genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  91  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26915230--26915259	15	1.9	16	93	6	53	50	10	0	40	1.36
26915923--26915966	16	2.9	14	78	15	52	11	6	2	79	1.01
26917328--26917520	28	6.9	28	82	1	210	22	17	21	38	1.93
26917328--26917520	84	2.3	84	89	4	284	22	17	21	38	1.93
26917328--26917567	84	2.9	82	81	10	211	22	18	21	37	1.94
26917402--26917587	85	2.2	83	80	8	189	23	18	24	33	1.97
26918354--26918416	31	2.0	31	93	0	108	30	15	25	28	1.96
26918791--26918834	22	2.0	23	86	4	63	11	18	2	68	1.30
26921780--26921811	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
26921993--26922176	51	3.6	48	78	14	176	31	27	16	23	1.96
26921986--26922213	101	2.2	102	83	6	295	30	28	15	25	1.96
26925210--26925247	19	2.0	19	85	10	51	23	39	0	36	1.55
26931742--26931784	22	2.0	22	81	9	52	30	23	4	41	1.74
26935553--26935590	19	2.0	19	85	10	51	23	39	0	36	1.55
26941745--26946489	647	7.3	647	89	0	7219	28	14	19	33	1.92
26966098--26966132	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
26969172--26969202	14	2.2	14	94	0	53	29	9	0	61	1.28
26973032--26973328	50	5.8	50	78	2	218	23	26	20	29	1.99
26973405--26973522	56	2.2	52	85	8	150	23	28	19	27	1.98
26973212--26973794	194	3.0	194	95	0	1026	25	27	15	31	1.96
26990067--26990356	50	5.8	50	82	5	329	27	21	27	22	1.99
26995966--26996029	27	2.4	26	85	10	85	46	15	10	26	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26995976--26996029	27	2.0	27	96	0	99	40	18	12	27	1.87
26998977--26999027	22	2.3	22	75	0	57	37	23	7	31	1.83
26999478--26999516	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
27006634--27006676	12	3.6	12	84	6	52	48	6	25	18	1.73
27006635--27006688	24	2.2	24	83	0	63	53	5	25	14	1.63
27015827--27015879	26	2.0	26	85	0	70	33	18	28	18	1.95
27015873--27015927	22	2.5	22	75	16	60	43	16	20	20	1.88
27015927--27016102	32	5.6	32	78	9	173	38	22	21	18	1.94
27016324--27016548	27	8.4	27	75	13	126	23	20	19	37	1.94
27034816--27034850	18	1.9	18	100	0	70	11	22	34	31	1.90
27045243--27045365	20	6.2	20	85	3	149	41	21	26	11	1.86
27051833--27051894	9	6.9	9	73	14	56	75	1	3	19	1.02
27051831--27051880	13	3.7	14	84	7	68	76	0	2	22	0.89
27051833--27051894	18	3.4	19	86	6	76	75	1	3	19	1.02
27051831--27051880	14	3.6	13	81	10	55	76	0	2	22	0.89
27051851--27051902	18	3.3	15	80	17	61	76	1	5	15	1.05
27052984--27053030	22	2.2	20	85	14	60	36	2	17	44	1.60
27062420--27062449	12	2.4	13	94	5	53	20	6	6	66	1.38
27069269--27069310	4	10.5	4	100	0	84	0	23	0	76	0.79
27082852--27082931	38	2.1	38	97	0	151	27	3	10	58	1.47
27083881--27083919	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
27084146--27084282	23	6.0	23	85	3	177	19	19	27	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27084148--27084289	69	2.1	69	89	0	212	20	18	27	33	1.96
27088669--27089259	43	13.6	43	77	5	429	20	16	23	39	1.92
27088683--27089259	86	6.6	86	78	6	534	20	16	23	39	1.92
27088669--27089259	129	4.5	129	79	4	513	20	16	23	39	1.92
27090566--27090707	20	7.1	20	69	3	106	14	30	17	37	1.90
27090554--27090766	40	5.3	40	87	1	275	14	29	18	37	1.90
27090712--27090791	20	4.0	19	77	6	70	13	27	18	40	1.89
27094385--27094427	15	2.5	17	78	21	54	4	20	4	69	1.25
27095221--27095358	62	2.2	62	79	9	149	42	18	7	30	1.79
27098779--27098861	42	2.0	42	97	0	157	32	18	9	39	1.83
27106758--27107054	114	2.6	114	82	3	334	39	10	30	19	1.86
27116301--27116411	33	3.3	33	83	1	141	28	27	7	36	1.83
27137979--27138043	27	2.4	28	82	7	89	29	27	16	26	1.97
27143604--27143646	21	2.0	21	86	0	59	25	18	0	55	1.42
27145860--27145897	3	12.7	3	100	0	76	68	0	31	0	0.90
27146040--27146081	6	6.8	6	94	5	75	69	0	0	30	0.89
27166327--27166528	100	2.0	100	92	1	334	41	15	14	28	1.87
27167212--27167245	17	2.0	17	88	0	50	14	20	14	50	1.78
27169216--27169406	27	7.1	27	71	10	122	37	18	21	21	1.94
27169447--27169702	32	8.0	32	75	5	194	21	20	20	36	1.95
27169461--27169687	96	2.4	96	82	1	267	21	20	21	36	1.96
27169715--27169768	22	2.5	22	75	6	56	18	24	14	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27177746--27177987	27	9.0	27	80	5	233	40	21	18	19	1.91
27177746--27177987	54	4.5	54	81	5	260	40	21	18	19	1.91
27177785--27178072	27	10.7	27	79	8	230	37	20	21	20	1.94
27178135--27178193	24	2.5	24	78	10	68	23	6	23	45	1.76
27178321--27178395	38	2.0	38	92	5	125	20	25	18	36	1.95
27178538--27178590	26	2.0	26	85	0	70	18	30	20	30	1.97
27179478--27179552	23	3.3	22	83	7	96	18	29	30	21	1.97
27179685--27179825	27	5.2	27	81	3	167	34	14	13	37	1.86
27179655--27179835	54	3.4	54	82	9	219	33	16	13	37	1.88
27180033--27180075	23	1.9	23	90	4	70	18	4	51	25	1.66
27180113--27180176	34	1.9	32	90	6	101	29	23	26	20	1.99
27183014--27183103	24	3.8	24	89	0	135	16	14	26	42	1.87
27190244--27190321	20	3.9	19	75	12	77	39	15	30	14	1.87
27197106--27197180	23	3.3	23	88	0	105	41	22	21	14	1.89
27200278--27200506	109	2.1	109	96	0	422	43	9	12	34	1.75
27202858--27202902	22	2.0	22	86	8	63	31	11	4	53	1.56
27211201--27211236	18	2.0	18	88	0	54	16	44	27	11	1.82
27212904--27212937	15	2.2	16	89	5	52	20	11	0	67	1.21
27223825--27223915	28	3.2	29	70	4	78	32	13	26	27	1.93
27229716--27229774	30	2.0	30	86	6	84	44	13	8	33	1.74
27238559--27238643	41	2.1	41	93	0	143	28	3	4	63	1.31
27240602--27240647	23	2.0	23	83	8	58	39	13	6	41	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27245490--27245597	25	4.3	25	84	0	135	32	15	28	23	1.95
27250475--27250513	19	2.1	19	90	0	60	25	10	15	48	1.76
27250402--27250578	54	3.3	53	87	3	230	31	12	15	40	1.84
27252446--27252485	20	2.0	20	90	9	64	15	22	7	55	1.65
27252675--27252809	49	2.8	49	90	0	216	24	20	20	34	1.96
27256936--27257173	50	4.6	51	80	3	167	26	19	28	24	1.98
27256979--27257219	50	4.8	50	80	0	248	27	20	28	24	1.99
27256978--27257210	100	2.3	100	82	3	290	27	20	28	23	1.99
27258176--27258223	25	1.9	25	95	0	87	22	20	18	37	1.94
27267725--27267753	14	2.1	14	100	0	58	34	6	0	58	1.25
27273490--27273668	50	3.6	50	80	3	193	22	26	23	27	1.99
27275901--27276027	20	6.3	20	76	4	130	36	22	31	10	1.87
27277598--27277634	18	2.1	18	100	0	74	29	32	10	27	1.90
27285303--27285499	27	7.3	27	73	6	159	43	18	19	18	1.89
27285303--27285452	53	2.8	54	78	9	171	44	20	18	18	1.88
27285303--27285499	54	3.7	52	80	4	198	43	18	19	18	1.89
27285303--27285499	107	1.8	107	82	0	250	43	18	19	18	1.89
27292276--27292433	27	5.9	26	80	10	151	41	19	18	20	1.91
27292280--27292423	54	2.6	54	84	9	186	43	18	18	19	1.88
27296642--27296667	13	2.0	13	100	0	52	38	23	30	7	1.83
27304299--27304341	18	2.4	18	96	0	77	37	16	11	34	1.85
27305339--27305453	27	4.3	27	86	1	151	25	16	18	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27305334--27305468	54	2.5	53	84	2	171	25	16	18	39	1.91
27305334--27305477	53	2.7	54	83	2	164	25	15	18	40	1.90
27306973--27307026	25	2.2	25	93	0	90	16	48	12	22	1.80
27309432--27309472	15	2.7	16	85	14	52	9	17	21	51	1.74
27311163--27311211	25	1.9	26	84	12	66	36	14	12	36	1.83
27312159--27312383	114	2.0	114	94	0	396	33	13	21	31	1.93
27314993--27315043	21	2.4	21	87	9	68	37	3	9	49	1.55
27316884--27316931	20	2.3	22	82	13	57	45	2	0	52	1.12
27318371--27318510	33	4.2	33	87	2	183	15	10	35	39	1.81
27320279--27320395	43	2.8	42	77	5	119	23	29	27	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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