genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  5  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1566886--1567278	138	2.8	139	82	9	410	47	5	6	40	1.52
1570311--1570626	138	2.3	137	92	3	528	47	5	7	39	1.55
1578540--1578574	6	5.8	6	100	0	70	34	14	0	51	1.42
1579643--1579699	3	19.0	3	100	0	114	66	0	0	33	0.92
1582137--1582176	21	1.9	21	100	0	80	47	5	20	27	1.70
1585781--1585840	30	2.0	31	93	3	104	50	3	13	33	1.58
1585786--1585855	30	2.3	30	85	4	79	50	2	11	35	1.53
1588465--1588528	30	2.1	31	85	2	85	40	12	15	31	1.85
1601111--1601175	2	32.5	2	96	0	121	47	0	0	52	1.00
1601350--1601432	39	2.0	42	90	6	136	28	10	12	48	1.74
1609401--1609464	13	4.9	13	79	11	69	39	25	4	31	1.76
1609844--1609946	54	1.9	54	88	4	154	33	14	8	42	1.77
1611787--1611875	31	2.9	30	85	5	106	31	21	5	41	1.76
1612388--1612495	31	3.5	31	69	14	80	52	12	11	23	1.71
1612307--1612495	60	3.1	60	83	6	213	49	13	13	23	1.77
1619661--1619701	16	2.6	17	81	11	52	60	0	2	36	1.10
1619661--1619714	24	2.3	23	82	17	67	61	0	1	37	1.07
1626417--1627190	394	2.0	389	84	4	999	28	14	18	38	1.90
1628973--1629151	51	3.5	50	79	8	166	31	26	16	25	1.97
1632839--1632892	28	2.0	28	85	3	74	61	9	11	18	1.55
1636365--1636397	16	2.0	17	94	5	59	39	0	0	60	0.97
1636412--1636454	22	2.0	22	82	13	54	37	0	4	58	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1639392--1639419	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
1645814--1645852	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
1648871--1649082	108	2.0	108	95	0	379	21	41	7	29	1.80
1648874--1649044	57	3.1	56	63	27	139	21	39	8	31	1.82
1652372--1652396	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1661669--1661712	22	2.0	22	100	0	88	40	27	0	31	1.56
1665418--1665609	48	4.0	48	93	2	314	28	28	13	30	1.94
1666594--1666631	12	3.2	12	77	7	51	31	18	34	15	1.92
1670744--1670779	15	2.4	15	95	0	63	55	13	22	8	1.65
1670773--1670800	14	2.0	14	100	0	56	85	14	0	0	0.59
1670774--1670813	19	2.2	18	86	8	55	87	12	0	0	0.54
1673013--1673051	14	2.7	15	84	8	53	0	15	2	82	0.79
1673481--1673602	3	40.3	3	96	1	172	27	0	5	66	1.20
1677874--1677916	19	2.3	19	100	0	86	18	9	20	51	1.74
1678220--1678279	31	1.9	31	93	0	102	35	18	0	46	1.49
1678727--1678782	29	1.9	29	85	7	78	51	12	16	19	1.75
1678809--1678918	58	1.9	58	84	3	150	53	11	9	25	1.66
1685359--1685442	22	3.8	22	93	0	132	28	26	13	32	1.93
1685607--1685739	63	2.1	63	100	0	266	33	28	9	29	1.88
1694482--1694549	30	2.2	29	82	12	75	51	29	1	17	1.54
1696391--1696529	51	2.7	51	94	1	244	40	5	18	35	1.75
1700625--1700687	29	2.2	29	100	0	126	39	6	3	50	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1700636--1700700	29	2.2	29	86	2	85	47	7	4	40	1.53
1700919--1700951	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
1711588--1711628	5	8.2	5	97	0	73	24	17	0	58	1.38
1720849--1720885	19	1.9	19	88	0	56	40	10	5	43	1.63
1724198--1724253	22	2.6	20	80	11	58	35	1	1	60	1.17
1730235--1730276	22	1.9	22	85	0	57	23	11	9	54	1.66
1730563--1730621	29	2.0	30	86	3	84	30	6	15	47	1.71
1748632--1748664	13	2.6	13	85	4	50	66	0	0	33	0.92
1748782--1748824	18	2.3	18	80	8	50	58	2	4	34	1.32
1748830--1748855	7	3.7	7	100	0	52	57	0	26	15	1.38
1750548--1750575	11	2.5	11	100	0	56	64	0	7	28	1.20
1750735--1750759	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
1751023--1751048	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
1754544--1754577	8	4.2	8	100	0	68	11	0	23	64	1.26
1756364--1756405	20	2.1	20	100	0	84	35	16	4	42	1.69
1757790--1757848	26	2.2	26	84	3	73	47	8	15	28	1.74
1761859--1761897	20	2.0	20	100	0	78	51	2	5	41	1.38
1762747--1762805	2	30.0	2	90	10	95	49	0	1	49	1.11
1762948--1763049	22	4.3	25	79	12	92	22	22	16	38	1.93
1762950--1763005	25	2.4	24	88	8	80	25	21	17	35	1.95
1763133--1763191	31	1.9	31	96	0	109	49	1	25	23	1.60
1770894--1770944	9	5.2	10	82	15	54	66	1	1	29	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1770911--1770944	11	3.2	11	87	4	52	70	2	0	26	1.01
1770995--1771030	18	2.0	18	94	0	63	69	0	2	27	1.02
1785130--1785156	5	5.4	5	100	0	54	18	0	37	44	1.50
1787622--1787658	9	3.9	10	86	10	51	35	0	2	62	1.10
1803995--1804021	11	2.5	11	100	0	54	33	0	7	59	1.25
1805581--1805612	5	6.4	5	92	0	55	43	0	15	40	1.47
1815812--1815940	69	1.9	69	85	0	177	40	15	17	26	1.90
1815954--1816023	34	2.0	35	86	8	99	44	21	10	24	1.82
1816703--1816879	40	4.3	41	80	7	191	32	29	14	23	1.94
1816703--1816879	81	2.2	80	85	7	232	32	29	14	23	1.94
1819304--1819429	61	2.1	61	82	5	148	45	10	2	42	1.51
1821254--1821375	61	2.0	61	100	0	244	26	19	16	37	1.93
1824529--1824584	18	3.1	18	100	0	112	10	32	5	51	1.59
1825366--1825476	46	2.4	46	95	1	197	29	21	17	31	1.96
1825353--1825623	37	6.6	45	85	9	207	28	21	14	36	1.92
1825438--1825585	37	4.0	37	93	0	251	28	19	12	39	1.89
1840174--1840209	17	2.1	17	89	0	54	50	0	16	33	1.46
1847678--1847953	137	2.0	136	99	0	543	28	14	22	34	1.94
1871170--1871204	6	5.8	6	100	0	70	31	17	0	51	1.45
1882796--1882825	15	1.9	16	93	6	53	73	0	3	23	0.98
1884666--1884741	40	1.9	40	83	0	98	27	25	36	10	1.89
1891746--1891810	3	21.7	3	100	0	130	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1892697--1892737	18	2.3	18	91	0	73	19	14	2	63	1.41
1893985--1894014	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1894548--1894584	19	2.0	18	94	5	65	51	5	0	43	1.24
1899186--1899227	8	5.2	8	83	11	50	66	0	0	33	0.92
1899186--1899227	16	2.6	16	85	7	59	66	0	0	33	0.92
1900303--1900344	22	1.9	22	85	9	59	54	2	0	42	1.13
1901847--1901879	15	2.3	15	89	5	50	21	15	9	54	1.68
1904810--1904872	31	2.1	31	96	3	119	25	17	26	30	1.97
1905251--1905319	33	2.1	33	97	0	129	42	17	20	20	1.90
1924892--1924923	15	2.0	17	88	11	50	37	12	0	50	1.41
1934509--1934575	26	2.6	25	81	6	80	67	10	20	1	1.29
1937030--1937167	42	3.5	40	71	20	137	33	26	16	23	1.96
1936993--1937202	76	2.8	75	89	2	314	32	26	19	21	1.97
1938585--1938614	5	6.2	5	96	3	53	63	0	36	0	0.95
1940382--1940530	45	3.3	45	80	1	174	24	18	16	40	1.91
1940703--1940745	19	2.2	20	80	12	54	51	0	16	32	1.45
1943071--1943156	25	3.4	26	74	17	83	23	20	19	36	1.95
1946124--1946166	21	2.0	21	81	0	50	0	27	0	72	0.85
1946392--1946442	13	3.9	13	77	10	59	60	1	0	37	1.08
1948903--1948971	27	2.7	26	82	10	72	31	26	0	42	1.56
1949115--1949177	3	21.0	3	87	6	92	63	1	0	34	1.04
1950216--1950282	5	14.2	5	80	12	79	61	1	0	37	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1950215--1950279	7	8.9	7	71	15	51	60	1	0	38	1.07
1950214--1950280	22	3.0	22	79	12	75	58	1	0	40	1.07
1955271--1955327	29	1.9	30	85	3	80	42	10	7	40	1.66
1955502--1955581	31	2.6	31	82	2	90	53	2	1	42	1.22
1963687--1963733	18	2.6	20	78	21	59	48	6	0	44	1.28
1985534--1985580	22	2.3	19	80	20	51	23	17	8	51	1.72
1994114--1994266	30	5.2	29	73	11	105	33	16	3	45	1.66
1994120--1994257	29	4.7	30	75	7	129	33	18	3	44	1.68
1994725--1994772	4	12.0	4	78	8	53	77	0	22	0	0.78
1994730--1994783	9	5.3	10	81	16	58	81	0	18	0	0.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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