genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  52  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14634313--14634346	7	4.9	7	96	0	59	44	14	0	41	1.45
14634871--14634899	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
14637209--14637284	26	3.0	25	80	5	80	34	23	21	21	1.97
14641024--14641053	14	2.1	14	100	0	60	43	13	13	30	1.82
14644207--14644237	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
14645865--14645920	22	2.4	24	80	11	64	26	5	0	67	1.11
14646241--14646283	9	4.8	9	85	0	50	23	30	0	46	1.52
14646218--14646274	18	3.2	18	80	9	62	24	35	0	40	1.56
14649012--14649136	43	2.9	43	81	12	148	32	28	18	20	1.96
14658339--14658385	19	2.4	20	89	3	69	12	6	23	57	1.58
14662032--14662380	185	1.9	184	90	1	556	26	16	19	37	1.92
14685458--14685792	167	2.0	167	100	0	670	33	16	16	34	1.91
14690321--14690377	20	2.9	21	74	12	66	49	0	5	45	1.24
14693538--14693578	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
14698434--14698468	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
14704804--14704862	30	2.0	30	86	6	84	20	38	0	40	1.53
14710047--14710098	23	2.3	23	100	0	104	59	7	0	32	1.26
14721836--14721906	34	2.1	34	97	0	133	54	18	1	25	1.51
14724657--14724703	2	25.5	2	76	23	50	46	2	0	51	1.13
14730015--14730107	44	2.1	44	84	13	120	34	3	25	36	1.72
14730254--14730725	120	3.9	120	97	0	876	52	4	0	41	1.28
14731406--14731465	30	2.0	30	100	0	120	46	16	20	16	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14733239--14733326	29	3.3	29	70	23	84	50	4	23	21	1.67
14733508--14733547	18	2.2	18	95	0	71	52	2	37	7	1.43
14741294--14741320	13	2.1	13	100	0	54	70	0	7	22	1.12
14741471--14741529	26	2.2	27	82	8	68	61	5	0	33	1.18
14741465--14741529	27	2.3	29	77	15	75	60	4	0	35	1.18
14741516--14741570	20	2.7	20	82	2	65	61	7	0	30	1.23
14741563--14741615	19	2.8	18	81	13	63	56	3	0	39	1.17
14742244--14742348	10	10.7	10	74	11	74	33	1	3	60	1.25
14742253--14742335	9	8.7	9	73	16	60	33	2	2	61	1.22
14742252--14742355	19	5.2	20	74	12	72	31	1	3	62	1.24
14742419--14742492	30	2.4	31	84	8	89	29	0	8	62	1.24
14742503--14742549	19	2.5	19	86	6	60	17	8	0	74	1.05
14742503--14742560	18	3.1	19	82	12	66	18	8	0	72	1.10
14755200--14755243	17	2.6	17	85	10	63	63	4	0	31	1.14
14755205--14755598	98	4.0	98	80	10	448	57	15	0	26	1.44
14755525--14755692	92	1.9	90	85	9	236	54	17	0	27	1.47
14755439--14755698	98	2.7	95	81	9	273	56	15	0	26	1.42
14756068--14756143	28	2.7	28	91	0	125	44	3	7	43	1.51
14762006--14762097	48	1.9	48	86	0	130	26	9	15	48	1.75
14765073--14765191	44	2.7	44	77	10	118	28	24	21	26	1.99
14769166--14769348	60	3.1	60	81	5	185	22	16	17	43	1.88
14769960--14769990	6	5.2	6	92	0	53	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14770236--14770612	95	3.9	95	86	5	463	28	0	14	57	1.43
14770236--14770612	190	1.9	197	85	7	529	28	0	14	57	1.43
14770589--14770621	16	2.0	17	94	5	59	36	0	6	57	1.23
14772937--14773099	75	2.2	76	89	1	247	28	7	11	52	1.64
14774326--14774379	23	2.4	23	78	12	58	64	5	0	29	1.16
14777894--14777981	27	3.3	27	83	0	113	29	23	28	18	1.98
14781186--14781243	9	6.0	9	78	13	62	63	3	0	32	1.11
14781186--14781243	10	5.9	10	79	4	57	63	3	0	32	1.11
14783284--14783312	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
14784460--14784575	43	2.7	43	81	5	128	25	18	27	27	1.98
14799013--14799086	34	2.2	34	90	0	112	20	8	31	40	1.81
14800964--14801092	41	3.1	41	79	2	123	33	24	20	22	1.97
14802900--14802925	13	2.0	13	100	0	52	15	15	0	69	1.20
14802910--14803030	57	2.1	58	90	4	192	24	23	4	46	1.72
14804399--14804445	14	3.4	14	79	8	51	51	4	2	42	1.33
14813459--14813628	69	2.5	69	88	0	250	31	14	18	35	1.91
14813545--14813794	106	2.4	106	89	0	383	34	18	15	32	1.92
14825894--14825969	15	4.9	15	77	4	62	53	13	7	25	1.65
14825894--14825954	16	3.9	16	72	12	54	55	11	8	24	1.62
14827562--14827615	26	2.1	26	100	0	108	42	16	7	33	1.76
14830521--14830595	25	2.9	26	79	15	93	42	10	13	33	1.78
14832739--14832879	25	5.6	25	74	18	116	29	21	24	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14832739--14832876	50	2.8	50	80	12	160	28	21	24	24	1.99
14837136--14837248	25	4.5	25	74	14	99	32	23	20	23	1.98
14843583--14843671	20	4.5	19	70	18	74	41	21	26	10	1.85
14857834--14857866	16	2.1	16	94	0	57	54	0	0	45	0.99
14858750--14858791	18	2.3	18	88	12	59	61	0	0	38	0.96
14862113--14862159	16	3.0	16	84	6	60	8	0	46	44	1.33
14863781--14863870	13	6.7	14	75	16	66	36	17	2	43	1.62
14863780--14863884	40	2.6	39	89	5	165	36	18	1	43	1.61
14863780--14863884	27	3.9	26	73	14	97	36	18	1	43	1.61
14863782--14863894	13	8.4	14	70	13	60	34	17	1	46	1.59
14866298--14866349	23	2.2	25	82	6	63	17	3	5	73	1.19
14866367--14866424	24	2.4	23	83	8	71	36	6	5	51	1.51
14866380--14866427	24	2.0	24	92	8	80	35	4	6	54	1.45
14871433--14871472	6	6.8	6	94	5	73	85	0	15	0	0.61
14881346--14881499	34	4.5	35	71	7	93	33	31	6	27	1.82
14881728--14881752	9	2.8	9	100	0	50	60	32	0	8	1.26
14893633--14893673	19	2.2	19	95	0	73	31	19	9	39	1.84
14902935--14903019	34	2.5	34	79	9	91	37	32	5	23	1.79
14913439--14913601	87	1.9	87	85	5	231	23	18	22	34	1.96
14914463--14914515	25	2.2	24	90	6	81	16	13	9	60	1.58
14914472--14914515	11	3.7	11	77	16	52	15	13	9	61	1.56
14915014--14915052	20	1.9	21	84	5	53	69	2	7	20	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14918150--14918194	24	1.9	23	86	13	65	37	0	2	60	1.09
14918261--14918448	68	3.1	59	82	13	243	45	7	4	41	1.54
14918350--14918377	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
14918291--14918462	68	2.5	68	94	2	294	47	7	4	40	1.51
14918417--14918447	16	2.0	15	93	6	53	58	9	0	32	1.31
14918451--14918492	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
14918466--14918521	23	2.5	23	82	2	69	42	3	1	51	1.29
14935517--14935556	19	2.1	19	100	0	80	40	5	27	27	1.77
14938520--14938739	51	4.4	50	78	6	194	34	25	13	26	1.93
14938577--14938648	24	3.0	24	74	11	74	34	27	15	22	1.94
14938520--14938722	50	4.0	50	79	10	166	33	26	14	26	1.94
14938517--14938710	25	7.7	26	72	5	130	34	26	13	25	1.94
14944113--14944311	48	4.1	48	86	0	254	23	29	20	27	1.99
14945789--14945823	15	2.2	16	90	5	54	40	0	5	54	1.24
14945792--14945823	16	1.9	17	93	6	57	34	0	6	59	1.23
14953628--14953670	23	1.9	22	86	13	61	34	2	0	62	1.08
14956013--14956074	29	2.2	28	80	11	72	35	1	1	61	1.16
14956130--14956178	23	2.1	22	82	17	64	46	2	2	48	1.25
14956128--14956184	24	2.4	24	85	14	82	45	1	1	50	1.22
14956399--14956458	32	1.9	31	82	3	75	26	25	15	33	1.95
14957558--14957626	19	3.5	19	71	15	52	40	1	15	42	1.56
14959441--14959480	6	6.5	6	91	2	62	15	17	0	67	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14963673--14963933	30	8.7	30	90	0	380	31	8	17	43	1.78
14964054--14964176	43	2.9	42	82	10	144	28	17	26	27	1.97
14967862--14967898	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
14967934--14967976	21	2.0	21	82	8	52	20	37	0	41	1.53
14968924--14968949	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
14974669--14974812	77	1.9	77	89	2	227	44	4	9	40	1.59
15018301--15018342	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
15020100--15020160	19	3.0	20	72	18	54	49	4	0	45	1.23
15023742--15023784	22	2.0	22	90	4	70	58	4	0	37	1.19
15023745--15023792	22	2.2	22	81	7	53	58	4	0	37	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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