genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1315650--1315713	20	3.2	19	73	16	58	75	9	4	10	1.19
1315649--1315741	42	2.1	42	90	7	141	75	8	5	10	1.19
1315658--1315721	20	3.2	20	78	12	78	76	7	4	10	1.14
1315677--1315749	20	3.6	19	73	21	67	75	6	6	10	1.19
1315696--1315775	28	2.8	28	85	9	108	72	7	6	13	1.26
1316146--1316178	7	4.9	7	85	7	50	69	0	15	15	1.19
1316149--1316173	13	1.9	13	100	0	50	64	0	20	16	1.30
1317400--1317574	87	2.0	87	90	0	278	28	20	25	26	1.99
1317545--1317603	29	2.0	29	86	0	82	22	27	20	30	1.98
1317458--1317674	116	1.9	116	89	0	335	25	23	23	27	2.00
1317794--1317910	44	2.7	44	76	11	116	32	14	23	29	1.94
1328507--1328550	22	2.0	22	90	0	70	29	2	13	54	1.51
1338445--1338471	12	2.2	12	100	0	54	29	0	37	33	1.58
1345140--1345178	20	2.0	20	94	0	69	35	0	0	64	0.94
1347788--1347848	31	2.0	31	84	12	81	47	6	13	32	1.68
1352355--1352412	13	4.3	13	75	14	55	44	0	0	55	0.99
1352333--1352422	16	6.2	15	69	22	59	42	0	1	56	1.06
1352360--1352437	29	2.7	29	92	2	131	42	0	1	56	1.07
1352366--1352429	16	4.2	16	78	11	71	42	0	0	57	0.98
1352382--1352430	13	3.5	13	79	15	62	42	0	0	57	0.99
1352449--1352485	16	2.3	17	86	13	60	54	0	5	40	1.24
1360177--1360267	11	9.4	11	71	24	53	40	4	0	54	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1360188--1360290	27	4.0	26	84	10	124	40	1	0	57	1.10
1360199--1360255	16	3.9	16	73	21	61	38	0	0	61	0.96
1369757--1369799	17	2.3	19	80	11	54	51	6	0	41	1.29
1373590--1374255	48	14.6	45	74	9	309	31	36	12	19	1.90
1373720--1373808	27	3.5	26	70	17	71	21	44	5	28	1.74
1373820--1374255	42	9.8	42	75	10	395	32	34	13	18	1.91
1373542--1374255	180	3.9	180	93	2	1115	30	36	12	20	1.89
1374042--1374307	138	1.9	138	89	1	417	31	37	11	19	1.87
1374239--1374837	48	12.4	48	77	3	502	30	47	3	19	1.64
1374239--1374837	96	6.2	96	77	4	556	30	47	3	19	1.64
1374239--1374642	144	2.8	144	88	1	592	29	47	3	19	1.65
1374756--1374837	24	3.4	23	68	18	69	30	48	1	19	1.57
1375961--1376040	36	2.2	36	86	0	106	26	41	8	23	1.83
1375952--1376223	150	1.8	150	95	0	490	27	39	9	23	1.85
1376111--1376199	36	2.5	36	86	0	115	23	42	10	23	1.84
1376282--1376567	48	6.0	47	72	4	203	30	46	4	19	1.70
1376239--1376500	144	1.8	144	91	0	434	29	46	6	17	1.73
1376239--1376548	144	2.2	144	85	1	415	30	44	6	17	1.74
1376327--1376567	96	2.5	96	86	4	326	31	45	4	18	1.70
1376677--1377260	48	12.2	48	70	8	346	28	45	6	18	1.75
1376677--1377042	96	3.8	96	89	1	545	29	45	6	18	1.73
1376668--1377026	192	1.9	192	92	0	610	30	45	6	18	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1376981--1377063	24	3.5	24	71	12	80	22	54	1	21	1.52
1376980--1377064	21	3.8	21	72	17	71	22	52	1	23	1.54
1376677--1377089	96	4.3	96	86	2	427	29	46	5	18	1.71
1376669--1377089	192	2.2	191	87	1	565	29	46	5	18	1.72
1377013--1377260	96	2.6	96	92	2	426	28	45	7	19	1.77
1376773--1377262	240	2.0	240	95	0	874	28	45	7	18	1.76
1376677--1377233	144	3.9	143	77	6	448	29	45	7	18	1.75
1377491--1377574	21	3.7	21	70	22	62	26	55	3	14	1.55
1377428--1378122	144	4.8	140	77	8	560	27	49	3	19	1.64
1377809--1377981	21	7.1	27	64	27	109	30	52	1	16	1.51
1377428--1378159	48	15.2	49	77	7	482	27	49	3	19	1.64
1381566--1381611	2	23.5	2	91	4	76	50	0	2	47	1.13
1384569--1384598	15	2.0	15	93	0	51	16	13	30	40	1.87
1389777--1389834	29	2.0	31	83	10	77	53	3	5	37	1.40
1397252--1397327	33	2.3	33	81	4	82	31	31	19	17	1.95
1398014--1398044	6	5.2	6	96	0	53	19	12	51	16	1.76
1400217--1400287	33	2.2	33	82	10	83	30	33	19	15	1.93
1406414--1406469	27	2.1	27	96	0	103	23	28	5	42	1.76
1409526--1409560	3	11.3	3	87	6	52	34	2	0	62	1.10
1409533--1409558	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
1412692--1412860	87	1.9	87	82	7	209	38	17	9	34	1.82
1413219--1413314	8	10.6	9	75	19	58	29	3	2	65	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1413194--1413316	56	2.2	56	84	8	153	29	4	1	64	1.24
1413211--1413332	37	3.3	36	73	18	108	29	3	1	65	1.18
1413211--1413343	9	14.8	9	71	12	87	30	3	1	64	1.17
1413320--1413363	19	2.3	20	80	7	56	43	0	0	56	0.99
1413422--1413596	89	2.0	89	88	2	262	36	10	18	34	1.86
1413433--1413617	89	2.1	86	84	7	237	35	10	17	36	1.85
1438330--1438370	20	2.0	20	95	0	73	21	31	9	36	1.86
1443051--1443076	12	2.2	12	100	0	52	30	34	15	19	1.93
1443080--1443124	6	7.5	6	100	0	90	33	17	15	33	1.92
1447051--1447095	24	1.9	24	86	4	65	46	0	2	51	1.13
1448841--1448898	30	1.9	30	92	0	98	12	29	41	17	1.85
1450626--1450865	46	5.0	46	84	10	329	29	25	8	36	1.85
1452088--1452123	17	2.1	17	94	0	63	52	19	0	27	1.46
1461432--1461473	22	1.9	22	85	0	57	47	7	4	40	1.52
1461548--1461608	31	2.0	31	93	0	104	39	24	9	26	1.86
1461693--1461735	21	2.0	21	86	0	59	30	20	4	44	1.72
1463496--1463683	104	1.8	101	83	8	245	27	2	15	53	1.56
1468192--1468237	23	2.0	23	83	8	58	36	8	10	43	1.71
1471207--1471678	89	5.3	89	91	1	694	29	22	15	32	1.95
1471207--1471686	179	2.7	178	90	1	728	29	22	15	32	1.95
1472942--1472971	15	2.1	14	93	6	51	0	10	0	90	0.47
1477600--1477638	18	2.2	18	100	0	78	48	5	5	41	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1477600--1477647	18	2.7	18	93	0	69	52	6	6	35	1.52
1477861--1477952	21	4.3	22	68	21	61	61	2	5	30	1.30
1478491--1478542	24	2.2	23	83	13	61	76	1	7	13	1.07
1480465--1480511	24	2.0	24	86	0	67	46	17	4	31	1.67
1484755--1484841	43	2.0	44	97	2	167	32	16	13	37	1.88
1490253--1490290	19	2.0	19	90	10	60	36	2	2	57	1.26
1491598--1491643	18	2.6	18	80	13	58	28	4	4	63	1.33
1492135--1492213	20	3.9	20	73	8	70	17	7	37	36	1.79
1496911--1496964	25	2.2	25	83	12	67	48	0	0	51	1.00
1497594--1497644	24	2.1	24	82	7	59	68	1	23	5	1.22
1497568--1497643	11	6.7	11	73	20	52	69	2	21	6	1.23
1499280--1499414	25	5.6	24	83	10	145	40	20	22	16	1.91
1499280--1499414	50	2.8	49	82	11	165	40	20	22	16	1.91
1505901--1505954	19	2.9	18	76	13	56	29	5	5	59	1.43
1506801--1506861	20	3.0	20	75	0	59	19	11	36	32	1.88
1512390--1512469	3	26.7	3	100	0	160	33	0	0	66	0.92
1512763--1512847	21	4.0	22	83	9	113	16	22	24	36	1.94
1512763--1512847	44	2.0	41	86	6	116	16	22	24	36	1.94
1519793--1519846	25	2.2	24	83	12	65	50	0	0	50	1.00
1524285--1524330	6	7.7	6	100	0	92	0	34	32	32	1.58
1535768--1535800	14	2.4	14	100	0	66	69	12	6	12	1.35
1536588--1536634	22	2.0	24	84	8	62	61	2	0	36	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1536726--1536771	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
1537723--1537764	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
1541357--1541399	22	2.0	22	85	0	59	72	11	4	11	1.27
1542739--1542777	20	2.0	20	90	10	62	58	2	12	25	1.47
1543120--1543184	27	2.4	26	80	12	69	60	0	0	40	0.97
1546762--1546803	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
1554710--1554763	23	2.3	23	90	9	83	51	0	1	46	1.11
1562276--1562329	19	3.1	18	76	7	58	68	5	3	22	1.26
1564571--1564637	30	2.3	27	80	16	73	28	10	11	49	1.73
1566886--1567199	138	2.3	138	89	2	481	46	5	7	40	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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