genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  6  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1994726--1994790	8	8.0	8	77	13	53	81	0	16	1	0.77
2004074--2004758	75	9.1	75	82	6	706	27	16	21	33	1.95
2004074--2004758	154	4.5	150	81	7	699	27	16	21	33	1.95
2004879--2005019	29	4.7	30	75	9	112	30	15	4	49	1.64
2004879--2005012	59	2.2	60	80	8	150	31	14	3	50	1.61
2005517--2005567	12	4.0	13	77	10	52	80	0	15	3	0.86
2005496--2005567	19	3.8	20	71	22	57	76	1	18	4	1.02
2005926--2005962	17	2.2	17	90	0	56	24	45	29	0	1.53
2007194--2007266	36	2.0	36	97	0	137	23	9	10	56	1.63
2009883--2010282	214	1.9	214	98	0	782	36	10	19	33	1.86
2010309--2010348	16	2.4	17	83	4	55	75	7	15	2	1.14
2010852--2010890	20	2.0	20	100	0	78	10	41	17	30	1.83
2014790--2014828	16	2.4	16	82	0	51	74	7	15	2	1.15
2018860--2018958	50	2.0	50	95	0	180	37	23	5	34	1.77
2028103--2028202	50	2.0	50	96	3	184	37	23	4	36	1.73
2030676--2030713	14	2.7	14	91	0	58	42	0	10	47	1.38
2030805--2030847	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2030985--2031125	75	1.9	75	82	5	178	34	4	17	43	1.71
2031224--2031316	41	2.3	41	82	0	105	26	15	24	33	1.95
2031441--2031618	63	2.6	67	79	11	202	31	7	16	43	1.77
2031481--2031585	31	3.4	31	69	12	97	28	9	17	44	1.79
2031776--2031802	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2037438--2037496	27	2.2	27	78	3	66	32	1	1	64	1.13
2037438--2037495	26	2.2	26	81	6	64	31	1	1	65	1.13
2044441--2044493	24	2.2	25	83	10	65	28	1	0	69	0.99
2051277--2051319	2	21.5	2	95	0	77	48	0	0	51	1.00
2051387--2051430	23	2.0	22	82	13	54	31	0	6	61	1.22
2065378--2065417	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
2065401--2065440	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
2065386--2065452	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
2065380--2065456	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
2065539--2065577	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
2069492--2069516	11	2.3	11	100	0	50	60	16	0	24	1.36
2069694--2069749	14	4.2	14	74	21	57	62	3	30	3	1.29
2069813--2069857	18	2.5	18	92	0	72	44	0	55	0	0.99
2069813--2069857	6	7.5	6	79	0	54	44	0	55	0	0.99
2069813--2069864	24	2.2	24	85	0	68	46	0	53	0	1.00
2070377--2070420	23	2.0	22	82	13	54	31	0	6	61	1.22
2070630--2070676	19	2.4	20	79	10	53	44	19	19	17	1.87
2073167--2073201	14	2.5	14	95	0	61	48	0	8	42	1.33
2073161--2073185	10	2.5	10	100	0	50	52	0	8	40	1.31
2073229--2073303	29	2.5	31	78	6	91	44	1	12	42	1.50
2073347--2073383	19	1.9	19	94	0	65	56	0	8	35	1.29
2074843--2074985	44	3.4	43	80	6	150	27	22	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2075053--2075645	44	13.5	44	66	19	218	27	24	17	29	1.97
2075015--2075779	132	5.8	132	91	0	1190	27	23	17	30	1.97
2077092--2077167	14	5.3	14	76	7	73	1	14	1	82	0.79
2077099--2077165	10	6.9	10	74	16	52	1	14	1	82	0.82
2077097--2077169	34	2.1	34	85	9	96	1	13	1	83	0.78
2077092--2077169	24	3.2	24	78	10	86	1	14	1	83	0.78
2077113--2077180	21	3.3	20	80	10	66	4	10	2	82	0.92
2077113--2077180	34	2.0	33	82	2	82	4	10	2	82	0.92
2088014--2088168	43	3.6	43	75	7	154	26	16	26	30	1.97
2092020--2092627	114	5.3	114	92	0	982	22	21	26	29	1.99
2093221--2093294	7	10.4	7	75	13	53	22	0	40	36	1.55
2093238--2093321	21	4.1	20	76	14	73	22	0	41	35	1.54
2093250--2093311	21	3.0	21	81	9	74	22	0	46	30	1.52
2093249--2093295	7	7.0	7	88	9	62	19	0	51	29	1.47
2093257--2093295	12	3.1	12	88	7	51	17	0	51	30	1.46
2093257--2093310	26	2.1	26	82	0	63	22	0	46	31	1.52
2093327--2093666	90	3.7	90	84	4	382	27	2	27	42	1.69
2093574--2093600	7	3.9	7	100	0	54	14	0	55	29	1.40
2093574--2093609	14	2.6	14	90	0	54	13	0	52	33	1.41
2093715--2093768	21	2.6	21	72	21	51	50	0	7	42	1.30
2093758--2093809	9	6.5	8	81	12	54	57	0	5	36	1.23
2093758--2093827	17	4.6	16	83	13	69	62	0	4	32	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2093763--2093803	9	4.7	9	90	6	66	58	0	7	34	1.26
2093761--2093827	26	3.0	21	81	16	73	62	0	4	32	1.15
2093833--2093931	47	2.1	48	86	1	137	45	10	1	43	1.44
2094006--2094538	192	2.7	193	90	4	807	31	17	24	26	1.97
2097776--2097830	28	2.0	28	85	0	74	25	21	12	40	1.89
2098128--2098301	46	3.6	46	72	15	154	47	18	0	33	1.54
2098144--2098287	53	2.7	55	70	11	127	47	19	0	32	1.55
2098226--2098309	8	10.5	8	75	14	68	48	15	0	35	1.45
2098226--2098309	17	4.7	17	73	21	73	48	15	0	35	1.45
2098253--2098309	9	6.8	8	84	7	69	49	15	0	35	1.45
2098253--2098309	17	3.4	17	83	9	80	49	15	0	35	1.45
2098397--2098468	17	4.2	17	72	13	58	44	13	1	40	1.53
2098405--2098468	25	2.5	26	87	2	94	43	14	1	40	1.54
2098974--2099194	43	5.1	43	85	4	293	28	20	28	21	1.98
2101064--2101093	15	2.0	15	100	0	60	33	13	6	46	1.69
2102325--2102392	33	2.1	33	97	0	127	29	19	25	26	1.98
2109888--2109954	28	2.4	27	70	7	62	34	23	22	19	1.97
2110100--2110173	22	3.3	22	68	9	60	44	17	18	18	1.87
2110165--2110335	32	5.4	32	87	0	200	39	19	19	22	1.93
2110179--2110335	64	2.5	64	87	2	226	38	19	19	22	1.94
2110496--2110562	24	2.8	24	80	8	73	47	22	5	23	1.73
2110654--2110941	27	10.7	27	73	9	203	25	18	18	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2110641--2110941	134	2.2	135	85	4	394	26	19	17	36	1.94
2111298--2111335	19	2.1	18	85	9	51	28	36	15	18	1.92
2115482--2115581	44	2.3	44	84	5	123	47	3	8	42	1.48
2116122--2116254	67	2.0	65	91	2	212	39	18	13	28	1.89
2119795--2119910	61	1.9	60	85	1	160	34	2	5	57	1.34
2119887--2119930	23	2.0	22	82	13	54	31	0	6	61	1.22
2122027--2122083	28	2.0	28	100	0	114	40	17	10	31	1.84
2124496--2124530	16	2.2	16	94	0	61	34	14	14	37	1.86
2144540--2144629	32	2.8	32	93	0	144	40	18	18	22	1.92
2144644--2144714	27	2.7	25	83	12	81	35	19	22	22	1.96
2144794--2144860	24	2.8	24	82	8	82	46	22	7	23	1.77
2145006--2145124	27	4.4	27	75	5	109	26	17	18	37	1.93
2145006--2145211	54	3.8	54	75	10	172	27	19	16	36	1.93
2144965--2145211	134	1.8	135	87	2	372	28	19	17	35	1.94
2160706--2160744	10	4.0	10	86	3	53	51	0	7	41	1.31
2162807--2162905	44	2.3	44	84	6	123	48	3	8	40	1.48
2163650--2163698	25	2.0	26	88	8	75	55	2	0	42	1.11
2164328--2164444	61	1.9	61	91	0	189	32	2	5	59	1.33
2164421--2164464	23	2.0	22	82	13	54	31	0	6	61	1.22
2171296--2171347	26	2.0	26	88	0	77	32	21	25	21	1.98
2171348--2171412	22	3.0	22	74	0	67	44	16	20	18	1.87
2171404--2171542	32	4.4	32	78	0	145	42	17	17	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2171864--2172149	27	10.6	27	70	5	184	26	19	18	34	1.95
2171832--2172000	81	2.1	80	82	3	203	28	17	21	32	1.96
2171861--2172146	54	5.3	54	72	12	219	26	19	19	34	1.96
2171861--2172132	108	2.5	107	82	2	357	26	19	19	34	1.96
2173320--2173390	18	3.8	18	78	14	90	45	14	5	35	1.68
2177105--2177349	123	2.0	123	99	0	481	31	10	24	33	1.90
2183853--2183985	66	2.0	66	100	0	266	40	19	12	27	1.87
2184507--2184556	25	2.0	25	84	11	66	54	2	2	42	1.23
2185033--2185149	61	1.9	61	87	3	173	30	1	5	62	1.27
2185126--2185169	23	2.0	22	82	13	54	31	0	6	61	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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