genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22304775--22305068	50	5.9	50	88	0	408	22	30	21	25	1.99
22306365--22306469	33	3.2	33	77	9	117	40	13	25	20	1.88
22309771--22309799	12	2.3	13	94	5	51	20	6	13	58	1.58
22311023--22311057	17	2.1	17	88	0	52	34	37	22	5	1.78
22312387--22312505	25	4.8	25	77	6	91	36	19	21	23	1.95
22313162--22313500	125	2.7	126	95	0	608	30	15	22	32	1.94
22315188--22315212	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
22316167--22316197	15	2.0	16	93	6	55	74	6	0	19	1.03
22316290--22316353	29	2.2	28	86	5	92	64	0	0	35	0.94
22319702--22319885	46	4.0	46	80	2	208	28	17	23	30	1.97
22323409--22323488	30	2.7	29	83	11	92	31	21	17	30	1.96
22334850--22334955	48	2.2	46	81	6	122	20	13	6	59	1.56
22337953--22338101	40	3.6	40	87	6	201	64	0	3	32	1.10
22338062--22338086	11	2.3	11	100	0	50	52	0	8	40	1.31
22339281--22339362	41	2.0	41	100	0	164	34	14	26	24	1.94
22340322--22340354	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
22340758--22340847	39	2.3	39	83	7	103	54	3	4	37	1.37
22341079--22341112	12	2.8	12	90	0	50	61	8	0	29	1.26
22341720--22341783	4	15.8	4	78	15	60	75	0	3	21	0.95
22342334--22342581	132	1.9	132	90	5	403	29	25	18	26	1.98
22342573--22342798	88	2.6	89	89	1	346	19	25	26	28	1.99
22348721--22348753	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22350301--22350365	4	16.8	4	76	17	57	72	0	4	23	1.03
22350299--22350366	29	2.4	27	83	16	84	73	0	4	22	1.01
22351996--22352049	19	2.8	19	94	0	90	37	11	16	35	1.84
22352010--22352072	19	3.0	22	84	9	69	39	9	17	33	1.82
22352863--22353138	24	11.7	23	69	17	142	35	6	4	53	1.48
22352984--22353138	70	2.2	69	78	7	163	35	5	5	53	1.47
22357064--22357130	32	2.1	32	100	0	134	23	11	23	40	1.88
22358144--22358173	15	1.9	16	93	6	53	10	23	0	66	1.21
22362739--22362790	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
22379142--22379208	11	6.0	11	72	20	59	47	1	0	50	1.10
22379146--22379215	23	3.1	22	88	10	97	48	1	0	50	1.09
22379143--22379214	5	12.5	6	70	24	57	48	1	0	50	1.09
22383448--22383546	28	3.6	27	80	9	110	32	11	27	29	1.91
22384484--22384811	47	7.0	47	83	10	336	25	12	17	44	1.84
22384484--22384811	72	4.6	72	82	10	353	25	12	17	44	1.84
22384491--22384852	47	7.7	46	80	10	251	24	13	17	43	1.86
22384778--22384852	23	3.3	22	73	12	62	22	18	18	40	1.92
22391333--22391402	28	2.5	27	86	11	97	30	12	25	31	1.93
22392348--22392675	47	7.0	47	82	10	327	25	12	17	44	1.84
22392348--22392684	72	4.8	72	83	9	362	26	12	17	44	1.84
22395967--22396024	26	2.2	26	93	6	100	29	22	18	29	1.98
22403699--22403999	148	2.0	148	92	0	503	37	22	6	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22428214--22428256	19	2.2	20	80	12	54	48	0	6	44	1.29
22429398--22429513	20	5.8	20	72	15	87	18	23	18	38	1.93
22429415--22429545	40	3.3	39	79	4	111	19	22	18	38	1.93
22430422--22430448	13	2.1	13	100	0	54	29	29	25	14	1.95
22439201--22439256	3	18.7	3	100	0	112	33	0	0	66	0.92
22442401--22442430	15	2.1	15	93	6	53	70	16	0	13	1.18
22443704--22443754	22	2.3	23	80	13	61	33	0	3	62	1.13
22448651--22448707	15	3.8	15	88	6	80	80	8	10	0	0.90
22448655--22448714	26	2.2	29	88	8	90	81	8	10	0	0.87
22449187--22449213	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
22449944--22449970	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
22450517--22450615	47	2.1	48	96	1	182	46	0	7	46	1.30
22450600--22450652	18	2.8	18	82	5	61	20	3	3	71	1.17
22451102--22451128	14	1.9	14	100	0	54	37	29	0	33	1.58
22451383--22451431	22	2.3	21	75	3	53	36	40	0	22	1.54
22451695--22451753	7	8.3	7	75	3	55	35	45	0	18	1.50
22451776--22451813	14	2.7	15	88	12	62	42	31	0	26	1.56
22452098--22452152	16	3.8	15	77	11	53	50	3	3	41	1.37
22452238--22452287	24	2.1	24	88	7	75	30	32	22	16	1.95
22452200--22452328	65	2.0	65	89	3	197	31	28	20	18	1.97
22452262--22452557	41	7.2	41	84	2	344	33	28	18	19	1.96
22452264--22452557	122	2.4	123	84	1	367	33	28	18	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22465871--22465897	11	2.5	11	100	0	54	59	0	0	40	0.98
22466970--22467009	12	3.4	11	81	18	53	70	2	10	17	1.27
22466970--22467008	13	3.2	12	86	13	53	71	2	10	15	1.23
22470428--22470472	22	2.1	21	83	4	54	55	11	8	24	1.63
22471801--22471830	15	1.9	16	93	6	53	40	33	3	23	1.71
22471801--22471831	16	1.9	16	93	0	53	41	32	3	22	1.70
22474717--22475180	129	3.6	129	88	4	618	27	21	21	29	1.98
22474678--22475172	44	11.6	43	68	12	182	27	21	20	30	1.98
22474717--22475180	253	1.8	256	84	4	641	27	21	21	29	1.98
22475186--22475881	88	7.9	88	86	1	926	28	24	18	28	1.98
22475388--22475709	44	7.3	44	63	8	134	27	24	19	27	1.99
22475186--22475881	264	2.6	263	88	3	1038	28	24	18	28	1.98
22478321--22478347	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
22478894--22478990	47	2.1	46	94	5	169	45	0	7	47	1.30
22481853--22482127	43	6.4	43	86	2	374	18	17	32	31	1.95
22481867--22482116	87	2.9	86	85	4	342	20	18	31	30	1.96
22485740--22485771	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
22485999--22486189	51	3.8	50	73	14	185	31	27	16	24	1.96
22485992--22486176	102	1.8	100	85	3	228	31	25	16	25	1.96
22493331--22493357	9	3.0	9	100	0	54	33	11	0	55	1.35
22499657--22499713	20	2.8	20	84	7	62	17	5	5	71	1.23
22499633--22499733	49	2.1	48	80	10	109	18	4	4	71	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22509463--22509520	19	2.7	22	84	10	68	36	8	17	37	1.80
22510630--22510675	24	1.9	24	81	0	56	4	15	2	78	1.01
22511514--22511566	3	17.7	3	92	0	79	35	3	0	60	1.15
22515963--22516010	12	4.0	12	86	5	53	75	10	0	14	1.06
22515963--22516010	18	2.7	18	83	6	62	75	10	0	14	1.06
22515994--22516057	7	8.6	7	81	13	65	81	0	14	4	0.85
22515970--22516002	6	5.7	6	96	3	59	72	12	0	15	1.12
22518262--22518704	44	10.1	44	68	10	190	31	17	21	28	1.97
22518282--22518826	175	3.1	174	94	0	928	31	18	20	29	1.96
22518407--22518864	46	10.3	46	67	12	215	31	19	20	28	1.97
22518456--22518783	44	7.5	44	68	10	133	31	18	21	28	1.97
22518882--22519356	50	9.5	49	68	10	282	33	23	19	23	1.97
22518881--22519359	100	4.8	100	91	1	728	33	23	19	23	1.97
22520049--22520109	26	2.4	25	78	5	59	1	13	8	77	1.07
22522900--22523001	27	3.8	27	78	0	105	25	12	25	36	1.91
22523227--22523277	26	2.0	26	96	0	93	21	11	27	39	1.88
22526337--22526453	58	2.0	58	91	0	189	33	13	22	30	1.93
22528175--22528232	22	2.5	23	78	13	57	41	24	3	31	1.71
22532531--22532562	16	1.9	17	93	6	57	43	6	0	50	1.27
22545323--22545368	5	9.2	5	95	0	74	39	36	4	19	1.72
22552953--22552991	19	2.1	19	90	0	60	20	5	53	20	1.64
22558762--22558804	21	2.2	20	83	8	52	32	20	23	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22561176--22561202	14	1.9	14	100	0	54	22	11	14	51	1.73
22561236--22561298	30	2.1	30	90	0	99	25	1	14	58	1.45
22561580--22561609	16	1.9	15	93	6	51	3	53	36	6	1.44
22562252--22562286	15	2.5	13	90	9	52	34	0	17	48	1.47
22564206--22564452	130	1.9	130	86	1	352	22	19	25	32	1.97
22568668--22568717	18	2.8	17	82	11	55	66	2	0	32	1.03
22574160--22574239	39	2.1	39	92	0	133	56	5	16	22	1.59
22576100--22576637	269	2.0	269	93	0	925	30	24	15	29	1.95
22579505--22579553	18	2.6	18	90	6	71	22	28	0	48	1.50
22579485--22579539	27	2.0	27	82	6	67	27	27	0	45	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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