genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  83  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24343231--24343272	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
24346963--24347008	24	1.9	24	86	0	65	47	15	23	13	1.80
24355058--24355829	217	3.6	217	91	1	1181	28	19	23	27	1.98
24355072--24355781	44	16.3	43	71	13	309	28	19	23	28	1.98
24362688--24362748	32	1.9	32	93	3	106	34	21	1	42	1.63
24365143--24365267	41	3.0	41	84	4	162	18	27	18	36	1.94
24366913--24367099	51	3.7	50	75	11	166	26	16	24	33	1.95
24372568--24372699	51	2.6	51	80	2	158	23	15	26	34	1.95
24372516--24372699	102	1.8	102	89	4	293	22	16	27	32	1.96
24372708--24372796	45	2.0	45	93	0	151	25	15	24	33	1.95
24391307--24391561	39	6.5	39	84	8	308	30	3	20	44	1.69
24391309--24391561	117	2.2	117	86	3	348	30	3	20	45	1.69
24391305--24391562	78	3.3	78	88	4	369	31	3	20	44	1.69
24398284--24398323	19	2.0	20	90	4	64	15	5	12	67	1.38
24410263--24410536	116	2.4	116	88	3	406	38	13	25	22	1.91
24410281--24410565	29	9.8	29	83	2	302	38	14	25	21	1.91
24420114--24420147	16	2.2	15	89	5	50	52	2	0	44	1.16
24436280--24436379	43	2.3	43	87	0	146	37	26	16	21	1.93
24444562--24444661	43	2.3	43	91	0	155	35	27	19	19	1.95
24449508--24449564	30	1.9	30	82	7	71	14	33	31	21	1.92
24456795--24456825	13	2.4	13	94	0	53	58	12	3	25	1.50
24459812--24459878	4	16.8	4	96	0	125	49	23	0	26	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24467951--24467996	24	1.9	24	100	0	92	17	21	10	50	1.77
24468051--24468146	50	1.9	50	89	0	147	30	12	29	28	1.93
24476203--24476252	22	2.3	22	85	0	64	20	10	8	62	1.52
24480107--24480134	8	3.5	8	100	0	56	57	10	0	32	1.33
24480153--24480195	21	2.1	20	82	4	50	65	2	0	32	1.06
24480152--24480211	18	3.3	18	79	9	61	65	1	0	33	1.03
24481168--24481196	14	2.1	14	100	0	58	34	31	0	34	1.58
24481729--24481891	42	3.9	42	92	0	272	30	28	20	20	1.97
24481727--24481909	42	4.3	42	90	2	269	33	27	20	19	1.96
24482959--24483291	86	3.9	85	86	5	402	42	17	8	32	1.79
24487080--24487139	10	5.8	10	78	11	59	46	5	0	48	1.24
24487108--24487140	12	2.9	12	86	13	52	42	6	0	51	1.26
24487072--24487145	30	2.5	30	82	8	89	50	4	1	44	1.29
24487658--24487855	14	13.9	14	68	16	84	46	32	2	19	1.61
24487658--24487708	15	3.5	15	72	17	54	47	37	1	13	1.55
24487744--24487855	7	15.7	7	72	10	66	49	28	1	20	1.59
24487658--24487820	86	1.9	86	81	9	199	45	33	2	19	1.63
24488037--24488197	41	3.9	41	88	4	227	32	25	20	21	1.98
24488277--24488371	40	2.4	40	81	0	127	22	21	21	35	1.96
24497622--24497663	22	2.0	21	85	4	57	64	2	14	19	1.39
24498692--24498735	22	2.0	22	81	0	52	29	0	25	45	1.54
24498734--24498780	23	2.0	23	84	8	60	38	0	27	34	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24500498--24500557	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
24500771--24500807	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74
24502370--24502405	18	2.0	18	94	0	63	72	8	11	8	1.29
24507727--24507767	21	1.9	22	85	5	57	46	12	0	41	1.41
24510750--24510797	20	2.3	21	78	7	53	16	14	8	60	1.57
24512757--24512782	13	2.0	13	100	0	52	30	30	0	38	1.58
24525795--24525840	22	2.1	22	92	8	76	23	6	4	65	1.35
24525795--24525851	11	5.4	11	81	12	66	22	7	5	64	1.38
24526053--24526170	23	5.2	22	70	9	94	27	3	33	34	1.74
24526053--24526171	45	2.6	45	85	1	157	28	3	33	34	1.74
24527043--24527087	20	2.2	20	84	7	56	51	11	6	31	1.63
24542959--24542991	6	5.7	6	85	7	50	51	12	18	18	1.76
24554913--24555039	40	3.3	39	83	8	143	30	22	17	29	1.96
24554945--24555040	40	2.5	40	91	3	151	30	23	15	30	1.96
24554913--24555056	39	3.7	39	84	5	166	32	22	16	27	1.96
24554945--24555074	40	3.3	40	84	4	122	35	21	13	29	1.92
24556140--24556180	21	1.9	22	90	5	66	41	0	0	58	0.98
24556915--24556955	22	1.9	22	85	5	57	56	2	2	39	1.26
24558757--24558933	43	4.1	43	91	5	286	28	27	21	22	1.99
24564501--24564535	14	2.5	14	90	0	52	40	2	5	51	1.40
24564924--24564980	27	2.0	28	93	6	98	54	3	3	38	1.35
24567749--24567793	23	2.0	23	82	8	56	40	31	6	22	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24567883--24567908	7	3.7	7	100	0	52	57	26	0	15	1.38
24568658--24568737	41	2.0	41	87	5	117	27	33	21	17	1.96
24568658--24568753	41	2.3	41	83	3	113	28	31	20	19	1.97
24568863--24569209	113	3.1	113	91	0	541	27	21	23	27	1.99
24569247--24569336	40	2.2	40	80	5	101	22	22	21	34	1.97
24573989--24574076	27	3.3	27	82	9	108	35	10	28	26	1.89
24576834--24577202	201	1.8	201	98	0	711	29	10	18	41	1.84
24578318--24578349	15	2.1	15	94	0	55	18	9	6	65	1.42
24586328--24586480	69	2.2	69	97	0	288	39	19	19	21	1.93
24586620--24586672	27	2.0	27	92	0	88	37	15	24	22	1.92
24589058--24589179	42	2.9	43	82	11	169	32	27	19	19	1.96
24593024--24593121	27	3.6	27	73	2	90	33	32	19	14	1.92
24593539--24593569	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
24593623--24593659	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
24596165--24596210	7	6.6	7	87	0	65	45	32	0	21	1.52
24596172--24596210	14	2.8	14	100	0	78	46	33	0	20	1.51
24604886--24604946	30	2.0	30	90	6	97	19	45	0	34	1.51
24604891--24604956	30	2.2	30	83	8	80	18	53	0	28	1.45
24605044--24605081	19	2.1	19	95	5	69	26	34	0	39	1.57
24606410--24606449	2	20.0	2	94	0	71	47	0	2	50	1.14
24607147--24607216	31	2.4	31	83	7	83	31	8	10	50	1.66
24614919--24615053	48	2.8	47	80	4	144	31	17	17	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24618688--24618744	28	2.0	28	93	0	96	29	12	31	26	1.92
24622614--24622715	43	2.4	42	83	3	116	28	11	27	32	1.92
24623432--24623499	35	2.0	34	82	2	82	30	8	14	45	1.76
24627532--24627686	54	2.9	52	77	13	161	37	14	21	25	1.92
24629714--24629824	43	2.6	43	78	2	134	42	19	17	20	1.89
24638237--24638261	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
24646554--24646626	36	2.0	36	97	0	137	45	1	20	32	1.60
24646933--24646987	26	2.2	25	93	6	94	32	1	30	34	1.69
24658547--24658619	36	2.0	36	94	0	128	43	13	8	34	1.74
24664188--24664216	10	2.9	10	100	0	58	72	0	10	17	1.11
24668952--24668984	17	1.9	17	93	0	57	54	6	0	39	1.25
24671677--24671739	27	2.4	27	89	2	92	58	1	6	33	1.33
24671758--24671797	21	1.9	21	84	0	53	55	2	10	32	1.47
24696785--24696819	18	1.9	18	88	0	52	60	5	8	25	1.49
24705125--24705155	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
24705180--24705237	6	9.2	6	78	10	53	74	3	6	15	1.17
24707965--24708063	47	2.1	47	92	0	162	27	20	16	36	1.93
24708981--24709020	20	2.0	20	85	5	53	10	32	0	57	1.32
24711601--24711651	10	5.1	10	79	9	59	29	15	29	25	1.96
24711603--24711651	20	2.5	20	86	6	73	28	16	30	24	1.96
24714050--24714096	24	1.9	25	86	4	69	12	6	29	51	1.65
24714282--24714468	32	5.8	32	85	2	232	24	19	17	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24714278--24714468	96	2.0	96	88	2	285	24	19	17	38	1.93
24722951--24722984	17	1.9	18	88	5	52	29	11	11	47	1.76
24729984--24730040	25	2.3	25	93	0	96	14	38	29	17	1.89
24734421--24734613	51	3.8	50	81	8	230	30	23	16	30	1.96
24734527--24734609	26	3.2	26	64	21	66	32	24	12	31	1.91
24734421--24734613	101	1.9	102	87	3	282	30	23	16	30	1.96
24736046--24736216	27	6.3	27	88	0	252	30	25	9	33	1.88
24744140--24744167	13	2.2	13	100	0	56	21	7	14	57	1.61
24746281--24746351	29	2.4	30	92	2	117	43	11	28	16	1.83
24746156--24746351	30	6.6	30	75	9	150	40	12	26	20	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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