genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  20  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5797379--5797466	17	5.0	17	71	13	70	53	1	2	43	1.20
5797380--5797463	26	3.2	25	70	26	75	52	1	2	44	1.21
5799833--5799888	29	1.9	29	85	7	78	42	7	5	44	1.54
5799834--5799895	29	2.1	29	82	5	72	41	8	8	41	1.64
5801109--5801148	21	1.9	21	89	0	62	15	7	2	75	1.14
5801875--5801903	3	10.0	3	92	7	51	68	0	0	31	0.89
5807880--5807915	15	2.3	16	90	4	56	52	0	0	47	1.00
5811287--5811420	41	3.3	41	88	2	182	25	20	13	41	1.88
5816441--5816656	42	5.1	42	72	11	163	21	16	17	44	1.87
5816800--5816850	19	2.4	22	75	25	63	41	13	17	27	1.87
5816806--5816845	19	2.1	19	100	0	80	42	15	17	25	1.88
5833330--5833359	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
5834941--5834989	23	2.2	22	82	7	64	57	4	0	38	1.18
5836393--5836422	3	10.0	3	92	0	51	63	3	0	33	1.11
5852101--5852130	12	2.4	13	94	5	53	60	0	3	36	1.14
5854853--5854902	12	4.2	12	78	0	64	48	2	0	50	1.12
5854850--5854895	24	1.9	24	95	0	83	45	2	0	52	1.13
5855219--5855283	33	1.9	34	84	9	89	29	3	13	53	1.55
5861799--5861837	17	2.2	18	86	4	53	58	5	7	28	1.47
5863652--5863741	42	2.1	42	79	4	101	25	26	21	26	1.99
5865895--5865948	3	19.0	3	74	11	51	64	3	1	29	1.21
5867663--5867693	14	2.3	13	94	5	53	38	9	16	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5869980--5870023	6	6.7	7	92	7	67	72	0	0	27	0.85
5869978--5870023	14	3.5	13	88	8	67	69	0	0	30	0.89
5875542--5875601	27	2.2	27	91	5	95	21	20	23	35	1.96
5877482--5877888	43	9.4	43	78	6	358	23	28	20	28	1.99
5877504--5877822	173	1.8	172	82	6	412	23	29	20	26	1.99
5877504--5877885	130	2.9	128	79	7	369	23	28	20	27	1.99
5877504--5877884	173	2.2	171	80	7	405	23	28	20	27	1.99
5877971--5878000	14	2.1	14	100	0	60	53	33	0	13	1.40
5878190--5878247	21	2.8	21	83	0	80	6	44	18	29	1.76
5878235--5878395	87	1.9	87	86	5	236	13	29	16	40	1.87
5886287--5886317	16	1.9	16	93	0	53	32	6	25	35	1.82
5888969--5889303	92	3.7	92	93	1	541	23	28	13	34	1.93
5890010--5890043	16	2.1	17	88	5	52	50	0	23	26	1.50
5890377--5890415	15	2.7	15	92	4	62	38	10	2	48	1.51
5893982--5895505	94	16.2	94	81	4	1273	33	18	18	29	1.95
5897420--5897509	3	29.7	3	84	10	121	31	0	3	65	1.09
5910750--5910793	21	2.1	21	83	8	54	34	0	2	63	1.07
5913886--5913971	21	4.1	21	73	16	72	66	3	2	27	1.20
5915376--5916392	44	22.9	44	71	7	577	29	22	17	30	1.96
5915376--5916392	89	11.4	89	76	6	718	29	22	17	30	1.96
5915376--5916392	133	7.6	131	80	6	775	29	22	17	30	1.96
5915376--5916337	222	4.3	222	73	7	547	29	22	17	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5915442--5916389	266	3.6	263	81	5	897	29	22	17	30	1.96
5915998--5916390	177	2.2	177	91	0	626	27	23	18	30	1.97
5917675--5917710	16	2.2	16	90	0	54	13	19	0	66	1.24
5917662--5917701	21	1.9	21	85	10	55	12	20	0	67	1.22
5918578--5918619	4	10.2	4	84	5	57	47	0	23	28	1.52
5935873--5936485	92	6.7	92	93	0	1066	22	27	13	36	1.92
5935873--5936485	276	2.2	276	98	0	1181	22	27	13	36	1.92
5940524--5941061	265	2.0	265	99	0	1067	34	12	13	39	1.82
5943681--5943732	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
5947608--5947689	42	2.0	42	85	0	110	28	31	17	23	1.96
5947608--5947701	42	2.2	42	82	0	107	27	30	18	23	1.97
5948814--5948844	14	2.1	15	94	5	55	45	35	6	12	1.68
5949509--5949590	3	27.3	3	97	0	155	32	0	1	65	1.00
5949646--5949684	12	3.2	12	82	7	51	23	5	0	71	1.05
5949675--5949720	20	2.3	21	77	7	51	39	6	0	54	1.26
5951996--5952054	18	3.3	18	80	15	68	62	8	0	28	1.24
5962972--5963039	4	17.2	4	71	19	54	69	2	4	23	1.21
5963050--5963412	89	4.1	89	93	0	584	20	24	26	27	1.99
5963067--5963405	44	7.6	44	77	5	351	20	25	27	26	1.99
5964686--5964725	18	2.3	18	86	4	55	0	17	0	82	0.67
5970215--5970245	16	1.9	16	100	0	62	19	19	6	54	1.65
5970615--5970641	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5970786--5970870	25	3.0	30	85	11	108	25	22	7	44	1.78
5971663--5971717	26	2.0	26	86	6	74	54	23	0	21	1.45
5971700--5971753	26	2.1	26	83	13	76	42	37	0	20	1.52
5973059--5973098	16	2.5	16	87	0	53	57	0	37	5	1.21
5973096--5973142	16	3.1	15	82	11	51	63	0	34	2	1.06
5973240--5973297	4	14.8	4	73	22	52	74	0	25	0	0.82
5973229--5973290	32	1.9	32	84	12	83	72	0	27	0	0.85
5973231--5973293	28	2.4	26	80	17	76	74	0	25	0	0.82
5973235--5973297	12	5.8	11	73	15	60	76	0	23	0	0.79
5973466--5973492	11	2.5	11	100	0	54	25	44	29	0	1.54
5973564--5973598	8	4.6	8	89	10	56	82	0	17	0	0.66
5973560--5973597	14	2.7	14	92	8	60	84	0	15	0	0.63
5973560--5973598	15	2.6	14	88	11	60	84	0	15	0	0.62
5974078--5974517	18	23.5	18	68	18	163	34	13	9	42	1.77
5974066--5974326	35	7.3	35	70	15	133	34	15	10	39	1.81
5974152--5974210	16	3.5	16	76	15	57	33	16	8	40	1.79
5974412--5974516	35	2.9	35	86	10	133	35	10	10	43	1.73
5974360--5974520	20	8.6	20	67	23	102	39	9	9	41	1.71
5995438--5995513	38	2.0	38	92	0	125	27	14	7	50	1.71
5997291--5997330	3	13.3	3	89	0	62	65	2	2	30	1.19
5999060--5999093	5	6.6	5	86	6	50	14	2	0	82	0.79
5999059--5999093	11	3.3	11	88	8	54	14	2	0	82	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6000100--6000197	40	2.6	39	90	7	157	30	2	0	67	1.02
6005589--6005648	27	2.2	27	91	5	95	21	20	23	35	1.96
6006448--6006482	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
6008320--6008361	9	4.7	9	90	0	66	30	11	21	35	1.90
6008417--6008471	9	6.1	9	91	0	92	45	14	10	29	1.79
6008685--6008744	30	2.0	31	83	9	79	20	38	0	41	1.52
6010796--6010841	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
6011229--6011462	110	2.1	109	92	0	396	31	14	19	34	1.92
6025396--6025434	2	19.5	2	100	0	78	0	0	48	51	1.00
6025992--6026032	3	13.7	3	94	0	73	68	2	0	29	1.03
6026370--6026515	57	2.5	59	85	9	192	28	21	26	23	1.99
6030579--6030613	2	17.5	2	100	0	70	0	0	48	51	1.00
6030938--6031604	100	6.7	100	88	1	915	32	25	20	22	1.98
6030944--6031604	50	13.2	50	72	7	473	32	24	20	22	1.98
6031610--6031902	44	6.8	43	72	8	211	30	20	20	28	1.98
6031597--6031894	129	2.3	129	92	0	497	30	20	20	28	1.98
6033456--6033495	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
6034068--6034550	109	4.4	109	91	0	779	30	14	20	34	1.92
6034068--6034550	219	2.2	218	92	0	806	30	14	20	34	1.92
6037523--6038283	92	8.7	92	83	12	917	22	26	14	36	1.93
6037667--6037988	80	4.0	80	94	2	563	21	26	15	36	1.93
6037668--6038246	83	6.8	83	88	7	801	22	25	15	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6037576--6038283	255	2.7	259	87	8	998	22	26	14	36	1.93
6040853--6040909	29	2.0	29	96	0	105	40	0	14	45	1.44
6043725--6043788	23	2.7	23	78	2	65	42	14	12	31	1.82
6053356--6053403	25	2.0	24	83	4	60	45	12	0	41	1.42
6056091--6056172	31	2.6	31	82	5	94	59	9	1	29	1.37
6058556--6058602	2	24.0	2	95	4	87	48	0	0	51	1.00
6060113--6060254	68	2.1	69	98	1	277	39	9	7	43	1.65
6080334--6080359	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
6085967--6086009	21	2.1	20	83	12	52	34	0	6	58	1.25
6090333--6090366	12	2.8	12	86	13	52	26	29	2	41	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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