genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  46  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12738381--12738423	23	1.9	22	95	4	77	72	0	25	2	0.97
12739241--12739307	28	2.4	28	82	2	91	25	16	23	34	1.95
12739724--12739763	20	2.0	21	85	14	57	60	0	5	35	1.19
12740236--12740273	16	2.4	16	90	0	58	44	0	2	52	1.14
12743561--12743598	15	2.6	15	84	15	53	50	15	0	34	1.45
12758219--12758294	30	2.4	32	82	6	93	61	2	3	31	1.28
12758271--12758305	17	2.0	18	88	5	54	68	0	2	28	1.04
12758425--12758468	18	2.4	18	80	0	52	59	2	2	36	1.23
12765163--12765214	21	2.5	21	81	9	54	15	11	1	71	1.23
12770401--12770584	43	4.3	42	84	6	210	30	20	23	24	1.98
12770401--12770585	86	2.2	85	85	4	239	30	20	23	24	1.98
12770990--12771058	21	3.3	21	85	0	93	2	43	18	34	1.65
12776262--12776352	18	4.9	18	82	13	114	42	0	12	45	1.41
12776262--12776352	39	2.5	35	86	12	128	42	0	12	45	1.41
12779137--12779214	7	10.4	7	72	13	57	32	46	1	20	1.59
12779435--12779867	114	3.8	114	91	0	688	25	27	21	24	1.99
12780647--12780797	68	2.2	68	89	0	239	31	13	19	35	1.91
12780715--12781098	103	3.7	105	85	4	526	33	15	17	33	1.91
12781852--12781930	26	3.0	27	81	9	99	43	15	0	41	1.46
12782598--12782623	7	3.7	7	100	0	52	61	0	0	38	0.96
12785390--12785424	16	2.2	16	89	0	52	28	2	0	68	1.04
12788778--12788835	25	2.3	25	82	11	66	22	10	5	62	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12789523--12789584	30	2.1	30	87	3	90	77	6	8	8	1.13
12789520--12789610	37	2.5	36	82	8	112	75	5	8	9	1.17
12789588--12789644	13	4.8	12	79	16	57	78	0	12	8	0.95
12789601--12789650	13	3.7	13	86	5	55	80	0	14	6	0.90
12789607--12789653	13	3.7	13	91	2	69	76	0	17	6	0.98
12790500--12790541	8	5.6	8	83	11	54	76	0	14	9	1.02
12790501--12790550	7	7.0	7	82	17	59	72	0	16	12	1.13
12790501--12790550	21	2.3	22	93	3	84	72	0	16	12	1.13
12790504--12790541	13	2.6	15	84	16	53	73	0	15	10	1.09
12791980--12792088	44	2.5	44	81	4	121	26	21	29	22	1.99
12791751--12793266	218	7.0	218	92	0	2480	27	19	25	26	1.99
12792198--12792306	44	2.5	44	80	10	123	25	20	29	24	1.99
12795091--12795125	16	2.2	16	89	0	52	28	2	0	68	1.04
12796623--12796688	25	2.6	25	80	17	91	22	15	9	53	1.70
12797487--12797534	21	2.3	22	82	13	66	18	56	18	6	1.62
12798517--12798612	3	31.7	3	81	6	113	34	2	2	61	1.19
12799199--12799238	20	2.1	18	86	13	53	25	15	2	57	1.50
12799276--12799807	109	4.9	109	92	0	805	31	16	18	32	1.94
12801004--12801051	19	2.6	18	80	12	53	62	0	2	35	1.07
12806044--12806107	23	2.8	23	95	0	110	39	15	14	31	1.87
12806424--12806603	57	3.2	57	88	0	281	20	17	15	46	1.84
12813659--12813781	56	2.2	57	85	4	169	49	14	16	19	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12814166--12814359	23	8.4	23	83	1	246	41	15	12	30	1.84
12815068--12815199	41	3.2	41	77	7	135	33	22	16	27	1.96
12815089--12815199	40	2.7	40	79	6	109	34	22	16	27	1.95
12815126--12815224	40	2.5	39	80	6	101	36	22	14	27	1.92
12817556--12817676	64	1.9	64	87	0	179	34	22	20	22	1.97
12818056--12818088	11	3.1	11	86	8	50	33	36	0	30	1.58
12822142--12822245	33	3.1	33	65	13	95	33	16	13	36	1.88
12822114--12822245	67	2.0	67	96	0	246	32	15	15	37	1.88
12822654--12822691	20	1.9	20	94	0	67	68	2	2	26	1.16
12824411--12824519	45	2.4	45	80	1	121	30	20	18	31	1.96
12824440--12824534	45	2.1	45	88	3	138	29	22	14	33	1.94
12824453--12824566	45	2.5	45	82	4	131	31	17	18	32	1.94
12824625--12824836	44	4.7	44	77	10	185	27	23	18	31	1.97
12824729--12824861	45	3.0	44	80	4	115	27	23	19	29	1.98
12836764--12836794	12	2.7	11	90	9	53	70	0	3	25	1.02
12839863--12839910	20	2.4	20	89	0	69	66	2	0	31	1.03
12839876--12839919	20	2.2	20	91	0	70	68	2	2	27	1.14
12845861--12845885	13	1.9	13	100	0	50	0	20	0	80	0.72
12846756--12846816	24	2.5	24	81	5	70	31	4	8	55	1.50
12849111--12849156	17	2.7	18	77	12	53	63	4	2	30	1.26
12856076--12856136	22	2.8	22	79	0	68	6	8	18	67	1.38
12859059--12859113	27	2.1	26	89	3	83	52	1	12	32	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12859336--12859363	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
12862307--12862341	18	1.9	18	88	0	52	22	2	14	60	1.48
12868250--12868291	16	2.5	17	84	3	59	33	2	2	61	1.21
12868313--12868364	27	1.9	25	85	14	68	61	3	0	34	1.14
12870315--12870344	14	2.2	13	94	5	51	46	0	3	50	1.18
12870283--12870344	33	1.9	32	86	3	88	45	1	4	48	1.33
12877112--12877147	14	2.5	15	90	4	56	52	2	0	44	1.15
12878392--12878470	40	2.0	40	87	0	113	20	25	31	22	1.98
12878618--12878651	11	3.1	11	91	0	59	17	32	2	47	1.63
12878614--12878667	22	2.5	22	83	16	69	22	29	1	46	1.62
12878618--12878715	22	4.1	22	68	16	61	23	26	1	48	1.57
12880541--12880583	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
12881092--12881122	12	2.6	12	94	0	53	41	0	6	51	1.27
12881149--12881347	64	3.1	65	86	6	282	45	29	0	25	1.58
12881157--12881349	43	4.5	43	90	3	302	45	29	0	24	1.58
12881149--12881347	21	9.4	22	86	6	277	45	29	0	25	1.58
12881325--12881410	27	3.2	27	75	12	88	44	32	1	22	1.60
12881393--12881418	6	4.3	6	100	0	52	38	46	0	15	1.46
12881416--12881628	112	1.9	111	94	0	372	43	8	8	39	1.66
12884637--12884937	126	2.4	125	91	0	494	27	19	18	33	1.96
12885015--12885093	40	2.0	40	84	0	104	21	27	24	26	1.99
12890714--12890739	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12897447--12897488	18	2.3	18	91	0	66	21	28	7	42	1.79
12898850--12898886	14	2.6	14	86	0	56	56	5	5	32	1.45
12900450--12900592	50	2.8	50	84	1	196	25	23	30	20	1.99
12902027--12902116	25	3.6	25	86	5	121	25	20	3	51	1.63
12902185--12902858	126	5.4	126	87	1	940	28	16	16	38	1.91
12902212--12902858	251	2.6	251	88	1	929	28	16	16	38	1.90
12902948--12903080	28	4.6	28	76	12	117	45	17	0	37	1.49
12902990--12903057	33	2.1	33	88	5	102	44	10	0	45	1.38
12903885--12903939	27	2.0	27	85	3	74	49	5	5	40	1.49
12914689--12914745	23	2.7	22	84	12	75	52	33	1	12	1.49
12914778--12914815	19	2.1	19	85	14	53	63	10	2	23	1.39
12914806--12914888	41	2.0	42	85	2	114	48	25	1	25	1.59
12914796--12914886	22	4.2	22	72	16	73	48	23	2	26	1.62
12915808--12915886	39	2.1	38	83	7	97	51	2	5	40	1.37
12920237--12920290	27	2.0	27	100	0	108	48	14	14	22	1.81
12923208--12923402	41	4.8	41	83	2	203	35	25	19	19	1.95
12923249--12923402	82	1.9	82	87	0	227	33	25	21	19	1.97
12923830--12923881	28	1.9	26	88	7	77	44	7	0	48	1.31
12929511--12929553	21	2.0	21	86	0	59	60	4	0	34	1.17
12929531--12929562	12	2.4	14	90	10	50	56	0	0	43	0.99
12930130--12930201	35	2.1	35	100	0	144	34	8	13	43	1.75
12936310--12936956	67	9.7	67	82	2	701	37	16	21	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12950803--12951118	67	4.7	67	80	2	323	35	14	24	25	1.93
12950806--12951118	133	2.3	134	80	2	351	35	14	24	25	1.93
12961783--12961815	14	2.4	14	90	5	50	24	6	3	66	1.28
12973742--12973783	21	2.0	21	81	9	50	42	4	2	50	1.36
12979279--12979479	43	4.7	43	81	13	193	23	18	25	32	1.97
12990734--12990860	53	2.4	53	80	6	141	19	33	22	25	1.97
12993009--12993046	15	2.5	15	87	12	51	47	2	0	50	1.15
13003768--13003872	52	2.0	52	96	0	192	24	35	20	20	1.96
13005251--13005710	134	3.4	133	80	4	469	36	11	16	35	1.85
13008831--13008950	42	2.8	44	79	9	131	35	25	15	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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