genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  64  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18419974--18420017	23	2.0	23	86	13	65	36	22	0	40	1.54
18420677--18420734	28	2.1	28	90	0	89	43	6	15	34	1.74
18428697--18428728	13	2.5	13	94	0	55	50	12	0	37	1.41
18440702--18440841	72	1.9	72	89	0	217	49	7	9	34	1.62
18448811--18448873	30	2.1	30	91	2	101	36	15	25	22	1.94
18459018--18459083	26	2.5	26	85	2	78	36	22	13	27	1.92
18468896--18468932	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
18475584--18475897	27	11.7	27	84	4	377	21	19	19	39	1.93
18484245--18484360	28	4.1	28	86	0	151	30	25	24	19	1.98
18484691--18485129	27	16.3	27	83	2	470	21	17	18	41	1.91
18484692--18485129	54	8.1	54	85	2	522	21	18	18	41	1.91
18484692--18485129	81	5.4	81	85	2	576	21	18	18	41	1.91
18488947--18488988	21	1.9	23	85	9	61	7	9	23	59	1.53
18495587--18495771	51	3.6	51	78	5	196	24	19	26	29	1.98
18514064--18514140	14	5.0	15	72	20	61	44	15	7	32	1.75
18514080--18514119	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
18514068--18514134	34	1.9	35	93	3	118	47	13	7	31	1.70
18514103--18514142	14	2.9	14	88	0	62	45	17	5	32	1.70
18528734--18529207	27	17.7	27	81	4	476	20	16	20	42	1.89
18528734--18529207	81	5.9	79	83	6	542	20	16	20	42	1.89
18530473--18530503	11	2.8	11	90	0	53	35	32	0	32	1.58
18537039--18537089	25	2.0	25	81	7	59	9	35	0	54	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18538884--18538935	22	2.4	21	75	12	52	15	5	17	61	1.52
18541869--18542141	139	2.0	139	97	0	510	28	11	27	32	1.91
18546409--18546465	25	2.3	25	93	6	98	28	31	12	28	1.93
18548426--18548522	20	4.9	20	70	18	69	13	31	17	37	1.89
18550442--18550478	11	3.5	11	85	14	60	64	0	0	35	0.94
18551137--18551206	28	2.5	28	95	2	124	40	8	1	50	1.42
18551260--18551367	27	4.0	27	95	1	162	25	29	29	14	1.95
18551271--18551367	27	3.6	27	95	1	167	22	30	29	16	1.96
18554050--18554087	18	2.1	18	90	0	58	15	44	5	34	1.69
18554053--18554094	18	2.3	18	83	0	57	21	47	2	28	1.63
18554824--18554864	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
18555150--18555229	27	3.0	27	94	0	133	13	30	28	27	1.94
18555256--18555292	18	2.1	17	90	5	56	0	2	8	89	0.58
18555292--18555362	27	2.5	28	86	4	99	46	1	8	43	1.42
18555987--18556011	10	2.5	10	100	0	50	72	0	0	28	0.86
18556284--18556315	13	2.5	13	94	0	55	18	0	0	81	0.70
18556761--18556806	17	2.7	17	79	0	56	52	2	0	45	1.13
18556841--18556888	10	4.5	10	77	12	51	29	6	0	64	1.18
18556840--18556895	21	2.7	21	81	10	62	32	5	0	62	1.18
18556842--18556889	22	2.2	22	85	7	62	27	6	0	66	1.15
18565086--18565127	20	2.1	20	86	0	57	47	2	7	42	1.43
18567796--18567828	17	1.9	17	93	0	57	75	6	6	12	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18567909--18567942	4	8.5	4	93	0	59	73	0	2	23	0.97
18571462--18571599	43	3.3	42	77	14	158	36	25	15	22	1.94
18571577--18571626	26	1.9	26	100	0	100	28	34	24	14	1.93
18571538--18571698	67	2.4	67	90	1	241	30	27	18	23	1.98
18572759--18572791	11	2.8	12	90	9	50	36	15	12	36	1.84
18577021--18577250	43	5.5	41	77	11	198	33	26	17	22	1.96
18577021--18577247	42	5.4	42	78	10	221	33	25	18	22	1.96
18577012--18577250	85	2.8	85	89	0	327	32	25	18	23	1.97
18577226--18577276	26	2.0	26	100	0	102	27	33	23	15	1.95
18577189--18577348	67	2.4	67	94	1	275	31	27	18	22	1.97
18578364--18578396	11	2.8	12	90	9	50	36	15	12	36	1.84
18581696--18581728	17	1.9	17	100	0	66	66	9	6	18	1.40
18585762--18585811	24	2.1	24	92	0	82	30	4	12	54	1.55
18590729--18590781	27	2.0	27	81	7	63	22	22	24	30	1.99
18591370--18591432	25	2.5	25	79	5	65	17	23	22	36	1.95
18591374--18591504	50	2.6	50	83	4	140	22	23	21	32	1.98
18591399--18591504	25	4.2	25	78	2	106	23	23	21	31	1.99
18591424--18591523	50	2.0	50	84	3	130	26	25	17	32	1.97
18599240--18599303	32	2.1	29	85	8	83	56	7	4	31	1.49
18599393--18599449	23	2.5	23	88	0	78	57	15	7	19	1.60
18599632--18599695	3	21.3	3	93	6	112	31	32	0	35	1.58
18606318--18606355	18	2.1	18	100	0	76	31	18	10	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18606848--18606894	17	2.8	17	90	0	67	36	27	14	21	1.93
18611016--18611066	22	2.3	23	83	10	61	50	9	5	33	1.59
18611025--18611074	22	2.3	21	80	10	55	50	16	6	28	1.68
18612653--18612880	50	4.4	50	85	3	258	21	28	21	27	1.99
18615435--18615538	28	3.8	28	66	8	79	50	22	1	25	1.60
18615650--18615686	19	1.9	19	94	0	65	45	16	2	35	1.61
18617202--18617238	19	1.9	19	88	0	56	59	2	2	35	1.26
18622020--18622085	30	2.2	30	81	2	89	37	4	10	46	1.59
18623013--18623059	18	2.6	19	78	18	55	51	4	2	42	1.33
18623010--18623049	19	2.1	19	90	9	64	55	5	0	40	1.22
18628086--18628124	16	2.4	16	95	4	69	30	41	15	12	1.85
18631380--18631446	30	2.2	31	82	15	77	50	5	0	43	1.26
18632171--18632238	9	7.3	9	70	18	50	22	2	1	73	1.05
18633218--18633272	25	2.3	24	81	9	67	47	1	1	49	1.23
18633495--18633525	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
18633577--18633613	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
18633830--18633889	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
18635391--18635525	67	2.0	68	95	4	247	26	22	17	33	1.96
18644883--18644944	28	2.2	30	80	16	78	61	1	3	33	1.22
18645143--18645173	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
18645226--18645262	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
18669189--18669354	44	3.8	43	79	6	163	31	16	21	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18680624--18680792	86	2.0	85	85	1	230	26	26	18	29	1.98
18680696--18680896	57	3.5	57	84	0	258	26	24	14	33	1.94
18680669--18680896	29	8.0	29	71	6	142	25	24	15	33	1.95
18680720--18680883	28	5.8	28	70	4	123	25	24	15	34	1.94
18683663--18683697	10	3.4	10	88	4	52	57	0	2	40	1.14
18683771--18683805	12	2.8	13	86	8	54	77	0	22	0	0.78
18691578--18691616	20	2.0	20	94	0	69	43	15	12	28	1.83
18693607--18693657	6	8.3	6	81	12	50	58	0	0	41	0.98
18693598--18693661	25	2.6	24	83	11	76	60	0	0	39	0.97
18693601--18693664	31	2.1	30	97	2	119	64	0	0	35	0.94
18700095--18700170	31	2.5	31	80	0	89	39	7	26	26	1.83
18700360--18700720	183	2.0	185	84	1	474	23	11	25	39	1.88
18720313--18720341	12	2.3	13	94	5	51	20	6	0	72	1.07
18729493--18729560	27	2.5	27	87	0	91	32	23	17	26	1.97
18737620--18737748	66	2.0	66	95	0	231	20	12	24	43	1.86
18737620--18737764	66	2.2	66	91	3	229	20	12	23	44	1.85
18739389--18739547	33	4.7	33	72	23	143	20	20	27	32	1.97
18739388--18739590	103	2.0	103	96	0	370	21	19	26	32	1.97
18739491--18739703	76	2.8	76	87	0	327	20	18	27	32	1.96
18752685--18752751	29	2.3	29	92	0	116	53	2	8	34	1.47
18752845--18752897	21	2.5	21	93	0	88	30	37	9	22	1.86
18759139--18759351	68	3.2	65	77	14	216	35	15	23	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18759141--18759419	68	4.1	67	76	13	178	37	14	21	26	1.92
18762070--18762105	14	2.8	13	88	12	56	69	0	19	11	1.18
18764337--18764451	43	2.7	43	81	10	128	20	18	27	33	1.95
18764636--18764692	28	2.0	29	86	3	80	29	5	22	42	1.76
18766962--18767000	18	2.1	18	85	4	51	76	2	10	10	1.10
18767014--18767051	11	3.2	12	88	7	51	73	5	21	0	1.02
18767929--18768068	40	3.5	40	75	10	137	27	17	23	32	1.96
18771596--18771647	25	2.1	26	85	7	72	19	25	21	34	1.96
18778463--18778520	29	2.2	26	82	17	75	44	1	1	51	1.21
18778976--18779005	14	2.2	13	94	5	51	53	0	0	46	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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