genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  95  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28372767--28372816	14	3.3	15	78	8	57	62	4	6	28	1.37
28372755--28372827	30	2.4	31	90	4	112	63	2	4	30	1.27
28374653--28374770	44	2.7	44	80	7	132	29	19	19	31	1.96
28374791--28374978	100	1.9	100	89	2	297	25	23	22	28	1.99
28374798--28375001	100	2.0	100	81	3	239	27	23	21	27	1.99
28382981--28383326	170	2.0	170	100	0	692	25	19	21	33	1.97
28387967--28388039	33	2.4	31	88	9	105	61	2	5	30	1.32
28387967--28388015	14	3.3	15	80	8	64	65	2	2	30	1.15
28388892--28388930	20	2.0	20	90	10	62	76	2	5	15	1.06
28390322--28390385	26	2.4	27	69	21	64	34	0	9	56	1.32
28393629--28393662	17	2.0	17	88	0	50	82	2	14	0	0.79
28393626--28393662	16	2.3	17	81	13	51	81	5	13	0	0.86
28405678--28405809	51	2.6	51	82	2	167	23	15	27	33	1.95
28405627--28405809	102	1.8	99	89	5	287	23	16	27	32	1.96
28406012--28406084	37	1.9	38	86	2	103	43	2	21	31	1.67
28409251--28409359	29	3.7	29	74	12	107	37	11	27	22	1.90
28409227--28409356	58	2.2	59	86	5	183	40	11	24	23	1.87
28418406--28418550	50	2.9	50	81	2	166	33	22	16	27	1.95
28419858--28420067	92	2.3	91	89	2	312	42	15	7	33	1.76
28419896--28420034	31	4.6	30	73	12	131	44	16	7	31	1.75
28424454--28424493	20	2.0	20	90	9	64	30	15	30	25	1.95
28424497--28424535	20	2.0	19	85	5	51	38	12	35	12	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28428401--28428448	10	4.8	10	78	0	51	39	2	33	25	1.67
28428401--28428444	15	2.9	15	93	0	70	38	2	34	25	1.68
28429202--28429339	50	2.8	50	81	4	154	23	18	27	30	1.97
28429208--28429390	51	3.6	49	77	3	161	24	17	27	30	1.97
28429448--28429600	33	4.5	33	71	22	138	18	17	28	35	1.94
28429416--28429708	102	2.9	102	95	0	514	20	19	29	31	1.97
28432067--28432157	48	1.9	47	86	2	128	20	13	26	39	1.89
28439050--28439393	102	3.4	101	89	3	478	29	15	26	29	1.96
28439050--28439392	51	6.8	50	82	5	384	28	15	26	29	1.96
28444874--28444926	24	2.2	24	96	0	97	22	13	22	41	1.88
28454588--28454664	40	1.9	40	84	5	102	23	16	18	41	1.90
28457295--28457353	27	2.2	27	84	0	73	32	23	30	13	1.93
28460439--28460473	18	1.9	18	88	0	52	31	5	34	28	1.81
28463191--28463245	26	2.1	26	83	6	67	56	10	12	20	1.66
28468724--28468791	28	2.4	28	95	0	118	25	32	16	26	1.96
28469520--28469775	127	2.0	126	96	0	476	47	9	7	35	1.65
28469795--28469820	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
28470198--28470246	22	2.2	22	81	3	53	42	4	4	48	1.40
28470030--28470323	142	2.1	141	87	5	425	41	5	9	43	1.60
28472587--28472629	16	2.4	19	81	14	56	18	4	4	72	1.20
28475237--28475622	27	14.4	27	82	1	425	18	15	20	45	1.86
28476310--28476356	24	1.9	25	86	4	69	27	34	0	38	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28477389--28477415	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
28477585--28477625	12	3.4	12	82	0	55	19	29	4	46	1.71
28479094--28479150	28	2.0	28	96	0	105	43	14	17	24	1.86
28481534--28481586	27	2.0	27	88	3	81	30	33	20	15	1.93
28481398--28481709	104	3.0	104	95	0	563	30	29	19	21	1.97
28482079--28482142	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
28482086--28482142	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
28486027--28486094	34	2.0	34	97	0	127	29	29	16	25	1.96
28487852--28488322	42	11.3	42	83	1	561	22	18	22	37	1.94
28489299--28489355	22	2.6	22	78	10	62	38	5	5	50	1.47
28489106--28489404	151	2.0	149	90	3	476	43	4	9	43	1.54
28489371--28489421	19	2.8	18	72	24	52	39	1	9	49	1.47
28489747--28489788	21	2.0	21	85	0	57	21	4	2	71	1.16
28500914--28500975	30	2.1	30	100	0	124	62	3	9	24	1.40
28505273--28505359	28	3.1	28	66	21	83	24	10	6	58	1.55
28505251--28505359	55	2.0	55	100	0	218	24	12	5	56	1.57
28506951--28507008	26	2.2	27	81	6	66	31	1	1	65	1.13
28515447--28515553	55	1.9	55	92	0	178	28	6	21	43	1.77
28523724--28523797	27	2.8	26	78	13	78	17	17	20	44	1.87
28523719--28523850	53	2.5	54	75	4	126	19	15	21	43	1.88
28523750--28523891	27	5.3	26	72	15	87	21	15	19	43	1.87
28528184--28528240	24	2.4	24	85	5	71	31	22	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28531333--28531524	50	3.8	50	85	2	260	26	22	30	20	1.98
28539799--28539827	13	2.1	14	93	6	51	44	13	0	41	1.44
28543521--28543613	45	2.1	45	87	4	134	33	17	18	31	1.94
28543609--28543805	50	4.0	48	75	10	157	30	23	17	28	1.97
28547282--28547448	50	3.3	50	80	4	167	20	31	22	25	1.98
28551956--28552248	50	5.8	50	85	0	388	20	29	22	27	1.98
28557379--28557421	17	2.5	17	96	0	77	9	23	41	25	1.84
28557668--28557789	27	4.5	27	81	6	140	45	15	14	24	1.84
28557775--28558082	27	11.4	27	85	5	124	32	20	23	23	1.98
28557787--28558080	54	5.4	54	88	0	408	31	21	24	23	1.98
28557787--28558080	81	3.6	81	88	0	428	31	21	24	23	1.98
28558099--28558162	24	2.7	24	87	4	76	31	7	18	42	1.79
28558118--28558230	24	4.8	24	85	2	129	26	6	23	44	1.76
28558295--28558359	27	2.4	27	83	14	82	20	24	23	32	1.98
28558313--28558391	27	3.0	26	79	5	68	20	25	22	31	1.98
28558365--28558410	14	3.4	14	75	22	53	13	21	28	36	1.91
28558347--28558411	26	2.5	26	94	0	112	16	21	26	35	1.95
28558415--28558608	32	6.1	32	81	3	187	24	19	17	38	1.92
28558433--28558605	96	1.8	95	83	3	231	24	19	17	38	1.93
28561684--28561713	14	2.1	14	93	0	51	16	43	0	40	1.48
28563879--28563909	15	2.1	15	100	0	62	38	6	0	54	1.26
28568852--28568988	50	2.7	50	89	0	211	26	23	29	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28574727--28574770	18	2.3	20	88	11	67	52	0	2	45	1.13
28575368--28575397	14	2.1	14	93	0	51	16	43	0	40	1.48
28584924--28584981	25	2.3	25	80	11	66	39	3	0	56	1.16
28602647--28602782	40	3.4	41	77	8	131	38	19	19	21	1.93
28603199--28603247	14	3.4	14	86	5	71	24	0	36	38	1.56
28603266--28603324	7	8.1	7	75	5	55	20	3	45	30	1.67
28603504--28603571	21	3.2	22	83	10	79	19	0	41	39	1.51
28603504--28603571	7	9.6	7	72	15	50	19	0	41	39	1.51
28603766--28603800	15	2.4	14	86	9	52	22	0	37	40	1.55
28603787--28603827	21	2.0	20	85	4	55	19	0	41	39	1.52
28604447--28604649	104	2.0	102	89	4	311	53	11	8	27	1.65
28604323--28604770	240	1.9	233	85	5	614	48	11	10	29	1.73
28606689--28606725	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
28609013--28609039	14	1.9	14	100	0	54	51	0	3	44	1.19
28609057--28609365	43	7.3	43	80	3	320	24	17	29	29	1.97
28609057--28609372	85	3.7	84	80	5	330	25	16	28	29	1.97
28616079--28616151	37	2.0	37	81	7	87	54	23	6	15	1.64
28619530--28619565	5	7.0	5	96	3	63	77	0	19	2	0.88
28620187--28620486	42	7.1	42	87	0	402	37	23	17	22	1.94
28629507--28629548	18	2.3	18	84	15	52	76	2	14	7	1.10
28632764--28632817	28	1.9	28	85	7	74	25	12	18	42	1.86
28634904--28635038	25	5.4	23	77	12	90	26	19	21	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28634905--28635078	50	3.5	50	85	4	208	28	19	21	30	1.97
28634921--28635062	25	5.7	25	87	1	187	26	20	21	30	1.98
28634943--28635096	75	2.1	75	81	2	175	28	19	22	29	1.98
28639825--28639872	18	2.5	20	86	10	64	72	4	18	4	1.17
28644791--28645085	102	2.9	102	91	0	457	29	26	15	28	1.96
28644792--28645081	153	1.9	151	82	4	359	30	26	15	28	1.96
28644792--28645085	51	5.8	51	79	5	326	29	26	15	28	1.96
28654404--28654452	24	2.1	23	81	11	55	46	12	18	22	1.82
28659519--28659577	26	2.3	25	82	11	66	37	5	10	47	1.59
28659539--28659589	26	2.0	25	81	11	59	35	5	11	47	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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