genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  89  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26247402--26247447	24	1.9	24	82	8	58	32	10	8	47	1.69
26249513--26249550	15	2.5	15	87	12	51	52	2	0	44	1.14
26249949--26250015	23	2.8	24	82	13	77	28	19	14	37	1.91
26254438--26254466	9	3.2	9	100	0	58	44	0	44	10	1.38
26254428--26254459	16	2.0	16	93	0	55	46	0	40	12	1.42
26254459--26254487	15	1.9	15	100	0	58	34	3	41	20	1.69
26257789--26257929	51	2.8	51	83	5	171	31	24	17	26	1.97
26259254--26259445	50	3.8	50	89	2	296	20	31	22	25	1.98
26259540--26259569	13	2.3	13	94	0	51	50	13	3	33	1.58
26262193--26262508	67	4.7	67	84	0	364	23	28	17	31	1.97
26264960--26265093	29	4.7	29	84	5	166	34	24	11	29	1.91
26264960--26265089	58	2.3	58	89	4	192	35	23	12	28	1.91
26268617--26268858	50	4.7	51	80	10	203	26	21	28	23	1.99
26283995--26284290	41	7.2	41	83	1	333	34	15	28	21	1.94
26283995--26284290	82	3.6	82	86	1	369	34	15	28	21	1.94
26283995--26284285	123	2.4	123	85	2	379	34	15	27	21	1.94
26289814--26289942	67	1.9	67	88	0	195	31	30	16	22	1.96
26293910--26294003	43	2.2	43	94	0	161	29	25	25	19	1.98
26299899--26299959	29	2.1	29	84	9	79	49	11	6	32	1.65
26319773--26319807	17	2.0	18	88	5	54	42	11	25	20	1.85
26320731--26320760	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
26321437--26321504	26	2.6	26	83	0	73	22	27	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26322664--26322937	140	2.0	140	86	0	386	23	27	27	21	1.99
26329932--26329964	13	2.5	13	90	9	50	51	24	3	21	1.62
26330517--26330558	21	2.0	21	86	9	59	45	19	23	11	1.83
26332115--26332140	13	2.0	13	100	0	52	23	15	7	53	1.67
26336103--26336157	13	4.2	13	85	0	65	54	10	3	30	1.52
26337430--26337475	20	2.3	20	96	0	83	45	21	23	8	1.80
26357779--26357810	15	2.1	16	94	5	57	65	0	0	34	0.93
26357906--26357972	34	1.9	35	93	3	118	46	11	8	32	1.72
26359021--26359078	20	2.8	20	75	17	57	43	5	1	50	1.35
26359177--26359214	2	19.0	2	94	0	67	52	0	0	47	1.00
26360891--26360940	22	2.3	22	89	0	73	24	32	2	42	1.66
26363400--26363426	13	2.1	13	100	0	54	55	7	14	22	1.64
26366573--26366616	21	2.1	21	82	0	52	27	11	31	29	1.91
26367988--26368014	7	3.9	7	100	0	54	40	0	14	44	1.46
26368818--26368898	39	2.1	39	100	0	162	19	14	9	55	1.67
26369209--26369427	31	7.2	31	92	4	351	37	10	0	52	1.35
26369209--26369427	60	3.6	61	92	6	349	37	10	0	52	1.35
26369518--26369552	17	2.1	17	100	0	70	11	51	5	31	1.61
26371652--26371684	16	2.0	17	94	5	59	24	30	6	39	1.79
26375206--26375238	17	1.9	17	100	0	66	24	27	6	42	1.78
26376715--26376804	21	4.1	22	81	7	67	56	16	25	1	1.47
26376730--26376804	21	3.5	22	85	3	91	54	17	26	1	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26380210--26380378	51	3.3	49	80	9	162	24	14	29	31	1.94
26380240--26380384	50	2.9	51	85	4	204	23	15	29	31	1.96
26380298--26380379	26	3.2	26	63	27	66	23	14	29	32	1.94
26387116--26387165	16	3.3	16	69	25	54	32	20	10	38	1.85
26387113--26387171	29	2.0	29	100	0	118	32	20	10	37	1.86
26390612--26390926	173	1.8	174	82	4	413	28	15	19	35	1.93
26394266--26394338	23	3.2	23	82	7	103	34	24	19	21	1.96
26394557--26394597	18	2.3	18	88	12	59	46	19	0	34	1.50
26394557--26394597	17	2.4	17	88	12	57	46	19	0	34	1.50
26403635--26403659	13	1.9	13	100	0	50	40	40	0	20	1.52
26403801--26403868	9	7.4	9	85	3	82	23	11	25	39	1.88
26411043--26411142	49	2.0	49	80	3	112	27	18	17	38	1.92
26414533--26414668	50	2.7	50	83	0	173	27	22	30	20	1.98
26414929--26414977	20	2.5	20	81	15	66	57	6	24	12	1.58
26426003--26426194	68	2.8	67	86	6	228	48	4	3	42	1.41
26426047--26426213	68	2.5	68	89	2	219	49	4	2	42	1.39
26440100--26440129	15	2.0	15	93	0	51	53	10	6	30	1.60
26457217--26457464	50	4.8	50	85	6	302	26	22	29	21	1.99
26466361--26466486	43	2.9	43	87	4	191	31	13	18	36	1.89
26477184--26477251	34	2.0	34	100	0	136	47	14	14	23	1.82
26480567--26480627	9	6.3	9	72	12	50	42	0	3	54	1.17
26480566--26480623	19	3.0	19	82	5	71	43	0	3	53	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26480677--26480750	36	2.1	36	100	0	148	40	18	10	29	1.85
26481454--26481514	30	2.0	30	100	0	122	57	19	9	13	1.63
26481921--26481963	22	2.0	22	100	0	86	23	25	13	37	1.92
26491038--26491089	13	4.0	13	76	16	54	78	3	17	0	0.89
26491037--26491080	17	2.4	18	81	11	54	81	4	13	0	0.83
26498814--26498840	11	2.5	11	100	0	54	74	0	0	25	0.83
26500717--26500750	4	8.0	4	90	9	50	50	0	0	50	1.00
26505169--26505213	24	1.9	24	86	4	65	42	8	17	31	1.80
26508991--26509222	50	4.5	50	85	3	266	22	28	21	27	1.99
26513437--26513493	28	2.0	28	93	0	96	36	21	14	28	1.92
26514898--26515138	50	4.8	50	81	0	232	21	27	21	29	1.99
26515908--26516020	35	3.2	35	79	0	109	23	23	20	31	1.98
26518318--26518375	26	2.2	26	87	6	82	55	6	10	27	1.59
26532306--26532337	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
26532523--26532662	51	2.8	50	83	5	174	30	29	18	21	1.97
26536325--26536441	62	1.9	59	86	5	162	50	2	3	43	1.32
26536424--26536482	20	2.9	21	79	5	66	47	3	1	47	1.29
26536451--26536482	10	3.0	11	90	9	57	43	0	0	56	0.99
26536424--26536493	21	3.4	20	74	7	61	50	4	1	44	1.30
26536913--26536937	11	2.3	11	100	0	50	36	0	0	64	0.94
26539012--26539074	23	2.7	24	83	9	69	63	6	4	25	1.38
26539674--26539731	22	2.7	21	84	7	80	32	3	18	44	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26539684--26539728	23	2.0	22	91	4	72	31	4	17	46	1.68
26544789--26544846	22	2.7	21	84	7	80	32	3	18	44	1.67
26544799--26544843	23	2.0	22	91	4	72	31	4	17	46	1.68
26545800--26545862	31	2.0	31	93	0	108	30	11	38	20	1.87
26546777--26546910	57	2.4	57	82	1	153	28	24	13	33	1.93
26546814--26546897	28	2.9	29	71	15	84	23	23	15	36	1.93
26550707--26550761	21	2.6	20	94	5	83	25	36	16	21	1.94
26566787--26566857	37	1.9	37	83	11	92	38	4	4	53	1.40
26566928--26566977	24	2.1	23	85	10	66	48	2	0	50	1.12
26567301--26567353	16	3.3	16	80	17	65	39	5	30	24	1.78
26567335--26567427	44	2.1	44	86	9	127	32	4	27	35	1.77
26567675--26567715	13	3.2	12	80	12	55	56	0	0	43	0.99
26567566--26568464	119	7.8	119	88	5	1144	51	4	1	43	1.29
26567771--26567814	22	2.0	23	86	4	63	61	2	0	36	1.09
26567796--26567941	26	5.7	26	68	21	76	52	3	0	43	1.23
26567723--26568043	102	3.2	102	95	0	572	50	4	0	43	1.30
26567896--26567942	13	3.7	12	81	13	58	57	0	0	42	0.98
26568093--26568137	22	2.0	23	86	4	65	57	8	0	33	1.30
26568111--26568135	12	2.1	12	100	0	50	60	8	0	32	1.26
26568350--26568393	12	3.8	12	80	17	56	56	0	0	43	0.99
26568266--26568416	18	7.9	18	68	23	78	54	1	0	42	1.16
26567924--26568455	38	13.5	39	66	17	163	52	4	1	42	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26576923--26576976	19	2.8	19	83	5	65	53	3	5	37	1.42
26576954--26577060	55	1.9	56	83	7	137	59	3	5	30	1.38
26578628--26578657	12	2.5	12	94	0	51	56	0	10	33	1.32
26578674--26578728	15	3.3	16	80	12	58	78	5	1	14	1.02
26579914--26579993	17	5.0	16	66	22	51	37	1	1	60	1.13
26579885--26580002	47	2.5	47	84	12	136	35	1	1	61	1.16
26579945--26579994	19	2.7	17	77	17	55	34	2	0	64	1.05
26581067--26581138	19	3.5	19	74	20	72	23	29	0	47	1.52
26587362--26587390	10	2.7	11	94	5	51	86	0	3	10	0.69
26593205--26593247	13	3.3	13	80	0	50	34	0	2	62	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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