genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  70  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20437017--20437065	25	2.0	25	87	0	71	42	18	8	30	1.79
20437031--20437113	37	2.3	35	83	6	94	42	13	4	39	1.65
20438410--20438626	113	1.9	113	95	0	389	33	19	11	35	1.87
20439771--20439979	111	1.9	111	93	5	363	39	16	17	25	1.91
20445504--20445547	18	2.6	17	86	10	63	45	2	11	40	1.53
20447500--20447751	45	5.6	44	71	13	190	25	25	17	31	1.97
20447476--20447782	89	3.5	90	88	5	430	27	25	16	30	1.97
20447699--20447853	75	2.1	75	91	0	247	29	23	20	27	1.98
20447774--20447917	45	3.2	45	72	2	137	25	24	20	29	1.99
20447610--20447943	164	2.0	164	91	0	533	27	24	19	28	1.98
20447797--20447949	44	3.5	44	74	1	162	28	22	19	29	1.98
20447774--20447942	89	1.9	89	97	0	320	27	24	20	27	1.99
20449224--20449258	7	5.0	7	86	13	54	14	17	0	68	1.21
20449224--20449258	13	2.5	15	86	13	56	14	17	0	68	1.21
20452153--20452192	20	2.0	20	95	0	71	32	15	22	30	1.94
20454193--20454236	18	2.6	17	86	10	63	45	2	11	40	1.53
20455675--20455901	125	1.8	126	86	0	330	32	16	21	29	1.95
20458910--20459123	112	1.9	112	95	0	383	40	8	7	43	1.62
20459129--20459223	21	4.6	21	80	7	115	25	1	29	44	1.61
20459129--20459216	43	2.2	40	87	8	124	25	1	29	44	1.61
20459255--20459294	7	5.9	7	83	16	57	52	0	0	47	1.00
20459501--20459547	21	2.2	21	85	7	60	8	23	36	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20459789--20459831	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
20461606--20461660	28	2.0	28	81	0	65	56	0	5	38	1.23
20461649--20461746	51	1.9	51	89	4	153	46	2	25	25	1.63
20461710--20461772	22	2.8	22	80	20	69	46	1	30	22	1.61
20468276--20468323	23	2.2	20	78	10	51	47	8	8	35	1.64
20468336--20468762	231	1.9	223	83	3	548	34	12	8	44	1.73
20469939--20469986	24	2.0	24	88	8	71	60	10	2	27	1.41
20472566--20472922	180	2.0	180	98	0	696	44	12	15	27	1.82
20484689--20484718	12	2.5	12	94	0	51	16	23	30	30	1.96
20504015--20504041	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
20507079--20507163	32	2.7	32	81	5	93	36	21	23	18	1.95
20507198--20507267	27	2.7	26	84	10	81	32	22	24	20	1.97
20507332--20507413	24	3.4	24	84	3	103	47	24	6	21	1.73
20507434--20507701	27	9.9	27	76	11	185	24	18	19	38	1.93
20507435--20507663	54	4.2	54	84	4	282	24	20	18	37	1.94
20507436--20507663	81	2.8	80	80	5	269	24	20	18	37	1.94
20507641--20507714	27	2.7	27	83	6	96	22	13	17	45	1.83
20507950--20507992	17	2.4	17	80	7	50	20	44	20	13	1.86
20514068--20514097	12	2.6	12	94	5	53	56	10	0	33	1.32
20521116--20521478	26	14.3	25	69	16	128	28	7	4	59	1.43
20521205--20521334	27	4.7	27	71	12	104	26	6	3	63	1.33
20521196--20521478	26	11.0	25	71	14	150	28	6	4	60	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20521204--20521334	55	2.4	57	77	10	146	26	6	3	64	1.32
20533788--20533926	51	2.7	50	81	6	172	25	17	25	30	1.97
20533930--20534027	46	2.2	43	82	12	117	24	18	24	32	1.97
20534152--20534183	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
20535915--20536209	46	6.6	45	73	8	201	30	21	20	27	1.98
20535915--20536121	44	4.6	44	76	7	175	28	22	20	27	1.99
20535915--20536250	179	1.9	179	92	2	568	30	22	19	28	1.97
20536650--20536689	20	1.9	22	90	10	66	17	50	17	15	1.79
20537745--20537802	27	2.2	27	81	6	66	32	5	1	60	1.29
20537837--20537900	26	2.3	29	84	10	82	26	7	1	64	1.30
20537861--20538045	26	7.3	25	74	10	137	27	7	4	60	1.45
20537856--20538045	50	3.8	48	78	8	168	26	7	4	60	1.45
20542375--20542444	30	2.4	30	79	11	74	38	1	5	54	1.33
20542441--20542513	31	2.5	28	75	14	67	42	6	5	45	1.54
20545778--20545830	26	2.0	26	92	0	88	39	9	28	22	1.85
20554970--20555037	18	3.8	18	73	11	68	30	22	25	22	1.99
20557281--20557335	24	2.2	24	80	6	65	54	5	1	38	1.34
20576686--20576823	50	2.8	50	84	0	159	27	24	27	20	1.99
20595478--20595616	68	2.0	68	90	0	215	30	14	15	39	1.87
20598158--20598309	38	4.0	38	77	0	135	24	20	21	33	1.97
20598169--20598334	76	2.2	73	82	5	190	22	21	23	32	1.98
20608339--20608400	28	2.2	28	94	0	106	27	25	25	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20608405--20608461	28	2.0	28	89	0	87	26	21	24	28	1.99
20608790--20609095	27	11.3	27	85	2	364	17	16	20	44	1.87
20617418--20617544	65	2.0	65	92	4	213	22	13	15	48	1.79
20619056--20619091	12	2.9	12	91	4	54	16	27	0	55	1.42
20619056--20619091	18	1.9	19	88	5	56	16	27	0	55	1.42
20620952--20620994	23	1.9	22	85	4	59	60	6	0	32	1.23
20621138--20621173	16	2.2	16	90	0	54	55	2	5	36	1.38
20627545--20627684	65	2.2	65	93	0	235	37	27	15	19	1.92
20629203--20629241	20	2.0	20	84	0	51	46	2	7	43	1.46
20633249--20633283	17	2.1	17	89	5	54	57	5	2	34	1.37
20641767--20641799	17	1.9	17	93	0	57	15	12	12	60	1.59
20648833--20648866	15	2.2	15	89	5	50	32	5	17	44	1.73
20656740--20656823	42	2.0	42	100	0	168	30	28	19	21	1.97
20657980--20658094	54	2.1	54	100	0	230	40	8	23	27	1.84
20660934--20660967	17	2.1	17	88	5	52	64	23	0	11	1.26
20667616--20667654	20	1.9	21	89	5	62	28	0	17	53	1.44
20667774--20667956	77	2.4	77	88	4	282	20	18	28	32	1.96
20667856--20668060	104	2.0	104	95	1	367	20	20	28	30	1.98
20680315--20681310	72	13.9	72	76	2	728	31	24	16	27	1.96
20680315--20681077	288	2.6	288	83	1	929	32	24	16	27	1.96
20689921--20689961	15	2.6	16	85	14	59	26	2	4	65	1.25
20693264--20693328	28	2.3	28	86	0	85	30	23	26	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20693555--20693769	64	3.4	64	78	7	231	36	22	21	19	1.95
20693556--20693734	96	1.9	96	84	2	243	36	22	21	18	1.95
20693562--20693789	32	7.1	32	78	5	178	37	23	20	18	1.94
20693839--20693908	27	2.7	26	78	10	63	32	22	24	20	1.97
20694048--20694550	27	18.7	27	77	3	354	23	20	18	37	1.94
20694048--20694415	81	4.6	81	81	1	409	24	21	18	35	1.95
20713495--20713742	27	9.2	27	81	6	245	19	18	18	43	1.88
20713495--20713742	81	3.1	81	84	4	306	19	18	18	43	1.88
20716751--20716801	21	2.4	21	86	0	66	37	3	35	23	1.74
20717239--20717272	17	2.0	17	100	0	68	23	11	5	58	1.55
20724868--20724944	19	4.1	19	93	0	118	24	12	29	32	1.93
20727846--20727889	22	2.0	23	86	4	63	40	2	4	52	1.34
20734518--20734571	25	2.1	26	83	10	67	33	3	1	61	1.25
20742930--20742983	23	2.3	23	77	0	63	27	18	27	25	1.98
20746476--20746595	23	5.2	23	87	0	168	24	22	24	29	1.99
20747781--20747920	49	2.9	49	90	0	217	23	12	29	34	1.92
20750432--20750533	25	4.1	25	80	10	113	26	22	24	26	2.00
20759516--20759557	21	2.0	21	100	0	84	61	0	23	14	1.32
20759603--20759650	24	2.1	22	81	14	53	14	4	6	75	1.16
20761109--20761177	21	3.2	21	67	25	63	37	7	8	46	1.63
20761098--20761185	43	2.0	43	97	0	167	42	7	9	40	1.66
20761118--20761187	22	3.2	22	62	18	56	41	8	8	41	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20761719--20761835	40	2.9	40	83	0	135	38	18	18	23	1.93
20761787--20761835	20	2.5	20	79	0	62	32	22	20	24	1.98
20765483--20765525	19	2.3	19	84	4	52	25	27	0	46	1.53
20774984--20775039	22	2.4	23	82	5	60	39	1	17	41	1.60
20775284--20775352	25	2.8	25	80	8	77	36	4	17	42	1.69
20789178--20789253	23	3.1	25	78	14	70	67	0	1	31	0.99
20789178--20789253	19	4.0	19	72	16	68	67	0	1	31	0.99
20789678--20789723	19	2.4	19	85	7	58	36	0	6	56	1.25
20791019--20791152	67	2.0	67	100	0	268	41	16	17	23	1.89
20795718--20795759	19	2.3	18	84	8	57	21	7	11	59	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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