genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

This is table  78  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22987978--22988028	21	2.5	20	80	6	57	31	15	27	25	1.96
22988688--22988716	10	2.9	10	100	0	58	41	10	17	31	1.83
22992017--22992222	40	5.1	40	87	2	288	33	17	28	20	1.95
22992123--22992219	19	4.8	20	64	13	56	29	15	31	22	1.95
23008103--23008219	38	3.1	38	77	6	112	37	25	17	18	1.93
23015005--23015158	38	4.1	37	83	3	155	39	26	16	16	1.90
23018340--23018369	10	3.0	10	95	0	51	70	3	16	10	1.29
23024114--23024167	3	17.0	3	77	11	54	29	1	7	61	1.34
23024300--23024333	18	1.9	18	88	5	52	35	8	0	55	1.31
23032224--23032309	22	3.9	22	90	0	118	27	15	27	29	1.96
23035868--23035894	13	2.1	13	100	0	54	44	18	22	14	1.86
23039960--23040009	22	2.3	22	78	0	55	48	22	10	20	1.79
23040173--23040246	37	2.0	38	84	7	98	33	10	22	32	1.89
23043116--23043196	25	3.3	24	80	11	92	20	24	19	34	1.96
23043115--23043219	25	4.2	24	77	12	88	22	23	20	33	1.97
23043113--23043223	50	2.2	49	82	7	143	24	23	18	33	1.97
23057527--23057582	22	2.5	23	82	2	69	51	1	1	44	1.22
23057558--23057597	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
23057608--23057747	59	2.4	59	96	0	262	38	4	10	47	1.57
23057729--23057756	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
23057853--23057896	24	1.9	24	90	9	74	61	2	0	36	1.09
23059840--23059897	29	2.0	30	83	10	75	31	12	13	43	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23060573--23060618	12	3.9	12	77	13	51	30	0	2	67	1.03
23060574--23060616	23	1.9	23	90	4	70	30	0	2	67	1.03
23061575--23061886	42	7.4	42	85	5	380	29	21	23	25	1.99
23061575--23061886	85	3.7	84	86	5	380	29	21	23	25	1.99
23061580--23061886	127	2.4	126	82	9	363	30	21	24	24	1.99
23062379--23062417	12	3.2	12	88	0	60	5	38	15	41	1.69
23062403--23062459	21	2.7	21	91	0	87	3	38	21	36	1.70
23062403--23062471	21	3.3	21	87	4	68	5	39	18	36	1.75
23068041--23068086	7	6.0	7	90	9	56	30	0	17	52	1.45
23068048--23068178	9	15.4	9	76	15	111	35	1	19	44	1.60
23068092--23068157	25	2.6	25	81	9	89	37	1	22	37	1.64
23068059--23068125	25	2.8	25	75	20	54	35	1	19	43	1.60
23068164--23068189	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
23068425--23068460	16	2.2	16	90	0	54	36	0	16	47	1.47
23068434--23068517	25	3.4	25	76	3	89	33	2	21	42	1.66
23068395--23068517	9	14.6	9	68	16	75	31	3	19	45	1.66
23068535--23068580	7	6.6	7	78	16	51	28	0	10	60	1.30
23068522--23068747	27	9.2	26	69	18	121	36	1	13	48	1.51
23068535--23068580	15	3.3	15	79	17	62	28	0	10	60	1.30
23068522--23068687	19	8.9	18	69	22	60	36	0	12	50	1.45
23068505--23068768	96	2.7	98	97	1	487	35	1	14	48	1.53
23068583--23068635	22	2.5	21	81	3	61	41	1	18	37	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23068631--23068676	7	6.6	7	78	16	51	28	0	10	60	1.30
23068631--23068676	15	3.3	15	79	17	62	28	0	10	60	1.30
23068509--23068768	98	2.7	96	96	1	475	36	1	13	48	1.52
23068890--23068928	20	2.0	20	84	0	51	30	0	2	66	1.05
23069394--23069497	33	3.2	33	64	8	95	44	4	9	41	1.58
23071623--23071700	7	11.0	7	75	8	50	46	34	1	17	1.57
23071624--23071665	15	2.9	15	82	3	59	42	30	2	23	1.67
23071916--23071965	17	3.0	17	94	2	84	50	16	0	34	1.45
23071987--23072660	113	5.9	112	82	5	782	28	22	18	30	1.98
23071987--23072660	227	3.0	226	82	6	781	28	22	18	30	1.98
23071987--23072660	340	2.0	341	95	0	1224	28	22	18	30	1.98
23082769--23082807	20	2.0	20	90	5	62	30	23	2	43	1.67
23082837--23082876	19	2.0	20	85	4	55	27	0	5	67	1.11
23087795--23087855	8	7.1	8	77	17	61	81	3	3	11	0.92
23087795--23087869	13	5.2	15	84	10	61	80	4	2	13	0.97
23087817--23087872	13	4.1	14	88	9	73	78	7	1	12	1.02
23087904--23087944	6	6.7	6	91	2	64	82	0	17	0	0.66
23088072--23088107	16	2.2	16	95	0	63	19	13	22	44	1.86
23090110--23090514	44	9.2	44	91	0	641	26	22	24	26	2.00
23091971--23092009	20	2.0	20	90	5	62	30	23	2	43	1.67
23092157--23092212	20	2.9	18	78	19	53	33	5	1	58	1.31
23100194--23100235	20	2.1	21	86	8	61	35	9	4	50	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23110041--23110102	26	2.4	26	81	5	72	37	12	14	35	1.85
23125771--23125798	14	2.0	14	100	0	56	42	14	0	42	1.45
23127805--23127839	18	2.0	18	88	5	54	54	2	0	42	1.15
23127692--23128007	156	2.0	157	94	1	555	43	3	5	47	1.44
23127941--23127982	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
23127950--23127991	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
23127939--23128229	120	2.4	121	93	4	491	49	4	2	42	1.38
23128060--23128111	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
23131624--23131733	33	3.3	33	85	3	168	31	6	15	46	1.71
23131710--23131751	18	2.3	18	100	0	84	23	0	26	50	1.50
23131826--23131912	37	2.4	37	88	3	122	34	11	14	39	1.83
23141480--23141648	43	3.9	44	77	7	159	23	15	27	32	1.96
23149197--23149241	21	2.3	19	80	7	54	31	0	17	51	1.46
23148692--23149605	457	2.0	460	94	1	1627	35	5	21	37	1.77
23156527--23156562	6	5.8	6	90	3	54	52	2	27	16	1.57
23163542--23163679	52	2.6	53	87	2	188	26	25	10	37	1.89
23163542--23163679	26	5.2	26	86	2	170	26	25	10	37	1.89
23178117--23178153	18	2.0	19	85	15	51	56	8	0	35	1.29
23178969--23179042	20	3.6	20	80	7	94	25	20	22	31	1.98
23179749--23179848	50	2.0	50	86	1	139	47	12	9	32	1.72
23183473--23183520	19	2.5	19	83	10	53	25	2	0	72	0.95
23185544--23185570	14	1.9	14	100	0	54	0	0	14	85	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23188420--23188455	18	1.9	19	88	5	56	5	19	2	72	1.17
23192869--23193055	51	3.7	50	73	5	171	26	16	25	32	1.96
23193061--23193155	45	2.1	45	90	0	154	27	18	23	30	1.98
23200526--23200621	50	1.9	50	91	0	156	26	4	22	46	1.70
23209788--23209848	32	1.9	32	86	0	86	26	26	26	21	1.99
23211299--23211511	105	2.0	105	96	0	390	39	21	15	23	1.91
23224575--23224603	11	2.5	12	94	5	51	79	0	0	20	0.74
23226995--23227084	46	2.0	46	90	0	144	22	5	12	60	1.53
23235020--23235108	24	3.7	24	74	12	76	24	28	16	30	1.97
23235091--23235144	25	2.2	24	77	6	56	22	29	16	31	1.96
23235210--23235284	25	3.0	25	82	5	89	22	26	20	30	1.98
23235238--23235310	25	2.8	25	84	10	85	21	23	20	34	1.97
23237232--23237361	43	3.0	43	78	12	131	32	28	16	22	1.96
23240447--23240802	41	8.7	41	76	6	283	22	23	24	28	1.99
23240465--23240802	123	2.8	124	78	4	328	22	23	24	29	1.99
23241090--23241123	15	2.2	16	94	5	61	20	0	32	47	1.51
23241958--23241996	19	2.1	18	90	4	60	79	2	2	15	0.95
23241922--23242075	83	1.9	83	94	2	274	57	4	9	28	1.51
23242405--23242447	22	1.9	23	86	13	63	69	0	11	18	1.17
23243033--23243070	14	2.7	14	100	0	76	21	57	5	15	1.57
23246149--23246182	12	2.8	12	86	0	50	47	14	8	29	1.75
23246222--23246334	16	7.2	16	62	16	58	44	23	3	28	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23246225--23246299	29	2.6	29	95	0	132	48	22	2	26	1.64
23246486--23246530	12	3.8	12	84	0	63	53	15	2	28	1.54
23246479--23246530	24	2.2	24	89	6	79	53	17	1	26	1.54
23246579--23246698	9	14.2	9	76	13	112	46	18	1	33	1.59
23246579--23246698	25	4.8	25	86	0	168	46	18	1	33	1.59
23246579--23246698	50	2.4	50	90	0	186	46	18	1	33	1.59
23246579--23246698	16	7.1	17	73	16	99	46	18	1	33	1.59
23252195--23252323	66	2.0	66	87	0	186	42	17	24	15	1.88
23252679--23252810	43	3.1	43	86	1	185	31	18	25	25	1.98
23252901--23252943	21	2.0	22	90	4	70	39	25	20	13	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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