genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  79  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23255850--23255950	25	4.0	25	77	2	105	19	26	20	32	1.97
23259816--23259858	18	2.4	18	80	3	52	32	0	13	53	1.41
23262560--23262646	39	2.2	39	80	8	95	34	21	26	17	1.95
23262692--23262970	41	6.8	40	73	4	155	16	23	24	36	1.94
23262692--23263011	82	3.9	81	80	3	309	16	24	23	36	1.94
23262867--23263011	41	3.5	40	74	7	114	16	25	20	37	1.93
23266309--23266335	11	2.5	11	100	0	54	25	18	0	55	1.43
23268275--23268327	21	2.5	21	84	9	72	39	1	1	56	1.21
23268381--23268811	16	25.6	16	66	21	131	45	17	2	34	1.61
23268391--23268868	9	55.3	9	69	18	250	45	18	2	34	1.62
23268412--23268452	13	2.8	15	85	14	59	46	19	0	34	1.50
23268504--23268879	25	14.7	25	72	13	234	45	19	2	32	1.64
23268524--23268625	43	2.4	42	80	12	111	49	20	0	30	1.50
23268570--23268809	59	4.1	59	91	2	367	45	18	2	32	1.64
23268570--23268841	118	2.3	119	85	5	374	44	19	2	33	1.65
23274431--23274476	21	2.2	21	88	0	65	39	19	39	2	1.64
23274368--23274557	87	2.2	84	85	4	238	38	18	30	12	1.88
23274910--23275190	43	6.5	43	82	1	303	25	21	23	29	1.99
23275334--23275379	22	2.1	21	84	4	56	41	30	13	15	1.85
23283206--23283245	20	2.0	20	90	0	62	47	12	12	27	1.77
23283229--23283268	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
23283194--23283260	34	1.9	35	84	3	91	44	11	10	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23283664--23283702	14	2.7	15	84	4	53	35	5	2	56	1.35
23285679--23285921	50	4.8	50	87	0	333	27	21	29	21	1.99
23287602--23287657	24	2.4	23	79	5	58	51	10	5	32	1.59
23287608--23287657	24	2.1	24	84	0	64	52	12	4	32	1.57
23288049--23288088	21	1.9	21	85	10	55	2	27	7	62	1.35
23289008--23289066	23	2.6	22	72	5	55	6	27	1	64	1.28
23293014--23293066	17	3.4	17	65	24	53	64	15	1	18	1.38
23293015--23293072	29	2.0	29	100	0	116	58	17	3	20	1.53
23311170--23311226	23	2.5	23	97	0	105	10	17	3	68	1.33
23312037--23312163	27	4.7	27	80	1	119	32	14	25	28	1.94
23312303--23312383	27	2.9	28	83	5	94	38	7	27	27	1.83
23314925--23314978	27	2.0	27	88	0	81	16	35	22	25	1.95
23314929--23314986	27	2.1	27	83	0	71	17	34	20	27	1.95
23315149--23315265	55	2.1	54	82	4	146	50	16	12	20	1.77
23315300--23315457	54	2.8	59	76	13	175	48	17	14	19	1.82
23315205--23315457	113	2.2	114	81	4	289	49	17	13	20	1.80
23322978--23323038	27	2.3	27	75	8	63	31	1	3	63	1.20
23324649--23324685	13	2.7	14	83	8	58	70	2	0	27	1.01
23331803--23331829	9	3.0	9	100	0	54	22	0	0	77	0.76
23335944--23336127	102	1.8	102	96	0	341	43	1	4	50	1.30
23336886--23336981	24	3.9	24	78	8	102	31	1	5	62	1.24
23339322--23339347	11	2.4	11	100	0	52	0	11	0	88	0.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23339445--23339471	4	6.8	4	100	0	54	25	48	0	25	1.52
23343324--23343365	20	2.1	20	86	0	57	45	0	7	47	1.30
23348156--23348220	24	2.7	26	76	11	75	61	4	0	33	1.16
23348315--23348358	18	2.4	18	88	7	63	56	0	11	31	1.35
23349719--23349925	44	4.7	44	65	11	127	28	24	18	28	1.98
23349613--23350404	132	6.1	132	91	2	1193	30	23	18	27	1.98
23349897--23350340	44	10.4	43	65	12	141	29	24	17	29	1.97
23349631--23350404	257	3.0	257	90	4	1195	29	24	18	27	1.98
23350417--23350703	44	6.7	44	70	13	202	26	22	21	29	1.99
23350742--23350916	50	3.5	50	73	1	154	26	22	20	30	1.98
23358986--23359052	26	2.6	26	84	11	77	56	7	0	35	1.27
23359170--23359213	18	2.4	18	88	7	63	56	0	11	31	1.35
23363507--23363547	21	2.0	21	86	13	59	56	2	2	39	1.26
23369079--23369122	21	2.1	21	91	0	70	72	9	0	18	1.10
23371523--23371576	22	2.5	22	71	0	54	61	11	9	18	1.55
23371562--23371595	11	3.1	11	86	0	50	70	23	0	5	1.09
23372578--23372689	43	2.6	43	79	1	134	33	25	13	27	1.93
23372744--23372799	23	2.4	24	79	8	62	53	3	1	41	1.29
23377036--23377175	57	2.4	58	82	4	167	23	17	22	37	1.94
23378342--23378533	103	1.9	103	96	0	357	43	1	5	48	1.36
23378658--23378766	39	2.6	43	80	13	127	35	28	7	28	1.84
23378745--23378780	16	2.2	16	95	0	63	22	30	5	41	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23381645--23381778	67	2.0	70	91	4	220	47	26	0	26	1.53
23382276--23382375	41	2.4	41	94	0	182	28	30	20	22	1.98
23382276--23382390	41	2.8	41	89	2	178	27	31	19	21	1.97
23385330--23385364	13	2.7	13	86	0	52	42	22	8	25	1.82
23395210--23395278	32	2.2	32	91	0	111	18	21	37	21	1.94
23397067--23397158	19	4.8	19	66	9	62	41	19	7	31	1.80
23397038--23397188	58	2.6	59	90	6	236	38	18	9	33	1.84
23398108--23398171	16	4.1	16	69	16	53	48	12	1	37	1.51
23430008--23430067	11	5.5	10	86	13	75	20	30	0	50	1.49
23431421--23431496	21	3.3	23	75	18	77	51	6	1	40	1.36
23431435--23431492	21	2.7	22	86	7	84	50	6	1	41	1.39
23431424--23431497	25	3.0	25	73	13	82	51	6	1	40	1.37
23433047--23433162	45	2.6	45	80	1	135	26	20	20	31	1.98
23433209--23433507	44	6.9	43	75	10	227	28	21	19	30	1.98
23433265--23433417	45	3.5	43	76	11	127	29	21	20	28	1.98
23433108--23433513	217	1.9	218	88	0	625	27	21	20	30	1.98
23433928--23434003	9	8.4	9	78	5	82	25	10	23	40	1.86
23433932--23434003	27	2.7	27	84	4	92	23	11	25	40	1.87
23434615--23434836	88	2.5	88	86	0	309	22	25	24	27	2.00
23438571--23438605	12	2.9	12	95	0	61	17	22	5	54	1.64
23440622--23440649	14	2.0	14	100	0	56	71	7	0	21	1.09
23441041--23441096	19	2.7	21	81	18	73	53	5	1	39	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23441035--23441112	25	3.2	25	78	5	70	51	7	2	38	1.44
23441070--23441123	25	2.2	25	86	6	74	59	5	1	33	1.31
23444508--23444551	18	2.4	18	84	0	52	18	25	9	47	1.77
23444792--23444850	21	2.8	21	79	5	57	30	47	16	5	1.69
23444965--23445029	34	1.9	34	93	0	112	44	4	7	43	1.53
23448208--23448498	126	2.3	126	92	0	492	25	21	19	33	1.97
23448527--23448829	96	3.2	94	79	5	313	40	18	2	37	1.66
23448856--23448912	27	2.1	27	90	9	89	50	35	0	14	1.42
23455119--23455157	20	1.9	21	85	15	55	43	15	23	17	1.87
23457471--23457537	21	3.1	21	93	4	107	43	1	4	50	1.31
23465858--23465885	6	4.7	6	100	0	56	82	0	0	17	0.68
23469331--23469376	22	2.1	21	88	4	65	32	2	8	56	1.42
23469389--23469439	15	3.5	15	71	15	52	29	1	3	64	1.22
23469389--23469447	29	2.1	27	90	6	91	30	1	3	64	1.20
23481777--23482115	87	3.9	87	92	1	558	28	24	23	23	1.99
23481778--23482398	44	14.2	44	69	11	321	30	21	22	25	1.99
23481777--23482157	174	2.2	173	88	3	455	29	23	23	23	1.99
23482300--23482398	45	2.2	44	89	1	144	30	19	21	29	1.97
23482385--23482505	44	2.8	44	76	1	118	28	21	22	27	1.99
23484208--23484251	20	2.1	21	87	4	63	34	4	6	54	1.47
23484264--23484314	15	3.5	15	71	15	52	29	1	3	64	1.22
23484264--23484322	29	2.1	27	90	6	91	30	1	3	64	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23484699--23484733	15	2.3	15	95	0	61	22	0	11	65	1.24
23490321--23490513	50	3.7	50	79	4	197	23	27	21	26	1.99
23495958--23496306	123	2.8	123	83	4	402	31	17	24	26	1.97
23496361--23496450	41	2.2	42	83	2	119	15	20	30	34	1.93
23497565--23497636	36	2.0	37	86	2	101	23	0	43	33	1.54
23497990--23498671	270	2.5	270	84	4	861	33	15	19	31	1.92
23498437--23498904	233	2.0	233	89	1	706	35	14	20	29	1.93
23499640--23499763	60	2.1	60	93	1	214	23	8	26	41	1.82
23499804--23499844	13	3.2	13	83	13	57	34	4	9	51	1.56
23501226--23501281	18	2.9	20	84	10	64	39	3	1	55	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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