genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  72  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21041279--21041353	6	12.0	6	91	5	114	17	46	0	36	1.48
21041254--21041353	37	2.7	38	89	3	141	19	44	1	36	1.57
21043860--21043922	21	3.1	20	77	8	65	53	15	26	3	1.57
21043883--21043919	19	1.9	19	88	0	56	51	18	27	2	1.60
21047304--21047333	12	2.5	12	94	0	51	33	6	20	40	1.78
21047613--21047663	22	2.3	23	83	6	61	64	13	7	13	1.48
21047613--21047675	23	2.8	24	79	13	62	61	15	9	12	1.55
21053249--21053278	7	4.1	7	95	4	51	16	0	0	83	0.65
21053866--21053901	18	1.9	19	88	5	56	63	2	2	30	1.22
21055353--21055428	23	3.3	23	70	15	57	51	1	0	47	1.09
21056275--21056314	19	2.1	19	95	0	71	27	15	12	45	1.82
21058673--21058702	16	1.9	15	93	6	51	50	0	0	50	1.00
21059341--21059431	35	2.6	36	80	7	105	50	1	4	43	1.29
21059444--21059522	6	13.3	6	68	21	51	75	2	21	0	0.91
21059471--21059529	14	3.9	16	78	13	54	74	3	22	0	0.96
21059496--21059522	10	2.7	10	100	0	54	88	0	11	0	0.50
21059463--21059529	4	17.5	4	75	9	52	73	2	23	0	0.97
21060181--21060238	24	2.4	24	77	16	66	32	0	18	48	1.49
21063000--21063082	22	3.8	22	90	0	112	27	14	28	28	1.95
21066071--21066162	35	2.6	36	81	8	98	50	2	3	44	1.30
21066176--21066269	4	23.5	4	73	18	63	73	2	21	3	1.08
21066178--21066276	13	7.4	14	71	12	57	71	2	23	3	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21066170--21066266	19	5.1	19	71	13	65	73	2	20	4	1.10
21066786--21066832	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
21066985--21067122	40	3.5	41	75	8	151	26	15	23	34	1.94
21066988--21067090	37	2.7	38	78	6	109	27	16	23	33	1.96
21071067--21071104	17	2.2	19	86	13	55	42	10	2	44	1.52
21078234--21078555	161	2.0	161	98	0	617	43	13	18	24	1.86
21079742--21079785	11	3.7	12	87	9	63	27	0	0	72	0.85
21081672--21081733	25	2.6	23	75	12	61	38	4	0	56	1.21
21082751--21082804	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
21082740--21082811	38	2.0	36	84	10	94	37	9	16	36	1.82
21082751--21082827	38	1.9	40	87	10	113	36	7	16	38	1.78
21082796--21082841	21	2.1	22	84	8	58	36	4	15	43	1.66
21082764--21082841	19	3.7	23	80	9	62	37	5	16	41	1.71
21083011--21083055	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
21083276--21083314	3	12.7	3	89	5	60	30	0	0	69	0.89
21083277--21083314	16	2.4	16	95	4	69	28	0	0	71	0.87
21083603--21083644	2	21.5	2	85	4	59	45	0	2	52	1.13
21084875--21084910	17	2.2	16	90	5	54	25	0	0	75	0.81
21084875--21084908	15	2.1	16	89	10	52	23	0	0	76	0.79
21086361--21086393	15	2.3	15	89	5	50	33	12	12	42	1.79
21089202--21089233	12	2.7	12	100	0	64	75	6	0	18	1.01
21089953--21090139	51	3.7	49	74	5	178	24	17	27	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21090145--21090239	45	2.1	45	84	0	127	29	15	22	32	1.95
21092770--21092889	47	2.6	47	77	2	116	30	16	25	28	1.97
21095761--21095896	51	2.7	51	81	2	139	27	17	25	29	1.98
21096373--21096397	10	2.5	10	100	0	50	56	0	8	36	1.29
21100851--21100880	14	2.1	14	93	0	51	53	23	10	13	1.69
21112054--21112127	30	2.4	32	80	11	82	32	5	16	45	1.70
21112122--21112340	48	4.6	48	89	0	321	29	16	22	30	1.96
21112122--21112356	96	2.5	96	90	0	355	30	16	22	29	1.96
21112318--21112425	41	2.5	42	80	5	119	32	12	22	32	1.92
21132482--21132544	24	2.6	24	97	0	117	31	38	7	22	1.83
21139466--21139568	44	2.3	44	80	3	109	27	21	20	31	1.98
21139725--21139870	72	2.0	72	81	0	166	23	28	15	33	1.94
21139885--21140213	129	2.5	128	89	3	480	27	24	17	30	1.98
21140200--21140410	89	2.4	88	76	9	212	26	23	21	29	1.99
21141763--21141805	11	3.9	11	90	0	68	0	20	0	79	0.74
21141761--21141804	17	2.6	17	85	3	63	0	22	0	77	0.77
21141761--21141805	6	8.0	6	78	14	51	0	22	0	77	0.76
21141768--21141816	22	2.2	22	78	7	55	4	20	0	75	0.96
21141803--21141832	9	3.4	9	95	4	53	16	10	0	73	1.09
21148522--21148875	117	3.0	117	87	0	474	25	19	24	30	1.98
21149543--21149569	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
21156757--21157048	86	3.4	86	79	7	308	30	24	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21156779--21157008	43	5.3	43	86	2	275	30	25	20	23	1.99
21156971--21157061	42	2.2	42	80	7	105	37	25	15	21	1.93
21158856--21158898	9	4.8	9	77	11	52	65	9	13	11	1.48
21161717--21161778	14	4.4	14	78	8	63	29	45	0	25	1.54
21161724--21161780	21	2.7	21	88	0	78	28	47	0	24	1.52
21161724--21161780	7	8.1	7	82	0	69	28	47	0	24	1.52
21161906--21162070	69	2.4	70	80	4	181	42	30	1	25	1.65
21162512--21162554	19	2.3	19	80	11	52	65	4	4	25	1.32
21162559--21162670	41	2.7	41	91	0	170	30	24	21	24	1.99
21162707--21162842	40	3.4	39	83	4	157	19	20	22	37	1.94
21168968--21169001	17	1.9	18	88	5	52	23	14	0	61	1.33
21169304--21169455	24	6.4	23	72	13	87	36	5	3	54	1.41
21184234--21184289	24	2.3	24	100	0	112	33	12	26	26	1.92
21188802--21188831	14	2.1	14	100	0	60	66	13	0	20	1.24
21188935--21188981	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
21188980--21189029	3	16.7	3	100	0	100	0	0	32	68	0.90
21194836--21194881	20	2.3	19	85	11	56	63	0	36	0	0.95
21194965--21194997	6	5.5	6	100	0	66	15	0	84	0	0.61
21195077--21195125	21	2.3	21	85	0	62	38	12	14	34	1.83
21198980--21199046	33	2.0	33	94	0	116	31	1	4	62	1.24
21202616--21202698	26	3.2	26	65	21	66	32	27	10	28	1.91
21202460--21202906	51	8.8	50	81	6	445	29	26	14	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21202461--21202906	102	4.4	102	89	2	621	29	26	15	29	1.96
21211758--21211855	49	2.0	50	85	2	135	43	8	17	30	1.78
21217468--21217506	19	2.1	19	100	0	78	46	0	25	28	1.53
21219492--21219583	37	2.5	37	81	1	112	38	19	18	23	1.93
21223315--21223366	18	2.9	17	80	11	59	26	26	7	38	1.83
21236824--21236865	17	2.5	17	100	0	84	35	38	11	14	1.83
21237304--21237371	25	2.7	25	77	11	77	30	19	26	23	1.98
21247222--21247256	9	3.9	9	96	0	61	0	25	5	68	1.11
21247222--21247257	3	12.0	3	87	0	54	0	27	5	66	1.13
21248172--21248305	66	2.0	66	86	2	189	20	29	22	26	1.99
21248175--21248342	66	2.6	66	81	6	173	23	27	21	27	1.99
21248669--21248696	13	2.2	13	100	0	56	39	39	7	14	1.73
21254847--21254886	20	2.0	20	100	0	80	30	20	10	40	1.85
21259365--21259460	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
21259764--21259822	29	2.1	27	81	12	66	23	6	1	67	1.24
21264489--21264991	88	5.7	88	77	8	443	33	17	14	34	1.90
21264489--21264996	176	2.9	174	81	4	534	33	17	14	34	1.90
21270376--21270437	24	2.6	24	78	12	65	59	6	3	30	1.38
21273419--21273482	25	2.6	25	84	0	83	23	32	12	31	1.92
21276496--21276530	18	1.9	18	88	0	52	60	5	0	34	1.21
21278062--21278130	25	2.8	26	84	8	83	27	17	33	21	1.96
21286855--21286889	17	2.0	18	88	5	54	68	5	14	11	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21288420--21288554	28	4.9	28	75	11	107	37	9	23	28	1.87
21289565--21289621	13	4.3	13	78	17	55	19	3	3	73	1.12
21289579--21289620	17	2.5	17	88	0	57	19	2	2	76	1.01
21292002--21292055	21	2.5	22	82	11	60	16	31	22	29	1.96
21295367--21295438	35	2.1	35	86	0	99	38	31	12	16	1.86
21296746--21296784	20	2.0	20	100	0	78	28	0	20	51	1.48
21299738--21299788	23	2.2	23	92	0	84	27	9	21	41	1.84
21301078--21301117	18	2.2	19	86	4	55	57	2	5	35	1.34
21301501--21301783	102	2.8	98	85	7	363	28	18	22	30	1.97
21301501--21301783	101	2.8	101	86	6	378	28	18	22	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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