	42	1.35
25618661--25618703	19	2.3	19	84	4	61	23	2	2	72	1.08
25619000--25619192	97	2.0	92	83	8	237	41	7	18	32	1.77
25619777--25619865	28	3.0	29	74	16	83	37	0	20	42	1.52
25619798--25619888	33	2.8	33	88	5	130	36	0	18	45	1.50
25619777--25619909	33	4.4	31	77	17	95	35	0	18	45	1.50
25620119--25620161	14	3.1	14	76	10	52	48	2	9	39	1.48
25619979--25620498	126	4.1	126	85	3	609	38	15	16	30	1.89
25625533--25625586	24	2.1	24	83	10	63	66	1	1	29	1.12
25625799--25625842	23	1.9	23	85	0	61	45	25	4	25	1.72
25628076--25628159	19	4.4	18	82	8	80	38	8	17	35	1.80
25628078--25628152	19	3.8	19	91	6	123	37	9	16	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25628079--25628141	21	3.1	21	95	4	112	38	9	14	38	1.78
25628091--25628175	21	4.0	22	79	14	81	37	7	16	38	1.76
25628141--25628185	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
25628589--25628626	15	2.6	15	83	4	51	26	0	2	71	1.00
25628591--25628641	12	4.0	12	82	12	50	29	0	1	68	1.00
25628605--25628642	12	2.8	13	88	11	51	34	0	0	65	0.93
25634963--25635194	44	5.3	44	63	8	130	24	29	25	20	1.99
25634910--25635213	88	3.5	88	93	0	518	26	29	24	19	1.98
25635227--25635514	44	6.7	44	78	10	299	29	18	24	27	1.98
25635227--25635467	82	2.8	85	83	6	267	30	18	23	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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